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        長鏈非編碼RNA在肝細胞癌發(fā)生發(fā)展及轉移和復發(fā)中的研究進展*

        2022-11-24 13:27:46綜述審校
        重慶醫(yī)學 2022年15期

        劉 蕊 綜述,劉 濤 審校

        (天津市第一中心醫(yī)院 國家衛(wèi)生健康委員會危重病急救醫(yī)學重點實驗室 300192)

        肝細胞癌(HCC)是全球范圍內最常見的惡性腫瘤之一,其全球發(fā)病率居第6位、病死率居第4位[1-2]。乙型肝炎病毒感染是HCC的重要發(fā)病因素之一[3]。HCC發(fā)生隱匿,早期診斷困難,預后差[4],且常發(fā)生肝內和肝外轉移[5],這是導致HCC患者預后不良和發(fā)生腫瘤相關死亡的主要原因[6]。雖然肝移植對符合標準的HCC患者是有效的治療手段[7],但HCC移植后的高復發(fā)率也為臨床帶來了嚴重的挑戰(zhàn)[8-9]。因此,HCC的轉移和復發(fā)已成為HCC進展的典型表現(xiàn),有效防治HCC進展、轉移和復發(fā)已經成為急需解決的問題。

        1 長鏈非編碼RNA(lncRNA)

        隨著二代測序技術的快速發(fā)展,大多數基因組被轉錄成RNA。然而,只有1%~2%的基因組編碼蛋白質[10]。根據RNA是否編碼蛋白,可將其分成兩類:(1)有編碼能力的RNA,即信使RNA(mRNA);(2)無編碼能力的RNA,即非編碼RNA(ncRNA)。有研究表明,ncRNA在生物發(fā)育及腫瘤發(fā)生的過程中發(fā)揮著重要作用[11]。其中,小于200個核苷酸的ncRNA被稱為小的或短的ncRNA,長度大于200個核苷酸的ncRNA被稱為lncRNA[12]。lncRNA可通過多種方式調控基因表達,包括外源性沉默、剪切調控、與微RNA(miRNA)或蛋白質相互作用等,即lncRNA可在多個水平調控基因的表達[13]。lncRNA的作用模式主要包括以下幾方面[14]。(1)表觀遺傳學調控:某些特異的lncRNA會招募染色質重構和修飾復合體到特定位點,改變DNA/RNA甲基化狀態(tài)、染色體結構和修飾狀態(tài),進而控制相關基因的表達。(2)轉錄調控:在真核細胞中,轉錄因子對于基因轉錄非常重要,其可以結合到基因轉錄產生的RNA上,控制RNA轉錄、定位和穩(wěn)定性。一些lncRNA會作為配基,與一些轉錄因子結合,形成復合體,控制基因轉錄活性[15]。(3)轉錄后調控:lncRNA會直接參與mRNA轉錄后調控過程中,包括可變剪切、RNA編輯、蛋白翻譯及轉運等過程中,這些過程對于基因功能多態(tài)性非常重要。此外,轉錄后調控還包括對miRNA的調控。在一些腫瘤細胞和特定組織中,一些lncRNA會攜帶有某些miRNA的“種子序列”,像海綿一樣結合miRNA,從而阻止miRNA同其靶mRNA結合[16]。

        2 lncRNA的調控方式和分子機制

        2.1 表觀遺傳學調控

        現(xiàn)有研究表明,lncRNA通過與染色質修飾酶相互作用對染色質進行各種化學修飾,調節(jié)相關基因的表達。因此,lncRNA是潛在的HCC治療靶點,需要對其作用進行分析,以開發(fā)新的治療方法。組蛋白甲基化、乙?;虳NA甲基化作為重要的表觀遺傳修飾方式,參與調節(jié)許多HCC相關基因的表達[17-18]。YE等[19]研究顯示,lncRNA小核仁RNA宿主基因9(SNHG9)通過招募DNA甲基轉移酶(DNMT)1、DNMT3a和DNMT3b來增加谷胱甘肽S-轉移酶P1(GSTP1)啟動子甲基化,促進HCC發(fā)展。與此相反,lncRNA linc-GALH(與HCC中一種致癌蛋白Gankyrin相關的lincRNA)通過增強泛素化來加速DNMT1的降解,降低HCC的甲基化狀態(tài)來促進Gankyrin的表達,進而在體外促進HCC細胞的遷移和侵襲,在體內增強HCC細胞的肺轉移能力[20]。

        上皮-間充質轉化(EMT)是一個高度保守的分子重編程過程,其導致極化的不動上皮細胞轉變?yōu)檫\動的間充質細胞[21],這一過程通過賦予細胞更活躍的侵襲潛能而與腫瘤轉移和復發(fā)事件相關[22-23]。lncRNA可以直接或間接與表觀遺傳調控因子Zeste基因增強子同源物2(EZH2)相互作用,以介導EMT相關基因或miRNA的表達,從而影響HCC的轉移。WEI等[24]研究顯示,lncRNA SOX21-反義RNA1(SOX21 antisense RNA1,SOX21-AS1)可以與EZH2相互作用,在表觀遺傳學水平沉默p21的表達,從而促進HCC進展。有研究表明,lncRNA H19通過與蛋白復合物hnRNP U/PCAF/RNA Pol Ⅱ結合并通過增加組蛋白乙?;せ頼iRNA-200家族來抑制HCC轉移和EMT標記物的表達[25]。

        肝腫瘤起始細胞(TIC)或稱肝癌干細胞(CSC)是HCC中一小部分具有長期致瘤能力的腫瘤細胞,具有干細胞特性,與HCC的發(fā)生、發(fā)展、轉移和復發(fā)有密切關系[26-27]。lncRNA通過表觀遺傳學調控在維持肝臟CSC自我更新中發(fā)揮關鍵作用。lncRNA可以通過影響DNA 的甲基化狀態(tài)調控癌基因表達并影響CSC的功能。如lncRNA生長停滯特異性蛋白6(DLX6)-AS1是肝臟CSC中的致癌基因[28],通過下調DLX6-AS1有助于減少CADM1啟動子的甲基化和信號轉導與轉錄激活因子3(STAT3)信號通路的失活,從而對肝臟CSC的發(fā)生和發(fā)展發(fā)揮抑制作用[29]。lncRNA心臟神經脊衍生物表達轉錄因子2(HAND2)-AS1是肝臟CSC維持自我更新所必需的,HAND2-AS1將INO80染色質重塑復合物招募到骨形態(tài)發(fā)生蛋白1A型受體(BMPR1A)的啟動子上,從而誘導其表達并導致BMP信號通路的激活,促進肝臟CSC自我更新[30]。SHAO等[31]研究顯示,過表達的lnc同源盒基因(HOX)A10將核小體重塑因子(NURF)染色質重塑復合物招募到HOXA10啟動子上以啟動HOXA10的表達,并最終促進肝臟CSC的自我更新和的進展。

        總之,lncRNA通過DNA甲基化和組蛋白甲基化進行表觀遺傳學調控。此外,lncRNA通過向基因啟動子募集各種重構復合物,以順式或反式形式調節(jié)鄰近或遠處基因的轉錄,從而激活或抑制HCC發(fā)展和轉移相關基因的表達[31-32]。

        2.2 轉錄調控

        lncRNA作為配基,能夠與轉錄因子(TF)結合,形成復合體,控制基因轉錄活性[15]。lncRNA的一部分模序發(fā)揮與蛋白結合的作用,這部分通常具有發(fā)夾狀結構;另一部分模序與基因組DNA通過序列特異性的方式結合,以引導 TF 作用于基因組DNA的特定位點[33]。lncRNA-TF復合物形成后,可影響TF的功能,如與基因的啟動子結合并招募TF到基因組DNA的特定位點,發(fā)揮轉錄激活或轉錄抑制作用[34]。lncRNA可以通過轉錄水平的調控維持肝臟CSC的自我更新。(1)轉錄激活:lncRNA Sox4在HCC和肝臟CSC中過度表達,lncRNA Sox4通過向Sox4啟動子募集Stat3來驅動Sox4轉錄,從而促進肝臟CSC自我更新[35]。此外,lncMAPK6和MAPK6在肝臟CSC中高表達,lncMAPK6與MAPK6啟動子相互作用并招募RNA聚合酶Ⅱ啟動轉錄,促進肝臟CSC自我更新[36]。(2)轉錄抑制:lncAPC招募EZH2與APC啟動子相互作用,抑制APC的轉錄,激活Wnt/β-catenin信號通路并促進肝臟CSC自我更新[37]。HNRNPAB是促進HCC轉移的關鍵基因,研究表明,HNRNPAB通過直接結合lncRNA-ELF209的啟動子區(qū)域來抑制其在HCC細胞中的轉錄,進而抑制HNRNPAB調控的細胞遷移、侵襲和EMT[38]。綜上所述,lncRNA在轉錄水平上作為多功能分子調控HCC的發(fā)生發(fā)展和轉移復發(fā)。

        2.3 轉錄后調控

        2.3.1lncRNA對mRNA的調控

        lncRNA直接參與mRNA的轉錄后調控過程,包括可變剪切、RNA編輯、蛋白質翻譯及轉運等,這些過程對于基因功能多態(tài)性非常重要。門靜脈癌栓(PVTT)是HCC患者的主要并發(fā)癥,被認為是一種特殊類型的HCC轉移[39]。在HCC的細胞間黏附分子-1(ICAM-1)+CSC中發(fā)現(xiàn)了一種新的高表達lncRNA(ICR),在PVTT組織中上調。進一步分析發(fā)現(xiàn),ICR通過與ICAM-1形成一個RNA雙鏈體來增強其mRNA的穩(wěn)定性,從而調節(jié)ICAM-1+HCC細胞的干細胞特性,而且ICR表達與HCC患者的臨床PVTT發(fā)生率、侵襲性腫瘤行為和不良臨床結果相關[40]。lncRNA MIR22HG是miRNA-22-3p的宿主基因,在HCC中明顯低表達,MIR22HG通過剪切成miRNA-22-3p,發(fā)揮抑制HCC細胞增殖、侵襲及遷移的能力。而miRNA-22-3p通過與人類抗原R(HuR)結合來抑制HCC轉移,以增加MIR22HG的穩(wěn)定性,改變HuR的亞細胞位置,并降低HuR與癌基因mRNA的結合能力,進而抑制HCC細胞的增殖、侵襲和轉移[41]??傊琹ncRNA可通過調節(jié)mRNA的穩(wěn)定性,在影響HCC轉移和進展中發(fā)揮調控作用。

        2.3.2lncRNA對miRNA的調控

        miRNA是一類細胞內源性的小分子非編碼RNA家族,其經典作用模式是通過與靶RNA(可能是mRNA或ncRNA)發(fā)生不完全互補配對結合,來抑制靶RNA的翻譯或促使其降解[42]。基于miRNA對基因調控的廣泛性,競爭性源內源RNA(ceRNA)作為一種常見的分子機制出現(xiàn)。ceRNA是RNA分子之間的一種相互調控模式。當不同的兩條或幾條RNA 分子序列上具有相同的miRNA結合位點時,這些RNA分子能夠通過競爭性結合細胞內有限的miRNA來影響各自的表達水平,這種調控模式稱為ceRNA,也被叫做miRNA海綿(sponges)作用[43-45]。lncRNA結直腸腫瘤差異表達基因(CRNDE)在HCC中的表達水平增加,上調的CRNDE作為miRNA-384的海綿,負性調節(jié)NF-κB和磷酸化蛋白激酶B(p-AKT)信號通路,進而促進HCC細胞的增殖、遷移和侵襲[46]。CHEN等[47]研究顯示,lncRNA肺腺癌轉移相關轉錄本1(MALAT1)通過競爭性結合miRNA-143-3p,抑制腫瘤抑制基因ZEB1的表達并促進HCC的轉移和侵襲。此外,lncRNA MALAT1也能通過競爭性結合miRNA-204,釋放沉默調節(jié)因子1(SIRT1)促進HCC的遷移和侵襲[48]。lncRNA MALAT1的高表達也預示著肝移植后HCC復發(fā)的風險較高,且患者的預后較差[49]。hepatocellular carcinoma-associated lncRNA(lncRNA HCAL)通過競爭性結合miRNA-15a、miRNA-196a或miRNA-196b并增加溶酶體相關跨膜蛋白4B(LAPTM4B)的表達來促進肝癌的發(fā)展和轉移[50]。lncRNA HOXD-AS1競爭性結合miRNA-130a-3p,可防止SOX4被miRNA介導降解,從而激活EZH2和基質金屬蛋白酶2(MMP2)的表達,并可促進HCC轉移[51]。LU等[52]研究發(fā)現(xiàn),HOXD-AS1也能通過與miRNA-19a的競爭性相互作用上調Rho GTPase激活蛋白11A(ARHGAP11A),同樣促進HCC轉移。

        lncRNA也可通過ceRNA機制對HCC發(fā)展和轉移發(fā)揮抑制作用。YAN等[53]研究顯示,lncRNA HAND2-AS1抑制腫瘤的發(fā)生,其高表達明顯損害肝癌生存、增殖和遷移能力。HAND2-AS1通過競爭性結合并激活miRNA-3118,釋放SOCS5,阻礙JAK-STAT通路的信號轉導,進而抑制HCC細胞增殖和遷移[54]??傊?,上述研究表明,lncRNA以ceRNA的機制調控HCC的進展和轉移。

        3 總結與展望

        本文基于lncRNA在表觀遺傳修飾、轉錄調控和轉錄后調控的不同水平,闡述了lncRNA在HCC的發(fā)生、發(fā)展、轉移和復發(fā)中的調控機制。細胞核中的lncRNA主要通過與轉錄因子相互作用調節(jié)基因表達,細胞質中的lncRNA通常作為轉錄后調節(jié)因子,或者作為ceRNA,或者直接調節(jié)mRNA的穩(wěn)定性。在這些調控網絡中,其中一個重要的lncRNA失去平衡,通過連鎖反應最終可能會影響多個lncRNA和不同途徑的幾個靶基因之間的關系。因此,隨著與HCC相關的新lncRNA的發(fā)現(xiàn),這一調節(jié)網絡變得越來越復雜。此外,HCC缺乏特異度和靈敏度均較高的檢測系統(tǒng)和合適的治療靶點,目前仍然是一個重大的臨床挑戰(zhàn),且HCC目前的治療方式,特別是晚期HCC轉移,其治療極其有限。因此,HCC的發(fā)生、發(fā)展、轉移和復發(fā)的分子機制仍有待更徹底的揭示。目前已被研究和未來將被鑒定和驗證的lncRNA可能作為HCC新的診斷標志物、預后標志物和治療靶點。

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