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        基于SSD 的肺炎影像檢測研究

        2022-07-27 08:12:32路生亮布安旭金海濱
        惠州學院學報 2022年3期
        關鍵詞:特征提取卷積尺寸

        馬 馳,胡 輝*,路生亮,布安旭,金海濱

        (1.惠州學院 計算機科學與工程學院,廣東 惠州 516007;2.遼寧科技大學 計算機與軟件工程學院,遼寧 鞍山 114044)

        肺炎是一種嚴重威脅人類健康的呼吸系統(tǒng)疾病,通常肺部檢查是通過醫(yī)生對肺部X 光片的觀察,根據(jù)醫(yī)生豐富的經(jīng)驗和專業(yè)知識對疾病進行診斷[1],這種方式在一定程度上存在著缺陷,X 光片本身顏色較為單一、紋理信息較少且成像結果也會受到各種外界干擾影響,同時醫(yī)生診斷結果的準確性會受經(jīng)驗、專業(yè)程度和當時的工作狀態(tài)等因素影響[2]。因此,有效的計算機輔助診斷模型,對提高醫(yī)生的診斷準確性和診斷效率有很大幫助。

        隨著計算機技術在醫(yī)學影像處理領域的應用不斷加深,傳統(tǒng)的計算機圖像處理技術和深度學習等神經(jīng)網(wǎng)絡方法都在肺炎影像檢測領域得到了廣泛的應用?;趥鹘y(tǒng)的圖像處理算法,張利紅等[3]將分水嶺算法應用到醫(yī)學影像分割領域,提出了一種對肺炎病變區(qū)域進行分割的算法,該方法存在對影像質量要求較高、受噪聲影像較大的問題。呂鯉志等[4]針對CT 等醫(yī)學影像顏色單一、紋理信息較少且由于拍攝過程中的噪聲干擾等問題,提出了一種基于Laplacian 金字塔和小波變換的圖像增強算法,解決了傳統(tǒng)圖像增強方法可能會導致醫(yī)學影像細節(jié)丟失、邊緣信息減弱和對比度降低的問題。與傳統(tǒng)圖像處理方法相比,深度學習可以通過網(wǎng)絡自動學習影像特征,能夠同時自動地完成特征提取及分類定位任務[5]。為了解決在小數(shù)據(jù)樣本情況下網(wǎng)絡訓練容易過擬合的問題,劉長征等[6]將卷積神經(jīng)網(wǎng)絡模型應用到肺炎影像分類任務中并針對肺炎影像分類任務對卷積層結構進行改進,使用彈性梯度下降方法對網(wǎng)絡進行優(yōu)化同時加入了Dropout機制,該方法對肺炎影像的分類取得了較好效果,但不能確定病變位置且對病變區(qū)域較小的肺炎影像分類效果較差。張康[7]帶領團隊聯(lián)合國內外多家醫(yī)院及科研單位,開發(fā)了一套基于X 光醫(yī)學影像的病變檢測模型。同濟大學和浙江大學共同針對深度學習醫(yī)學影像處理方法在肺炎診斷中的應用進行了深入研究,對目前深度學習算法在計算機輔助肺癌檢測取得的進展進行綜述[8],黃亞平等[9]選用ResNet50作為特征提取網(wǎng)絡,并在卷積神經(jīng)網(wǎng)絡中引入Attention 機制,通過使特征提取過程關注病變位置使得肺炎影像分類的準確率有了很大提高。雖然提高了肺炎影像分類的準確率,對于小病變區(qū)域的肺部疾病分類也有了顯著提高,但該方法仍不能確定病變位置。

        采用單激發(fā)多盒探測網(wǎng)絡(Single Shot MultiBox Detector,SSD)[10-11]作為肺炎檢測算法,并針對肺炎小發(fā)病區(qū)容易漏檢,或檢測準確度低的特點提出了相應的解決方案,創(chuàng)新點如下:

        (1)通過改進SSD 網(wǎng)絡結構,優(yōu)化特征提取網(wǎng)絡,解決肺炎影像中小病變區(qū)域容易漏檢或檢測精度較低的問題。

        (2)針對肺炎影像,對SSD網(wǎng)絡不同卷積層的輸出進行特征融合,在盡可能不影響網(wǎng)絡訓練及檢測效率的同時,提高網(wǎng)絡準確性。

        1 基于SSD的檢測網(wǎng)絡

        SSD物體檢測模型:是一種典型的單步檢測網(wǎng)絡,該模型將目標的檢測識別功能整合在同一個網(wǎng)絡中,僅需要1 次計算就可以得到最終目標的位置和種類。SSD網(wǎng)絡的主要工作原理是在特征提取網(wǎng)絡中選定幾個卷積層的輸出特征圖用于目標的檢測,由于選定的不同特征圖具有不同的像素尺寸,故而保證了不同尺寸的目標都能很好地被檢測出來。針對每一個選中的用于檢測目標的特征圖,相當于將原圖片劃分為與特征圖分辨率相同的N×N個網(wǎng)格,以每個網(wǎng)格為中心檢測是否有目標出現(xiàn)在該網(wǎng)格覆蓋的區(qū)域內,通過將目標檢測轉換為分類和回歸問題得到不同尺度特征圖對應的目標框,最終通過后續(xù)網(wǎng)絡對每個特征圖得到的目標框進行統(tǒng)一整合輸出,得到最終目標檢測的結果。相比于基于區(qū)域建議網(wǎng)絡(Region Proposal Network,RPN)的目標檢測算法,SSD網(wǎng)絡通常檢測速度較快且對于不同尺寸的目標都有較好的檢測效果,圖1為SSD網(wǎng)絡模型結構圖[10]。

        圖1 SSD 網(wǎng)絡模型結構圖

        從圖1 可以看出,SSD 網(wǎng)絡使用VGG16 作為特征提取網(wǎng)絡,黃色框的部分是對VGG16網(wǎng)絡最終輸出的特征圖進一步進行卷積,壓縮輸出特征圖尺寸,在更大的感受野(Receptive field)中對輸入圖片中的目標進行檢測。SSD 網(wǎng)絡模型與單步檢測網(wǎng)絡(You only look once,YOLO)系列網(wǎng)絡模型[12-14]最大的區(qū)別在于,YOLO 系列網(wǎng)絡只在特征提取網(wǎng)絡中使用提取到的最后一層特征圖進行目標檢測,而SSD 網(wǎng)絡則在特征提取網(wǎng)絡中選擇了多層特征圖進行目標檢測。

        圖1描述了SSD網(wǎng)絡如何利用多層卷積網(wǎng)絡輸出的特征圖進行目標檢測的過程,SSD 網(wǎng)絡使用VGG16網(wǎng)絡輸出特征作為檢測目標的特征圖的同時,又增加了多層卷積結構,對VGG16網(wǎng)絡輸出的特征圖進一步特征提取,得到分辨率更低,具有更多高級語義特征及感受野的特征圖進行目標檢測,SSD 網(wǎng)絡后續(xù)添加的卷積網(wǎng)絡整體結構與VGG16卷積層結構保值一致。

        2 模型改進與分析

        通常目標檢測網(wǎng)絡分為單步檢測網(wǎng)絡和兩步檢測網(wǎng)絡,SSD為典型的單步檢測網(wǎng)絡,目標分類和目標定位功能在同一網(wǎng)絡中實現(xiàn)。由于這一特性SSD網(wǎng)絡訓練過程較為簡單,且網(wǎng)絡的訓練和檢測過程耗時較少,但原始SSD 網(wǎng)絡存在對小目標檢測性能較差的問題。針對原始SSD網(wǎng)絡存在的問題,以及肺炎影像的特點,對SSD網(wǎng)絡進行優(yōu)化。

        由于部分肺部疾病發(fā)病初期病變區(qū)域通常較小,如能盡早發(fā)現(xiàn)對于后續(xù)治療有很大幫助。但不論是醫(yī)生還是目前常見的檢測算法,對于小病變區(qū)域的檢測效果都不夠理想。同時對數(shù)據(jù)集中各類肺部病變的統(tǒng)計分析發(fā)現(xiàn),小病變區(qū)域占比超過10%。所以對于小病變區(qū)域的檢測是肺炎影像檢測模型的一個重要挑戰(zhàn)。通過對數(shù)據(jù)集中病變區(qū)域的尺寸統(tǒng)計,得到的數(shù)據(jù)見表1。

        表1 數(shù)據(jù)集分析表

        通過表1中的數(shù)據(jù)可知,在整個數(shù)據(jù)集中,最小的病變區(qū)域為寬10.20 像素,高12.14 像素。雖然也存在面積較大的病變區(qū)域,但在整個數(shù)據(jù)集中占比較小且對于檢測模型來說也更容易準確識別。在SSD網(wǎng)絡的特征提取過程中,通過卷積層的堆疊將輸入的原始圖片轉化為不同深度的特征圖,深層卷積網(wǎng)絡提取到的特征圖具有更多的高級語義特征和感受野,但對于小尺寸目標的關注度會急劇下降。因此,針對肺炎影像識別任務,對SSD 網(wǎng)絡最好的改進方法是對不同層次的特征圖進行特征融合,充分利用低層次特征圖中對小尺寸目標的關注以及紋理、邊緣等低級語義特征和高層次特征途中蘊含的高級語義特征。通過由反池化和反卷積層組成的解碼器,將信息量較小的特征圖進行擴充,保證其學習到的高級語義特征的同時,提高對小尺寸目標的關注度,然后將其與更深層次的特征圖進行融合,充分利用不同卷積層提取到的特征信息,保證在不丟失高級語義特征的同時,將更多的底層語義特征傳遞到最終的檢測網(wǎng)絡當中。SSD網(wǎng)絡特征提取網(wǎng)絡中包含大量卷積層,但直接將其輸出用于最終檢測的特征只有:第4、7、8、9、10和11層。這幾個卷積層輸出的特征圖尺寸分別為(38,38),(19,19),(10,10),(5,5),(3,3),(1,1)。

        在這輸出用于最終檢測的卷積層中,第10層和第11層輸出的特征圖分辨率差距較小,提取到的特征信息也較為接近,所以將這2 層進行特征融合的意義不大。同時,由于SSD網(wǎng)絡模型中卷積網(wǎng)絡層數(shù)越深,其感受野也就越大,能夠檢測到的病變區(qū)域也就越大,但對小尺寸病變區(qū)域的特征會有所丟失。最亟需解決的問題是,提高網(wǎng)絡對于肺部疾病小尺寸病變區(qū)域的檢測,根據(jù)卷積網(wǎng)絡對特征提取的特性可知,越低層次卷積網(wǎng)絡提取到的特征圖越能表示小尺寸的病變區(qū)域,因此,對SSD 網(wǎng)絡的特征融合主要針對第8 層以前的網(wǎng)絡。

        通過對肺炎影像的分析以及對SSD網(wǎng)絡模型的分析,將原SSD網(wǎng)絡的第3層和第6層輸出特征圖進行特征融合;將第7 層和第9 層輸出的特征圖進行特征融合。并根據(jù)2 次特征融合的特點,選用不同的特征融合算法。對第3 層和第5 層輸出的特征圖進行池化融合;對第5 層和第7 層的特征融合,首先將第5 層特征圖經(jīng)過一個由反卷積和反池化構成的解碼器進行特征增強后與第7 層輸出的特征圖通過element-sum 算法進行特征融合。由于第8 層和第9 層輸出的特征圖分辨率較小,具有較大的感受野,提取到的特征不能很好的表達小尺寸病變區(qū)域,因此,不需要融合第8層和第9層輸出的特征圖。經(jīng)過對SSD網(wǎng)絡模型分析,將第3層與第6層進行特征融合,同時將第5層與第7層進行特征融合,具體特征融合方法如下。

        2.1 轉置卷積融合

        element-sum 融合方法[15]用于尺寸相同的,2 個特征圖進行融合,通過對應元素相加的方法將2 個特征圖融合為一個新的特征圖,在融合過程中2 個特征圖所占權重相同,具體的流程如圖2。

        圖2 element-sum計算過程

        將SSD 網(wǎng)絡的第5 卷積層輸出的特征圖,經(jīng)過一個由反池化層和反卷積層組成的解碼器轉化為19×19×512 大小的特征圖。通過解碼器,增大特征圖分辨率,增強其表達小尺寸病變區(qū)域特征的能力。然后通過一個1×1的卷積層將其調整為與第7層輸出特征圖相同的分辨率和通道數(shù),最后使用element-sum方法將2 個特征圖進行特征融合,得到的特征圖用于最終檢測和進一步特征提取。圖3是該部分特征融合的詳細流程。

        圖3 通過反池化、反卷積對特征進行融合的流程

        2.2 池化融合

        通過對SSD網(wǎng)絡結構分析,對SSD網(wǎng)絡的第3卷積層和第6卷積層進行池化特征融合。首先,將第3卷積層的輸出特征圖經(jīng)過一個池化層將其分辨率壓縮為19×19。然后通過卷積核大小為1×1 的卷積層調整其通道數(shù),使其轉化為形狀是19×19×1 024 的特征圖;然后,通過element-sum 融合方法與第6 卷積層輸出的特征圖進行特征融合。最后,將得到的特征融合后的特征圖經(jīng)過LeakyRelu 激活函數(shù)激活后,作為第7層的輸入送入到后續(xù)網(wǎng)絡中進行進一步特征提取。圖4是該部分特征融合的詳細流程。

        圖4 通過池化對特征進行融合的流程

        3 實驗結果及分析數(shù)據(jù)集介紹

        數(shù)據(jù)集由2 部分組成,一部分肺部影像圖片取自Chest X-ray 數(shù)據(jù)集,另一部分通過整理目標檢測競賽平臺提供的公共競賽數(shù)據(jù)集得到,將2 部分數(shù)據(jù)存儲及標注形式進行了統(tǒng)一,生成了一個綜合數(shù)據(jù)集。

        ChestX-ray數(shù)據(jù)集和整理的公共競賽數(shù)據(jù)集都是包含14類肺部疾病的X射線影像,幾乎涵蓋了包括肺不張、變實、浸潤、氣胸、水腫、肺氣腫等在內的常見肺部疾?。▓D5)。由于構成數(shù)據(jù)集的2 部分數(shù)據(jù)存在尺寸和標注方式不同的問題,通過幾何變換,修改標準文件的方式,將2 個數(shù)據(jù)集的圖片和標注統(tǒng)一成相同尺寸及存儲格式。

        圖5 數(shù)據(jù)集部分影像

        3.1 評價指標及結果

        3.1.1 平均準確率(Average Precision,AP)與平均準確率均值(mean average precision,mAP)

        在影像分類問題中,通常使用平均準確率作為衡量模型對于某一種類影像的分類能力。要想計算某一分類的AP,首先要根據(jù)實驗結果計算出準確率(Precision Rate,P)和召回率(Recall Rate,R)并繪制PR曲線,PR曲線下方的面積就代表了該分類的AP值。具體計算過程如下:

        其中,TP 表示真正例即判斷正確的正樣本數(shù)量;FP 表示假正例即判斷錯誤的正樣本數(shù)量;FN表示假反例即判斷錯誤的負樣本數(shù)量。計算出準確率、召回率值后,將其繪制成PR 曲線,并對R求積分,得到對應種類的AP值。由于實驗過程中計算出的準確率、召回率值都是離散的,故時機計算中通過離散的點擬合AP值。

        通常AP 用來衡量整個檢測任務中某一類的準確度,平均準確率均值則是對所的AP 值求平均,用來表示模型在該圖像檢測任務中的整體準確度。

        3.1.2 交并比(Intersection-over-Union,IoU)

        IoU通常用來衡量目標檢測任務中,確定目標的位置及大小是否準確。IoU的計算過程如圖6所示,用檢測結果區(qū)域和實際目標區(qū)域的交除檢測結果區(qū)域和實際目標區(qū)域的并,得到的結果即為IoU。當IoU的值達到最大值1 時,表示檢測區(qū)域與實際目標區(qū)域完全重合,IoU的值越接近1表示檢測結果越準確。

        圖6 交并比圖形表示

        3.2 結果對比

        現(xiàn)有的肺炎影像檢測網(wǎng)絡還包括基于Faster RCNN的兩步檢測網(wǎng)絡和基于YOLO的單步檢測網(wǎng)絡等多種網(wǎng)絡模型,基于Faster R-CNN 的檢測網(wǎng)絡具有更高的精度,基于YOLO 的網(wǎng)絡具有更高的檢測速度。為了證明肺炎影像檢測網(wǎng)絡的有效性,選擇了幾個典型的網(wǎng)絡與網(wǎng)絡模型進行對比實驗。通過對比mAP和每秒鐘檢測影像張數(shù)(Frames Per Second,F(xiàn)PS)來比較模型的準確率和檢測速度。表2為最終實驗結果對比。

        表2 4種肺部疾病檢測模型效果對比

        由表2 可知,改進后的網(wǎng)絡模型在檢測精度和檢測速度上都優(yōu)于Faster R-CNN 網(wǎng)絡和YOLO 網(wǎng)絡,相比于原始SSD 網(wǎng)絡檢測精度也有明顯提升,但由于特征融合及對網(wǎng)絡結構的修改增加了網(wǎng)絡的復雜度,故檢測速度有所下降。雖然檢測速度由原SSD網(wǎng)絡的每秒68張下降到每秒58張,仍然是一個可以接受的檢測速度。

        4 結論

        結合肺炎影像檢測過程中,小缺陷較多且較難檢測的特點,對SSD網(wǎng)絡模型進行了相應的改進,解決了對于小缺陷識別準確率低的問題。為了減小模型對小尺寸病變區(qū)域的漏檢率,對SSD 網(wǎng)絡模型的特征提取層進行了融合。首先,將SSD 網(wǎng)絡第3 層的輸出經(jīng)過卷積、池化操作調整為與第6 層輸入相同的尺寸;然后,將調整過尺寸的第3層網(wǎng)絡輸出特征圖與第6層網(wǎng)絡輸入的特征圖進行融合,該特征融合使用elementsum算法;最后,將特征提取層種第5層的輸出,通過一個由反池化、反卷積等操作構成的解碼器,調整到與第7層特征圖相同尺寸進行特征融合。

        為了檢測提出網(wǎng)絡的性能,通過實驗對比了提出網(wǎng)絡和基于原始SSD 網(wǎng)絡對肺炎影像檢測的準確性,同時與YOLO、Faster-RCNN等常見網(wǎng)絡也進行了對比試驗。從實驗結果可以看出:提出網(wǎng)絡在整體準確性上優(yōu)于對比網(wǎng)絡,同時在一定程度上解決了小病變區(qū)域漏檢率較高的問題。

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