徐曉可,鄧華明,余至興,黃逸儀,徐發(fā)蓮,梁惠倩,黃啟紅
(1.廣東嶺南職業(yè)技術(shù)學(xué)院,廣東 廣州 510663;2.廣東省科學(xué)院測試分析研究所,廣東 廣州 510070)
川貝母是我國傳統(tǒng)名貴中藥材,具有化痰止咳、抗菌和抗病毒等功效,廣泛用于中成藥[1-2]。川貝母的正品包括川貝母、甘肅貝母、暗紫貝母、瓦布貝母、梭砂貝母和太白貝母。易與川貝母混淆的有伊貝母、平貝母浙貝母和湖北貝母。由于川貝母的藥用價值高,療效顯著,但資源銳減,市場上以浙貝母、伊貝母、平貝母和湖北貝母等偽品混充川貝母的現(xiàn)象十分普遍,影響了藥品的安全有效性[3]。藥典規(guī)定川貝母的鑒別包括了性狀鑒別和PCR-RFLP法。傳統(tǒng)的性狀鑒別方法需要豐富的經(jīng)驗(yàn)積累,PCR-RFLP鑒別步驟繁雜、耗時長,且需要大型儀器。因此,建立一種快速和特異的方法鑒別川貝母,對中藥材市場的監(jiān)管及中醫(yī)中藥的健康發(fā)展至關(guān)重要。
環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)(Loop Mediated Isothermal Amplification ,LAMP)[4]是一種新穎的核酸擴(kuò)增技術(shù),特點(diǎn)是針對靶基因的6 個區(qū)域設(shè)計(jì)4 條特異引物,利用一種鏈置換DNA 聚合酶在等溫條件(63 ℃ 左右) 反應(yīng)30~60 min,可通過肉眼直接觀察反應(yīng)結(jié)果,具有操作簡單、快速、特異性強(qiáng)和靈敏等優(yōu)點(diǎn)。該技術(shù)已廣泛應(yīng)用于臨床疾病的診斷、細(xì)菌以及病毒等的檢測[5-8]。
本文通過比較分析川貝母保守性序列及其常見偽品的序列差異,設(shè)計(jì)LAMP引物,并篩選LAMP引物,構(gòu)建LAMP反應(yīng)體系,建立川貝母LAMP快速、特異和操作簡單的鑒別技術(shù),為中藥材市場的監(jiān)管提供技術(shù)支撐,促進(jìn)中醫(yī)中藥的健康發(fā)展。
川貝母(批號 121000-201108)、伊貝母(批號 120929- 201005)、平貝母(批號 120924-201410)、浙貝母 (批號 120972-201405)和湖北貝母(批號 120962-201005),均購自中國食品藥品檢定研究院;太白貝母和暗紫貝母購自藥材店,均經(jīng)過藥典方法鑒定。其他市售川貝母樣品30 批(編號依次為GZ-1至GZ-30),購自廣州市各藥材店。
新型植物基因組DNA 提取試劑盒(DP320),購自北京天根生化科技有限公司;環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增法 DNA 擴(kuò)增試劑盒,購自廣州迪奧生物科技有限公司;DNA Marker和GelRed 核酸染料,購自生工生物工程(上海)股份有限公司;PrimeSTAR Max Premix(2×)和SmaI限制性核酸內(nèi)切酶,購自TaKaRa公司。
移液槍,德國Eppendorf公司;低溫高速離心機(jī)(SIGMA 3K30),德國sigma公司;恒溫水浴鍋(XMTD-8222),上海精宏實(shí)驗(yàn)設(shè)備有限公司;PCR儀(Mini3220),杭州朗基科學(xué)儀器有限公司;電泳儀(DDR-6B),北京六一生物科技有限公司;酶標(biāo)儀(EPOCH2),美國BioTek公司;凝膠成像系統(tǒng)(Tanon-4600SF),上海天能科技有限公司。
1.4.1 DNA抽提
1)樣品前處理:川貝母、伊貝母、平貝母、浙貝母和湖北貝母粉末直接用于 DNA 提取。其他樣品依次用75%乙醇 1 mL、滅菌超純水 1 mL 清洗,吸干表面水分,置研缽中研磨成極細(xì)粉,備用。
2) DNA抽提:按照試劑盒說明書提取基因組DNA。
1.4.2 引物設(shè)計(jì)
1)LAMP引物設(shè)計(jì):比較分析川貝母保守性序列及其常見偽品的序列差異,利用LAMP軟件設(shè)計(jì)LAMP引物(表1),由上海生物工程公司合成。
表1 本研究用引物序列
2)PCR-RFLP引物:參考《中華人民共和國藥典》,由上海生物工程公司合成。
1.4.3 LAMP擴(kuò)增
LAMP反應(yīng)體系 25 μL,包括 12.5 μL 2×反應(yīng)液(RM)、 0.5 μL 上游外引物F3(10 μmol/L)、0.5 μL 外引物B3(10 μmol/L)、2 μL 上游內(nèi)引物FIP(40 μmol/L)、2 μL 下游內(nèi)引物BIP(40 μmol/L)、1 μL Bst DNA聚合酶(8U)、2 μL DNA模板,加dd H2O至體積 25 μL,加入 1 μL 顯色劑在PCR管蓋。擴(kuò)增反應(yīng)條件:63 ℃ 恒溫水浴 1 h,不用開蓋,通過顏色直接觀察結(jié)果。
1.4.4 PCR-RFLP反應(yīng)
PCR反應(yīng)體系和酶切反應(yīng)參考《中華人民共和國藥典》[9]。
1.4.5 LAMP引物篩選
以川貝母和伊貝母基因組 DNA為模板,進(jìn)行LAMP 反應(yīng),觀察結(jié)果,篩選3套候選引物。
1.4.6 LAMP特異性驗(yàn)證
分別以 3種川貝母和7 種常見混淆品基因組DNA為模板,進(jìn)一步驗(yàn)證篩選引物L(fēng)AMP的特異性。
1.4.7 LAMP靈敏度評價
DNA抽提試劑盒抽提川貝母DNA,酶標(biāo)儀測定DNA濃度,梯度稀釋DNA,LAMP擴(kuò)增,評價其靈敏度。
1.4.8 市售川貝母樣品的檢測
購買廣州藥店市售川貝母樣品30份,提取DNA,分別進(jìn)行LAMP和PCR-RFLP檢測,比較結(jié)果。
以川貝母和伊貝母基因組DNA為模板,進(jìn)行LAMP反應(yīng)(圖1)。檢測結(jié)果顯示,Set1和Set2套引物不能區(qū)分川貝母和伊貝母,都出現(xiàn)了綠色陽性結(jié)果,可能會將川貝母偽品鑒定為正品。Set3套引物可以區(qū)分川貝母和伊貝母,其中川貝母顯示綠色陽性結(jié)果,伊貝母顯示橙色陰性結(jié)果。因此確定選擇引物 Set 3為川貝母LAMP鑒定引物。
1.Set1引物川貝母模板;2.Set1引物伊貝母模板;3.Set2引物川貝母模板;4.Set2引物伊貝母模板;5.Set3引物川貝母模板;6.Set3引物伊貝母模板。圖1 LAMP引物篩選
引物設(shè)計(jì)對LAMP特異性鑒定至關(guān)重要。劉香香等[10]基于川貝母保守性序列及其常見偽品的序列差異,通過突變方式設(shè)計(jì)了 1 對川貝母特異性引物,建立了川貝母 PCR 鑒定技術(shù)。錯配堿基的引入增加了鑒別的特異性和準(zhǔn)確性。本文分別以川貝母JF778850序列和川貝母GQ205120序列設(shè)計(jì)了兩套LAMP引物(Set1和Set2套引物),結(jié)果特異性都不理想。然后對比川貝母及其混偽品的ITS序列的差異,本文在Set2套引物的基礎(chǔ)上,設(shè)計(jì)了1條川貝母特異性引物(Set3FIP)。該引物在 3′端引入了1個錯配堿基(5-CCGCAAATCGTGCCCGGAGCACTATGCCCGCCCTACC-3’,引入的錯配堿基標(biāo)記下劃線)。實(shí)驗(yàn)表明,Set3套引物能準(zhǔn)確的鑒別川貝母和伊貝母,可以用于下一步的特異性和靈敏度實(shí)驗(yàn)。
利用篩選的Set3套引物分別擴(kuò)增3種川貝母和 7 種常見混淆品基因組DNA,檢測結(jié)果如圖2 所示。其中,3種川貝母均為陽性,顯色反應(yīng)呈現(xiàn)綠色;7 種常見混淆品均為陰性,顯色反應(yīng)呈現(xiàn)橙色。說明該LAMP引物僅針對川貝母產(chǎn)生特異性擴(kuò)增,對伊貝母、平貝母和浙貝母等的DNA未產(chǎn)生擴(kuò)增反應(yīng),LAMP擴(kuò)增的特異性良好,可用于川貝母的特異檢測。
1.川貝母;2.暗紫貝母;3.太白貝母;4.平貝母;5.伊貝母;6.浙貝母;7.湖北貝母;8.土貝母;9.新疆貝母;10.東貝母;11.空白對照。圖2 LAMP特異性結(jié)果
川貝母基因組DNA的質(zhì)量濃度為 40 mg/L。梯度稀釋DNA,LAMP擴(kuò)增。結(jié)果表明,LAMP的靈敏度為 32 μg/L(圖3),即該方法的靈敏度可達(dá)到 0.1%。
1. 3.2 mg/L;2. 0.32 mg/L;3. 32 μg/L;4. 3.2 μg/L ;5. 0.32 μg/L;6.空白對照。圖3 LAMP DNA靈敏度實(shí)驗(yàn)結(jié)果
30份市售川貝母樣品,LAMP方法檢出29份川貝母陽性樣品,結(jié)果與PCR-RFLP方法一致,但比傳統(tǒng)方法的檢測時間大大縮短(部分結(jié)果見圖4和圖5)。
1.GZ-1;2.GZ-2;3.GZ-3;4.GZ-4;5.GZ-5;6.GZ-6;7.空白對照;8.陽性對照。圖4 市售川貝母樣品LAMP檢測結(jié)果
M.從上往下片段大小依次是:600 bp、500 bp、400 bp、300 bp、200 bp、100 bp;1.陽性對照;2.陽性對照;3.GZ-4;4.GZ-4;5.空白對照。圖5 市售川貝母部分樣品PCR-RFLP檢測結(jié)果
本研究建立了川貝母的LAMP檢測方法。建立的方法具有操作簡單、快速和特異性強(qiáng)的優(yōu)點(diǎn)。靈敏度為 32 μg/L,應(yīng)用于市售川貝母樣品快速篩查檢測,結(jié)果與《中華人民共和國藥典》PCR-RFLP方法一致,簡便快捷,具有較好的推廣應(yīng)用前景。