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        基于轉(zhuǎn)錄組測序方法研究加替沙星對小鼠的肝損傷作用

        2022-02-15 08:24:38國瑞賢謝廣云
        癌變·畸變·突變 2022年1期
        關(guān)鍵詞:小鼠劑量血清

        國瑞賢,謝廣云*,韓 瑩*

        (1.中央民族大學(xué)藥學(xué)院,北京 100081;2.中國疾病預(yù)防控制中心職業(yè)衛(wèi)生與中毒控制所,北京 100050;3.中國食品藥品檢定研究院化學(xué)藥品檢定所抗生素室,北京 102629)

        【關(guān)鍵字】加替沙星;肝毒性;轉(zhuǎn)錄組學(xué);差異表達(dá)基因;小鼠

        氟喹諾酮類藥物(fluoroquinolones,F(xiàn)Qs)是一種常見的廣譜殺菌藥物,因其與很多抗菌藥物之間的交叉耐藥性比較低,廣泛應(yīng)用于治療人類、農(nóng)場動物和鳥類感染性疾病[1-3]。但是在臨床使用中發(fā)現(xiàn),F(xiàn)Qs會對患者的肝臟造成一定的損傷[4-6]。曲伐沙星因其有致肝炎甚至嚴(yán)重肝衰竭等不良反應(yīng)被撤出市場[7]。據(jù)研究表明[8],F(xiàn)Qs中涉及肝毒性的共有環(huán)丙沙星、莫西沙星、氧氟沙星、洛美沙星、諾氟沙星、左氧氟沙星、加替沙星、依諾沙星等8個品種。FQs是我國生產(chǎn)和使用最為常見的一類抗生素,故研究FQs的毒理效應(yīng)對于其安全性評價具有重要意義。

        加替沙星(gatifloxacin,GAT)是第四代氟喹諾酮類藥物的典型代表藥物,廣泛應(yīng)用于國內(nèi)外市場。由于可能產(chǎn)生低血糖或高血糖等嚴(yán)重乃至致命的不良反應(yīng),該藥物從美國和加拿大市場上被撤銷。而中國和其他一些發(fā)展中國家仍在使用GAT作為藥物[9]。臨床上報道[10],它會引起惡心、頭暈、躁動和焦慮。Oladapo Rotimi等[11]研究了10、20、40和80 mg/kg 4個劑量加替沙星對大鼠肝臟氧化應(yīng)激相關(guān)的表觀遺傳學(xué)和細(xì)胞凋亡相關(guān)基因的表達(dá)影響,結(jié)果表明,10 mg/kg的加替沙星即可誘導(dǎo)肝細(xì)胞凋亡和表觀遺傳變化。但是上述研究均未提及肝毒性。GAT在土壤、水和食物中的積累將通過食物鏈增加對人類健康的風(fēng)險,因此需要評估GAT是否會導(dǎo)致肝毒性。

        轉(zhuǎn)錄組測序(RNA sequencing,RNA-seq)技術(shù)可以捕捉不同組織或狀態(tài)下的轉(zhuǎn)錄組動態(tài)變化,通過分析不同因素作用下的基因在RNA水平表達(dá)的差異,可以將顯著差異表達(dá)的基因與某些生物學(xué)功能聯(lián)系起來,用于檢測早期損傷標(biāo)志物和分子調(diào)控機制的研究[12]。

        為了評估GAT暴露是否會產(chǎn)生肝毒性,本文以SPF級昆明小鼠為研究對象,通過檢測小鼠血清肝功能指標(biāo)變化,采用轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)檢測對照組和GAT給藥組小鼠肝組織的轉(zhuǎn)錄組動態(tài)變化,初步探討加替沙星造成小鼠肝損傷的機制,為深入研究GAT造成人肝損傷的機制提供依據(jù),并為FQs的環(huán)境質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)、藥物監(jiān)管和風(fēng)險評估提供理論依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 試劑

        加替沙星(GAT,純度97.2%)由中國食品藥品檢定研究院提供。谷丙轉(zhuǎn)氨酶(alanine transaminase,ALT)、谷草轉(zhuǎn)氨酶(aspartate aminotransferase,AST)、堿性磷酸酶(alkaline phosphatase,AKP)、肌酐(creatinine,CRE)和甘油三酯(triglyceride,TG)試劑盒,均購自南京建成生物工程研究所。

        1.2 實驗動物與處理

        32只SPF級雄性昆明小鼠(26~28 g)購自斯貝福(北京)實驗動物科技有限公司,動物許可證號SCXK(京)2019-0010。本研究所涉及的動物實驗由中央民族大學(xué)生物與醫(yī)學(xué)倫理審查委員會批準(zhǔn),動物實驗批準(zhǔn)號ECNUC2021002AO。

        小鼠適應(yīng)性飼養(yǎng)3 d后,隨機分為4組,每組各8只。對照組按10 mL/kg灌胃給予雙蒸水。加替沙星低、中、高劑量給藥組分別按25、50、100 mg/kg灌胃給藥,每天1次,連續(xù)7 d。飼養(yǎng)環(huán)境保持22~24℃的溫度,40%~60%的相對濕度,12 h/12 h晝夜交替。各組小鼠飼養(yǎng)和管理條件相同,每天為小鼠提供干凈的飲用水和食物。給藥7 d后處死小鼠,采血制備血清,取出肝臟并稱取質(zhì)量,按下式計算肝臟系數(shù)。

        肝臟系數(shù)=肝臟質(zhì)量/體質(zhì)量×100%

        1.3 血清肝功能指標(biāo)檢測

        采用試劑盒檢測各組小鼠血清中的ALT、AST、AKP、CRE和TG的濃度。

        1.4 肝組織轉(zhuǎn)錄組測序

        對照組和中劑量GAT組隨機取3只小鼠的肝組織樣本,用0.9%氯化鈉溶液沖洗殘余血跡,即刻置于含5倍量RNA later試劑的EP管中,隨后置于-20℃冰箱備用。用TRIzol試劑(美國Sigma公司)從肝臟組織中提取總RNA,選擇質(zhì)量合格的總RNA作為mRNA測序的建庫起始樣品,其質(zhì)量要求通過Agilent 2100 Bioanalyzer(Agilent Technologies,Santa Clara,CA,USA)檢測,單次建庫要求RNA總量1μg,濃度≥50 ng/μL,D(260)/D(280)介于1.8~2.2之間。用QUBIT RNA Assay Kit對起始的Total RNA進(jìn)行準(zhǔn)確定量。隨后,反轉(zhuǎn)錄合成雙鏈cDNA,對這些cDNA進(jìn)行純化、回收、黏性末端修復(fù),并進(jìn)行PCR擴增,最后建庫測序。建庫測序由上海美吉生物醫(yī)藥科技有限公司完成。

        1.5 差異表達(dá)基因篩選

        將得到的原始測序數(shù)據(jù)進(jìn)行過濾篩選,得到高質(zhì)量的測序數(shù)據(jù)(clean data)用于后續(xù)分析。使用軟件RSEM(http://deweylab.github.io/RSEM/)分別對基因和轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)水平進(jìn)行定量分析,獲得基因的read counts數(shù)后,進(jìn)行樣本間基因的表達(dá)差異分析。使用edgeR根據(jù)read count進(jìn)行差異表達(dá)水平計算,篩選條件為:FDR<0.05,|log2FC|≥1。篩選出差異表達(dá)基因(differentially expessed gene,DEG)。

        1.6 差異表達(dá)基因的GO和KEGG富集分析

        得到DEG后,為進(jìn)一步了解差異表達(dá)基因的功能,闡述其在分子水平上的作用,通過使用g:Profiler和Goatools的功能注釋工具對差異表達(dá)基因進(jìn)行GO注釋,并采用京都基因與基因組百科全書(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)數(shù)據(jù)庫進(jìn)行信號通路富集分析,Bonferroni校正的P<0.05。

        1.7 統(tǒng)計分析

        實驗結(jié)果數(shù)據(jù)以±s表示,使用SPSS 20.0進(jìn)行統(tǒng)計學(xué)分析。計量資料采用單因素方差分析法,組間兩兩比較方差齊性時用LSD法,方差不齊時用Dunnettt檢驗。P<0.05表示差異有統(tǒng)計學(xué)意義。

        2 結(jié)果

        2.1 小鼠肝臟的質(zhì)量變化

        給藥7 d后,各組小鼠的肝臟質(zhì)量和肝臟系數(shù)如圖1所示,可見與對照組比較,高劑量GAT組小鼠的肝臟絕對質(zhì)量降低(P<0.05),低劑量和中劑量GAT組小鼠的肝臟系數(shù)降低(P<0.05)。

        圖1 加替沙星對小鼠肝臟質(zhì)量的影響

        2.2 加替沙星對小鼠血清肝功能指標(biāo)的影響

        血清肝功能指標(biāo)檢測結(jié)果如圖2所示,給藥7 d后,與對照組比較,低、中劑量GAT組小鼠血清ALT水平顯著降低(P<0.05或0.01);低劑量GAT組小鼠血清AST水平顯著降低(P<0.01)。小鼠血清AKP和TG水平與對照組比較差異均無統(tǒng)計學(xué)意義,且均在正常范圍內(nèi)。3個劑量GAT組小鼠血清CRE濃度較對照組均顯著降低(P<0.01)。

        圖2 加替沙星對小鼠血清肝功能指標(biāo)的影響

        2.3 差異表達(dá)基因的篩選結(jié)果

        使用TPM方法分析對照組和GAT組小鼠肝組織的差異表達(dá)基因,將對照組和中劑量GAT組的數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化后分析其表達(dá)水平,最終篩選出27個差異表達(dá)基因,其中有20個表達(dá)水平上調(diào),7個下調(diào)。為直觀的顯示出差異表達(dá)基因,繪制熱圖如圖3所示,顯示出多個基因在兩組中的表達(dá)差異。

        圖3 對照組和GAT組小鼠肝組織差異表達(dá)基因熱圖

        與對照組比較,20個表達(dá)顯著上調(diào)的基因分別 是:Gm47164、Gm45090、Gm48493、Gm42927、Gm48128、Gm48417、9030169P08Rik、Cyp7a1、Igfbp5、Kcnk5、Insig1、Gck、Myc、Fdps、Mvd、Nsdhl、Idi1、Msmo1、Sqle、Cyp51;7個表達(dá)顯著下調(diào)基因分別是:Nfkbiz、Csf2rb、Csf2rb2、Lepr、Cxcl13、Btg3、Cxcl14。

        2.4 差異表達(dá)基因的GO功能富集分析

        GO注釋結(jié)果見圖4,可見27個差異基因在10個生物過程中富集,其中包括免疫過程、多細(xì)胞生物過程、多生物過程、生殖過程、定位和發(fā)育過程、應(yīng)激反應(yīng)、代謝過程、生物調(diào)節(jié)、細(xì)胞過程;在8個細(xì)胞組分中富集,包括含蛋白復(fù)合物、胞外區(qū)、細(xì)胞膜、細(xì)胞器等;在2個分子功能中富集,包括催化活性和結(jié)合。

        圖4 GAT給藥組中差異表達(dá)基因的GO分析

        2.5 差異表達(dá)基因的KEGG富集分析

        對27個差異表達(dá)基因進(jìn)行KEGG通路分析,結(jié)果見圖5,可見表達(dá)上調(diào)的基因在14條通路中富集,包括脂質(zhì)代謝、萜類化合物和聚酮化合物的代謝、內(nèi)分泌系統(tǒng)等;表達(dá)下調(diào)的基因在8條通路中富集,包括信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、信號分子和相互作用、癌癥總覽等。

        圖5 對照組和給藥組差異表達(dá)基因KEGG富集通路直方圖

        3 討論

        自臨床報道FQs的不良反應(yīng)以來,已有部分藥物被撤市;但是由于部分FQs藥物的不可替代性,仍然應(yīng)用于臨床。GAT作為FQs典型代表藥物,關(guān)于GAT不良反應(yīng)的研究一直備受關(guān)注,其心血管毒性和引起血糖紊亂已被學(xué)界廣泛認(rèn)可,但是GAT引起的肝損傷還未得到證實,其具體機制還需進(jìn)一步探討。

        本研究利用小鼠模型初步評價GAT的肝毒性并采用轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)初步探究其作用機制。結(jié)果顯示,100 mg/kg GAT給藥后可引起小鼠肝臟質(zhì)量降低,25 mg/kg GAT給藥后小鼠血清中ALT、AST和肌酐顯著降低,這提示GAT暴露可造成小鼠肝臟功能的變化。在此基礎(chǔ)上,進(jìn)一步提取中劑量GAT組肝組織RNA進(jìn)行高通量轉(zhuǎn)錄組測序,發(fā)現(xiàn)對照組和中劑量GAT組的差異基因數(shù)目為27個,其中,表達(dá)上調(diào)的基因有20個,下調(diào)的基因有7個。

        細(xì)胞色素P450家族成員7A1(cytochrome P450 7A1,CYP7A1)是參與內(nèi)源性膽固醇及其氧化衍生物(氧甾醇)代謝的細(xì)胞色素P450單加氧酶,是膽汁酸生物合成和膽固醇穩(wěn)態(tài)的關(guān)鍵調(diào)節(jié)酶。有研究[13]發(fā)現(xiàn),抑制CYP7A1基因的表達(dá),調(diào)節(jié)膽汁酸合成、分泌、轉(zhuǎn)運和吸收,可降低肝內(nèi)膽汁酸濃度,避免肝臟過度暴露于膽汁酸而發(fā)生炎性、纖維化等病變。本研究中,與對照組相比,GAT給藥Cyp7a1顯著上調(diào),提示GAT可能通過膽汁酸合成造成肝內(nèi)膽汁酸濃度失衡,使肝臟暴露于失衡的膽汁酸環(huán)境中而發(fā)生損傷。

        CYP51(又名羊毛甾醇14α去甲基化酶)是細(xì)胞色素C家族成員,將羊毛甾醇轉(zhuǎn)化成膽固醇,是分布最廣的細(xì)胞色素P450成員,是膽固醇代謝相關(guān)酶,現(xiàn)已成為降膽固醇藥物研究的熱點。Urlep等[14]研究發(fā)現(xiàn),膽固醇合成缺陷可導(dǎo)致肝臟炎癥和纖維化,實驗敲除CYP51基因,實驗動物出現(xiàn)肝臟腫大,伴有卵圓細(xì)胞增生、纖維化和炎癥,但無脂肪變性。且CYP51底物的升高促進(jìn)了綜合應(yīng)激反應(yīng)。本研究中,與對照組相比,GAT給藥后,Cyp51顯著上調(diào),提示GAT可能通過膽固醇合成的異常從而導(dǎo)致小鼠肝組織損傷的發(fā)生。

        本研究采用高通量測序技術(shù),從基因轉(zhuǎn)錄水平初步探討了GAT致小鼠肝損傷的機制,實驗結(jié)果可為GAT的急性毒理學(xué)分析提供基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。鑒于FQs的富集效應(yīng)和可能引起的肝損傷疾病病例,本研究也有助于建立FQs的藥物監(jiān)管和風(fēng)險的理論基礎(chǔ)。此外,本研究可在以下幾個方面作更深入的研究,比如可補充小鼠肝組織的病理變化,直觀地對比GAT給藥造成的組織損傷,以及采用qPCR技術(shù)對通路中的顯著變化基因進(jìn)行進(jìn)一步驗證,以期為日后研究GAT對人的肝損傷作用及其機制提供理論基礎(chǔ)。

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