陳麗瓊， 張志榮， 楊俊波， 李德銖， 郁文彬

( 1. 中國科學(xué)院西雙版納熱帶植物園 綜合保護(hù)中心， 云南 勐臘 666303； 2. 中國科學(xué)院大學(xué)， 北京 100049； 3. 中國科學(xué)院昆明植物研究所 中國西南野生生物種質(zhì)資源庫， 昆明 650201; 4. 中國科學(xué)院核心植物園保護(hù)生物學(xué)協(xié)同中心， 云南 勐臘 666303； 5. 中國科學(xué)院東南亞生物多樣性研究中心， 云南 勐臘 666303 )

隨著DNA測序技術(shù)的快速發(fā)展，基于分子證據(jù)的系統(tǒng)發(fā)育分析可追溯植物的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系與演化過程，為科的劃定提供可靠的證據(jù)(王偉和劉陽, 2020)。在旋花科內(nèi)，目前最新的分子系統(tǒng)學(xué)研究主要基于細(xì)胞器和核基因片段，其結(jié)果支持廣義旋花科為一個單系，并進(jìn)一步將其劃分成2亞科12族，即茶鵑木亞科[包含1族1屬1種，茶鵑木族(Humbertieae)]和旋花亞科[包含11族：心被藤族(Cardiochlamyeae)、丁公藤族(Erycibeae)、馬蹄金族、鹽帚花族(Cresseae)、猴蜜藤族(Maripeae)、小牽牛族(Jacquemontieae)、菟絲子族(Cuscuteae)、白衫藤族(Aniseieae)、旋花族(Convolvuleae)、魚黃草族(Merremieae)和番薯族(Ipomoeeae)](李攀, 2020; Stefanovi et al., 2002, 2003)。但是，旋花亞科內(nèi)主要分支之間的關(guān)系一直沒有解決，如Stefanovi等(2002)先依據(jù)4個質(zhì)體基因數(shù)據(jù)認(rèn)為心被藤族為旋花亞科的基部類群，后增加的核基因和線粒體基因數(shù)據(jù)結(jié)果顯示，旋花亞科主要分支形成“梳齒”結(jié)構(gòu) (Stefanovi & Olmstead, 2004)。Refulio-Rodriguez和Olmstead(2014)基于10個基因片段的研究結(jié)果支持心被藤族和丁公藤族形成單系群，為旋花亞科基部類群。此外，菟絲子屬的系統(tǒng)發(fā)育位置(Stefanovi & Olmstead, 2004; McNeal et al., 2007)和魚黃草族分類地位也尚未明晰(Williams et al., 2014; Sim?es & Staples, 2017)。

基于基因片段序列(如rbcL，matK，trnL-F和ITS等)的一些分子系統(tǒng)學(xué)研究解決了不同分類階元的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系，極大地促進(jìn)了對植物類群間的親緣關(guān)系和演化歷史的認(rèn)識(張韻潔和李德銖, 2011；曾麗萍等, 2014)。然而，因片段序列所含系統(tǒng)發(fā)育信息位點有限且每個基因的進(jìn)化速率不同，其構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹之間往往存在拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)差異(Rokas et al., 2003; 曾麗萍等，2014)。因此，為了構(gòu)建更為可靠的系統(tǒng)發(fā)育樹，需要整合更多的基因或基因組數(shù)據(jù)。隨著測序技術(shù)的日益成熟，越來越多的植物基因組得到測序，但因核基因組較大，組裝困難，又具有復(fù)雜性，使得低拷貝基因篩選困難，這些問題使得在系統(tǒng)發(fā)育研究中可用的植物核基因組數(shù)據(jù)有限。相比較而言，質(zhì)體基因組因存在多拷貝、變異速率適中、高度保守、多數(shù)為單親遺傳和不受遺傳重組影響等優(yōu)點，在植物系統(tǒng)發(fā)育基因組學(xué)研究中被廣泛使用(曾麗萍等, 2014; Gitzendanner et al., 2018b; 王偉和劉陽, 2020)。例如，基于1 827個質(zhì)體基因組內(nèi)的78個基因解決了綠色植物主要分支間的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系(Gitzendanner et al., 2018a)，進(jìn)一步利用2 881個質(zhì)體基因組內(nèi)的80個基因重建被子植物質(zhì)體基因組系統(tǒng)發(fā)育樹，全面更新了被子植物的系統(tǒng)發(fā)育框架(Li et al., 2019)。

本研究收集了廣義旋花科主要分支的代表性屬、種，基于質(zhì)體全基因組數(shù)據(jù)，旨在探討廣義旋花科的范疇并準(zhǔn)確構(gòu)建旋花亞科系統(tǒng)發(fā)育框架，以明確菟絲子屬系統(tǒng)發(fā)育位置和魚黃草族分類地位的合理性。該研究結(jié)果將有助于加深對旋花科演化歷程的理解，為菟絲子屬寄生習(xí)性演變和旋花科花色起源與演化的研究奠定基礎(chǔ)。

1 材料與方法

1.1 材料

根據(jù)Stefanovi等(2003)重新修訂的旋花科系統(tǒng)框架，在族水平上對旋花科進(jìn)行取樣，共收集旋花科植物8族21屬40種，代表了旋花亞科內(nèi)的主要分支，僅缺少茶鵑木亞科材料。其中，16屬23種的二代測序數(shù)據(jù)從中國科學(xué)院昆明植物研究所中國西南野生生物種質(zhì)資源庫申請獲得，新測序樣品的分子材料和憑證標(biāo)本分別保存在中國西南野生植物種質(zhì)資源庫和中國科學(xué)院昆明植物研究所標(biāo)本館(KUN)中(表1)。另外，有8屬17種的質(zhì)體基因組數(shù)據(jù)從GenBank數(shù)據(jù)庫下載(表2)，并選取茄科煙草(Nicotianatabacum, NC001879)作為外類群。

1.2 質(zhì)體基因組測序和組裝

利用植物基因組DNA提取試劑盒 [DP320，天根生化科技(北京)有限公司]，從硅膠干燥的新鮮材料或蠟葉標(biāo)本材料中提取總DNA，經(jīng)定量檢測后，進(jìn)行淺層基因組測序(genome skimming)(Zeng et al., 2018)。測序文庫大小為350 bp，采用150 bp或250 bp雙端，使用Illumina MiSeq或HiSeq 2500軟件測序，每個物種獲得的測序數(shù)據(jù)為2 G左右。測序原始序列利用GetOrganelle軟件包(Jin et al., 2020)進(jìn)行denovo組裝，并自動成環(huán)輸出質(zhì)體全基因組。無法自動組裝成環(huán)的物種則采取手動拼接策略，將scaffolds文件直接導(dǎo)入Geneious(Kearse et al., 2012)，選取該物種親緣關(guān)系最近且自動成環(huán)的序列為參考序列，使用LASTZ插件(Harris, 2007)進(jìn)行contigs排序和串聯(lián)，并進(jìn)行手動校正和拼接。以發(fā)表的Ipomoeanil(AP017304)質(zhì)體全基因組為參考序列，使用Geneious對其他旋花科物種進(jìn)行批量相似性注釋，相似性參數(shù)設(shè)為70%。隨后對注釋結(jié)果進(jìn)行手動校正，其中蛋白編碼基因的注釋依據(jù)參考序列和開放閱讀框(open reading frame, ORF)確定起始密碼子和終止子位置。

表 1 旋花科新測序物種的憑證信息和質(zhì)體基因組特征Table 1 Voucher information and plastome features of newly sequenced within Convolvulaceae

表 2 物種及GenBank登錄號Table 2 Species and GenBank accession numbers

1.3 序列比對和系統(tǒng)發(fā)育分析

用于矩陣構(gòu)建的數(shù)據(jù)集共有五類：(1)質(zhì)體全基因組序列(WCG，去除一個IR區(qū))；(2)大單拷貝區(qū)(LSC)；(3)小單拷貝區(qū)(SSC)；(4)反向重復(fù)區(qū)(IR)；(5)蛋白質(zhì)編碼基因(protein coding sequence, CDS)。以煙草為參考序列，利用MAUVE(Darling et al., 2004)檢測各條序列共線性，非共線性的序列采用手動調(diào)整后再次共線性檢測。使用Geneious(Kearse et al., 2012)確定質(zhì)體基因組四分體結(jié)構(gòu)區(qū)域(LSC、SSC、IRa和IRb)邊界，分別提取各分區(qū)序列和蛋白質(zhì)編碼基因片段，得到用于構(gòu)建數(shù)據(jù)矩陣的基礎(chǔ)序列。WCG、LSC、SSC、IR區(qū)的數(shù)據(jù)使用MAFFT Online(Katoh & Standley, 2013)基于默認(rèn)參數(shù)進(jìn)行比對，獲得比對矩陣。79個蛋白質(zhì)基因采用細(xì)菌蛋白編碼的密碼子模式進(jìn)行比對，每個基因先分別使用Geneious 中的MAFFT插件進(jìn)行單基因多序列比對，再串聯(lián)構(gòu)建聯(lián)合矩陣。自動比對矩陣在Geneious中進(jìn)行人工核查和校對，排除異質(zhì)性非常高的區(qū)域，最終得到5個質(zhì)體基因組數(shù)據(jù)矩陣，包括LSC和SSC及IR 3個分區(qū)矩陣、蛋白質(zhì)編碼基因聯(lián)合(CDS)矩陣、質(zhì)體全基因組(WCG)矩陣，矩陣文件與原始序列均已上傳到figshare網(wǎng)站(10.6084/m9.figshare.14329949)。采用MEGA X(Sudhir et al., 2018)統(tǒng)計矩陣的長度、變異位點和簡約信號位點等信息。

使用RAxML構(gòu)建最大似然樹(maximum likelihood，ML)(Alexandros, 2014)，5個矩陣都選擇GTR+GAMMA+I模型，估算最優(yōu)的最大似然樹(best-scoring ML tree)，并設(shè)置1 000次bootstrap replicates估算分支的支持率(bootstrap support values, BS)。本研究中，BS≤50為不支持，BS=51～79為弱支持，BS≥80為強(qiáng)支持。

選取WCG和CDS矩陣構(gòu)建貝葉斯推論樹(Bayesian inference，BI)?；赑hyloSuite軟件 (Zhang et al., 2020)中的ModelFinder 插件(Kalyaanamoorthy et al., 2017)按照BIC準(zhǔn)則(Bayesian information criterion，BIC)選擇最適堿基替換模型。選擇MrBayes 軟件(Huelsenbeck & Ronquist, 2001)，通過在線CIPRES Science Gateway (Miller et al., 2010) 或超級計算機(jī)上進(jìn)行貝葉斯推論分析，設(shè)置MCMC運(yùn)算為2 000 000代，每100代取樣1棵系統(tǒng)發(fā)育樹。先舍棄前25%的抽樣樹，再構(gòu)建50%的多數(shù)原則一致樹(majority rule consensus of trees)，并計算每個節(jié)點的后驗概率(posterior probability, PP)。對所獲得的系統(tǒng)發(fā)育樹均采用Figtree v1.4.0 (http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/)可視化結(jié)果。本研究中，PP=0.51～0.94為弱支持，PP≥0.95為強(qiáng)支持。

1.4 系統(tǒng)發(fā)育沖突檢測

采用AU 檢驗(approximately unbiased test)(Shimodaira, 2002)和SH 檢驗(Shimodaira-Hasegawa test)(Hidetoshi & Masami, 1999)，以判斷WCG數(shù)據(jù)集得到的最優(yōu)樹與其他數(shù)據(jù)集得到的最優(yōu)樹(包括LSC區(qū)的ML樹、IR區(qū)的ML樹和SSC區(qū)的ML樹)是否有統(tǒng)計學(xué)差異。SH檢驗基于非參數(shù)自舉法的比較方法，在拒絕零假設(shè)方面十分保守，與AU檢測一樣能夠有效控制I型錯誤，但AU檢測比SH檢測的偏差小。兩種系統(tǒng)發(fā)育假設(shè)檢驗借助IQ-TREE 軟件(Trifinopoulos et al., 2016)，通過最大似然方法，使用RELL算法進(jìn)行1 000次重復(fù)取樣，任何一種結(jié)果的P值小于0.05，即為顯著，表明該拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)與WCG矩陣結(jié)果為明顯沖突，不支持此拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)。

2 結(jié)果與分析

2.1 質(zhì)體基因組特征

旋花科新測序物種均為典型的四分體結(jié)構(gòu)，由大單拷貝區(qū)(LSC)、小單拷貝區(qū)(SSC)和2個反向重復(fù)序列(IR)組成。質(zhì)體基因組大小為113 273～164 112 bp，LSC區(qū)長度為71 518～88 896 bp，SSC區(qū)長度為3 087～16 678 bp，IR區(qū)長度為22 409～29 081 bp，且GC含量變化范圍為37.2%～40.1%(表1)。基因注釋結(jié)果顯示，除菟絲子屬外，旋花科自養(yǎng)類群的蛋白質(zhì)編碼基因含量保守，數(shù)目為78～79個。菟絲子屬因其獨特的寄生習(xí)性導(dǎo)致部分基因丟失，僅含66個蛋白質(zhì)編碼基因。

2.2 矩陣數(shù)據(jù)特征

在5個質(zhì)體基因組比對矩陣中，WCG矩陣長166 691 bp，具有53 093個變異位點(占序列長度的31.9%)和28 675個簡約信號位點(占序列長度的17.2%)，序列多樣性最高；CDS區(qū)矩陣長為76 883 bp，具有21 748個變異位點和12 292個簡約信號位點，分別占WCG矩陣變異位點和簡約信號位點的41.0%和42.9%；IR區(qū)矩陣長37 107 bp，具有9 908個變異位點和5 574個簡約信號位點；SSC區(qū)矩陣長8 232 bp，具有3 596個變異位點和1 966個簡約信號位點；LSC矩陣長112 926 bp，具37 053個變異位點和19 699個簡約信號位點。

2.3 系統(tǒng)發(fā)育分析

在廣義旋花科內(nèi)(包含菟絲子屬和馬蹄金族)，除魚黃草族(魚黃草屬)外，其他7個族在所有分析中均形成單系(圖1，圖2)。同時，鹽帚花族和馬蹄金族互為姊妹群，番薯族和魚黃草族內(nèi)的Merremiaquinquefolia互為姊妹群，旋花族和部分魚黃草族物種互為姊妹群，所有分析均強(qiáng)支持這3個分支形成單系群。

枝上數(shù)值表示bootstrap值, 支持率為100的分支不標(biāo)注。圖A中, 枝上的數(shù)值表示bootstrap值(BSWCG/BSCDS), 枝下的數(shù)值表示貝葉斯后驗概率(PPWCG/PPCDS), BSWCG/BSCDS=100/100和PPWCG/PPCDS =1.00/1.00的分支不標(biāo)注。Numbers above branches indicate bootstrap value and branches with 100 bootstrap support are unlabeled. In A, numbers above and below branch labels represent bootstrap(BSWCG/BSCDS) and posterior probability (PPWCG/PPCDS), branches with BSWCG/BSCDS =100/100 or PPWCG/PPCDS =1.00/1.00 support are unlabeled.圖 1 基于不同的質(zhì)體基因組矩陣構(gòu)建的旋花科的系統(tǒng)發(fā)育樹Fig. 1 Phylogenetic trees of Convolvulaceae based on different data matrixes of plastome

枝上數(shù)值以BIPP/MLBS的方式表示后驗概率值/自展支持率值， 支持率為1.00/100的分支不標(biāo)注； 比例尺表示最大似然法分析下每個位點的核苷酸替代速率。Branch labels represent bootstrap follow the order BIPP/MLBS and branches with 1.00/100 support are unlabeled; Scale bars denotes the excepted number of substitutions per site in maximum likelihood analysis.圖 2 基于WCG矩陣構(gòu)建的旋花科系統(tǒng)發(fā)育樹Fig. 2 Phylogenetic tree of Convolvulaceae based on WCG matrix

基于WCG和CDS聯(lián)合矩陣，ML和BI分析得到拓?fù)浠疽恢碌南到y(tǒng)樹(圖1)，僅基于CDS矩陣的BI樹與ML樹存在一個小分支不一致，即大果三翅藤(Tridynamiasinensis)在心被藤族內(nèi)的系統(tǒng)位置關(guān)系。另外，CDS矩陣結(jié)果在少數(shù)分支上的支持率比WCG矩陣要略低(圖1)。在總體上，心被藤族與丁公藤族具有較近親緣關(guān)系在四矩陣分析中都得到了強(qiáng)支持(BS≥86，PP=1.00)，二者形成一個分支最早分化出來，是其他廣義旋花科姊妹群在WCG矩陣、CDS矩陣和LSC矩陣分析得到了支持(WCG-/CDS-/LSC-BS=100/89/100; WCG-/CDS-PP=0.99/1.00)，而IR矩陣顯示它們與魚黃草族等3族(Clade I)可能是姊妹關(guān)系(BS=62)(圖1)。在WCG矩陣和CDS矩陣中，菟絲子族形成一個孤立的單系分支與其余所有旋花科物種形成姊妹關(guān)系 (WCG-/CDS-BS=68/74;

WCG-/CDS-PP=1.00/1.00)，剩下的5個族分為2個分支在所有的分析中都得到了強(qiáng)支持，即旋花族、魚黃草族和番薯族組成Clade I，鹽帚花族和馬蹄金族組成Clade Ⅱ。在Clade I中，旋花族和番薯族各自形成單系群，嵌套在魚黃草族中，且LSC矩陣分析時和菟絲子族聚在一起(BS=60)。但是，IR矩陣(BS=93)和SSC矩陣(BS=61)支持菟絲子族與鹽帚花族+馬蹄金族為姊妹類群。值得關(guān)注的是，魚黃草屬4個種分散在3個不同的分支上，即海南山豬菜(Merremiahainanensis)與旋花族聚在一起(BS≥96，PP=1.00)，五葉魚黃藤(Merremiaquinquefolia)與番薯族聚在一起(BS≥98，PP=1.00)，剩下2種和其他3種魚黃草族的屬種一起(BS=100，PP=1.00)。番薯屬是一個并系類群，所有分析都形成了2個分支(BS=100，PP=1.00)，其中1支包括了另4屬5種植物。

2.4 系統(tǒng)發(fā)生沖突檢測

由于WCG矩陣和CDS矩陣與其他3個矩陣構(gòu)建的系統(tǒng)樹存在明顯的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)差異，因此利用AU檢驗和SH檢驗進(jìn)行沖突顯著性評估(表3)。檢測結(jié)果表明，WCG矩陣與LSC矩陣的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)不存在明顯的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)沖突，即菟絲子族與Clade I構(gòu)成姊妹關(guān)系存在可能(PAU=0.083 7，PSH=0.451)，但拒絕IR區(qū)和SSC區(qū)的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)關(guān)系(P值均小于0.001)(表3)。

3 討論與結(jié)論

3.1 廣義旋花科的界定

傳統(tǒng)分類上，研究者們對性狀加權(quán)不同，使得旋花科的界定混亂，特別是菟絲子屬和馬蹄金族(Austin, 1973)。多數(shù)學(xué)者主張將寄生習(xí)性的菟絲子屬處理為旋花科內(nèi)單屬族(Choisy, 1834; Bentham & Hooker, 1873; Peter, 1897; Austin, 1998)或亞科(Peter, 1891)，少數(shù)學(xué)者主張將菟絲子屬處理為單屬科(Lindley, 1853；Roberty, 1952, 1964；Austin, 1973)。另外，還有學(xué)者將馬蹄金族作為獨立的科(Dumortier, 1829; Austin, 1973; Stefanovi et al., 2003)。本研究的質(zhì)體基因組系統(tǒng)發(fā)育分析結(jié)果表明，現(xiàn)在劃定的旋花科是一個“自然”類群，即菟絲子屬與馬蹄金族均應(yīng)包括在旋花科內(nèi)，不應(yīng)獨立成科，這與Stefanovi等(2002)基于4個質(zhì)體基因組片段系統(tǒng)發(fā)育結(jié)果一致。同時，該結(jié)果支持Stefanovi等(2003) 對旋花科的科下等級劃分，即菟絲子科并入旋花科內(nèi)為菟絲子族，與馬蹄金族一起被置于旋花亞科內(nèi)。

3.2 旋花亞科的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系

雖然現(xiàn)有的分子系統(tǒng)學(xué)研究已構(gòu)建了旋花科2亞科12族的系統(tǒng)框架，但旋花亞科內(nèi)主要分支的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系尚未厘清，特別是心被藤族、丁公藤族和菟絲子族的系統(tǒng)位置(李攀, 2020)。Stefanovi等(2002)基于4個質(zhì)體基因數(shù)據(jù)推斷丁公藤族和心被藤族各為一個分支，依次位于其他旋花亞科的基部。隨后增加線粒體基因atpA、核基因RPB2和質(zhì)體基因rpl2后，心被藤族、丁公藤族和旋花亞科其他族形成“梳齒”關(guān)系(Stefanovi & Olmstead, 2004)，無法確定系統(tǒng)位置。Refulio-Rodriguez和Olmstead(2014)聯(lián)合9個質(zhì)體基因和1個線粒體基因序列的分析結(jié)果較弱地支持心被藤族和丁公藤族聚為一支，位于旋花亞科基部。由于該研究旋花科取樣較少，這2個族各僅有1種，支持率較低，且缺少菟絲子族、鹽帚花族等6族的代表，因此二者的親緣關(guān)系和系統(tǒng)位置沒有完全澄清。本研究中的4組數(shù)據(jù)矩陣(除IR矩陣外)分析結(jié)果均強(qiáng)支持心被藤族和丁公藤族為姊妹關(guān)系，且可能是最早從旋花亞科內(nèi)分化出來。由于IR區(qū)和SSC區(qū)矩陣的ML樹在這些分支的支持率較弱，因此AU檢驗和SH檢驗均顯示兩種拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)與WCG矩陣的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)存在明顯沖突，這可能是IR區(qū)和SSC區(qū)基因的核苷酸替換速率不一致所造成的(Zhu et al., 2016)。

針對菟絲子族在旋花科內(nèi)的系統(tǒng)位置，本研究結(jié)果顯示，首先WCG矩陣和CDS矩陣強(qiáng)支持Clade I和Clade Ⅱ互為姊妹關(guān)系，然后與菟絲子族聚在一起。此結(jié)果明顯優(yōu)于之前基于基因片段的研究，如Stefanovi和Olmstead(2004)基于多基因片段分析結(jié)果顯示，菟絲子族、Clade I和Clade Ⅱ聚在一起形成“梳齒”結(jié)構(gòu)。隨后，McNeal等(2007)使用ML和BI法基于質(zhì)體和核基因片段聯(lián)合矩陣的結(jié)果支持Clade I是菟絲子族的姊妹群，但該結(jié)果僅得到rps2基因矩陣支持。值得注意的是，McNeal等(2007)研究表明，rbcL基因矩陣的結(jié)果與本研究的LSC矩陣均支持Clade Ⅱ和菟絲族可能為姊妹類群，且拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)沖突檢測的結(jié)果無法拒絕此拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)。因此，以上這些關(guān)系的沖突不僅揭示取樣不同的分子數(shù)據(jù)對菟絲子屬系統(tǒng)位置的影響，而且表明若想進(jìn)一步探討菟絲子族系統(tǒng)位置，核基因組數(shù)據(jù)不可或缺。

3.3 魚黃草族的多系性

魚黃草族的多系性在以往的研究中多有報道(Stefanovi et al., 2003; Stefanovi & Olmstead, 2004)，尤其是其中的魚黃草屬(Sim?es et al., 2015)。依據(jù)單系性的標(biāo)準(zhǔn)，傳統(tǒng)概念的魚黃草族得到一定修訂，被移出的屬種多歸入到白衫藤族，但番薯族仍嵌套在廣義魚黃草族內(nèi)。此外，由于還有一些魚黃草屬的種分散在魚黃草族外，因此重新修訂過的魚黃草族仍非單系(Stefanovi et al., 2003)。Stefanovi和Olmstead(2004)采用10個單基因片段聯(lián)合矩陣結(jié)果顯示，番薯族先嵌套在廣義魚黃草族中，它們與旋花族共同構(gòu)成的分支再與白衫藤族構(gòu)成姊妹群關(guān)系。Sim?es等(2015) 進(jìn)行廣泛取樣，基于核糖體ITS和葉綠體matK、rps16和trnL-F基因聯(lián)合矩陣分析表明魚黃草族確非單系，尤其是魚黃草屬分成了10個分支，且番薯族仍嵌套在廣義魚黃草族中。因此，Sim?es和Staples(2017)提議廢棄魚黃草族的劃分，改用分支的概念，并把一些魚黃草屬的種劃入其他屬或建立新屬，這些處理還需更多證據(jù)的支持。我們基于質(zhì)體基因組系統(tǒng)發(fā)育分析結(jié)果顯示，雖然旋花族和番薯族分別形成單系群位于Clade Ⅱ中，但魚黃草族分成了3個分支，其中海南山豬菜和五葉魚黃藤分別與旋花族和番薯族聚在一起。質(zhì)體系統(tǒng)發(fā)育基因組分析結(jié)果與Sim?es等(2015)的研究結(jié)果有一些出入，可能是取樣偏差、基因數(shù)據(jù)量差異大、地區(qū)特有種等原因造成系統(tǒng)發(fā)育推斷的分歧。同時，Sim?es等(2015)的系統(tǒng)樹主干分支支持率很低，分支之間的關(guān)系存在很多不確定性。因此，對于魚黃草屬的重新修訂還需要更深入的研究，特別是特有種的收集和新的基因組數(shù)據(jù)的使用。

致謝感謝中國西南野生生物種質(zhì)資源庫大科學(xué)工程項目對本研究的支持并提供旋花科的分子材料；感謝中國科學(xué)院西雙版納熱帶植物園公共技術(shù)服務(wù)中心超算平臺的支持。