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        基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)探討金銀花抗動脈粥樣硬化的作用機(jī)制*

        2022-03-15 08:08:26曾長林胡子毅魏明全李人亮
        關(guān)鍵詞:靶標(biāo)金銀花靶點(diǎn)

        曾長林 胡子毅 魏明全※ 李人亮 張 平 易 瑩

        (1.江西省永修縣人民醫(yī)院中醫(yī)科,江西 永修 330300;2.江西中醫(yī)藥大學(xué)附屬醫(yī)院急診科,江西 南昌 330006;3.江西中醫(yī)藥大學(xué),江西 南昌 330004)

        動脈粥樣硬化(atherosclerosis,AS)是心血管疾病最普遍的病變基礎(chǔ)。由于脂質(zhì)沉積在動脈血管內(nèi)壁,并伴有平滑肌細(xì)胞和纖維基質(zhì)增生,逐漸形成分散或成片的粥樣斑塊,導(dǎo)致血管管腔變窄不穩(wěn)定的粥樣斑塊還容易破裂出血形成血栓,從而導(dǎo)致急性心腦血管疾病的發(fā)生[1]。金銀花首載于《名醫(yī)別錄》,味甘,性寒,歸肺、胃、大腸經(jīng),具有清熱解毒之功?,F(xiàn)代藥理研究[2,3]發(fā)現(xiàn)金銀花具有抗炎、抑制血小板凝聚、抗氧化、提高免疫力等諸多功用。近年來有學(xué)者[4]提出運(yùn)用清熱解毒法防治AS。因此,本文擬通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法探討金銀花的藥物活性成分及其治療AS 可能的作用機(jī)制,為該藥對改善AS 的體內(nèi)外研究提供基礎(chǔ)。

        1 材料與方法

        1.1 材料 本研究所涉及數(shù)據(jù)庫包括:中藥系統(tǒng)藥理學(xué)技術(shù)平臺(TCMSP)數(shù)據(jù)庫(http://ibts.hkbu.edu.hk/LSP/tcmsp.php)、Uniprot 數(shù)據(jù)庫(https://www.uniprot.org/)、GeneCards 數(shù)據(jù) 庫(http://www.genecards.org/)、Drugbank 數(shù)據(jù)庫(https://www.drugbank.ca/)、PharmGkb 數(shù)據(jù)庫(https://www.pharmgkb.org/)、TTD 數(shù)據(jù)庫(http://db.idrblab.net/ttd/)、String 數(shù)據(jù)庫(https://string-db.org/)。

        1.2 金銀花活性成分的獲取及靶點(diǎn)的篩選 通過TCMSP數(shù)據(jù)庫對金銀花的化學(xué)成分進(jìn)行檢索,設(shè)置口服吸收利用度(OB)≥30%、類藥性(DL)≥0.18 進(jìn)行活性成分的篩選[5],在Drugbank 數(shù)據(jù)庫中查找金銀花活性成分對應(yīng)的有效靶點(diǎn)。

        1.3 動脈粥樣硬化靶標(biāo)的預(yù)測 以“Atherosclerosis”為關(guān)鍵詞,通過GeneCards、Drugbank、PharmGkb 和TTD數(shù)據(jù)庫進(jìn)行檢索,去除重復(fù)及假陽性的靶點(diǎn)后取并集,從而獲取AS 的靶標(biāo)基因。

        1.4 蛋白互作網(wǎng)絡(luò)(PPI)與“藥物-活性成分-靶點(diǎn)-疾病”網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建 通過Venn diagrams 在線工具將上述所獲得的藥物靶標(biāo)與疾病靶標(biāo)進(jìn)行映射,取交集基因后,利用String 數(shù)據(jù)庫進(jìn)行靶標(biāo)蛋白互作分析,物種設(shè)為“Homo sapiens”(人類),最低相互作用閾值設(shè)為最高置信度0.9“highest confidence”,其余參數(shù)保持默認(rèn)設(shè)置[6]。通過Cytoscape 3.7.2 軟件繪制“藥物-活性成分-靶點(diǎn)-疾病”網(wǎng)絡(luò)圖,運(yùn)用cytoHubba 插件進(jìn)行核心靶點(diǎn)的篩選。

        1.5 基因本體論(GO)分類富集分析及京都基因和基因組百科全書(KEGG)通路富集分析 通過R4.0.4 軟件中的Bioconductor 包進(jìn)行GO 和KEGG 富集分析。

        2 結(jié)果

        2.1 金銀花的有效成分與靶點(diǎn) 通過TCMSP 數(shù)據(jù)庫篩選出17 個(gè)活性成分,對應(yīng)196 個(gè)靶標(biāo)蛋白。

        2.2 動脈粥樣硬化靶標(biāo)的預(yù)測 通過GeneCards 數(shù)據(jù)庫檢索出4481 個(gè)疾病靶標(biāo),設(shè)置相關(guān)系數(shù)≥1 后篩選出2371 個(gè)靶標(biāo),通過Drugbank 數(shù)據(jù)庫檢索出46 個(gè)疾病靶標(biāo),通過PharmGkb 數(shù)據(jù)庫檢索出26 個(gè)疾病靶標(biāo),通過TTD 數(shù)據(jù)庫檢索出22 個(gè)疾病靶標(biāo)。對上述結(jié)果進(jìn)行去并集并剔除重復(fù)值后,最終獲得2419 個(gè)AS 靶標(biāo)。

        2.3 PPI 網(wǎng)絡(luò)與“藥物-成分-靶點(diǎn)-疾病”網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建 通過Venn diagrams 在線工具將金銀花對應(yīng)靶標(biāo)與AS 靶標(biāo)進(jìn)行映射,共獲得129 個(gè)共有靶標(biāo),即為金銀花治療AS 的關(guān)鍵靶標(biāo)。利用String 數(shù)據(jù)庫將映射所得的129 個(gè)靶點(diǎn)制作成PPI 網(wǎng)絡(luò),見圖1。利用cytoHubba 插件篩選出得分最高的10 位基因依次為JUN、RELA、MAPK1、MYC、IL6、IL4、IL1B、AKT1、MAPK14 和IL2。將整理得到金銀花活性成分及關(guān)鍵靶點(diǎn)導(dǎo)入Cytoscape 3.7.2 軟件構(gòu)建“藥物-成分-靶點(diǎn)-疾病”網(wǎng)絡(luò)圖,見圖2。其中,槲皮素(Quercetin)、山柰酚(Kaempferol)、木樨草素(Luteolin)、β-谷甾醇(beta-sitosterol)和豆甾醇(Stigmasterol)等的度值較高,均能與25 個(gè)以上的靶點(diǎn)相連接,因此推測這5 個(gè)成分可能是金銀花發(fā)揮治療AS 作用的主要活性成分。

        圖1 金銀花治療AS 的PPI網(wǎng)絡(luò)圖

        圖2 藥物-成分-靶點(diǎn)-疾病網(wǎng)絡(luò)

        2.4 GO 與KEGG 富集分析 利用R 4.0.2 軟件中的Bioconductor 軟件包對129 個(gè)關(guān)鍵靶標(biāo)進(jìn)行功能富集和主要作用通路分析,其中GO 功能富集分析得到GO 條目2584 個(gè)(P <0.01),包括生物過程(BP)2328 個(gè),分子功能(MF)172 個(gè)和細(xì)胞組分(CC)84 個(gè)。KEGG 通路富集篩選得到信號通路162 條(P <0.01),選取排名在前20 位的通路繪制氣圖,見圖3。

        圖3 金銀花治療AS 關(guān)鍵靶標(biāo)的KEGG 通路富集分析

        3 討論

        AS 在中醫(yī)學(xué)中無相對應(yīng)病名。脂質(zhì)代謝紊亂作為AS形成的主要病因,由于其臨床表現(xiàn)與痰濁類的表現(xiàn)一致,故常將其歸屬于“痰濁”。也有學(xué)者認(rèn)為AS 當(dāng)屬于中醫(yī)的“濁毒”,認(rèn)為“濁毒”與細(xì)胞炎癥通路之間可能存在著一定的關(guān)聯(lián),提出濁邪伏脈是AS 形成的關(guān)鍵病機(jī),進(jìn)一步從“濁毒”理論探討了AS 治療策略[7,8]。中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是通過構(gòu)建“成分-靶點(diǎn)-疾病”復(fù)雜網(wǎng)絡(luò),從整體和系統(tǒng)出發(fā),闡釋和分析研究對象的藥理學(xué)機(jī)制,為研究中藥成分復(fù)雜作用機(jī)制提供新的思路。

        本研究篩選出金銀花與AS 的交集基因129 個(gè),通過構(gòu)建“藥物-成分-靶點(diǎn)-疾病”網(wǎng)絡(luò),我們發(fā)現(xiàn)槲皮素、山柰酚、木樨草素、β-谷甾醇和豆甾醇這5 個(gè)成分可能是金銀花發(fā)揮治療AS 作用的主要活性成分。研究顯示槲皮素抑制小鼠腹腔巨噬細(xì)胞中氧化低密度脂蛋白(ox-LDL)刺激的活性氧物種的過量生產(chǎn)來減輕AS[9]。山奈酚可通過其抗氧化和抗炎作用治療AS,并通過抑制PI3K/Akt/mTOR 通路和增加內(nèi)皮細(xì)胞自噬來緩解ox-LDL誘導(dǎo)的細(xì)胞凋亡[10,11]。木犀草素可通過在體外抑制信號轉(zhuǎn)導(dǎo)和轉(zhuǎn)錄激活因子3(STAT3),減少ox-LDL 誘導(dǎo)的炎癥,顯著減輕高脂飲食誘導(dǎo)的ApoE-/-小鼠的AS[12]。β-谷甾醇可通過增加p21cip1蛋白水平抑制VSMC 增殖,進(jìn)而抑制CDK2 活性,最終阻斷細(xì)胞周期的進(jìn)展,從而發(fā)揮抗AS 的活性[13]。豆甾醇是一種與膽固醇結(jié)構(gòu)相似的植物甾醇,因其抗AS、降低膽固醇的作用而被廣泛研究,修飾脂蛋白中豆甾醇的存在促進(jìn)了膽固醇外流,抑制了巨噬泡沫細(xì)胞對脂質(zhì)負(fù)荷的炎性細(xì)胞因子分泌[14]。

        本研究通過MCC 算法篩選出金銀花治療AS 的10 個(gè)關(guān)鍵基因,即JUN、RELA、MAPK1、MYC、IL6、IL4、IL1B、AKT1、MAPK14 和IL2。其中IL1B、IL2、IL4 和IL6 均屬于白細(xì)胞介素家族,白細(xì)胞介素在傳遞信息,激活與調(diào)節(jié)免疫細(xì)胞,介導(dǎo)T、B 細(xì)胞活化、增殖與分化及在炎癥反應(yīng)中起重要作用。MAPK1 和MAPK14 屬于絲裂原激活的蛋白激酶,與巨噬細(xì)胞膽固醇穩(wěn)態(tài)和AS 基因表達(dá)有關(guān)[15]。研究JUN 證明與高膽固醇血癥誘導(dǎo)的AS 有關(guān)[16]。RELA 是NF-κB 家族最重要的功能子單位,而NF-κB 又是炎癥過程的主要調(diào)節(jié)器,在AS 中起著關(guān)鍵作用[17]。MYC 基因是較早發(fā)現(xiàn)的一組癌基因,包括c-Myc,N-Myc 和L-Myc。原癌基因c-Myc 的表達(dá)改變與細(xì)胞內(nèi)氧化應(yīng)激和增加的DNA 損傷有關(guān),參與了體外和體內(nèi)早期AS 形成的氧化敏感機(jī)制的啟動[18]。研究[19]顯示AKT1 可通過抑制Fox-O3a 及其下游基因包括凋亡蛋白酶激活因子1(Apaf-1),在血管重塑和AS 形成過程中是VSMCs 存活的主要調(diào)節(jié)因子,AKT1 的下調(diào)抑制了血管平滑肌細(xì)胞的遷移和存活,并改善了AS 過程中斑塊薄弱和心功能不全的特征。

        基于KEGG 通路富集分析發(fā)現(xiàn),金銀花可直接作用于血脂和AS 以及流體剪切應(yīng)力和AS 通路。此外還可作用于PI3K-Akt 信號通路、糖尿病并發(fā)癥中AGE-RAGE 信號通路、TNF 信號通路等與AS 發(fā)生發(fā)展相關(guān)的信號通路。PI3K-Akt 信號通路是細(xì)胞中經(jīng)典的信號通路,參與細(xì)胞增殖、細(xì)胞周期、細(xì)胞凋亡、炎癥、缺血損傷和腫瘤進(jìn)展等多種生理病理過程。晚期糖基化終末產(chǎn)物(AGEs)被廣泛認(rèn)為是糖尿病動脈硬化發(fā)病的重要誘導(dǎo)因素,糖尿病患者體內(nèi)產(chǎn)生的AGEs 通過激活A(yù)GE-RAGE 信號通路,然后激活FSTL1 的表達(dá),從而促使IL-1β、TNF-α 等炎性因子的表達(dá),進(jìn)一步導(dǎo)致AS 的發(fā)生[20]。另外TNF 信號通路也與炎癥反應(yīng)有關(guān),參與AS 的發(fā)展過程[21]。

        綜上所述,金銀花可能主要通過β-胡蘿卜素、木樨草素、山柰酚和槲皮素等多種活性成分作用于JUN、RELA、IL1B、IL6 和MAPK1 等基因,可直接調(diào)控血脂和AS、流體剪切應(yīng)力和AS 通路起到抗動脈粥樣硬化作用。本研究發(fā)現(xiàn)金銀花在治療動脈粥樣硬化方面具有很大潛力,值得進(jìn)一步通過體內(nèi)外實(shí)驗(yàn)進(jìn)行驗(yàn)證。

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