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        東北地理所等在大豆基因組解析研究中獲進(jìn)展

        2021-12-22 21:59:48
        糧油與飼料科技 2021年5期
        關(guān)鍵詞:野生大豆東北基因組

        中國科學(xué)院東北地理與農(nóng)業(yè)生態(tài)研究所研究員馮獻(xiàn)忠課題組等選擇1份東北野生大豆、7份我國代表性栽培種,結(jié)合平均50×的三代測序和Hi-C測序,組裝了高質(zhì)量大豆參考基因組。組裝的8個(gè)大豆基因組大小范圍為986.1-1001.3Mb,Contig N50=1.4-6.1Mb,BUSCO完 整 性 評 估 為96.7%-97.3%;結(jié)合同源注釋、從頭注釋、轉(zhuǎn)錄組輔助注釋,在8個(gè)大豆中注釋得到57286-58392個(gè)基因。

        基于8個(gè)高質(zhì)量的大豆基因組,研究團(tuán)隊(duì)鑒定 到186-427萬 個(gè)SNP,44-92萬 個(gè)InDel,11750-25330個(gè)大 的InDel,706-3006個(gè)易 位 事件,200-413個(gè)倒位事件。在野生大豆中鑒定到60個(gè)栽培大豆中缺失或變短的基因,以及野生大豆種質(zhì)缺失或變短卻在栽培中存在的185個(gè)基因。

        相關(guān)研究成果以Eight soybean reference ge?nome resources from varying latitudes and agronom?ic traits為題,發(fā)表在Scientific Data上。該研究為大豆結(jié)構(gòu)變異與遺傳育種研究提供了新的參考基因組。研究工作得到國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、中科院重點(diǎn)研究項(xiàng)目、山東省“泰山學(xué)者”項(xiàng)目等的資助。

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