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        阿司匹林與CDC25B/PTP1B酶的分子對接研究

        2022-11-24 09:40:46劉雪潔于曉灃
        生物化工 2022年5期
        關(guān)鍵詞:糖尿病

        劉雪潔,于曉灃

        (天津天獅學院 醫(yī)學院,天津 301700)

        阿司匹林(Aspirin,ASP)是第一個合成藥物,主要作為一種非甾體抗炎藥而被廣泛使用,具有抗癌[1-2]、抗糖尿病[3-4]、抗炎[5]、抗帕金森綜合征[6-8]、治療心腦血管疾病[9-11]和川崎病[12-13]等多種生物活性。其中,抗腫瘤活性和抗糖尿病活性已成為現(xiàn)階段的熱點研究。

        蛋白酪氨酸磷酸酯酶1B(Protein Tyrosine Phosphatase 1B,PTP1B)是一種非常典型的非活性受體。PTP1B在多種胰島素神經(jīng)信號調(diào)節(jié)通路中一直扮演著重要的正向負離子調(diào)節(jié)作用,是目前預(yù)防和有效治療慢性Ⅱ型糖尿病及慢性肥胖癥的新應(yīng)用靶點[14]。CDC25B蛋白位點酪氨酸酯酶(Cell Division Cycle 25B)是一種高度保守的雙蛋白位點磷酸酯酶,由于其對人體細胞周期的調(diào)節(jié)作用和在人體各腫瘤疾病中的異常表現(xiàn),被廣泛地作為惡性腫瘤診斷和治療的靶點[15]。

        本文利用分子對接方法研究阿司匹林與CDC25B和PTP1B中可能的結(jié)合位點與結(jié)合能力,從而印證阿司匹林在抗糖尿病、抗癌方面的潛力。

        1 數(shù)據(jù)準備

        利用DockingServer(https://www.dockingserver.com/web/)對阿司匹林和CDC25B/PTP1B酶進行前期處理和結(jié)構(gòu)優(yōu)化,再進行分子對接。相關(guān)分子信息來自 PDB(https://www.rcsb.org/),CDC25B,PDB ID:1QB0;PTP1B,PDB ID:1NNY。

        2 理論計算

        2.1 阿司匹林與PTP1B的分子對接

        阿司匹林和PTP1B酶的對接結(jié)果3D圖見圖1,由圖可知,阿司匹林與PTP1B酶相互作用良好,阿司匹林進入PTP1B酶的活性中心部位;由對接數(shù)據(jù)能量結(jié)果可知,阿司匹林與PTP1B酶結(jié)合能為-17.79 kJ/mol;阿司匹林和PTP1B酶相互作用見表1,阿司匹林與PTP1B酶相互作用有1個氫鍵,鍵長為3.44 nm,疏水相互作用1個,其他相互作用4個。

        圖1 阿司匹林和PTP1B酶對接結(jié)果3D圖

        表1 阿司匹林和PTP1B酶相互作用結(jié)果表

        綜上實驗結(jié)果,阿司匹林與PTP1B酶相互作用良好,結(jié)合穩(wěn)固,阿司匹林進入到了PTP1B酶的活性中心位點處,其中在結(jié)合中起主要作用的部位為阿司匹林羧基C=O與PTP1B酶中的絲氨酸相互作用產(chǎn)生的氫鍵。

        2.2 阿司匹林與CDC25B的分子對接

        阿司匹林和CDC25B酶對接結(jié)果3D圖見圖2,由圖2可知,阿司匹林與CDC25B酶相互作用良好,阿司匹林進入了CDC25B酶中的活性部位;由對接數(shù)據(jù)能量結(jié)果可知,阿司匹林與CDC25B酶結(jié)合能為-17.20 kJ/mol;阿司匹林和CDC25B酶相互作用結(jié)果見表2,可知阿司匹林與CDC25B酶相互作用有一個氫鍵,鍵長為3.32 nm,極性相互作用3個,疏水相互作用4個,其他相互作用9個。

        圖2 阿司匹林和CDC25B酶對接結(jié)果3D圖

        表2 阿司匹林和CDC25B酶相互作用結(jié)果表

        綜上,阿司匹林與CDC25B酶相互作用良好,結(jié)合穩(wěn)固,其中在結(jié)合中起主要作用的部位為阿司匹林乙?;鵆=O與CDC25B酶中的酪氨酸相互作用產(chǎn)生的氫鍵。

        2.3 阿司匹林的分子靜電勢計算

        利用Multiwfn軟件,在HF/3-21G基組上計算了阿司匹林的分子靜電勢(Molecular Electrostatic Potential,MEP),見圖3和表3。由MEP計算結(jié)果可知,化合物的靜電勢最大負值區(qū)域集中在羧基C=O旁的氧原子附近和乙?;腃=O氧附近(負6區(qū)和負1區(qū)),其值分別約為-1.95 eV和-1.73 eV,表明該區(qū)域優(yōu)先與氫原子形成氫鍵,與分子對接結(jié)果一致。

        圖3 阿司匹林的MEP計算結(jié)果圖

        表3 阿司匹林的MEP負電荷計算結(jié)果表

        3 結(jié)論

        本研究報道了小分子阿司匹林和抗糖尿病、抗癌靶點PTP1B/CDC25B的分子對接情況,結(jié)果顯示,阿司匹林羧基C=O與PTP1B酶的SER80形成氫鍵,占據(jù)了活性中心,說明阿司匹林有潛在的抗糖尿病活性;阿司匹林乙?;鵆=O與CDC25B酶的TYR428形成氫鍵,占據(jù)了活性中心,說明阿司匹林有潛在的抗癌活性;根據(jù)阿司匹林的MEP計算結(jié)果可知,化合物的靜電勢最大負值區(qū)域集中在羧基C=O的氧附近和乙酰基C=O的氧附近,與分子對接結(jié)果一致,進一步印證了阿司匹林的抗糖尿病/抗癌活性,為今后阿司匹林開發(fā)成為新的抗糖尿病、抗癌藥物提供了理論依據(jù)和數(shù)據(jù)支撐。

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