亚洲免费av电影一区二区三区,日韩爱爱视频,51精品视频一区二区三区,91视频爱爱,日韩欧美在线播放视频,中文字幕少妇AV,亚洲电影中文字幕,久久久久亚洲av成人网址,久久综合视频网站,国产在线不卡免费播放

        ?

        UDG在兩種水生動物病毒核酸片段檢測中的抗污染效果研究

        2022-03-28 12:43:58丁能水李奕雅汪小東許弟群
        關(guān)鍵詞:探針質(zhì)粒產(chǎn)物

        陳 凡,丁能水,李奕雅,汪小東,許弟群

        (1.閩南師范大學(xué)生物科學(xué)與技術(shù)學(xué)院,福建 漳州 363000;2.福建傲農(nóng)生物科技集團(tuán)股份有限公司,福建 漳州 363000;3.閩南師范大學(xué)體育學(xué)院,福建 漳州 363000)

        聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(polymerase cain reaction,PCR)是一種指數(shù)級擴(kuò)增微量基因片段的核酸檢測技術(shù),擁有極高的靈敏度,被廣泛應(yīng)用于醫(yī)學(xué)檢測、環(huán)境監(jiān)測、轉(zhuǎn)基因食品、水產(chǎn)養(yǎng)殖等多個領(lǐng)域.以常規(guī)PCR技術(shù)為基礎(chǔ),衍生出諸如多重PCR(Multiplex PCR)、實(shí)時熒光定量PCR(qPCR)、巢式PCR(Nested PCR)等技術(shù),又進(jìn)一步擴(kuò)大了PCR 技術(shù)的應(yīng)用范圍[1].自2020年初新冠疫情爆發(fā)以來,基于PCR 技術(shù)的“核酸檢測”,更是作為確診COVID-19 的“金標(biāo)準(zhǔn)”,為人們所熟知[2].實(shí)際應(yīng)用中,由于PCR 及其衍生技術(shù)具有極高的靈敏度,故其反應(yīng)過程特別是試劑混合與加樣步驟特別容易受到污染物(如陽性DNA 氣溶膠等)的干擾,得出假陽性結(jié)果.且假陽性的產(chǎn)生原因極難排查,更難以徹底解決,長期以來不斷困擾著廣大檢驗(yàn)人員和科技工作者[3-4].因此,實(shí)驗(yàn)室環(huán)境中的污染物控制一直是相關(guān)檢測穩(wěn)定性的重要影響因素.

        一般情況下,若PCR 反應(yīng)體系中存在dUTP,則dUTP 能與dTTP 產(chǎn)生競爭,摻入擴(kuò)增產(chǎn)物中,形成帶有尿嘧啶(U)的DNA 分子.而尿嘧啶-DNA 糖基化酶(Uracil-DNA Glycosylase,UDG)能特異性地切斷DNA 分子中尿嘧啶堿基與脫氧核糖間的N-糖苷鍵,移去尿嘧啶,生成無堿基位點(diǎn),在DNA 片段上挖開缺口[5].帶有缺口的DNA在隨后的PCR循環(huán)中,將無法作為完整的模板被擴(kuò)增.基于這一特性,UDG被用于PCR反應(yīng)中的污染控制,且效果得到了肯定[6-10].

        近年來,PCR 預(yù)混液試劑盒得到普遍應(yīng)用,使用時僅需加入適量引物、模板和水即可進(jìn)行PCR 擴(kuò)增,簡化了操作,也減少了操作過程中可能導(dǎo)致的污染.因此,在常規(guī)和定量PCR 實(shí)驗(yàn)中,預(yù)混試劑盒已經(jīng)占據(jù)了主導(dǎo)地位.然而,此類試劑盒中的酶和dNTP 以預(yù)混方式存在,濃度不可自由調(diào)節(jié),若要向其中添加dUTP,實(shí)現(xiàn)抗污染效果,則與傳統(tǒng)試劑盒相比,其反應(yīng)條件的優(yōu)化更加困難.實(shí)際使用中,若體系中dUTP含量過高,則DNA 聚合酶活性將受到抑制,導(dǎo)致擴(kuò)增效率(檢測靈敏度)降低甚至完全無法擴(kuò)增模板;若dUTP 含量過低,則不能保證PCR 產(chǎn)物中摻入足量的尿嘧啶,對UDG 活性的發(fā)揮不利[10].因此,本研究以PCR產(chǎn)物中A-T占比存在較大差異的鯉魚浮腫病病毒(CEV)和羅非魚湖病病毒(TiLV)核酸檢測為例,對使用PCR 預(yù)混液時,dUTP 的添加量及對應(yīng)條件下UDG 的去污染效果進(jìn)行了評價(jià)研究,以期為該條件下UDG抗污染手段的應(yīng)用和優(yōu)化提供實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)和使用效果的量化參考.

        1 材料與方法

        1.1 感受態(tài)細(xì)胞、工具酶與試劑

        化學(xué)感受態(tài)細(xì)胞DH5α(E.coliDH5α,轉(zhuǎn)化效率>5×108cfu/μg)購于上海唯地生物技術(shù)有限公司.San-Prep柱式質(zhì)粒DNA小量抽提試劑盒,4S Red Plus核酸染色劑,DNA分子量標(biāo)準(zhǔn)Marker(100~5 000 bp),瓊脂糖,SanTaq Plus PCR 擴(kuò)增試劑盒(下文簡稱“SanTaq”),SGExcel UltraSYBR Master 預(yù)混液,SGExcel GoldStar TaqMan Master 預(yù)混液等,購于生工生物工程(上海)股份有限公司.2×Rapid Taq Master Mix(下文簡稱“RapidTaq”),E.coliUDG(5 U/μL),dUTP(100 mM)等,購于南京諾唯贊生物科技股份有限公司.2×HLingene PCR Master Mix(下文簡稱“HLTaq”)購于上?;萘枭锛夹g(shù)有限公司.引物合成與質(zhì)粒測序委托蘇州金唯智生物科技有限公司進(jìn)行.若無特殊說明,各試劑使用時均嚴(yán)格按照對應(yīng)的說明書要求進(jìn)行操作或設(shè)置反應(yīng)條件.

        1.2 陽性質(zhì)粒與引物

        陽性質(zhì)粒pUC19-CEV和pUC19-TiLV均由本課題組構(gòu)建并保存.CEV陽性質(zhì)粒包含鯉魚浮腫病病毒的P4a 蛋白基因保守序列以及5′UTR 序列[11],TiLV 陽性質(zhì)粒包含羅非魚湖病病毒基因的保守序列[12].質(zhì)粒結(jié)構(gòu)及檢測中使用的引物結(jié)合位點(diǎn)與擴(kuò)增片段長度如圖1所示,對應(yīng)的引物序列如表1所示.質(zhì)粒提取過程嚴(yán)格按照抽提試劑盒說明書進(jìn)行.以TE緩沖液溶解純化后的質(zhì)粒分子,并采用NanoDrop 2000c超微量分光光度計(jì)(thermo fisher)測定其濃度.

        表1 本研究使用的引物Tab.1 Primers used in this study

        圖1 本研究使用的陽性質(zhì)粒結(jié)構(gòu)及對應(yīng)的引物結(jié)合位點(diǎn)示意圖Fig.1 Schematic representation of the positive plasmid structures and corresponding primer binding sites used in this study

        1.3 PCR條件與步驟

        本研究使用的PCR 反應(yīng)條件為,(1)常規(guī)PCR(SanTaq、HLTaq、RapidTaq):95 ℃(120 s)→95 ℃(15 s)→55 ℃(15 s)→72 ℃(SanTaq 和HLTaq 為1 000 bp/min,RapidTaq 固定為5 s,35 循環(huán))→72 ℃(120 s)→10 ℃(Hold);(2)染料法qPCR(SGExcel UltraSYBR):95 ℃(180 s)→95 ℃(15 s)→55 ℃(20 s)→72 ℃(30 s,40循環(huán));(3)探針法qPCR(SGExcel GoldStar TaqMan):95 ℃(180 s)→95 ℃(20 s)→60 ℃(30 s,40循環(huán)).其中常規(guī)PCR 使用GE9612T-S 基因擴(kuò)增儀(杭州柏恒科技有限公司)完成,熒光定量PCR 使用QuantStudio?6實(shí)時熒光定量PCR系統(tǒng)(Applied Biosystems)完成.

        巢式PCR步驟,(1)CEV:使用“BF+BR”引物組擴(kuò)增模板中的528 bp片段,經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳確認(rèn)能夠擴(kuò)增出特異性DNA 條帶的樣品,以TE 緩沖液將第一輪擴(kuò)增產(chǎn)物稀釋1 000 倍,作為第二輪反應(yīng)的模板.再使用“IF+IR”擴(kuò)增第二輪模板中的478 bp 片段,并通過瓊脂糖凝膠電泳(1.5%,下同)檢測特異性條帶.若第一輪擴(kuò)增后無法檢測到特異性條帶,則直接使用該產(chǎn)物(不稀釋)作為模板進(jìn)行第二輪擴(kuò)增并檢測.(2)TiLV:除引物外,檢測與模板準(zhǔn)備步驟與CEV一致,第一輪使用引物組“Nested ext-1+ME1”,擴(kuò)增產(chǎn)物共415 bp;第二輪使用引物組“ME1+ME2”,擴(kuò)增產(chǎn)物共250 bp.

        熒光定量PCR:取待測DNA 作為模板,直接通過SYBR Green 染料法或TaqMan 探針法進(jìn)行定量檢測,每個樣品使用3個復(fù)孔.此外,為便于數(shù)據(jù)比較并提高實(shí)驗(yàn)的穩(wěn)定性,在各標(biāo)準(zhǔn)曲線的建立過程中,均以全長質(zhì)粒作為擴(kuò)增模板.

        1.4 Taq酶對dUTP的耐受性檢驗(yàn)

        向PCR反應(yīng)體系中添加不同濃度的dUTP溶液,形成特定的dUTP濃度梯度,再利用各PCR預(yù)混液對pUC19-CEV 和pUC19-TiLV 質(zhì)粒的巢式第一輪陽性片段進(jìn)行擴(kuò)增,并利用瓊脂糖凝膠電泳檢測擴(kuò)增結(jié)果,以確認(rèn)dUTP濃度對PCR反應(yīng)的影響.

        1.5 UDG反應(yīng)條件

        按照特定的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì),將同一擴(kuò)增條件下得到的PCR 產(chǎn)物分裝若干份,并向每份PCR 產(chǎn)物中添加一定量的UDG,對反應(yīng)體系進(jìn)行漩渦混勻,再將混合液以2 000 g離心15 s,隨后轉(zhuǎn)移到水浴鍋或PCR 儀內(nèi),37 ℃孵育10 min,使UDG 充分發(fā)揮作用,降解底物.最后將孵育溫度提升至95 ℃,維持2 min,對UDG 進(jìn)行滅活處理.經(jīng)UDG 處理后的PCR 產(chǎn)物,可通過瓊脂糖凝膠電泳進(jìn)行半定量評價(jià),或以TE 緩沖液稀釋1 000倍后,以qPCR法對降解效果進(jìn)行定量評價(jià).

        1.6 UDG對模板DNA降解效果的評價(jià)

        電泳法:使用PCR預(yù)混液以及不同的巢式引物對CEV和TiLV陽性片段進(jìn)行擴(kuò)增.隨后參照方法1.5,使用不同的UDG濃度對擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行處理.再對處理后的PCR產(chǎn)物進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳檢測.

        染料法qPCR:使用特定PCR 預(yù)混液和引物組擴(kuò)增pUC19-CEV(擴(kuò)增用引物組為“BF+BR”)或pUC19-TiLV(擴(kuò)增用引物組為“Nested-ext1+ME1”)質(zhì)粒中的陽性DNA 片段,再采用不同濃度的UDG 對PCR產(chǎn)物進(jìn)行降解,最后將降解產(chǎn)物以TE緩沖液稀釋1 000倍,作為qPCR模板,配合巢式引物上機(jī)檢測.檢測時使用基于SYBR Green的熒光染料和ROX參比作為熒光定量依據(jù).

        探針法qPCR:使用特定的PCR 預(yù)混液和引物組擴(kuò)增pUC19-CEV(擴(kuò)增用引物組為“BF+BR”)或pUC19-TiLV(擴(kuò)增用引物組為“SF+SR”)中的陽性DNA 片段,并采用不同濃度的UDG 對PCR 產(chǎn)物進(jìn)行降解,再將降解產(chǎn)物以TE緩沖液稀釋1 000倍后,作為qPCR模板,配合探針法引物上機(jī)檢測.檢測時使用基于FAM-BHQ1的探針和ROX參比作為熒光定量依據(jù).

        1.7 統(tǒng)計(jì)學(xué)處理

        所有數(shù)據(jù)使用Minitab v17.0 軟件進(jìn)行數(shù)值統(tǒng)計(jì).熒光定量PCR 復(fù)孔檢測結(jié)果的Ct 值以“平均值±標(biāo)準(zhǔn)差”表示(由于qPCR 數(shù)據(jù)的平均值遠(yuǎn)大于標(biāo)準(zhǔn)差,使各檢測結(jié)果的CV 值均小于1%,故圖5-6 不對標(biāo)準(zhǔn)差進(jìn)行繪制),利用線性回歸得到不同模板添加量對應(yīng)的回歸方程與決定系數(shù)后,根據(jù)回歸方程反推待測樣品中的模板含量并進(jìn)行相互比較與計(jì)算.

        2 結(jié)果與討論

        2.1 Taq酶對dUTP的耐受性分析

        不同Taq酶對dUTP作為反應(yīng)底物的耐受性實(shí)驗(yàn)結(jié)果如圖2所示.由圖中的電泳條帶可見:SanTaq和HLTaq的擴(kuò)增產(chǎn)量均隨著反應(yīng)體系中dUTP濃度的增加而呈現(xiàn)降低趨勢.更為明顯的是,RapidTaq對體系中dUTP 的存在完全不耐受,僅向反應(yīng)體系中添加100 μmol/L 的dUTP 即可完全抑制其活性.因此,后續(xù)實(shí)驗(yàn)不再以RapidTaq為實(shí)驗(yàn)材料展開進(jìn)一步探討.反觀SanTaq和HLTaq對應(yīng)的實(shí)驗(yàn)結(jié)果,可以發(fā)現(xiàn):在檢測CEV基因時,若dUTP濃度達(dá)到400 μmol/L,則SanTaq的擴(kuò)增效率顯著降低;若dUTP濃度達(dá)到800 μmol/L,則HLTaq 的擴(kuò)增性能也有明顯下降.而檢測TiLV 基因時,dUTP 對兩種酶特別是HLTaq 擴(kuò)增性能的影響則相對較小.這一現(xiàn)象產(chǎn)生的原因可能在于:CEV模板中A-T堿基的占比為68.4%,遠(yuǎn)高于TiLV的50.6%(圖1),導(dǎo)致CEV模板擴(kuò)增過程中Taq酶與dUTP的相互作用更為頻繁.

        圖2 三種Taq酶對dUTP的耐受性實(shí)驗(yàn)結(jié)果Fig.2 Experiment results of the dUTP tolerance with three Taq DNA polymerase

        為確保PCR 體系中加入的dUTP 不對擴(kuò)增效率產(chǎn)生較大干擾,本研究以近年來參與全國水生動物防疫系統(tǒng)實(shí)驗(yàn)室檢測能力驗(yàn)證的檢驗(yàn)數(shù)據(jù)為基礎(chǔ),計(jì)算得到:標(biāo)準(zhǔn)核酸抽提手段下,病魚樣本中能夠提取到的CEV陽性DNA模板濃度最小值約等價(jià)于pUC19-CEV質(zhì)粒0.022 pg/μL;病魚中的TiLV陽性RNA經(jīng)逆轉(zhuǎn)錄后,對應(yīng)的DNA模板濃度最小值約等價(jià)于pUC19-TiLV質(zhì)粒0.007 pg/μL.因此,本研究考察了陽性質(zhì)粒用量0.2 pg/μL 以及0.002 pg/μL 情況下,dUTP 濃度梯度對兩種Taq 酶擴(kuò)增效果的影響,結(jié)果(圖3)表明:(1)dUTP用量不超過200 μmol/L時,兩種酶在高低兩種模板濃度下的擴(kuò)增效果受dUTP影響較??;(2)dUTP用量不超過800 μmol/L時,即使在低模板濃度下,兩種酶也能通過PCR擴(kuò)增準(zhǔn)確判斷陽性模板的存在.其中,HLTaq 在dUTP 濃度達(dá)到1 800 μmol/L的情況下,對低濃度模板依然有效.為便于橫向比較,后續(xù)統(tǒng)一以200 μmol/L的dUTP濃度為基本反應(yīng)條件,展開進(jìn)一步研究.

        2.2 UDG用量對模板降解效果的影響(電泳法)

        UDG 用量對模板降解效果的影響如圖4所示.通過對圖4A-D 組結(jié)果的分析,可知:(1)UDG 對不含U 的底物不產(chǎn)生降解,可認(rèn)為UDG 在本研究使用的反應(yīng)條件下無非特異活性;(2)不同UDG 濃度對含U的底物均產(chǎn)生了極其顯著的降解效果,且可以認(rèn)為:隨著UDG 濃度的升高,降解效果愈發(fā)理想(降解產(chǎn)物的分子量均一性逐漸提高).但對比圖中展示的各電泳結(jié)果,也能看出:UDG 用量超過0.2 U/10 μL 時(即試劑說明書推薦的最低用量),降解效果未隨用量的提高而發(fā)生顯著變化.

        圖4 不同UDG濃度對各PCR產(chǎn)物的降解效果Fig.4 Amplicon degradation by UDG concentration gradient

        2.3 UDG用量對模板降解效果的影響(染料法qPCR)

        以qPCR(染料法)對UDG的降解效果進(jìn)行定量評價(jià),結(jié)果如圖5所示(因同組實(shí)驗(yàn)中任意兩個數(shù)據(jù)均存在顯著差異,故圖中不再額外標(biāo)記).當(dāng)使用0.05、0.2、1 U/10 μL 三種濃度的UDG 處理同一PCR 產(chǎn)物時,不論擴(kuò)增模板是CEV 還是TiLV 陽性片段,也不論使用了何種預(yù)混液,UDG 均表現(xiàn)出良好的降解效果.僅在0.05 U/10 μL的用量下,其模板的平均降解水平就可達(dá)99.9%左右;若提高UDG用量至1 U/10 μL,則平均降解水平可上升至99.98%左右.

        從本組結(jié)果可推導(dǎo)如下結(jié)論:(1)UDG 對幾種含U 模板均有顯著降解效果,若使用0.2 U/10 μL 的UDG,則降解效率通常在99.95%以上.(2)從降解效率分析,與0.2 U/10 μL 的UDG 濃度相比,若僅使用0.05 U/10 μL,其作用效果明顯下降;若使用1 U/10 μL 的UDG 濃度,則效率提高有限或不提高.(3)使用SanTaq 擴(kuò)增的產(chǎn)物,其降解效率普遍高于HLTaq,其原因可能在于:1)同條件下,SanTaq 可能更容易將dUTP 摻入終產(chǎn)物,有利于UDG 發(fā)揮作用;2)SanTaq反應(yīng)體系的配方(如緩沖液濃度、pH 值等)對UDG 的活性更為友好;3)SanTaq擴(kuò)增效率較HLTaq更低,在酶活相同的情況下,更低的底物濃度對反應(yīng)完全更為有利.但具體由哪個因素主導(dǎo),仍有待進(jìn)一步研究.

        2.4 UDG用量對模板降解效果的影響(探針法qPCR)

        以qPCR(探針法)對UDG的降解效果進(jìn)行定量評價(jià),其實(shí)驗(yàn)結(jié)果如圖6所示(因同組實(shí)驗(yàn)中任意兩個數(shù)據(jù)均存在顯著差異,故圖中不再額外標(biāo)記),當(dāng)使用由低到高三種UDG濃度處理同一PCR產(chǎn)物時,其結(jié)果與圖5相似——不同的UDG濃度均能在本組實(shí)驗(yàn)中展現(xiàn)出對模板的降解效果.

        圖5 不同UDG濃度對不同PCR產(chǎn)物降解效果的定量分析(qPCR染料法)Fig.5 SYBR Green based quantitative evaluation of amplicon degradation by UDG concentration gradient

        圖6 不同UDG濃度對不同PCR產(chǎn)物降解效果的定量分析(qPCR探針法)Fig.6 TaqMan based quantitative evaluation of amplicon degradation by UDG concentration gradient

        與染料法qPCR檢測不同的是:利用qPCR(探針法)檢測特定目標(biāo)時,為保證擴(kuò)增效率,通常要求擴(kuò)增的片段小于200 bp[16].但更短的片段意味著更低的尿嘧啶摻入概率,勢必對UDG的作用效果產(chǎn)生影響.因此,本組實(shí)驗(yàn)的結(jié)果明顯可見:(1)與圖5所示數(shù)據(jù)相比,當(dāng)擴(kuò)增產(chǎn)物較短時(探針法CEV 產(chǎn)物為76 bp,TiLV產(chǎn)物為67 bp),UDG對潛在污染物的降解效率有明顯下降.即便使用較高的UDG濃度,其CEV模板降解效率也只能達(dá)到99.9%左右,相比染料法的結(jié)果降低了約10 倍,且這一現(xiàn)象在TiLV 模板的降解中(最高降解率僅98.438%)更為明顯.因此,可認(rèn)為過短的產(chǎn)物對UDG的降解作用不利.(2)使用探針法檢測時,CEV模板(A-T:65.8%)降解效率明顯高于TiLV模板(A-T:50.7%),可見底物的A-T含量對UDG活性的影響很大,含量越高則UDG 作用效果越好.(3)本組實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)顯示HLTaq 擴(kuò)增產(chǎn)物的降解效率高于SanTaq,與圖5所示結(jié)論相反.推測其原因可能在于:探針法檢測過程中,熒光信號的強(qiáng)弱不單取決于擴(kuò)增反應(yīng)本身,探針分子與模板的結(jié)合能力也至關(guān)重要.且探針分子只能選擇性地結(jié)合DNA雙鏈中的某一鏈,故探針分子中腺嘌呤(A,能夠與模板中的T或U配對)的數(shù)量與分布就可能對反應(yīng)過程中的熒光信號產(chǎn)生較大影響.而通過分析CEV 探針(qProbe)和TiLV 探針(TiLV-P1)的序列,可以發(fā)現(xiàn)其中A 的占比均小于整個陽性模板的均值.特別是TiLV-P1 中,A 占比僅5.6%,遠(yuǎn)低于探針法擴(kuò)增區(qū)域中的20.9%,故檢測時可能呈現(xiàn)出與染料法不一致的結(jié)果.因此,在UDG 對底物的降解效率評價(jià)中,染料法的實(shí)驗(yàn)結(jié)果可能更具有參考價(jià)值.(4)HLTaq擴(kuò)增產(chǎn)物,在UDG用量為0.05 U/10 μL時,降解效率遠(yuǎn)不及0.2 U/10 μL以上的條件,也從另一方面佐證了SanTaq的反應(yīng)體系配方對UDG活性的表達(dá)更為有利,即使用HLTaq擴(kuò)增檢測模板時,需使用較高(過量)的UDG濃度,才能達(dá)到理想的效果.

        3 結(jié)語

        UDG 屬于生物進(jìn)化過程中較為保守的DNA 修復(fù)酶系,是由六個亞家族組成的蛋白質(zhì)超家族.除了其自身獨(dú)特的生物學(xué)功能外,在PCR反應(yīng)中,UDG通常被用于DNA殘留污染的清除.

        (1)UDG 的實(shí)際作用效果受到擴(kuò)增產(chǎn)物大小、產(chǎn)物中A-T 堿基比例,以及Taq 酶自身對反應(yīng)體系中dUTP濃度耐受的影響.總體而言,擴(kuò)增產(chǎn)物越長,產(chǎn)物中A-T堿基對越多,Taq對dUTP耐受性越好的情況下,越有利于UDG 的抗污染作用.故使用UDG 作為抗污染試劑前,建議根據(jù)具體實(shí)驗(yàn)材料,首先進(jìn)行預(yù)實(shí)驗(yàn),摸索得到較好的反應(yīng)條件后,再鋪開后續(xù)的研究或檢測工作.

        (2)使用SanTaq 和HLTaq 兩種PCR 預(yù)混液試劑盒作為檢測工具時,向反應(yīng)體系中添加200 μmol/L 的dUTP,并使用0.2 U/10 μL 的UDG 濃度清除潛在陽性污染物,是一種比較適宜的條件(僅使用HLTaq,則dUTP濃度可進(jìn)一步提高).在這一條件下,若進(jìn)行常規(guī)PCR,則UDG對污染物的清除效率在99.9%以上,且多數(shù)情況高于99.95%.若實(shí)驗(yàn)環(huán)境中僅存在輕度污染,UDG 能夠較好地發(fā)揮作用.若使用qPCR(探針法)作為檢測手段,則同樣條件下污染物的清除率只能達(dá)到96.5%以上,對于高靈敏度的qPCR體系,這一清除率則略顯不足.但值得注意的是:研究中使用了陽性片段的降解產(chǎn)物作為模板進(jìn)行定量評價(jià).事實(shí)上,此類降解產(chǎn)物中仍不乏能夠正常結(jié)合引物或探針的片段,只是模板斷裂后擴(kuò)增效率大幅下降而已,但其仍具備誘導(dǎo)產(chǎn)生熒光信號的能力.故可認(rèn)為:本研究中UDG 的降解效率實(shí)際上優(yōu)于qPCR 法的定量檢測結(jié)果.若需要更為準(zhǔn)確地評價(jià)UDG的作用效果,則必須借助數(shù)字PCR等更為先進(jìn)的檢測工具.

        (3)鑒于UDG 的作用特點(diǎn),若污染物不含或少含尿嘧啶堿基,則其難以發(fā)揮作用.因此,在實(shí)際操作中,其抗污染能力是有一定限度的,操作人員除了添加dUTP和UDG作為抗污染手段外,更應(yīng)該注意養(yǎng)成良好的操作習(xí)慣,并注意加強(qiáng)實(shí)驗(yàn)室標(biāo)準(zhǔn)化管理,才能確保檢測的準(zhǔn)確度.

        本研究系統(tǒng)地分析了以PCR預(yù)混液試劑盒為檢測工具時,UDG 酶在CEV 和TiLV 檢測中的抗污染作用,一方面總結(jié)得出了檢測時較為適宜的dUTP和UDG 用量,另一方面也為特定條件下UDG 對污染性模板的清除率做了定量統(tǒng)計(jì),能為該技術(shù)的具體應(yīng)用與進(jìn)一步優(yōu)化提供實(shí)驗(yàn)依據(jù).

        猜你喜歡
        探針質(zhì)粒產(chǎn)物
        低共熔溶劑在天然產(chǎn)物提取中的應(yīng)用
        《天然產(chǎn)物研究與開發(fā)》青年編委會
        短乳桿菌天然質(zhì)粒分類
        多通道Taqman-探針熒光定量PCR鑒定MRSA方法的建立
        BOPIM-dma作為BSA Site Ⅰ特異性探針的研究及其應(yīng)用
        重組質(zhì)粒rAd-EGF構(gòu)建并轉(zhuǎn)染hDPSCs對其增殖的影響
        Survivin-siRNA重組質(zhì)粒對人神經(jīng)母細(xì)胞瘤細(xì)胞SH-SY5Y的作用
        透射電子顯微鏡中的掃描探針裝置
        BAG4過表達(dá)重組質(zhì)粒構(gòu)建及轉(zhuǎn)染結(jié)腸癌SW480細(xì)胞的鑒定
        掃描近場光電多功能探針系統(tǒng)
        亚洲七七久久综合桃花| www夜片内射视频在观看视频| 日韩精品久久久久久免费| 欧美综合自拍亚洲综合图片区| 亚洲人成网站久久久综合| 白白色发布视频在线播放 | 亚洲色图片区| 精品国产三级在线观看| 国产亚洲精品不卡在线| 一区二区三区在线观看视频精品| 精品免费国产一区二区三区四区| 国产va免费精品高清在线| 久久免费视亚洲无码视频| 中文字幕亚洲视频三区| 亚洲av综合av一区二区三区| 日本熟妇色xxxxx欧美老妇| 色综合久久久久综合999| 亚洲国产日韩综合天堂| 亚洲中文字幕无码av永久| 久久精品一区二区三区av| 99久久99久久精品免观看| 国产精品一二三区亚洲| 特黄熟妇丰满人妻无码| 国产av影片麻豆精品传媒| 国产精品一区二区三密桃| av网站在线观看亚洲国产| 成人免费777777被爆出| 亚洲中文欧美日韩在线人| 我也色自拍俺也色自拍| 亚洲欧美日韩综合一区二区| 国产精品卡一卡二卡三| 欧洲一级无码AV毛片免费| 就爱射视频在线视频在线| 黄网站欧美内射| 五月婷婷影视| 国产免费成人自拍视频| 99精品人妻无码专区在线视频区| 亚洲v日本v欧美v综合v| 青青草视频在线免费视频| 无码无套少妇毛多18p| 77777亚洲午夜久久多人|