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        長鏈非編碼RNA異常表達對急性髓系白血病預(yù)后影響的meta分析

        2022-10-14 01:36:34林紅麗盧曉慶李有杰孫允霄
        關(guān)鍵詞:分析研究

        林紅麗 盧曉慶 李有杰 孫允霄

        1濱州醫(yī)學(xué)院煙臺附屬醫(yī)院兒科,煙臺 264100;2濱州醫(yī)學(xué)院生物化學(xué)與分子生物學(xué)教研室,煙臺 264003

        急性髓系白血病(AML)是成人中最常見的白血病,約占80%,兒童AML約占20%[1-2]。其特征是骨髓中未分化和無功能造血細胞(白血病母細胞)異常增殖[3]。幾十年來,AML標準強化治療一直是“7+3”方案,但由于診斷年齡中位數(shù)在60~70歲之間,許多AML患者沒有資格接受強化治療。另外,25%~55% AML患者會出現(xiàn)造血干細胞移植(HSCT)后復(fù)發(fā)。AML患者5年生存率令人沮喪,只有28.3%,2019年約有10 920人死于AML。AML預(yù)后通常被描述為“可怕”或“差”。作為一種異質(zhì)性疾病,AML具有廣泛細胞遺傳學(xué)和分子異常[4-6]。因此,迫切需要尋找準確、安全、可靠的生物標志物或治療靶點協(xié)助AML早期診斷、治療以及預(yù)后監(jiān)測。

        人類基因組最終序列于2003年公布,科學(xué)界感到驚訝的是,只有一小部分(1.2%)人類遺傳物質(zhì)信使RNA(mRNA)被發(fā)現(xiàn)編碼蛋白質(zhì),其余的RNA都屬于非編碼RNA(ncRNA)[7-8]。ncRNA參與了細胞內(nèi)無數(shù)調(diào)節(jié)過程,例如調(diào)節(jié)基因表達、保護基因組免受外源DNA影響、控制DNA合 成 等[9-10]。ncRNA根 據(jù) 長 度 分 為 小 非 編 碼RNA(sncRNA)和長鏈非編碼RNA(lncRNA)[11]。lncRNAs是指長度超過200個核苷酸非蛋白質(zhì)編碼RNA轉(zhuǎn)錄本[12]。它們可以在表觀遺傳學(xué)(如DNA甲基化、組蛋白修飾)、轉(zhuǎn)錄(如轉(zhuǎn)錄因子的募集)、轉(zhuǎn)錄后[如微小RNA(miRNA)和mRNA穩(wěn)定性的調(diào)節(jié)]水平上調(diào)節(jié)基因表達[13]。lncRNAs在各種類型的人類疾病中表達失調(diào)或異常,尤其與各種腫瘤發(fā)生密切相關(guān),血液系統(tǒng)惡性腫瘤也不例外[14-15]。研究表明,lncRNAs如HOX轉(zhuǎn)錄反義基因間RNA(HOTAIR)、小核仁RNA宿主基因5(SNHG5)、小核仁RNA宿主基因12(SNHG12)、?;撬嵘险{(diào)基因1(TUG1)、HOXA簇反義RNA 2(HOXA-AS2)、鋅指同源框2反義RNA 1(ZEB2-AS1)、CDKN1A反義DNA損傷激活RNA啟動子(PANDAR)、母系表達基因3(MEG3)、轉(zhuǎn)移相關(guān)肺腺癌轉(zhuǎn)錄物1(MALAT-1)、生長停滯特異性轉(zhuǎn)錄本5(GAS5)、IGF1R反義基因內(nèi)非編碼RNA(IRAIN)都參與了AML發(fā)生和發(fā)展,并影響其預(yù)后。但lncRNAs異常表達與AML患者預(yù)后關(guān)系仍存在爭議,并缺乏詢證學(xué)證據(jù)支持。因此,本研究采用meta分析方式評估異常表達lncRNAs在AML中預(yù)后價值。

        資料與方法

        1、檢索策略

        檢索美國國立醫(yī)學(xué)圖書館(PubMed)、荷蘭醫(yī)學(xué)文摘數(shù)據(jù)庫(Embase)、循證醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫(Cochrane)中與lncRNAs表達與AML預(yù)后相關(guān)的公開發(fā)表所有文獻,時間截至2021年10月6日。采取主題詞與自由詞相結(jié)合的方式,檢索的關(guān)鍵詞包括“l(fā)eukemia,myeloid,acute”“RNA,long noncoding”“prognosis”等,具體檢索策略:(leukemia,myeloid,acute或acute myeloid leukemia或acute myeloid leukemias或leukemias,acute myeloid或myeloid leukemias,acute等)和(RNA,long noncoding或long untranslated RNA或noncoding RNA,long或lncRNA或long ncRNA或ncRNA,long或RNA,long non-translated等)和(prognosis或predictor或death或diagnosed等)。為避免相關(guān)文獻的遺漏,同時對所獲取文獻的參考文獻做進一步檢索。搜索僅限于以英文發(fā)表的人類研究。

        2、納入和排除標準

        (1)文獻納入標準:①納入研究人員確診為AML。②分析了lncRNA的表達與AML預(yù)后之間的關(guān)系,包括總體生存率(OS)、無白血病生存率(LFS)、無事件生存率(EFS)、無復(fù)發(fā)生存率(RFS)、無病生存率(DFS)。③實時熒光定量多聚核苷酸鏈式反應(yīng)(RT-qPCR)等方法測定lncRNAs表達。④文獻清楚列出lncRNAs具體類型。⑤文獻中l(wèi)ncRNAs由高表達和低表達組成,且有具體截點值。⑥統(tǒng)計分析中納入了根據(jù)主要臨床因素調(diào)整的多變量比例風險模型。⑦提供了足夠的數(shù)據(jù)來提取或計算危險比(HRs)和95%置信區(qū)間(CIs)。⑧提供具體的隨訪時間。⑼無國籍、種族、性別、年齡等限制。(2)排除標準:①重復(fù)發(fā)表文獻(數(shù)據(jù)重復(fù)文獻選擇最新報道)。②系統(tǒng)評價、會議記錄、報告、meta分析。③細胞和動物實驗。④數(shù)據(jù)不足以提取或計算HRs和95%CIs。⑤未報告AML結(jié)局,或不能從文獻中提取結(jié)局數(shù)據(jù)。⑥不能獲取全文或全文信息不足的文獻。⑦無原始數(shù)據(jù)文獻。⑧文獻語種非英文。

        3、納入文獻特點

        在數(shù)據(jù)庫中共檢索到268篇文獻,經(jīng)過納入和排除標準篩選后,最終納入13篇文獻,篩選流程圖見圖1。共1 591例,其中1 354例來自中國,64例來自伊朗,173例來自癌癥基因組譜圖(TCGA),涵蓋了白種人、黃種人、黑種人等,包含13種lncRNA,涵蓋3種亞型。其中1項研究納入的為急性白血?。ˋL)患者,包含73例AML和23例急性淋巴細胞白血病(ALL),考慮到本文獻中的大多數(shù)患者是AML患者,在衡量后將此文獻納入本研究。12項研究納入的為新診斷患者,1項研究則為難治/復(fù)發(fā)患者。13項研究都報道了lncRNA和OS之間的關(guān)系,其中2項研究報道了lncRNA和EFS之間關(guān)系,3項研究報道了lncRNA和RFS之 間 關(guān) 系,1項研究報道了lncRNA和DFS之間關(guān)系,1項研究報道了lncRNA和LFS之間關(guān)系。12項研究以中值作為截點值,僅1項研究將HOTAIR/GAPDH作為截點值。用于檢測lncRNA的樣本來源于外周血(PB)和/或骨髓(BM)。評估研究質(zhì)量的紐卡斯爾-渥太華質(zhì)量評估量表(NOS)評分在7~8分之間,均大于6分。

        圖1 文獻篩選流程圖

        4、數(shù)據(jù)提取和質(zhì)量評價

        數(shù)據(jù)提取由2名研究者按照數(shù)據(jù)提取表獨立進行,如遇分歧,由第3名研究者最終決定。數(shù)據(jù)提取內(nèi)容包括:第一作者、年份、研究區(qū)域、研究人數(shù)、年齡、lncRNA種類、lncRNA測定方法、表達截點值、隨訪時間、結(jié)局指標、階段、疾病類型、標本來源,OS、EFS、RFS、DFS、LFS的HR及其95%CI,其中OS為主要結(jié)局指標,具體見表1。以O(shè)S、EFS、RFS、DFS、LFS 作為 meta 分析的終點指標。HR及 95%CI從文獻中直接提取,若未直接提供,則運用Engauge Digitizer4.1 提取所需數(shù)據(jù)再通過計算間接獲得OS、EFS、RFS、DFS、LFS 的HR及其 95%CI[29]。使用紐卡斯爾-渥太華量表(NOS)對所納入研究進行文獻質(zhì)量評價[30]。NOS 量表評分≥6分的文獻被認為是高質(zhì)量研究(表2)。

        表1 納入文獻基本信息

        表2 納入文獻的紐卡斯爾-渥太華質(zhì)量評估

        5、統(tǒng)計學(xué)方法

        采用統(tǒng)計軟件Review Manager 5.3 合并效應(yīng)量,繪制森林圖進行meta分析,對納入13項研究的HRs及其95%CIs統(tǒng)計分析,評估lncRNAs 異常表達水平與AML 預(yù)后之間的關(guān)系。LogHR和標準誤(SE)用于生存結(jié)果匯總。Q 檢驗和I2用來對各項研究進行異質(zhì)性檢驗,若Q 檢驗P>0.1 且I2<50%,證明各項研究之間無顯著異質(zhì)性,可使用固定效應(yīng)模型合并效應(yīng)量;若Q 檢驗P≤0.1 且I2≥50%,研究之間具有顯著異質(zhì)性,需用隨機效應(yīng)模型合并效應(yīng)量,進行亞組分析或敏感性分析對異質(zhì)性原因進行查找,包括納入研究人員種族、年齡、樣本量、樣本來源、lncRNA 類型、結(jié)局指標、疾病類型等。根據(jù)I2值行異質(zhì)性分度,I2超過25%、50%、75%時,提示分別有低度、中度、高度異質(zhì)性,一般認為I2>50%存在實質(zhì)性異質(zhì)性。敏感性分析判定合并結(jié)果是否穩(wěn)定。P<0.05 認為差異有統(tǒng)計學(xué)意義。繪制漏斗圖考察本次研究是否存在發(fā)表偏倚,漏斗圖對稱意味著不存在發(fā)表偏倚。

        結(jié) 果

        1、lncRNAs異常表達與OS之間關(guān)系

        納入 13 項研究[16-28]都對 lncRNAs 異常表達水平下的OS 進行了報道,作了多變量分析評估,經(jīng)異質(zhì)性檢驗,I2=36%,且Q 檢驗的P=0.1,無顯著異質(zhì)性,結(jié)果可信度高,選擇固定效應(yīng)模型合并效應(yīng)量,進行meta 分析(圖2),結(jié)果顯示,lncRNAs 異常表達與更差的 OS 相關(guān)(HR=1.81,95%CI1.55~2.12),差異有統(tǒng)計學(xué)意義(P<0.000 01)。合并HR>1 表明lncRNAs 異常表達與AML 的預(yù)后差相關(guān)。高表達SNHG5、SNHG12、HOTAIR、TUG1、HOXA-AS2、ZEB2-AS1、PANDAR、MALAT-1、GAS5 和低表達 MEG3、IRAIN 與 AML預(yù)后不良相關(guān)。由此可推斷,lncRNA 可作為判斷AML預(yù)后差的生物學(xué)標志物。

        圖2 lncRNAs表達水平和AML患者OS關(guān)系的森林圖

        納入研究中多篇文獻對HOTAIR 和TUG1進行了報道、以EFS 和RFS 為結(jié)局指標對AML 進行了預(yù)后分析,有多篇文獻所研究疾病類型均為非-急性早幼粒細胞白血?。跘ML(non-M3)],針對以上情況,我們分別進行了相關(guān)亞組分析,以便更好地了解lncRNA 對AML 預(yù)后的影響和作為生物學(xué)標志物的提示意義。

        2、lncRNAs異常表達與EFS、RFS之間關(guān)系

        2 篇文獻以EFS 為結(jié)局指標報道了lncRNAs 表達與AML 預(yù)后關(guān)系,共 218 例,存在統(tǒng)計學(xué)異質(zhì)性(P=0.07,I2=69%),采用隨機效應(yīng)模型進行meta 分析(HR=1.62,95%CI0.90~2.91)(圖 3),MEG3 低表達和 HOTAIR 高表達之間EFS 差異無統(tǒng)計學(xué)意義(P=0.11)。因文獻數(shù)量較少,無法利用meta回歸、亞組分析和敏感性分析尋找異質(zhì)性來源,根據(jù)本次分析結(jié)果,認為MEG3 低表達和HOTAIR 高表達與EFS不相關(guān)。

        圖3 lncRNAs表達水平和AML患者EFS關(guān)系的森林圖

        3 篇文獻以RFS 為結(jié)局指標分析了lncRNAs 表達與AML 預(yù)后關(guān)系,共302 例,研究間無統(tǒng)計學(xué)異質(zhì)性(P=0.60,I2=0%),采用固定效應(yīng)模型進行meta 分析(圖4),結(jié)果顯示IRAIN、HOXA-AS2、TUG1的異常表達間RFS差異有統(tǒng)計學(xué)意義(P<0.000 01),故IRAIN上調(diào)和HOXA-AS2、TUG1下調(diào)可致AML的RFS降低(HR=2.03,95%CI1.48~2.77)。

        圖4 lncRNAs表達水平和AML患者RFS關(guān)系的森林圖

        3、HOTAIR、TUG1高表達與OS之間關(guān)系

        2 篇文獻針對HOTAIR 高表達與AML 預(yù)后作了相關(guān)分析,共181例,研究間無統(tǒng)計學(xué)異質(zhì)性(P=0.60,I2=0%),采用固定效應(yīng)模型進行meta分析(圖5),結(jié)果示HOTAIR高表達的OS 低,預(yù)后較差(HR=2.64,95%CI1.51~4.60),差異有統(tǒng)計學(xué)意義(P<0.000 6)。2篇文獻報道TUG1高表達與AML預(yù)后關(guān)系,共259 例,研究間無統(tǒng)計學(xué)異質(zhì)性(P=0.59,I2=0%),采用固定效應(yīng)模型進行meta 分析(圖6),結(jié)果示TUG1 高表達的患者 OS 低,預(yù)后較差(HR=2.49,95%CI1.64~3.78),差異有統(tǒng)計學(xué)意義(P<0.000 1)。

        圖5 lncRNA HOTAIR 表達水平和AML患者OS關(guān)系的森林圖

        圖6 lncRNA TUG1表達水平和AML患者OS關(guān)系的森林圖

        4、lncRNAs異常表達與non-M3 OS之間關(guān)系

        5篇文獻探討了lncRNAs 異常表達與non-M3患者預(yù)后間關(guān)系,共770 例,研究間無統(tǒng)計學(xué)異質(zhì)性(P=0.12,I2=45%),采用固定效應(yīng)模型進行meta 分析(圖7),結(jié)果示lncRNAs 異常表達與non-M3 患者不良預(yù)后相關(guān)(HR=1.69,95%CI1.34~2.12),lncRNAs 的上調(diào)或下調(diào)都可致 AML(non-M3)的OS降低,差異有統(tǒng)計學(xué)意義(P<0.000 01)。

        圖7 lncRNAs表達水平和AML(non-M3)患者OS關(guān)系的森林圖

        5、敏感性分析和發(fā)表偏倚

        通過任意剔除納入本次研究文獻進行敏感性分析評價統(tǒng)計結(jié)果的穩(wěn)定性。結(jié)果顯示合并HR結(jié)果穩(wěn)定性好,任意刪除某篇文獻后不會影響本次研究結(jié)果,以上隨機效應(yīng)運算結(jié)果是穩(wěn)定可靠的。漏斗圖可以比較直觀地目測納入文獻是否存在發(fā)表偏倚,利用統(tǒng)計軟件Review Manager 5.3 對OS 繪制漏斗圖評價納入文獻的發(fā)表偏倚情況,漏斗圖(圖8)上的點基本對稱地散開分布,表明納入本次研究的文獻不存在發(fā)表偏倚情況。

        圖8 lncRNAs表達水平和AML患者OS相關(guān)性的漏斗圖

        討 論

        AML 是一種復(fù)雜血液系統(tǒng)惡性腫瘤,有遺傳和臨床異質(zhì)性,由于聯(lián)合化療、HSCT、靶向藥物應(yīng)用,AML 治療已經(jīng)取得很大進展,仍有相當數(shù)量AML 患者死于復(fù)發(fā)或?qū)σ痪€治療不耐受[31-32]。隨著診斷年齡增加,5 年生存率迅速下降[33]。AML 治療仍具挑戰(zhàn)性;迫切需要研究 AML 發(fā)生發(fā)展分子機制,探索AML預(yù)后、治療新靶點。

        lncRNAs 在哺乳動物細胞中大量存在,主要由RNA 聚合酶Ⅱ轉(zhuǎn)錄,長期存在于許多組織和液體中,如在血液和尿液等人體體液中可找到lncRNAs,因此lncRNAs可以用作廣泛篩查疾病生物標志物[34-37]。lncRNAs 在過去幾十年中被認為僅僅是轉(zhuǎn)錄“噪音”,最近研究表明,lncRNAs 是基因關(guān)鍵調(diào)節(jié)因子,參與包括AML 在內(nèi)多種癌癥發(fā)生和發(fā)展[28,34,38-40]。lncRNAs影響分裂、生長和細胞分化途徑,參與細胞死亡過程,這些過程的修改可能會導(dǎo)致癌變。此外,一些lncRNAs 受癌基因產(chǎn)物或癌癥轉(zhuǎn)化抑制物調(diào)節(jié),意味著它們有間接執(zhí)行致瘤功能[41]。我們的meta 分析研究了13 項隊列中1 591 人相關(guān)表達結(jié)果,與lncRNA 表達結(jié)果相關(guān)的 OS、RFS 和 EFS 合并HR值分別為 1.81(95%CI1.55~2.12)(I2=36%,P=0.1)、2.03(95%CI1.48~2.77)(I2=0%,P=0.60)、1.62(95%CI0.90~2.91)(I2=69%,P=0.07),OS 和RFS的異質(zhì)性低,表明lncRNA 的異常表達可能是AML 預(yù)后生物標志物。lncRNA 異常表達提示AML(non-M3)不良預(yù)后,HR=1.69(95%CI1.34~2.12),異質(zhì)性較低(I2=45%,P=0.12)。

        HOTAIR 是發(fā)現(xiàn)最早、研究最徹底的lncRNA,長度 2 158 kb,位于HOXC 基因座反義鏈上[42]。它將多梳抑制復(fù)合物2(PRC2)招募到HOX 基因位點,通過染色質(zhì)修飾來調(diào)節(jié) HOX 基因表達[43]。越來越多證據(jù)表明,HOTAIR 與不同類型癌癥密切相關(guān),如胃癌、肝癌、乳腺癌等[44];與完全緩解AML 和正常對照組相比,新發(fā)AML 患者HOTAIR 顯著上調(diào);小干擾 RNA(siRNA)介導(dǎo)對 HL-60 和 K562 細胞中HOTAIR 的抑制導(dǎo)致細胞增殖顯著抑制,HOTAIR 基因敲除可以在體外抑制白血病細胞增殖;此外,在美國國家綜合癌癥網(wǎng)絡(luò)(NCCN)高危人群中,HOTAIR 表達明顯更高;高表達HOTAIR 與不良臨床病理預(yù)后分層有關(guān)[45]。我們亞組分析顯示,HOTAIR 過度表達與AML 較差預(yù)后相關(guān),HR值為2.64(95%CI1.51~4.60),異質(zhì)性很低(I2=0%,P=0.60)。這些發(fā)現(xiàn)表明,HOTAIR 可能在AML 進展調(diào)節(jié)中發(fā)揮直接作用,并可能作為AML 一種新的預(yù)后標志物,有希望成為AML治療新靶點[45]。

        TUG1 被認為是一種新的癌基因,位于染色體22q12 上,在各種癌癥中高度表達,與癌癥患者晚期疾病狀態(tài)相關(guān)[46-47]。Wang 等[21]最近發(fā)表一項研究表明 lncRNA TUG1表達水平與AML患者EFS和OS呈負相關(guān)關(guān)系。AML患者中miR-193a-5p 表達明顯降低,且miR-193a-5p 具有抗白血病活性[48]。上調(diào)miR-193a-5p通過使PI3K/Akt通路失活而靶向Tspan3,從而抑制細胞增殖、侵襲和遷移能力,并導(dǎo)致 AML 細胞周期阻滯[49]。修復(fù)實驗證明,TUG1 通過調(diào)節(jié)miR-193a-5p/Rab10 軸調(diào)節(jié)AML 細胞存活和死亡。lncRNA TUG1 在AML 骨髓和細胞中上調(diào),負向調(diào)控miR-193a-5p 表達,miR-193a-5p 過度表達致 AML 細胞的細胞活力降低和細胞死亡增加。Rab10 是miR-193a-5p 直接靶標,受到miR-193a-5p 反向調(diào)節(jié),TUG1 通過上調(diào)Rab10 調(diào)節(jié)AML 細胞存活和死亡。lncRNA TUG1 沉默通過分泌miR-193a-5p和抑制Rab10對AML細胞系產(chǎn)生細胞毒性作用[50]。將TUG1 抑制劑模擬物和空白模擬物轉(zhuǎn)染到KG-1 細胞,評估細胞增殖和細胞凋亡率,結(jié)果顯示,lncRNA TUG1 敲除抑制了KG-1 細胞增殖,加速了KG-1 細胞凋亡,表明lncRNA TUG1 通過調(diào)節(jié)細胞增殖和凋亡參與AML 發(fā)病機制[46]。值得注意是,越來越多證據(jù)表明TUG1參與了癌癥化療耐藥性[51-52]。TUG1在包括AML在內(nèi)癌癥化療抵抗中作用已被證實。在阿霉素(ADR)耐藥AML組織和細胞中,TUG1 表達升高,通過表觀遺傳學(xué)調(diào)節(jié)miR-34a表達;TUG1基因敲除使AML細胞在體外和體內(nèi)對ADR 敏感[53]。本研究亞組分析顯示,TUG1 過度表達與AML 較差預(yù)后相關(guān),HR值為2.49(95%CI1.64~3.78),異質(zhì)性較低(I2=0%,P=0.59)??傊琓UG1在AML中起著關(guān)鍵作用,可能成為AML 發(fā)展、治療、和預(yù)后新生物標志物及治療靶點[53]。

        SNHG5 位于染色體易斷點[54]。SNHG5 異常表達已在許多人類癌癥中被發(fā)現(xiàn),并作為致癌基因或抑癌基因發(fā)揮作用。例如,SNHG5 促進膠質(zhì)瘤進展,但抑制胃癌進展[55]。最近一項研究報道稱,與健康對照組相比,AML患者骨髓和血漿中SNHG5表達水平始終較高,可作為AML潛在預(yù)后生物標志物[16]。全基因組lncRNA 表達研究也顯示,SNHG5 在AML 中異常過度表達。SNHG5 基因敲除可提高AML細胞對化療敏感性。SNHG5通過靶向AML中miR-32/DNAJB9 軸來調(diào)節(jié)化療耐藥,為AML 提供了一個新潛在靶點,揭示了化療耐藥重要機制[56]。

        雖然制定了嚴格納入及排除標準,以下局限性不容忽視:(1)大多數(shù)AML 為中國人,研究結(jié)果不能代表所有人群;(2)不同lncRNAs 隨訪時間、疾病類型等不一致,這些因素可能會導(dǎo)致偏倚;(3)絕大多數(shù)研究偏向報道陽性結(jié)果,本研究在一定程度上可能高估了lncRNAs對于AML預(yù)后的意義;(4)納入研究均為回顧性隊列研究,缺乏前瞻性、多中心詢證醫(yī)學(xué)證據(jù);(5)納入文獻均為以英文發(fā)表研究,發(fā)表偏倚無法消除。

        本研究meta分析顯示,lncRNAs異常表達,如HOTAIR、TUG1、SNHG(SNHG5 和 SNHG12)高表達,提示 AML 患者OS降低,預(yù)后不良,尤其對于AML(non-M3)患者而言,結(jié)果明顯。lncRNAs 有望成為潛在預(yù)測AML 預(yù)后生物標志物,為AML 早期診斷、準確風險分層、闡明AML 發(fā)病機制和分子靶向治療提供理論依據(jù)。

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