許光輝 萬(wàn)慧琪 陳佩璐 黃亦琦 李 明,3
家蠶(幼蟲(chóng))的藥用價(jià)值一直受到人們的重視,古代醫(yī)籍《中華本草》《本草綱目》均記載家蠶體入藥可止消渴(糖尿?。F(xiàn)代醫(yī)藥學(xué)也進(jìn)一步證明了家蠶幼蟲(chóng)體具有保肝、提高免疫、降血糖、降血脂等多種功效。但目前關(guān)于家蠶抗2 型糖尿?。═2DM)的作用機(jī)制研究并不充分。因此,本研究通過(guò)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)對(duì)家蠶活性成分抗T2DM 的潛在靶點(diǎn)和分子機(jī)制進(jìn)行解析,為更全面地研究家蠶抗T2DM的作用機(jī)制指明方向。
1.1 數(shù)據(jù)庫(kù)與軟件中國(guó)知網(wǎng)(https://www.cnki.net/);Medline 數(shù)據(jù)庫(kù)(https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/);TCMSP 數(shù)據(jù)庫(kù)(https://old.tcmsp-e.com/tcmsp.php);PubChem 數(shù)據(jù)庫(kù)(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/);Swiss Target Prediction 數(shù)據(jù)庫(kù)(http://www.swisstargetprediction.ch/);Gene Card 數(shù)據(jù)庫(kù)(https://www.genecards.org/);在線韋恩圖(https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html);STRING數(shù)據(jù)庫(kù)(https://string-db.org/);DAVID 6.8數(shù)據(jù)庫(kù)(https://david.ncifcrf.gov/);Cytoscape 3.8.0軟件。
1.2 家蠶主要活性成分與T2DM疾病相關(guān)靶點(diǎn)數(shù)據(jù)集構(gòu)建通過(guò)查閱文獻(xiàn)對(duì)家蠶中的主要活性成分進(jìn)行歸類,建立家蠶活性成分集。通過(guò)檢索PubChem、Swiss Target Prediction 和Gene Card 數(shù)據(jù)庫(kù)獲取家蠶活性成分與T2DM對(duì)應(yīng)的靶標(biāo)。
1.3 家蠶抗T2DM潛在靶點(diǎn)篩選利用在線韋恩圖獲取家蠶活性成分與T2DM 靶點(diǎn)的交集則為家蠶抗T2DM的潛在靶點(diǎn)。
1.4 蛋白-蛋白網(wǎng)絡(luò)互作分析(PPI)將潛在靶點(diǎn)上傳至STRING 平臺(tái),設(shè)置最高置信區(qū)間和隱藏離散靶點(diǎn)進(jìn)行蛋白相互作用關(guān)系分析,計(jì)算相應(yīng)的拓?fù)鋮?shù)。
1.5 家蠶活性成分抗T2DM的核心靶點(diǎn)篩選將家蠶活性成分抗T2DM 的潛在靶點(diǎn)導(dǎo)入Cytoscape 3.8.0軟件中,根據(jù)點(diǎn)度中心值(degree)、接近中心值(closeness)和中介中心值(betweenness)篩選TOP 30個(gè)靶點(diǎn)作為家蠶活性成分抗T2DM 的核心靶點(diǎn)并進(jìn)行可視化展示。
1.6 GO 與KEGG 富集分析將核心靶點(diǎn)上傳至DAVID 6.8 在線數(shù)據(jù)分析平臺(tái),以P<0.01 為顯著性差異篩選家蠶活性成分抗T2DM 涉及的生物過(guò)程及信號(hào)通路,分析其可能的作用機(jī)制。
2.1 家蠶活性成分及與T2DM相關(guān)靶點(diǎn)數(shù)據(jù)集現(xiàn)有文獻(xiàn)檢索結(jié)果[1-19]表明,家蠶主要活性成分包括生物堿、黃酮類、氨基酸、維生素、脂肪酸等,各成分的口服生物利用度、類藥性及與T2DM 相關(guān)的靶基因數(shù)目見(jiàn)表1。
表1 家蠶活性成分
2.2 家蠶活性成分抗T2DM 潛在靶點(diǎn)通過(guò)PubChem、Swiss Target Prediction 和Gene Card 數(shù)據(jù)庫(kù)獲得T2DM對(duì)應(yīng)靶標(biāo)12272個(gè),氨基酸對(duì)應(yīng)靶點(diǎn)19400個(gè),脂肪酸對(duì)應(yīng)靶點(diǎn)1067 個(gè),生物堿對(duì)應(yīng)靶點(diǎn)3822個(gè),維生素對(duì)應(yīng)靶點(diǎn)7832個(gè),黃酮類對(duì)應(yīng)靶點(diǎn)714個(gè)。161個(gè)交集靶點(diǎn)則為家蠶活性成分抗T2DM的潛在靶點(diǎn)。見(jiàn)圖1。
圖1 家蠶活性成分與T2DM的靶基因映射
2.3 靶蛋白PPI將161個(gè)潛在靶點(diǎn)上傳至STRING數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行蛋白互作分析。PPI 結(jié)果顯示,家蠶活性成分抗T2DM 功效PPI 網(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn)161 個(gè),平均度值7.25,584條邊,P<1.0e-16。見(jiàn)圖2。
圖2 潛在靶點(diǎn)PPI網(wǎng)絡(luò)
2.4 核心靶點(diǎn)GO 富集分析對(duì)家蠶活性成分抗T2DM 的30 個(gè)核心靶點(diǎn)進(jìn)行GO 富集分析。根據(jù)P<0.01,篩選得出家蠶活性成分抗T2DM 核心靶點(diǎn)顯著富集的生物過(guò)程(BP)、細(xì)胞組分(CC)、分子功能(MF)分別為39 條、6 條和16 條,其中P值最小的Top 10 條生物過(guò)程(BP)、細(xì)胞組分(CC)、分子功能(MF)見(jiàn)圖3。結(jié)果顯示,家蠶活性成分抗T2DM 靶點(diǎn)顯著富集的生物過(guò)程包括RNA聚合酶II啟動(dòng)子轉(zhuǎn)錄的正調(diào)控、藥物反應(yīng)、一氧化氮生物合成過(guò)程的正調(diào)控、平滑肌細(xì)胞增殖的正調(diào)控、藥物代謝過(guò)程、ERBB2信號(hào)通路、類固醇代謝過(guò)程、細(xì)胞缺氧反應(yīng)、環(huán)氧化酶P450 途徑、單萜代謝過(guò)程等;顯著富集的細(xì)胞組分有胞質(zhì)溶質(zhì)、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜、胞內(nèi)包膜細(xì)胞器、細(xì)胞器膜、內(nèi)體腔、內(nèi)吞囊泡腔等;顯著富集的分子功能包括酶結(jié)合、蛋白質(zhì)結(jié)合、血紅素結(jié)合、類固醇羥化酶活性、氧結(jié)合、單加氧酶活性、鐵離子結(jié)合、氧化還原酶活性、蛋白磷酸酶結(jié)合、花生四烯酸環(huán)氧化酶活性等。
圖3 核心靶點(diǎn)GO富集分析
2.5 藥物-成分-疾病-核心靶點(diǎn)-通路分析圖4為家蠶抗T2DM的成分-疾病-核心靶點(diǎn)-通路網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋱D。結(jié)果顯示,家蠶體中活性成分主要通過(guò)作用于CYP1A1、SRC、AKT1、PPARGC1A、PIK3CA、APOA1、TP53、CYP2C19、INS、CYP3A4、MAPK8、CTNNB1、EDN1、PPARA、CYP2E1、IRS1、PLCG1、EGF、HSP90AA1、APOB、APP、CYP2B6、EGFR、EP300、KNG1、TNF、MTOR、JUN、MAPK14、CYP2C9 等靶點(diǎn),進(jìn)而調(diào)節(jié)癌癥通路、ErbB信號(hào)通路、HIF-1信號(hào)通路、胰島素抵抗、FoxO 信號(hào)通路、非酒精性脂肪肝(NAFLD)、Rap1 信號(hào)通路、甲狀腺激素信號(hào)通路、神經(jīng)營(yíng)養(yǎng)因子信號(hào)通路、脂肪細(xì)胞因子信號(hào)通路、TNF信號(hào)通路、胰島素信號(hào)通路、2 型糖尿病、mTOR 信號(hào)通路等多條途徑參與改善T2DM。
圖4 藥物-成分-疾病-核心靶點(diǎn)-通路網(wǎng)絡(luò)圖
家蠶作為一種經(jīng)濟(jì)資源昆蟲(chóng),其藥用價(jià)值一直受到人們的重視,古代醫(yī)籍《中華本草》《本草綱目》中均有家蠶體入藥可治療糖尿病的相關(guān)記載[20]?,F(xiàn)代醫(yī)藥學(xué)也進(jìn)一步證明了家蠶體的藥用價(jià)值,揭示了其具有保肝、提高免疫、抗腫瘤、降血糖、降血脂等作用[1]。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是基于多種技術(shù)的綜合應(yīng)用,利用多種數(shù)據(jù)庫(kù)和平臺(tái),闡釋疾病的發(fā)生、發(fā)展過(guò)程或者疾病與藥物的相互作用關(guān)系并指導(dǎo)新藥發(fā)現(xiàn)的一門(mén)學(xué)科,在新藥研究、藥效物質(zhì)基礎(chǔ)和作用機(jī)制的研究等方面提供了諸多便利[21]。本研究利用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)技術(shù)對(duì)家蠶體中的生物堿、黃酮類、氨基酸、脂肪酸、維生素5大類共31種主要活性成分抗T2DM的作用靶點(diǎn)、分子機(jī)制進(jìn)行解析,結(jié)果表明家蠶可通過(guò)作用于PI3K-Akt信號(hào)通路、非酒精性脂肪肝通路、FoxO信號(hào)通路、TNF信號(hào)通路、脂肪細(xì)胞因子信號(hào)通路、胰島素信號(hào)通路、II 型糖尿病、mTOR 信號(hào)通路等多條途徑改善2 型糖尿病。
氨基酸和維生素是機(jī)體進(jìn)行正常生理活動(dòng)所必需的物質(zhì),根據(jù)既往研究發(fā)現(xiàn),氨基酸代謝異常與T2DM的發(fā)生密切相關(guān)。張志軍等[22]通過(guò)氫譜磁共振代謝組學(xué)技術(shù)對(duì)2 型糖尿病患者尿液中的代謝物進(jìn)行監(jiān)測(cè),發(fā)現(xiàn)患者體內(nèi)氨基酸、脂肪代謝異常和維生素B12 缺乏導(dǎo)致尿液中的甲基丙二酸水平升高。有文獻(xiàn)報(bào)道,長(zhǎng)期服用二甲雙胍、羅格列酮等藥物會(huì)導(dǎo)致T2DM 患者體內(nèi)缺乏維生素B12[23]。另外,孫愛(ài)麗等[14]發(fā)現(xiàn),維生素B12 的缺乏會(huì)導(dǎo)致T2DM 患者更容易發(fā)生周?chē)窠?jīng)病變。王晉飛[24]通過(guò)研究發(fā)現(xiàn),T2DM 小鼠血清中的谷氨酰胺、纈氨酸、異亮氨酸、甘氨酸和丙氨酸5種氨基酸含量較正常小鼠明顯降低。家蠶不僅有顯著的降血糖作用,而且富含高蛋白和維生素,對(duì)糖尿病患者大有裨益。
亞麻酸和亞油酸為人體必需脂肪酸,對(duì)維持機(jī)體正常生命活動(dòng)起著至關(guān)重要的作用。α-亞麻酸為ω-3 系列多不飽和脂肪酸,具有顯著的藥理作用和營(yíng)養(yǎng)價(jià)值。從食物中獲取的α-亞麻酸可在體內(nèi)合成一系列代謝產(chǎn)物,其中最重要的是具有調(diào)節(jié)血脂、抗炎、抗氧化、提高免疫力等生理活性的二十碳五烯酸(EPA)和二十二碳六烯酸(DHA)[25]。朱麗麗等[26]通過(guò)研究發(fā)現(xiàn),富含亞麻酸的膳食亞麻籽油可顯著增加T2DM 大鼠外周血和脾臟中的髓源抑制細(xì)胞,降低血漿中白介素1β 和TNF-α 水平,減少炎癥反應(yīng),改善T2DM。此外,α-亞麻酸能夠顯著降低糖尿病大鼠血清中炎癥因子含量和丙二醛水平,增加血清一氧化氮含量、超氧化物歧化酶和過(guò)氧化氫酶活性,具有抗炎和抗氧化作用[27]。另有研究[28]表明,共軛亞油酸可通過(guò)激活PPARα轉(zhuǎn)錄因子,下調(diào)肝臟CD36表達(dá)水平,調(diào)節(jié)脂代謝異常,明顯改善ob/ob小鼠脂肪肝和糖耐量異常,對(duì)糖尿病并發(fā)癥具有一定的防治作用。
黃酮類化合物主要通過(guò)清除機(jī)體自由基,調(diào)節(jié)脂質(zhì)代謝紊亂,減少炎癥反應(yīng),進(jìn)而改善T2DM,是具有極高應(yīng)用價(jià)值的天然活性產(chǎn)物。生物堿類主要通過(guò)調(diào)節(jié)胰島素信號(hào)通路相關(guān)蛋白的表達(dá),提高外周組織對(duì)胰島素的敏感性,減少氧化應(yīng)激以及胰島素抵抗等參與糖尿病的發(fā)展進(jìn)程[29]。張立雯[30]通過(guò)研究發(fā)現(xiàn),桑葉生物堿類成分蕎麥堿在糖尿病大鼠體內(nèi)的吸收較DNJ 更快,且停留時(shí)間更長(zhǎng),對(duì)疾病改善有良好的作用。
綜上,本研究通過(guò)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)技術(shù)闡釋了家蠶可通過(guò)多成分-多靶點(diǎn)-多途徑調(diào)控機(jī)制改善T2DM。