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        基于Neo4j和Unity3D的鉆井知識圖譜可視化系統(tǒng)

        2022-08-20 09:21:34黃朝兵
        現(xiàn)代計(jì)算機(jī) 2022年12期
        關(guān)鍵詞:可視化系統(tǒng)

        陳 瑞,黃朝兵

        (武漢理工大學(xué)信息工程學(xué)院,武漢 430070)

        0 引言

        現(xiàn)如今,互聯(lián)網(wǎng)和大數(shù)據(jù)產(chǎn)業(yè)飛速發(fā)展對社會(huì)的發(fā)展產(chǎn)生了深遠(yuǎn)影響。國內(nèi)的石油鉆井這一傳統(tǒng)行業(yè)在近30年的信息化過程中已經(jīng)實(shí)現(xiàn)了科技進(jìn)步和技術(shù)革新,開始推廣自動(dòng)化和智能化的鉆井設(shè)備和工藝。然而,鉆井基礎(chǔ)理論、鉆井工藝、鉆井技術(shù)手冊等鉆井相關(guān)知識還是依賴于傳統(tǒng)的紙質(zhì)書本或者視頻資源進(jìn)行傳播,這限制了鉆井領(lǐng)域相關(guān)人員獲取知識的效率。

        隨著科技的快速發(fā)展,新的知識源源不斷地產(chǎn)生,極大地豐富了原有的鉆井工程知識。但是這些知識分布于各類文獻(xiàn)中,是零碎的、分散的,這也意味著當(dāng)下缺乏有效的措施將現(xiàn)有的知識進(jìn)行抽取、收錄和管理,不便于快速查閱,因此,獲取知識的成本很昂貴。同時(shí),很多知識的載體五花八門,知識的表示不統(tǒng)一,使鉆井知識體系變得分散,不便于構(gòu)建一個(gè)完整的鉆井知識體系。

        誕生于2012年的知識圖譜在國內(nèi)石油相關(guān)領(lǐng)域的發(fā)展雖然起步晚一點(diǎn),但是已經(jīng)有了許多優(yōu)秀的研究成果。鄧小亞提出了基于計(jì)算機(jī)本體理論的石油勘探開發(fā)知識庫的構(gòu)建方法,并以采油工程為例演示了知識本體庫的開發(fā)路線和在石油鉆探和開采領(lǐng)域建立知識庫的可行性。文必龍等為了解決實(shí)體對齊問題,將孿生循環(huán)神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)改進(jìn),完成了油藏地質(zhì)領(lǐng)域知識圖譜的構(gòu)建。肖莉等提出了石油化工的領(lǐng)域語料庫設(shè)計(jì)方案,完成了繁多的語料標(biāo)注任務(wù),使該領(lǐng)域的自然語言處理有了核心素材,為石油工業(yè)的知識工程建設(shè)奠定了堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)。張驕?zhǔn)褂镁W(wǎng)絡(luò)爬蟲的技術(shù)手段從WOS(Web of Science)和中國知網(wǎng)數(shù)據(jù)庫獲取相關(guān)數(shù)據(jù),并對數(shù)據(jù)進(jìn)行聚類分析,完整建立頁巖氣水力壓裂的知識圖譜。鐘原等在自己建立修井文本數(shù)據(jù)集的基礎(chǔ)上,通過實(shí)驗(yàn)對比驗(yàn)證了基 于Bi-LSTM-CRF(Bidirectional-Long Short Term Memory-Conditional Random Field)的高精度NER(Named Entity Recognition)模型在石油非結(jié)構(gòu)化文本的命名實(shí)體抽取方面有優(yōu)秀的準(zhǔn)確率。李大偉等從專業(yè)文獻(xiàn)和中國石油勘探開發(fā)工程百科全書中抽取了海量的石油專業(yè)知識,構(gòu)建龐大的石油工業(yè)知識圖譜,并以此為基礎(chǔ)利用深度語義匹配、檢索候選文檔等關(guān)鍵技術(shù),研發(fā)了一套功能完善的“智能石油問答系統(tǒng)”。

        但是在鉆井這一垂直領(lǐng)域,還沒有相關(guān)的知識圖譜應(yīng)用?;谏鲜霰尘昂蛦栴},本文運(yùn)用知識圖譜技術(shù),充分地利用傳統(tǒng)的鉆井工程相關(guān)書籍和豐富的鉆井領(lǐng)域相關(guān)文獻(xiàn)資料,從中提取不同知識構(gòu)建鉆井工程知識圖譜。同時(shí)使用Unity3D制作知識的搜索查詢和知識可視化展示平臺,實(shí)現(xiàn)鉆井知識的快速檢索和知識實(shí)體關(guān)系的可視化。

        1 系統(tǒng)總體設(shè)計(jì)方案

        鉆井工程的知識是石油鉆井施工的核心操作指南。目前,有關(guān)鉆井的知識有些是以結(jié)構(gòu)化的數(shù)據(jù)存儲(chǔ)在關(guān)系數(shù)據(jù)庫中;有些以文件、書本、操作手冊等方式存儲(chǔ)在紙質(zhì)資料或者電子文檔中;有些以非結(jié)構(gòu)化的方式存儲(chǔ)在互聯(lián)網(wǎng)中??傊@些鉆井工程知識沒有充分有效的集成,造成了“知識孤島”的現(xiàn)象,這也導(dǎo)致鉆井人員無法及時(shí)、有效地獲取所需的知識。因此需要建立一個(gè)豐富的鉆井工程知識圖譜。

        知識是有體系、有結(jié)構(gòu)的,如果簡單地將知識匯總后提供給人員學(xué)習(xí),這僅僅是解決了知識來源的問題。如何讓學(xué)員高效率地理解知識、理清知識脈絡(luò)和掌握知識體系,做到舉一反三和融會(huì)貫通是非常有價(jià)值的。Unity3D作為一款專業(yè)的游戲開發(fā)引擎,可以用于創(chuàng)作實(shí)時(shí)互動(dòng)的3D內(nèi)容,已經(jīng)有了很多基于Unity3D開發(fā)的虛擬可視化軟件應(yīng)用于工業(yè)領(lǐng)域。因此本文利用Unity3D平臺進(jìn)行知識網(wǎng)絡(luò)可視化研究和知識圖譜可視化系統(tǒng)開發(fā)。

        構(gòu)建鉆井工程領(lǐng)域知識圖譜的可視化系統(tǒng)需要完成兩大核心功能區(qū)塊:一是基于Neo4j的鉆井工程知識圖譜構(gòu)建;二是基于Unity3D的知識可視化系統(tǒng)實(shí)現(xiàn)。知識圖譜,本質(zhì)上是一種揭示實(shí)體之間關(guān)系的語義網(wǎng)絡(luò),從邏輯上分為模式層和數(shù)據(jù)層。使用Unity3D實(shí)現(xiàn)的知識可視化系統(tǒng)則作為應(yīng)用層,完成知識的檢索和可視化。研究開發(fā)的鉆井知識圖譜可視化系統(tǒng)的核心框架有四個(gè)層級,詳細(xì)框架如圖1所示。

        圖1 鉆井知識圖譜可視化系統(tǒng)框架圖

        (1)資源層。主要是對《鉆井工程》《鉆井事故與復(fù)雜問題》等書本結(jié)構(gòu)化知識和通過網(wǎng)絡(luò)爬蟲技術(shù)在互聯(lián)網(wǎng)上獲取的非結(jié)構(gòu)化知識進(jìn)行預(yù)處理。

        (2)模式層。模式層是知識圖譜的核心,完成鉆井工程本體庫的構(gòu)建工作,主要是將資源層的文件提煉成完善的本體模型。

        (3)數(shù)據(jù)層。以模式層完成的本體庫提供的概念模板作為指導(dǎo),從各類結(jié)構(gòu)化和非結(jié)構(gòu)化知識中提取三元組注入Neo4j圖數(shù)據(jù)庫。

        (4)應(yīng)用層。從Neo4j圖數(shù)據(jù)庫獲取數(shù)據(jù),在Unity3D中實(shí)現(xiàn)知識可視化,為用戶提供鉆井知識查詢和知識可視化等功能服務(wù)。

        2 鉆井知識圖譜構(gòu)建

        知識圖譜的邏輯結(jié)構(gòu)包含數(shù)據(jù)層和模式層。在知識圖譜的數(shù)據(jù)層,知識數(shù)據(jù)以“實(shí)體-關(guān)系-實(shí)體”或者“實(shí)體-屬性-屬性值”三元組作為基本存儲(chǔ)方式,在圖數(shù)據(jù)庫中龐大的實(shí)體關(guān)系網(wǎng)絡(luò)形成知識的“圖譜”。模式層在數(shù)據(jù)層之上,是知識圖譜的核心。在模式層存儲(chǔ)的是經(jīng)過提煉的抽象知識模板,常使用本體庫來建立知識模板和約束條件來規(guī)范實(shí)體、關(guān)系以及屬性等具體對象之間的聯(lián)系。鉆井工程知識圖譜的構(gòu)建分為三個(gè)階段:數(shù)據(jù)獲取、本體庫構(gòu)建以及Neo4j圖數(shù)據(jù)庫構(gòu)建。

        2.1 鉆井工程知識數(shù)據(jù)的獲取

        本文的數(shù)據(jù)主要來源為《鉆井工程》《鉆井手冊》和《鉆井事故和復(fù)雜問題》等書籍,從書籍中獲取了大量的結(jié)構(gòu)化知識,并且這些知識是較為權(quán)威的。在下階段的知識融合和知識推理的過程中,針對部分知識出現(xiàn)冗余或者錯(cuò)誤的情況,以這些出版物的知識為判斷標(biāo)準(zhǔn)。同時(shí),由于出版物的知識可能存在滯后的問題,沒有包含近階段的新技術(shù)、新機(jī)制和新知識,于是利用網(wǎng)絡(luò)爬蟲技術(shù)對數(shù)據(jù)進(jìn)行了擴(kuò)充。

        數(shù)據(jù)擴(kuò)充包括實(shí)例擴(kuò)充和三元組擴(kuò)充兩部分:

        (1)實(shí)例擴(kuò)充。采用網(wǎng)絡(luò)爬蟲技術(shù)進(jìn)行實(shí)例擴(kuò)充。首先利用爬蟲技術(shù)從中國知網(wǎng)爬取鉆井工程相關(guān)內(nèi)容,使用分詞工具獲取分詞,然后與核心知識庫對比,擴(kuò)充沒有被收錄的實(shí)例。

        (2)三元組擴(kuò)充。實(shí)例擴(kuò)充后,使用百度百科作為數(shù)據(jù)源,利用爬蟲技術(shù)完成實(shí)例的三元組擴(kuò)充。

        2.2 鉆井知識圖譜的本體構(gòu)建

        在完成數(shù)據(jù)獲取工作后,即可根據(jù)鉆井工程的知識結(jié)構(gòu)使用Protégé軟件開始構(gòu)建本體工作。Protégé是斯坦福大學(xué)醫(yī)學(xué)院生物信息研究中心開發(fā)的軟件,主要用于知識獲取和本體編輯,是語義本體構(gòu)建的核心開發(fā)工具。Protégé提供了本體概念類、關(guān)系、屬性和實(shí)例的構(gòu)造,用戶只需在概念層構(gòu)建領(lǐng)域本體模型即可。在該軟件中,Thing是所有類的根節(jié)點(diǎn),所有的類都是從Thing派生出來的。在Classes的選項(xiàng)卡中根節(jié)點(diǎn)owl:Thing下進(jìn)行子類的增加,并且在子類的創(chuàng)建過程中名字不可重復(fù)。

        依據(jù)對鉆井工程領(lǐng)域知識數(shù)據(jù)的分析與整理,先建立一個(gè)“鉆井工程”根節(jié)點(diǎn)。然后在該節(jié)點(diǎn)的基礎(chǔ)上,創(chuàng)建各層級子類節(jié)點(diǎn)。鉆井工程知識本體庫如圖2所示。

        圖2 鉆井工程知識本體庫

        2.3 基于Neo4j的鉆井知識圖譜構(gòu)建

        本文在調(diào)研已有的開放領(lǐng)域知識圖譜的基礎(chǔ)上,利用鉆井知識本體庫,設(shè)計(jì)并構(gòu)建鉆井工程這一垂直領(lǐng)域的知識圖譜。Neo4j是基于Java實(shí)現(xiàn)的圖數(shù)據(jù)庫,以圖的形式存儲(chǔ)數(shù)據(jù),無需預(yù)設(shè)數(shù)據(jù)模式,具有高效的處理能力,在知識圖譜領(lǐng)域使用較為廣泛。構(gòu)建完整的知識圖譜是一個(gè)非常龐大的工程,主要使用以下三個(gè)步驟進(jìn)行圖譜構(gòu)建:

        (1)知識提取。知識提取就是從已經(jīng)處理過的結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)或未處理的非結(jié)構(gòu)化的數(shù)據(jù)中提取知識。結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)一般就是直接從數(shù)據(jù)庫通過一系列的規(guī)則映射為RDF數(shù)據(jù)格式。從非結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)中提取數(shù)據(jù)較為復(fù)雜,因?yàn)閿?shù)據(jù)存在很多冗余或者無用部分,因此先提取實(shí)體,然后再進(jìn)行關(guān)系抽取和屬性抽取。

        (2)知識融合。通過知識抽取,獲取了知識的實(shí)體、關(guān)系和實(shí)體屬性等信息,但是其中也必然存在大量的冗余和錯(cuò)誤,因此需要對數(shù)據(jù)進(jìn)行清理。知識融合,指不同數(shù)據(jù)來源的同一實(shí)體通過實(shí)體消歧(entity disambiguation)、共指消解(entity resolution)等技術(shù)被融合在一起。

        (3)知識加工。原始數(shù)據(jù)在經(jīng)過知識抽取和知識融合后,轉(zhuǎn)化成了簡練、準(zhǔn)確的實(shí)體、關(guān)系和屬性等核心知識要素。再經(jīng)過知識加工的過程,就可以得到結(jié)構(gòu)化的知識體系。

        圖3可以清晰地說明整個(gè)知識圖譜的構(gòu)建流程。

        圖3 知識圖譜構(gòu)建示意圖

        在經(jīng)過上述幾大開發(fā)步驟后,本文完成了鉆井工程知識圖譜的構(gòu)建工作,部分?jǐn)?shù)據(jù)如圖4所示。

        圖4 部分鉆井知識圖譜數(shù)據(jù)展示

        3 基于Unity3D的鉆井知識可視化系統(tǒng)實(shí)現(xiàn)

        3.1 基于FR算法的網(wǎng)絡(luò)可視化

        依據(jù)不同圖的特性,研究人員設(shè)計(jì)實(shí)現(xiàn)了上百種網(wǎng)絡(luò)布局技術(shù)。本文需要實(shí)現(xiàn)鉆井知識圖譜的數(shù)據(jù)可視化,經(jīng)過調(diào)研和總結(jié)后,力導(dǎo)向圖布局(Force-Directed Layout)算法把節(jié)點(diǎn)看作質(zhì)點(diǎn)、把邊作為質(zhì)點(diǎn)之間的作用力,可以繪制出關(guān)系簡潔明了的圖形,非常適用于知識圖譜的可視化。

        Eades在1984年首次提出了力導(dǎo)向布局算法,其基本思想是將網(wǎng)絡(luò)看成是一種帶電荷的彈簧系統(tǒng),節(jié)點(diǎn)為帶電環(huán),邊為彈簧,節(jié)點(diǎn)之間的斥力和彈簧的彈力相互作用下,不斷運(yùn)動(dòng),直至互相穩(wěn)定、平衡。但是該算法的計(jì)算開銷大,研究人員在其基礎(chǔ)上做了許多改進(jìn),誕生了KK算法、DH算法和FR算法。其中,F(xiàn)R算法由Fruchterman和Reingold提出,他們在Eades提出的算法基礎(chǔ)上,將力導(dǎo)向布局算法的模型改進(jìn)為靜電力模型,還引入了模擬退火算法,降低了算法的時(shí)間復(fù)雜度。因此本文選用FR算法來實(shí)現(xiàn)知識圖譜在Unity3D中的數(shù)據(jù)可視化。

        FR算法在每次迭代過程中都會(huì)分三步計(jì)算:①計(jì)算所有節(jié)點(diǎn)之間的排斥力;②計(jì)算通過邊連接起來的節(jié)點(diǎn)吸引力;③根據(jù)節(jié)點(diǎn)的排斥力和吸引力的綜合受力情況計(jì)算節(jié)點(diǎn)的空間位移值。

        在寬度為、高度為的節(jié)點(diǎn)繪制區(qū)域,任意節(jié)點(diǎn)在受到其他節(jié)點(diǎn)的相互作用力后,都有兩個(gè)參數(shù)發(fā)生改變,即節(jié)點(diǎn)的位置pos和節(jié)點(diǎn)受力后的位移量disp。

        FR算法的基本公式如下:

        節(jié)點(diǎn)繪制區(qū)域面積為:

        其中,為區(qū)域的高度,為區(qū)域的寬度。

        理想距離為:

        其中,||為區(qū)域內(nèi)的節(jié)點(diǎn)數(shù)量。

        節(jié)點(diǎn)和相鄰,兩節(jié)點(diǎn)之間的幾何距離為:

        節(jié)點(diǎn)和相鄰,兩節(jié)點(diǎn)之間的引力函數(shù)為:

        節(jié)點(diǎn)和相鄰,兩節(jié)點(diǎn)之間的斥力函數(shù)為:

        FR算法的偽代碼如下。

        輸入:節(jié)點(diǎn)集合={,,…,v};邊集合={,,…,e}。

        輸出:節(jié)點(diǎn)位置集合

        .={.,.,…,v.};

        MaxIterations=400,//假定最大迭代次數(shù)為400

        for(i=1,i<=MaxIterations;i++){

        //計(jì)算節(jié)點(diǎn)排斥力位移

        for(v in V){

        v.disp=0;

        for(u in V){

        Δ=v.pos-u.pos//表示u,v節(jié)點(diǎn)的位置差

        .=.+(Δ/)f( ),*//C為常數(shù),為了調(diào)節(jié)排斥力,美化布局

        }

        }

        //計(jì)算節(jié)點(diǎn)吸引力力位移

        for(e in E){

        //v和u兩節(jié)點(diǎn)之間有一條邊

        Δ=e.v.pos-e.u.pos//表示u,v節(jié)點(diǎn)的位置差

        ..=..-(Δ/)f( )

        ,

        }

        //更新節(jié)點(diǎn)位置并控制最大位移

        for(v in V)

        .=.+( ).||.*min(.,)//由溫度t限制位移量

        //通過寬度W和高度H,防止節(jié)點(diǎn)位移出邊界

        ..=max(0,min( )

        ,..)

        ..=max(0,min( )

        ,..)

        }

        t=cool(t)//每次迭代,溫度都減小

        }

        FR算法中引入了“溫度”和“冷卻”的概念,即采用了模擬退火算法。通過這種方式可以限制節(jié)點(diǎn)的最大位移,并且“溫度”隨著迭代次數(shù)的增加而減小,系統(tǒng)的內(nèi)能也逐漸減小,使網(wǎng)絡(luò)布局越來越好。

        在圖5中,右上角的粒子受外力作用產(chǎn)生位移,網(wǎng)絡(luò)的內(nèi)能增加。當(dāng)外力撤走后,網(wǎng)絡(luò)的平衡被打破,各個(gè)粒子都受到其他粒子的排斥力或者吸引力,整個(gè)網(wǎng)絡(luò)就如圖6所示,所有粒子在不斷地發(fā)生位移。

        圖5 粒子受外力作用

        圖6 粒子間相互作用

        但是隨著粒子之間作用力的相互抵消和“溫度”的下降,整個(gè)網(wǎng)絡(luò)如圖7所示,將再次回歸平衡。

        圖7 系統(tǒng)恢復(fù)平衡

        這也展示了FR算法在網(wǎng)絡(luò)布局中的優(yōu)秀特性,適合應(yīng)用于網(wǎng)絡(luò)可視化。

        3.2 鉆井工程知識查詢和知識可視化的實(shí)現(xiàn)

        在Neo4j圖數(shù)據(jù)庫正常運(yùn)行的前提下,通過編寫C#腳本使用WebRequest類建立Neo4j圖數(shù)據(jù)庫和unity3D平臺的連接。使用IO流讀取所需的數(shù)據(jù),并以JSON文件的形式發(fā)送到Unity3D平臺。平臺解析接收的JSON文件,再根據(jù)自定義的Node、NodeProperties、Relationship、RelationshipProperties等類分別存儲(chǔ)數(shù)據(jù)。依據(jù)這些數(shù)據(jù)可以實(shí)現(xiàn)UI界面刷新、自動(dòng)生成節(jié)點(diǎn)及關(guān)系物體和利用FR算法實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)網(wǎng)絡(luò)自動(dòng)布局。圖8為系統(tǒng)的功能流程圖。

        圖8 系統(tǒng)功能流程圖

        本系統(tǒng)使用了Unity3D內(nèi)置一套完整的UGUI系統(tǒng)完成UI界面和功能開發(fā)。UGUI系統(tǒng)主要包括畫布、按鈕、文本框及滾動(dòng)條等組件和事件機(jī)制(EventSystem)。通過組件和腳本的相互配合,可以開發(fā)出所需的UI界面,實(shí)現(xiàn)系統(tǒng)所需功能。系統(tǒng)的查詢和節(jié)點(diǎn)可視化效果如圖9所示,左側(cè)為查詢窗口,輸入“粘吸卡鉆”,點(diǎn)擊“research”按鈕后,在按鈕的下方顯示有9個(gè)節(jié)點(diǎn)和3個(gè)關(guān)系,并在右側(cè)的顯示區(qū)域自動(dòng)繪制相關(guān)節(jié)點(diǎn)。

        圖9 知識查詢和節(jié)點(diǎn)可視化效果圖

        顯示區(qū)域內(nèi)的所有節(jié)點(diǎn)都是通過預(yù)制體自動(dòng)加載的,并且添加了Mesh Collider碰撞體和相應(yīng)C#腳本。當(dāng)鼠標(biāo)移動(dòng)到任意節(jié)點(diǎn)上就會(huì)檢測到碰撞,節(jié)點(diǎn)的外圍圓環(huán)會(huì)變成黃色,表示節(jié)點(diǎn)可被點(diǎn)擊。點(diǎn)擊鼠標(biāo)左鍵,就會(huì)彈出該節(jié)點(diǎn)的詳細(xì)屬性面板,該面板使用了Scroll View組件的垂直滾動(dòng)條來控制文字顯示,達(dá)到了鉆井知識的展示,具體效果如圖10所示。

        圖10 鉆井知識展示圖

        4 結(jié)語

        本文針對鉆井工程這一垂直領(lǐng)域的“知識孤島”現(xiàn)象,結(jié)合目前數(shù)據(jù)模型描述不直觀、不立體的特點(diǎn),將圖數(shù)據(jù)庫存儲(chǔ)和數(shù)據(jù)可視化相搭配,從而使用戶能夠直觀地學(xué)習(xí)和了解以往不便描述和觀察的知識結(jié)構(gòu)。主要完成了以下幾個(gè)方面的工作:

        (1)通過紙質(zhì)資料、電子文檔和互聯(lián)網(wǎng)資源獲取了鉆井工程的基礎(chǔ)數(shù)據(jù),并進(jìn)行了初步的知識清洗和填充。然后根據(jù)這些知識建立了本體庫。

        (2)在數(shù)據(jù)和本體庫的基礎(chǔ)上完成了知識提取、知識融合以及知識加工工作,順利完成了鉆井工程知識圖譜的構(gòu)建。

        (3)運(yùn)用FR算法,使節(jié)點(diǎn)之間通過吸引力或者排斥力的相互作用,不斷調(diào)整位置,最終系統(tǒng)達(dá)到穩(wěn)態(tài),實(shí)現(xiàn)了知識圖譜在Unity3D中的可視化。

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