鄧伊華，王天嬌，王洪亮，董依萌，劉 欣，邢秀梅

（1.東北林業(yè)大學(xué)野生動(dòng)物與自然保護(hù)地學(xué)院，哈爾濱 150006；2.中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院特產(chǎn)研究所,特種經(jīng)濟(jì)動(dòng)物分子生物重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，長(zhǎng)春 130112）

中國(guó)養(yǎng)鹿業(yè)歷史悠久，鹿資源豐富，是世界上養(yǎng)鹿最早、鹿產(chǎn)品加工及應(yīng)用最廣泛的國(guó)家之一。中國(guó)有8個(gè)馬鹿亞種，其中新疆分布有3個(gè)馬鹿亞種，分別為塔里木馬鹿（Cervuselaphusyarkandensis）、天山馬鹿（Cervuselaphussongaricus）和阿爾泰馬鹿（Cervuscanadensisasiaticus）[1]。塔里木馬鹿是培育優(yōu)質(zhì)高產(chǎn)馬鹿的優(yōu)勢(shì)資源，在中國(guó)近70年的馬鹿養(yǎng)殖業(yè)中做出了巨大貢獻(xiàn)。自20世紀(jì)50年代開(kāi)始，從捕捉野生仔鹿進(jìn)行馴化和飼養(yǎng)繁殖，到20世紀(jì)70年代已經(jīng)完全依靠自繁自育，最終成功選育的第一個(gè)馬鹿品種，當(dāng)?shù)胤Q(chēng)為塔河馬鹿[2]?，F(xiàn)代分子生物學(xué)研究表明，塔里木馬鹿為中國(guó)馬鹿的祖先，也是世界馬鹿的祖先[3]。塔里木馬鹿獨(dú)特的環(huán)境適應(yīng)性決定它們只能生存在塔里木河流域，其耐粗飼、耐受炎熱和干燥環(huán)境特性一直是學(xué)者關(guān)注的焦點(diǎn)。由于缺少對(duì)塔河馬鹿品種遺傳資源保護(hù)的安全意識(shí)，養(yǎng)殖者在追求高產(chǎn)的同時(shí)，忽視了對(duì)塔河馬鹿資源的保護(hù)，與天山馬鹿和阿爾泰馬鹿雜交嚴(yán)重，受胎率低、幼仔存活率低等問(wèn)題一直未得到解決。系統(tǒng)開(kāi)展塔河馬鹿種質(zhì)資源資源鑒定工作能合理利用塔河馬鹿資源并有效保護(hù)塔河馬鹿。

近幾年來(lái)，隨著測(cè)序技術(shù)的不斷發(fā)展，以第二代測(cè)序技術(shù)（NGS）為主的高通量自動(dòng)化測(cè)序技術(shù)在單核苷酸多態(tài)性（SNP）位點(diǎn)的開(kāi)發(fā)和利用方面逐漸凸顯出巨大優(yōu)勢(shì)。在此基礎(chǔ)上，通過(guò)全基因組重測(cè)序技術(shù)對(duì)已知基因組序列的不同個(gè)體進(jìn)行基因組重測(cè)序，比較參考基因組和全基因組重測(cè)序序列，獲得大量的SNP位點(diǎn)、拷貝數(shù)變異（CNV）、插入缺失位點(diǎn)（InDel）和結(jié)構(gòu)變異位點(diǎn)（SV）等遺傳特征[4-6]。全基因組重測(cè)序技術(shù)在動(dòng)物變異檢測(cè)[7]、性狀定位[8]、基因挖掘[9]、遺傳進(jìn)化[10]等多個(gè)領(lǐng)域均取得了豐碩的成果[11]。Ba等[12]采用ddRAD-seq技術(shù)檢測(cè)到30個(gè)圈養(yǎng)個(gè)體（7頭梅花鹿、6頭馬鹿和17頭雜交鹿）的約320 000個(gè)全基因組SNPs，通過(guò)篩選并觀察雜合度，首次報(bào)道了梅花鹿和馬鹿的特異性SNP位點(diǎn)。董世武等[13]通過(guò)GBS技術(shù)對(duì)梅花鹿、馬鹿及其雜交后代（F1和F2） 4個(gè)群體共226個(gè)樣本進(jìn)行測(cè)序，分別識(shí)別出馬鹿特異性SNPs位點(diǎn)474個(gè)，梅花鹿特異性SNPs位點(diǎn)558個(gè)，為梅花鹿、馬鹿和雜交鹿的鑒別提供了依據(jù)。塔依爾江·麥麥提等[14]利用全基因組重測(cè)序技術(shù)對(duì)塔里木馬鹿干旱環(huán)境適應(yīng)相關(guān)基因進(jìn)行篩選和研究，成功篩選出塔里木馬鹿過(guò)氧化還原酶3（PRDX3）基因。Fan等[15]對(duì)500多頭梅花鹿、馬鹿和雜交鹿進(jìn)行全基因組重測(cè)序，篩選得到1 300多萬(wàn)個(gè)SNPs位點(diǎn)，通過(guò)生物信息學(xué)和芯片設(shè)計(jì)原則，最終選擇1 000個(gè)特異性SNPs位點(diǎn)用于芯片合成，隨機(jī)選取266頭鹿進(jìn)行驗(yàn)證，結(jié)果表明，1K梅花鹿SNP芯片能夠準(zhǔn)確地區(qū)分梅花鹿、馬鹿和雜交鹿。從簡(jiǎn)化基因組測(cè)序篩選特異性位點(diǎn)到利用重測(cè)序技術(shù)研發(fā)相關(guān)基因芯片，測(cè)序技術(shù)正逐步應(yīng)用于梅花鹿和馬鹿的鑒別研究、基因挖掘等方面。塔河馬鹿是所有馬鹿種群中規(guī)模最大的群，然而目前種群數(shù)量不足萬(wàn)只，數(shù)量還在持續(xù)下降，而且人工飼養(yǎng)的馬鹿存在雜交，導(dǎo)致其品質(zhì)變化，多樣性減少，塔河馬鹿遺傳資源流失嚴(yán)重。因此，需要對(duì)塔河馬鹿這一寶貴的地方品種資源進(jìn)行合理的保護(hù)與利用，系統(tǒng)地開(kāi)展塔河馬鹿種質(zhì)資源鑒定工作。

本研究利用全基因組重測(cè)序技術(shù)，通過(guò)對(duì)32份塔河馬鹿進(jìn)行全基因組測(cè)序，結(jié)合實(shí)驗(yàn)室前期獲得的塔河馬鹿、天山馬鹿和阿爾泰馬鹿共88份重測(cè)序數(shù)據(jù)（未發(fā)表），以組裝到染色體級(jí)別的梅花鹿基因組序列作為參考，深入挖掘塔河馬鹿與天山馬鹿、阿爾泰馬鹿之間全基因組水平上的差異，篩選出特異性強(qiáng)，穩(wěn)定性高的塔河馬鹿特異性SNP位點(diǎn)，構(gòu)建塔河馬鹿分子遺傳標(biāo)記，為塔河馬鹿種質(zhì)資源收集、整理、保護(hù)和評(píng)價(jià)工作奠定基礎(chǔ)。

1 材料與方法

1.1 材料

國(guó)家特種經(jīng)濟(jì)動(dòng)物資源共享平臺(tái)收集并保存的1999年在新疆地區(qū)采集的32份塔河馬鹿血液樣本。

1.2 方法

1.2.1 血液基因組DNA的提取 采用酚-氯仿法提取32份塔河馬鹿血液基因組DNA，提取的DNA用1.0%瓊脂糖凝膠電泳和核酸定量蛋白儀（Agilent 5400，安捷倫）進(jìn)行質(zhì)量檢測(cè)，經(jīng)檢測(cè)合格后-20 ℃保存?zhèn)溆谩?/p>

1.2.2 DNA文庫(kù)的構(gòu)建和測(cè)序 檢測(cè)合格的DNA樣品用于DNA文庫(kù)構(gòu)建，32份塔河馬鹿DNA分別建庫(kù)和測(cè)序。建庫(kù)和測(cè)序由北京諾禾致源科技股份有限公司完成。將DNA樣品通過(guò)Covaris超聲波破碎儀隨機(jī)打斷，經(jīng)末端修復(fù)、加A尾、加測(cè)序接頭、純化、PCR擴(kuò)增等步驟完成整個(gè)文庫(kù)制備。文庫(kù)檢測(cè)合格后，把不同文庫(kù)按照有效濃度及目標(biāo)下機(jī)數(shù)據(jù)量的需求，利用Illumina HiSeq/MiSeq對(duì)32個(gè)樣本進(jìn)行雙末端低深度測(cè)序，隨后對(duì)原始下機(jī)數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)處理，測(cè)序得到原始測(cè)序序列（sequenced reads）或者原始數(shù)據(jù)（raw reads：含有帶接頭的、低質(zhì)量的reads）。將得到的序列進(jìn)行GC含量分布檢測(cè)和測(cè)序質(zhì)量分析。為了保證信息分析質(zhì)量，對(duì)raw reads進(jìn)行過(guò)濾，得到clean reads，基于clean reads進(jìn)行后續(xù)分析。

1.2.3 測(cè)序數(shù)據(jù)比對(duì) 使用BWA-MEM軟件[16]將過(guò)濾后的clean reads和實(shí)驗(yàn)室前期獲得的重測(cè)序數(shù)據(jù)一同與組裝到染色體水平的梅花鹿參考基因組序列（MHL_V1）進(jìn)行比對(duì)，并對(duì)本次32份樣品的比對(duì)率（mapping rate）、覆蓋度（coverage）和測(cè)序深度（depth）進(jìn)行統(tǒng)計(jì)。

1.2.4 基于SNP位點(diǎn)的生物信息學(xué)分析

1.2.4.1 SNP位點(diǎn)檢測(cè)和注釋 使用SAMTOOLS軟件[17]對(duì)BAM文件進(jìn)行排序，刪除重復(fù)讀取的數(shù)據(jù)。利用GATK 4.0.2軟件進(jìn)行變異檢測(cè)，過(guò)濾結(jié)果輸出到VCF文件保存。使用軟件SNPEff對(duì)得到的SNP位點(diǎn)進(jìn)行注釋?zhuān)y(tǒng)計(jì)SNP位點(diǎn)在33條染色體上的分布。

1.2.4.2 分子進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建 使用SNPhylo軟件對(duì)所有樣品進(jìn)行關(guān)系推斷，構(gòu)建分子進(jìn)化樹(shù)，統(tǒng)計(jì)候選特異性SNP位點(diǎn)。

1.2.4.3 候選特異性SNP位點(diǎn)篩選 將1999年收集整理的塔河馬鹿樣品作為一個(gè)群體，其余馬鹿作為另一個(gè)群體，使用VCFTOOLS[18]計(jì)算Fst值，將計(jì)算得到的Fst值按照降序排序，設(shè)定閾值Fst≥0.25,淘汰不符合條件位點(diǎn)，得到每條染色體剩余SNP數(shù)目用于構(gòu)建塔河馬鹿遺傳標(biāo)記。

1.2.4.4 塔河馬鹿特異性遺傳標(biāo)記構(gòu)建 統(tǒng)計(jì)篩選后每條染色體上的SNP數(shù)目并將所有SNP位點(diǎn)進(jìn)行編碼，基因型AA編碼為0；基因型AB編碼為1；基因型BB編碼為2，基因型缺失編碼為-9；編碼后的SNP位點(diǎn)數(shù)據(jù)構(gòu)成矩陣，使用R語(yǔ)言4.0.4版本prcomp函數(shù)[19]進(jìn)行主成分分析（PCA），計(jì)算每條染色體上SNP標(biāo)記的得分，根據(jù)排名選取每條染色體排名前1 500名的SNP，統(tǒng)計(jì)33條染色體篩選出來(lái)的SNP位點(diǎn)數(shù)，計(jì)算PC1和PC2兩個(gè)主成分右奇異向量最大的列。選取前100個(gè)SNPs構(gòu)成特征SNP子集。提取前100個(gè)SNPs集合的特征值，計(jì)算協(xié)方差矩陣。分別對(duì)33條染色體篩選得到的SNP位點(diǎn)和前100個(gè)SNPs位點(diǎn)繪制主成分分析聚類(lèi)圖。 最后統(tǒng)計(jì)前100個(gè)SNPs在染色體上的分布情況。

2 結(jié) 果

2.1 血液基因組DNA質(zhì)檢結(jié)果

1.0%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)結(jié)果表明，得到的塔河馬鹿DNA目的條帶單一，無(wú)明顯降解和雜質(zhì)污染。核酸定量蛋白儀檢測(cè)其濃度和純度都在要求范圍之內(nèi)，符合后續(xù)建庫(kù)要求。其中DNA樣品總量在0.09182～4.14943 μg之間。

2.2 測(cè)序數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)與質(zhì)量評(píng)估

32份塔河馬鹿血液基因組DNA樣品經(jīng)全基因組重測(cè)序，共產(chǎn)生raw reads 869 841 762 900 bp，去除低質(zhì)量序列后得到clean reads 868 791 354 600 bp，平均每個(gè)樣品27 149 729 831.25 bp。測(cè)序質(zhì)量Q20≥96.96%、Q30≥92.09%，GC含量在43.29%～46.30%之間，沒(méi)有發(fā)生堿基分離的現(xiàn)象。此次建庫(kù)測(cè)序成功，測(cè)序質(zhì)量較高，獲得的數(shù)據(jù)量、質(zhì)量和序列長(zhǎng)度均符合后續(xù)數(shù)據(jù)分析要求。

2.3 測(cè)序數(shù)據(jù)比對(duì)情況

以組裝到染色體級(jí)別的梅花鹿全基因組為參考序列（MHL_V1），對(duì)每個(gè)樣品的比對(duì)率（mapping rate）、覆蓋度（coverage）和測(cè)序深度（depth）進(jìn)行統(tǒng)計(jì)，32份樣品的測(cè)序數(shù)據(jù)的平均比對(duì)率為98.06%，平均覆蓋度為97.66%，平均深度為6.787。

2.4 基于SNP位點(diǎn)的生物信息學(xué)分析

2.4.1 SNP位點(diǎn)的特征分析 將32份樣品測(cè)序得到的有效數(shù)據(jù)與試驗(yàn)前期得到的測(cè)序數(shù)據(jù)與參考基因組（MHL_V1）進(jìn)行比對(duì)，過(guò)濾后得到20 139 122個(gè)高質(zhì)量的SNPs位點(diǎn)。對(duì)每條染色體上的SNP位點(diǎn)分布情況進(jìn)行統(tǒng)計(jì)（圖1）。SNP位點(diǎn)基本隨機(jī)均勻分布在每條染色體上，其中4號(hào)染色體上分布最多，有1 132 360個(gè)，26號(hào)染色體上分布最少，有317 705個(gè)，SNP在染色體上的分布可能與染色體的長(zhǎng)度有關(guān)，染色體越長(zhǎng)，SNP位點(diǎn)數(shù)量越多。用SNPEff統(tǒng)計(jì)所有染色體上變異類(lèi)型的分布情況表明，1 156 947（6.76%）個(gè)SNPs分布在上、下游區(qū)域；基因間的變異最多，有11 118 374個(gè)（65.02%）；外顯子區(qū)域有128 027個(gè)（0.75%）；內(nèi)含子區(qū)域有4 701 559個(gè)（27.47%）（圖2）。

圖1 每條染色體上的SNP數(shù)目Fig.1 The number of SNP on each chromosome

圖2 變異類(lèi)型在染色體上的分布Fig.2 Distribution of variant types on chromosomes

2.4.2 基于SNP位點(diǎn)構(gòu)建分子進(jìn)化樹(shù) 基于SNP位點(diǎn)構(gòu)建分子進(jìn)化樹(shù)，結(jié)果顯示， 塔河馬鹿、天山馬鹿和阿爾泰馬鹿區(qū)分明顯，其中塔河馬鹿單獨(dú)匯聚成一支，天山馬鹿和阿爾泰馬鹿聚類(lèi)位置相近，根據(jù)進(jìn)化樹(shù)聚類(lèi)位置選擇樣本進(jìn)行分析，過(guò)濾后位點(diǎn)數(shù)為12 050 781（圖3）。

圖3 基于SNPs的分子進(jìn)化樹(shù)Fig.3 Molecular evolutionary tree based on SNPs

2.4.3 候選特異性SNP位點(diǎn)的篩選 將1999年收集整理的塔河馬鹿樣品作為一個(gè)群體，其余馬鹿作為另一個(gè)群體，使用VCFTOOLS軟件淘汰不符合條件位點(diǎn)，統(tǒng)計(jì)每條染色體的候選特異性SNP位點(diǎn)，篩選后的SNP在染色體上的分布結(jié)果顯示，剩余位點(diǎn)數(shù)544 717個(gè)。其中SNPs位點(diǎn)在4號(hào)和5號(hào)染色體上分布最多，其余染色體上位點(diǎn)分布較為均勻（圖4）。

圖4 Fst篩選后的SNP在染色體上的分布Fig.4 Distribution of SNP on chromosomes after Fst screening

2.4.4 塔河馬鹿特異性遺傳標(biāo)記的構(gòu)建 從每條染色體選取排名前1 500的SNPs位點(diǎn)，33條染色體共篩選得到49 500個(gè)SNPs位點(diǎn)。49 500個(gè)SNP位點(diǎn)及其前100個(gè)SNPs位點(diǎn)主成分分析結(jié)果表明，當(dāng)位點(diǎn)數(shù)下降至100時(shí)，1999年的塔河馬鹿依然能準(zhǔn)確與天山馬鹿和阿爾泰馬鹿區(qū)分開(kāi)，區(qū)分效力基本沒(méi)有下降。大多數(shù)阿爾泰馬鹿分布PC1的右邊，少量分布與天山馬鹿相近，群體分布較為分散，個(gè)體血源可能不純，此外，1999年的塔河馬鹿和近年的塔河馬鹿在聚類(lèi)圖上區(qū)分明顯，大部分現(xiàn)在的塔河馬鹿與天山馬鹿分布相近，天山馬鹿分布在PC1的左上角，個(gè)體聯(lián)系較為緊密（圖5、6）。

圖5 49 500個(gè)SNPs的主成分分析Fig.5 PCA of 49 500 SNPs

圖6 前100個(gè)SNPs的主成分分析Fig.6 PCA of top 100 SNPs

通過(guò)計(jì)算篩選后選取前100個(gè)SNPs位點(diǎn)作為塔河馬鹿特異性分子遺傳標(biāo)記，前100個(gè)SNPs位點(diǎn)在染色體上的分布可以看到，15和30號(hào)染色體的分布最多，其中15號(hào)染色體上分別有3個(gè)C/C、2個(gè)T/T,G/G和A/A基因型各1個(gè)，30號(hào)染色體有4個(gè)T/T，C/C、G/G、A/A基因型各1個(gè)。1、4、5和23號(hào)染色體上無(wú)分布。得到的塔河馬鹿優(yōu)勢(shì)基因型在大部分染色體上均有分布，分布情況良好（圖7）。

圖7 前100個(gè)SNPs在染色體上的分布Fig.7 Distribution of top 100 SNPs on chromosomes

3 討 論

中國(guó)家養(yǎng)馬鹿遺傳背景單一，塔河馬鹿由于高強(qiáng)度的人工選擇和近交導(dǎo)致品種退化現(xiàn)象日益嚴(yán)重。近年來(lái),隨著雜交改良的推進(jìn)，產(chǎn)茸重量上的絕對(duì)優(yōu)勢(shì)致使雜交鹿在養(yǎng)殖上占據(jù)的市場(chǎng)空間越來(lái)越大，養(yǎng)殖者盲目追求鹿茸產(chǎn)量而無(wú)序雜交，造成了塔河馬鹿純種資源的匱乏。雜交鹿從肉眼上難以與塔河馬鹿區(qū)分，給塔河馬鹿的保種、育種工作帶來(lái)了極大困難。目前二代測(cè)序技術(shù)憑借其高通量和低成本的優(yōu)勢(shì)在動(dòng)物基因組測(cè)序中得到了廣泛的應(yīng)用，在全基因組水平上篩選特異性SNP位點(diǎn)[20]，結(jié)合相關(guān)檢測(cè)技術(shù)和生物信息學(xué)分析，推斷動(dòng)物品種構(gòu)成，預(yù)測(cè)雜種或純種[21]。朱濤等[22]選取7個(gè)群體的56只鴨進(jìn)行重測(cè)序，篩選出686個(gè)存在于特定群體中的SNPs和InDel并隨機(jī)選取7個(gè)進(jìn)行了驗(yàn)證，結(jié)果完全符合預(yù)期。岳陽(yáng)等[23]對(duì)小梅山豬和其他11個(gè)豬品種進(jìn)行簡(jiǎn)化基因組測(cè)序，篩選出5個(gè)小梅山豬的特異性SNPs位點(diǎn)并進(jìn)行驗(yàn)證，建立小梅山豬的SNP分子標(biāo)記鑒別方法。本研究以大量馬鹿的重測(cè)序數(shù)據(jù)為基礎(chǔ)，采用本團(tuán)隊(duì)組裝到染色體的梅花鹿基因組作為參考，更準(zhǔn)確地檢測(cè)塔河馬鹿SNP的變異情況，利用生物信息學(xué)軟件分析SNP位點(diǎn)，提高計(jì)算效率，降低研發(fā)成本，為后續(xù)塔河馬鹿鑒別的相關(guān)技術(shù)開(kāi)發(fā)及應(yīng)用提供多樣化的選擇。

本試驗(yàn)對(duì)32份塔河馬鹿DNA樣本進(jìn)行全基因組重測(cè)序，結(jié)合試驗(yàn)前期的56份馬鹿重測(cè)序數(shù)據(jù)，與組裝到染色體級(jí)別的梅花鹿參考基因組進(jìn)行比對(duì)，通過(guò)生物信息學(xué)分析并得出結(jié)論。結(jié)果表明，32個(gè)塔河馬鹿樣品測(cè)序和比對(duì)情況良好，數(shù)據(jù)量符合預(yù)期。篩選的SNP位點(diǎn)基本分布在基因間和內(nèi)含子區(qū)域，與Wang等[24]研究廣西地方鴨中篩選的SNP位點(diǎn)變異分布結(jié)果一致，SNP的分布差異可能與DNA在不同基因區(qū)域的功能差異有關(guān)[25]。通過(guò)構(gòu)建分子進(jìn)化樹(shù)能進(jìn)一步分析馬鹿的遺傳多樣性并挖掘個(gè)體間的差異[26]，從分子進(jìn)化樹(shù)上可以看到天山馬鹿和阿爾泰馬鹿分支相近，塔河馬鹿單獨(dú)聚成一支，與天山馬鹿和阿爾泰馬鹿相距較遠(yuǎn)，與蘇瑩等[27]、Shao等[28]研究結(jié)果一致。王小鵬[29]利用60K基因芯片結(jié)合主成分分析和系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)篩選特異位點(diǎn)構(gòu)建豬特異性遺傳標(biāo)簽,劉月麗等[30]利用主成分分析和隨機(jī)森林算法結(jié)合篩選高質(zhì)量SNP位點(diǎn)用于羊的品種分類(lèi)。從聚類(lèi)圖中可以看到1999年的塔河馬鹿與其他馬鹿區(qū)分明顯，與現(xiàn)在未知血源狀況的塔河馬鹿也能準(zhǔn)確區(qū)分，進(jìn)一步說(shuō)明現(xiàn)在的塔河馬鹿樣本不純，已經(jīng)進(jìn)行了雜交，混有天山馬鹿或阿爾泰馬鹿的血源。通過(guò)篩選得到的塔河馬鹿特異性SNP位點(diǎn)，不僅將早年的塔河馬鹿與天山馬鹿和阿爾泰馬鹿區(qū)分開(kāi)，還能與現(xiàn)在雜交的塔河馬鹿區(qū)分。SNP標(biāo)記作為第3代分子標(biāo)記被認(rèn)為是目前應(yīng)用前景最好的遺傳標(biāo)記，其在動(dòng)植物基因組中均分布廣泛，穩(wěn)定性高且富有代表性。SNP標(biāo)記不再以DNA片段的長(zhǎng)度變化作為檢測(cè)手段，而是直接以序列變異作為標(biāo)記，完全摒棄了凝膠電泳而采用測(cè)序技術(shù)或最新的DNA芯片技術(shù)。本研究采用全基因組重測(cè)序技術(shù)，測(cè)序深度和覆蓋度高，得到的塔河馬鹿特異性位點(diǎn)范圍廣、準(zhǔn)確性高，另一方面選取的參考群體范圍廣，32份塔河馬鹿重測(cè)序數(shù)據(jù)結(jié)合之前56份馬鹿的重測(cè)序數(shù)據(jù)（11頭塔河馬鹿、11頭天山馬鹿、34頭阿爾泰馬鹿）使特異性位點(diǎn)的篩選結(jié)果更加準(zhǔn)確。

4 結(jié) 論

本研究結(jié)果表明，32份塔河馬鹿重測(cè)序數(shù)據(jù)過(guò)濾后篩選得到了20 139 122個(gè)高質(zhì)量的SNPs位點(diǎn)，建樹(shù)過(guò)濾后SNP位點(diǎn)數(shù)為12 050 781個(gè)，過(guò)濾后共得到544 717個(gè)SNPs位點(diǎn)用于塔河馬鹿分子遺傳標(biāo)記構(gòu)建，最終篩選得到了100個(gè)具有高度多態(tài)性、穩(wěn)定性良好的SNPs位點(diǎn)，結(jié)果為塔河馬鹿的精準(zhǔn)鑒別和核心種質(zhì)的篩選提供理論依據(jù)，為塔河馬鹿種質(zhì)資源的收集、整理、保存和評(píng)價(jià)工作的順利開(kāi)展奠定堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)。