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        單核苷酸多態(tài)性微陣列技術(shù)在胎兒頸部淋巴水囊瘤產(chǎn)前診斷中的應(yīng)用研究

        2022-11-15 21:22:36雷亞琴羅靜思歐陽魯平楊祚建黃朋易賞費(fèi)冬梅何升
        關(guān)鍵詞:分析檢測

        雷亞琴,羅靜思,歐陽魯平,楊祚建,黃朋,易賞,費(fèi)冬梅,何升*

        胎兒頸部淋巴水囊瘤(cervical cystic hygroma,CCH)是淋巴管瘤的一種,主要由于胎兒淋巴系統(tǒng)發(fā)育異常,導(dǎo)致淋巴管阻塞擴(kuò)張所形成的水囊狀淋巴管瘤。這種淋巴管發(fā)育畸形多于孕早期發(fā)生,是孕早期胎兒頸部透明層(nuchal translucency,NT)篩查中最常見的超聲異常[1]。CCH的發(fā)生與染色體異常及Noonan 綜合征、胎兒酒精綜合征等遺傳性綜合征相關(guān)[2]。染色體核型分析可檢測出染色體數(shù)目和結(jié)構(gòu)異常,是診斷胎兒染色體異常的“金標(biāo)準(zhǔn)”,但無法檢測小于5 Mb的拷貝數(shù)變異(copy number variation,CNV)。染色體微陣列技術(shù)(chromosome microarray analysis,CMA)因其高分辨率的檢測能力,可以檢出亞微觀的CNV,同時,也可以檢出染色體非整倍體、大片段缺失與重復(fù),目前已常規(guī)應(yīng)用于產(chǎn)前診斷,其主要技術(shù)包括單核苷酸多態(tài)性微陣列(single nucleotide polymorphism array,SNP array)、比較基因組雜交微陣列(array comparative genomic hybridization,aCGH)和低深度全基因組拷貝數(shù)變異測序(copy number variation sequencing,CNV-seq)[3]。與其他兩種技術(shù)相比,SNP array還能檢出多倍體、雜合性缺失和單親二倍體,近年來已經(jīng)廣泛應(yīng)用于胎兒超聲結(jié)構(gòu)異常的產(chǎn)前診斷[4]。本研究采用SNP array和染色體核型分析對 170 例經(jīng)產(chǎn)前超聲診斷為胎兒CCH的孕婦進(jìn)行產(chǎn)前診斷,探討胎兒CCH與染色體異常的關(guān)系,并分析SNP array聯(lián)合染色體核型分析在胎兒CCH產(chǎn)前診斷中的應(yīng)用價值。

        1 資料與方法

        1.1 一般資料

        選取2019年1月至2021年5月在廣西壯族自治區(qū)婦幼保健院經(jīng)超聲診斷為CCH的胎兒170例納入本研究,其中單胎樣本155例,15例為雙胎樣本。經(jīng)孕婦知情同意后,采集絨毛、羊水或臍血樣本進(jìn)行遺傳學(xué)分析,所有樣本均進(jìn)行了SNP array檢測,由于細(xì)胞培養(yǎng)失敗,有5例樣本未進(jìn)行染色體核型分析。所有納入研究的孕婦年齡19~47歲,平均(31±6)歲,中位數(shù)為31歲;孕周11~32周,平均(16±5)周,中位數(shù)為13周。

        1.2 CCH的超聲檢查

        使用彩色多普勒超聲診斷儀,根據(jù)英國胎兒醫(yī)學(xué)基金會(Fetal Medicine Foundation,FMF)產(chǎn)前超聲檢查方法[5],對孕婦腹部進(jìn)行超聲掃查,測量胎兒頂臀長、NT厚度、胎兒頸項(xiàng)部軟組織厚度,同時按胎兒標(biāo)準(zhǔn)化超聲篩查切面運(yùn)用連續(xù)順序追蹤超聲掃查法進(jìn)行掃查及觀察胎兒顱內(nèi)結(jié)構(gòu)、鼻骨、心臟、胃泡、膀胱、臍帶腹壁入口、雙側(cè)上下肢等大體結(jié)構(gòu)。

        1.3 染色體核型分析

        針對超聲檢查診斷為CCH的胎兒,孕婦知情并簽署同意書后,對于孕早期孕婦,在B超引導(dǎo)下,經(jīng)腹部穿刺獲取胎兒絨毛;對于孕17~22周的孕婦,經(jīng)腹羊膜腔穿刺術(shù)抽取20 mL羊水,其中,10 mL直接進(jìn)行DNA提取,另外10 mL用于染色體核型分析;對于孕周>22周者,經(jīng)皮臍靜脈穿刺術(shù)獲取1~2 mL臍帶血,0.5 mL直接進(jìn)行DNA提取,剩下的用于染色體核型分析。對獲取的胎兒樣本進(jìn)行細(xì)胞培養(yǎng),以秋水仙素阻斷細(xì)胞有絲分裂,獲取中期細(xì)胞分裂相,收獲制片后進(jìn)行染色體 G 顯帶分析。每份標(biāo)本計(jì)數(shù)20個分裂相,分析5個核型,若出現(xiàn)嵌合體,計(jì)數(shù)分析至50個分裂相。參照人類遺傳學(xué)國際命名體制(ISCN 2016)對染色體核型命名。

        1.4 SNP array檢測

        采用廈門致善生物科技有限公司生產(chǎn)的Lab-Aid 820核酸提取Midi試劑盒(200116),根據(jù)試劑盒說明書,提取臍帶血中的基因組DNA;利用天根生化科技(北京)有限公司生產(chǎn)的微量樣品基因組DNA提取試劑盒(DP316)提取絨毛和羊水中的基因組DNA。DNA采用Nanodrop2000分光光度計(jì)測定DNA濃度及純度。采用illumina公司的HumanCytoSNP-12芯片進(jìn)行SNP array分析,根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)操作流程對基因組DNA依次進(jìn)行全基因組擴(kuò)增、片段化、雜交和熒光染色,采用illumina公司的iScan芯片掃描儀對制備的基因芯片進(jìn)行掃描,獲得的數(shù)據(jù)通過KaryoStudio1.4.3軟件進(jìn)行分析。通過與DGV、ISCA、OMIM、DECIPHER、ClinVar等數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對分析,根據(jù)染色體微陣列分析相關(guān)指南,將所檢出CNV進(jìn)行致病性分類:① 致病性CNV;② 可能致病性CNV;③ 臨床意義不明CNV;④ 可能良性CNV;⑤ 良性CNV。

        1.5 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法

        采用SPSS 22軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)分析,孕婦年齡和孕周采用平均值、標(biāo)準(zhǔn)差和中位數(shù)進(jìn)行描述,率的比較采用χ2檢驗(yàn),P<0.05為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

        2 結(jié)果

        2.1 染色體核型分析結(jié)果

        165例CCH胎兒中,6例檢出核型多態(tài),61例檢出染色體異常。染色體異常包括:57例染色體數(shù)目異常(34.5%,57/165):26例特納綜合征(15.8%,26/165),其中1例伴有7p22q22的倒位,1例為特納綜合征嵌合體(嵌合比例約為10%);16例21-三體綜合征(9.7%,16/165);12例18-三體綜合征(7.3%,12/165);1例13-三體綜合征(0.6%,1/165);1例47,XXX綜合征(0.6%,1/165);1例為15號染色體三體的嵌合(嵌合比例約為4%)。4例染色體結(jié)構(gòu)異常(2.4%,4/165):3例易位;1例為18號染色體長臂的等臂染色體的嵌合。詳見表1。

        2.2 SNP array檢測結(jié)果

        170例CCH胎兒中,71例檢出染色體異常,包括:59例染色體數(shù)目異常(34.7%,59/170):27例特納綜合征(15.9%,27/170),其中1例伴有致病性CNV(arr[hg19]16p11.2(29656093_30332203)x1),1例為特納綜合征嵌合體(嵌合比例約為60%~80%);17例21-三體綜合征(10%,17/170),其中1例伴有8號染色體三體的嵌合(嵌合比例約為10%~20%);12例18-三體綜合征(7%,12/170);1例13-三體綜合征(0.6%,1/170);1例47,XXX綜合征(0.6%,1/170);1例為15號染色體三體的嵌合(嵌合比例約為10%~20%)。

        除1例特納綜合征伴有致病性CNV外,在12例CCH胎兒中檢出了12種不同的CNV(7.1%,12/170),其中有10例為致病性CNV,檢出率為5.9%(10/170),2例為臨床意義不明的CNV。詳見表1。

        10例致病性CNV的胎兒中,有3例均檢測到兩個致病性CNV;3例檢測到16p13.3區(qū)域約0.05 Mb的純合缺失,包含HBA1基因與HBA2基因,可導(dǎo)致α地中海貧血癥;1例DiGeorge綜合征;1例為3q22.1q29區(qū)域約65.2 Mb的重復(fù);1例檢測到Xp21.1區(qū)域約0.16 Mb的純合缺失,包含DMD基因第46-50號外顯子,可導(dǎo)致假肥大性肌營養(yǎng)不良;1例檢測到20p13p12.3區(qū)域約6.8Mb的嵌合重復(fù),但由于嵌合比例較低,且樣本為絨毛,孕中期重新抽羊水檢測,結(jié)果正常。另有2例胎兒檢測到的微缺失或微重復(fù)被評估為臨床意義不明CNV,1例為17p11.2區(qū)域約1.6 Mb的微重復(fù),包含GRAP、ALDH3A2、AKAP10和B9D1等OMIM數(shù)據(jù)庫中明確致病的基因和13個未明確疾病的OMIM基因,以及其他30多個蛋白質(zhì)編碼基因;另1例為16p13.3區(qū)域約0.6 Mb的微缺失,包含1個OMIM致病基因RBFOX1,該基因的pHI分值為0.33%,提示其可能為單倍劑量不足基因。

        2.3 兩種方法檢測結(jié)果的比較

        170例樣本均成功進(jìn)行了SNP array檢測。染色體核型分析中,5例樣本細(xì)胞培養(yǎng)失敗,因此只有165例進(jìn)行了G顯帶的染色體核型分析。所以單獨(dú)采用SNP array對染色體異常的檢出率為41.8%(71/170),而單獨(dú)采用染色體核型分析的異常檢出率為37.0%(61/165),兩者比較差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(χ2=0.351,P>0.05)。兩者聯(lián)合對染色體異常的檢出率為41.8%(71/170),與單獨(dú)SNP array和染色體核型分析相比,差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(χ2=0.119、0.231,P>0.05)。

        除了細(xì)胞培養(yǎng)失敗的樣本外,兩種方法都成功檢出所有的染色體數(shù)目異常,但存在嵌合比例的差異。對于1例核型分析為特納綜合征的胎兒,SNP array除了檢測到特納綜合征外,還檢測到1個致病性CNV。此外,染色體核型分析檢出的3例易位及1例等臂染色體,SNP array均檢測到致病性CNV。

        對于5例細(xì)胞培養(yǎng)失敗的樣本,SNP array檢測到2例為染色體數(shù)目異常,分別為特納綜合征和21-三體綜合征。同時,在98例染色體核型分析未見異常的CCH胎兒中,SNP array檢出8例CNV,增加了4.7%(8/170)的檢出率。

        3 討論

        胎兒的淋巴系統(tǒng)自孕6周由原始淋巴囊開始發(fā)育,至孕9~10 周,所有原始淋巴囊貫通,形成淋巴體系,從淋巴主干上向各個方向生長出淋巴管,淋巴管隨著血管系統(tǒng)進(jìn)入各組織[6]。由于淋巴系統(tǒng)發(fā)育缺陷,或其他原因?qū)е绿红o脈壓升高,淋巴回流障礙時,可引起胎兒NT顯著增厚,表現(xiàn)為胎兒頸部直至全身的水囊樣改變[7]。CCH在胎兒發(fā)育異常中較為常見,其在出生的胎兒中發(fā)病率約為1/1 000~1/6 000,在流產(chǎn)胎兒中發(fā)病率高達(dá)1/750[8]。目前的研究顯示,CCH的預(yù)后不良,與胎兒染色體異常、先天性結(jié)構(gòu)異常、圍產(chǎn)期死亡顯著相關(guān)[9]。隨著超聲技術(shù)的廣泛開展,越來越多的淋巴水囊瘤胎兒得以在妊娠早期被檢出,同時及時行介入性產(chǎn)前診斷查找可能的病因,為是否終止妊娠提供最有力的依據(jù)。本研究采用染色體G顯帶和SNP array技術(shù)對170例CCH胎兒進(jìn)行介入性產(chǎn)前診斷,染色體異常率為41.8%。其中,染色體非整倍體異常率為34.7%,以特納綜合征最常見,其他的非整倍體分別為21-三體綜合征、18-三體綜合征、13-三體綜合征、47,XXX綜合征和15號染色體三體的嵌合,與相關(guān)文獻(xiàn)報道的數(shù)據(jù)基本一致[9-10]。

        染色體亞顯微層面結(jié)構(gòu)異常引發(fā)的出生缺陷,臨床表型的嚴(yán)重性不亞于染色體顯微層面上數(shù)目或者結(jié)構(gòu)異常,而CMA的革命性發(fā)展,為檢測這種亞顯微染色體異常提供了一種新方法[11]。本研究采用SNP array技術(shù)對170例CCH胎兒進(jìn)行檢測,除1例為特納綜合征伴有致病性CNV外,還在12例CCH胎兒中檢出了12種不同的CNV。其中有4例樣本的染色體核型分析也檢出了異常核型,2例胎兒的染色體核型分析檢測到易位,但對其大小和致病性無法評估,而SNP array檢測到相應(yīng)2個片段的缺失和重復(fù),均被評估為致病性CNV;1例檢出46,XN,der(20)t(3,20)(q22,p13)的胎兒,但其SNP array只檢測到3q22.1q29區(qū)域約65.2 Mb的重復(fù),包含3q29微重復(fù)綜合征所在區(qū)域;1例胎兒的染色體結(jié)果提示長臂的等臂染色體的嵌合(46,XN,i(18)(q10)[22]/46,XN[28]),而SNP array發(fā)現(xiàn)兩處異常,18p11.32p11.21片段的微缺失包含單倍劑量敏感的TGIF1基因,與前腦無裂畸形相關(guān),18p11.21q23片段的嵌合重復(fù)在數(shù)據(jù)庫中可查詢到大量類似片段重復(fù)的病例報道,但由于嵌合比例較低,在進(jìn)行遺傳咨詢時,應(yīng)謹(jǐn)慎評估其臨床表型。因此,對于胎兒染色體異常情況,SNP array不僅可以準(zhǔn)確地定位,還可以準(zhǔn)確地判讀其大小,進(jìn)一步明確該異常是否包含劑量敏感性基因,是否會打斷編碼基因,從而精準(zhǔn)地評估胎兒的臨床表現(xiàn)和預(yù)后,為遺傳咨詢和臨床干預(yù)提供了可靠的信息。

        同時,另外8例存在CNV的CCH胎兒中,染色體核型分析未檢出異常。因此,SNP array增加了4.7%的檢出率。在這8例胎兒中,6例胎兒檢出的為致病性CNV,2例胎兒檢測到的微缺失或微重復(fù)被評估為臨床意義不明CNV,但因?yàn)槠浒幕蚩赡芘c疾病相關(guān),對于遺傳咨詢和進(jìn)一步追蹤隨訪提供了理論依據(jù)。

        本研究中,單獨(dú)使用染色體核型分析在CCH胎兒中的檢出率為37.0%;單獨(dú)使用SNP array的檢出率為41.8%,兩種方法的檢出率差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。SNP array與染色體核型分析聯(lián)合檢測雖然未顯著增加染色體異常的檢出率,但兩者的聯(lián)合使用可進(jìn)一步了解染色體的異常。如染色體核型分析可檢出易位、倒位和等臂染色體等染色體結(jié)構(gòu)異常,可幫助詳細(xì)了解CCH胎兒的染色體異常,為遺傳咨詢提供可靠的依據(jù);而SNP array可檢出小片段(<5 Mb)的微缺失與微重復(fù),增加一定的檢出率[12]。同時,對于染色體核型分析發(fā)現(xiàn)的結(jié)構(gòu)異常,采用SNP array可以進(jìn)一步明確染色體異常區(qū)帶拷貝數(shù)的變化及可能包含的致病基因等。此外,對于細(xì)胞培養(yǎng)失敗的胎兒樣本,無法進(jìn)行染色體核型分析,但SNP array不需要進(jìn)行細(xì)胞培養(yǎng),因此,可以為生長較差的細(xì)胞以及存在嵌合體的細(xì)胞提供真實(shí)的檢測結(jié)果[13]。因此,染色體核型分析與SNP array的聯(lián)合使用,可以相互彌補(bǔ)各自的不足。

        綜上所述,經(jīng)B超檢測到CCH的胎兒,染色體異常發(fā)生率較高,以非整倍體為主,但也存在染色體核型分析才能檢出的易位等染色體結(jié)構(gòu)異常,以及需要SNP array等染色體微陣列分析才能檢測到的致病性CNV。因此,針對B超診斷為CCH的胎兒,同時進(jìn)行染色體核型分析和SNP array檢測,可以使檢測到的染色體異常結(jié)果得到驗(yàn)證,同時,又能夠互為補(bǔ)充,從而為CCH胎兒的遺傳咨詢、預(yù)后評估以及臨床干預(yù)提供全面和準(zhǔn)確的信息。

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