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        基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)結(jié)合細胞和分子實驗探究地榆皂苷Ⅱ抗鼻咽癌的潛在靶點和作用機制*

        2021-12-20 05:36:22郭興喆白先愚楊萌哲成南南周守常覃柳潔黃建春焦愛軍
        關(guān)鍵詞:中藥

        郭興喆,白先愚,楊萌哲,成南南,徐 寧,周守常,覃柳潔,黃建春,焦愛軍△

        (廣西醫(yī)科大學(xué) 1.生命科學(xué)研究院;2.生物化學(xué)與分子生物學(xué)教研室;3.藥學(xué)院,南寧 530021)

        鼻咽癌是一種好發(fā)于鼻咽側(cè)壁和頂部、在我國南方地區(qū)發(fā)病率較高的惡性腫瘤之一[1],在全世界范圍內(nèi),超過半數(shù)的鼻咽癌病例都是發(fā)生在中國[2]。我國南部地區(qū)平均發(fā)病率約為3/10 000[3-4]。在鼻咽癌的治療中,遠處轉(zhuǎn)移和局部浸潤是治療難處之所在[5],需要使用放療化療相聯(lián)合的綜合治療策略[6]?,F(xiàn)階段,需研發(fā)新的化療輔助藥物,以降低治療期間的不良反應(yīng)[7]。

        近幾年來,國家政策大力扶持中醫(yī)藥事業(yè),但目前多以復(fù)方研究為主,因成分復(fù)雜,機制較難探索,限制了其臨床應(yīng)用及推廣[8]。因此,中藥單體的研發(fā)無疑為抗腫瘤中藥提供了新的出路。大量文獻表明,中藥單體在抗癌作用上有顯著的表現(xiàn),很大程度上填補了傳統(tǒng)中醫(yī)藥復(fù)方的短板。郭良芬等[9]的研究顯示,采用中藥單體治療鼻咽癌,能顯著減輕放化療的急性毒副反應(yīng)等不良反應(yīng),提高患者生存質(zhì)量。因此,探尋潛在的抗癌中藥,對改善臨床療效和提高患者生存質(zhì)量具有重大意義。

        地榆皂苷Ⅱ是一種三萜皂苷類化合物,化學(xué)式為C35H56O8,分子量為604.82,外文名稱為Ziyuglycoside Ⅱ,提純于中藥地榆。中藥地榆記載于著作《神農(nóng)本草經(jīng)》,具有收縮脈管、抗真菌、活血化瘀等作用,在臨床上用于燙傷,炎癥等疾病的治療[10]。有文獻表明,在乳腺癌細胞MDA-MB-435及胃癌細胞BGC-823中,地榆皂苷Ⅱ可以通過激活線粒體凋亡通路,抑制癌細胞的增殖,促進細胞凋亡,從而達到抗癌目的[11-12]。在MDA-MB-231 和MCF-7 乳腺癌細胞株中,地榆皂苷Ⅱ能通過上調(diào)活性氧(ROS),引起細胞周期阻滯,并通過激活JNK及其相關(guān)下游凋亡通路,誘導(dǎo)細胞凋亡[13]。以上研究表明,地榆皂苷Ⅱ是良好的抗癌中藥單體,但目前在抗鼻咽癌的效果和作用機制上尚未見報道。因此,本研究運用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的分析方法來預(yù)測地榆皂苷Ⅱ?qū)Ρ茄拾┑臐撛诎悬c及相關(guān)通路信息,再通過細胞和分子實驗驗證,從而為臨床研究和應(yīng)用提供理論依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析預(yù)測

        1.1.1 鼻咽癌靶點篩選

        通過Pubchem 數(shù)據(jù)庫(http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)搜索關(guān)鍵詞“Ziyuglycoside Ⅱ”得到其3D機構(gòu),再導(dǎo)入Swisstarget 平臺(http://www.swisstargetprediction.ch/),可得到相關(guān)預(yù)測靶點。再通過GeneCards 數(shù)據(jù)庫(http://www.genecards.org/)搜索關(guān)鍵詞“鼻咽癌”,得到其相關(guān)靶點。通過韋恩圖繪制在線平臺(http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/)繪制鼻咽癌與Ziyuglycoside Ⅱ的靶點交集圖。

        1.1.2 PPI(protein-protein interaction)的網(wǎng)絡(luò)可視化構(gòu)建及分析

        通過String數(shù)據(jù)庫(https://string-db.org/)將韋恩圖取交集得到的基因數(shù)據(jù)輸入到String 數(shù)據(jù)庫,通過相關(guān)繪圖軟件繪制PPI網(wǎng)絡(luò)圖。

        1.1.3 GO功能富集分析和KEGG pathway通路

        通過David 數(shù)據(jù)庫(https://david.ncifcrf.gov/)對鼻咽癌與Ziyuglycoside Ⅱ靶點交集進行京都基因與基因組百科全書(Kyotoencyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析和基因本體(gene ontology,GO)功能富集分析,得到相關(guān)靶點功能和通路分析。

        1.1.4 化合物—靶點—通路網(wǎng)絡(luò)圖

        收集地榆皂苷Ⅱ抗鼻咽癌的交集靶點和KEGG通路富集分析結(jié)果,并導(dǎo)入Cytoscape 3.7.2 軟件構(gòu)建制作“化合物—疾病—靶點—通路”關(guān)系網(wǎng)絡(luò)圖。

        1.2 實驗驗證

        1.2.1 CCK-8 法驗證地榆皂苷Ⅱ?qū)Ρ茄拾┘毎鲋车囊种谱饔?/p>

        采用CCK-8 法測定地榆皂苷Ⅱ?qū)?-8F 細胞增殖抑制作用,取狀態(tài)較好處于對數(shù)生長期的5-8F細胞,用含0.25%EDTA的胰酶消化,重懸為單細胞懸液,按照5 000/孔的細胞密度接種于96孔培養(yǎng)板中,在5%CO2的恒溫培養(yǎng)箱中貼壁12 h,小心地吸出培養(yǎng)液,分別加入含地榆皂苷Ⅱ的培養(yǎng)基100 μL,濃度設(shè)為4 umol/L,每組設(shè)3 個復(fù)孔。在5%CO2的恒溫培養(yǎng)箱中分別培養(yǎng)24 h、48 h、72 h 后,吸出含地榆皂苷Ⅱ的培養(yǎng)基,用PBS清洗2遍,按照CCK-8使用說明書,每孔加入100 μL RPMI-1640 培養(yǎng)基和10 μL CCK-8,于5% CO2的恒溫培養(yǎng)箱中孵育80 min。用酶標儀檢測在450 nm波長下各孔的光密度(A),計算地榆皂苷Ⅱ?qū)毎囊种坡什⒗L制細胞抑制率曲線。實驗重復(fù)3次。

        細胞生存率=(A 地榆皂苷Ⅱ-A 空白)/(A 對照-A 空白)

        1.2.2 Western blotting檢測蛋白表達

        取處于對數(shù)生長期的5-8F細胞,將細胞密度調(diào)整為5×105/mL 接種于6 孔板,體積為每孔1.5 mL,置于培養(yǎng)箱內(nèi)培養(yǎng)24 h,4 umol/L 濃度藥物處理細胞結(jié)束后,收集各組細胞,用PBS 緩沖液清洗3 次,再加入細胞裂解液裂解細胞30 min,之后用超聲粉碎細胞;再將細胞液放置于低溫離心機離心15 min,轉(zhuǎn)移上清液于新的EP 管中,并用BCA 蛋白試劑盒測定具體蛋白濃度。一定量的蛋白樣品與上樣緩沖液按比例混合后煮沸5 min,SDS-PAGE電泳150 V恒壓70 min,WB濕轉(zhuǎn)(0.45 μm的PVDF膜)270 mA恒流65 h,5%脫脂奶粉室溫封閉1 h,TBST漂洗3次后分別加入相應(yīng)一抗(1∶1 000)4 ℃孵育過夜,TBST漂洗3 次,室溫二抗(1∶5 000)反應(yīng)1 h。用凝膠成像分析系統(tǒng)分析電泳條帶,內(nèi)參作為對照,計算各處理組目的蛋白的相對表達情況。

        1.3 統(tǒng)計學(xué)方法

        采用SPSS 22.0 統(tǒng)計軟件進行數(shù)據(jù)分析,計量資料以均數(shù)±標準差()表示,兩樣本均數(shù)比較采用t檢驗,多組間均數(shù)比較采用單因素方差分析。以P<0.05為差異有統(tǒng)計學(xué)意義。

        2 結(jié)果

        2.1 網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)機制預(yù)測

        2.1.1 地榆皂苷Ⅱ潛在靶點預(yù)測

        通過PubChem分子庫獲得地榆皂苷Ⅱ的3D結(jié)構(gòu),見圖1。將3D 結(jié)構(gòu)導(dǎo)入至Swisstarget 平臺中篩得地榆皂苷Ⅱ靶點,按照Probability排序,選取前10個基因名稱和靶點,見表1。

        表1 地榆皂苷Ⅱ排名前10的潛在靶點

        圖1 地榆皂苷Ⅱ的3D結(jié)構(gòu)

        2.1.2 地榆皂苷Ⅱ與鼻咽癌相關(guān)的共同靶點

        從GeneCards數(shù)據(jù)庫中獲得與鼻咽癌相關(guān)的基因靶點共有1 942個。100個藥物靶點基因與1 942個鼻咽癌相關(guān)基因篩選出共同交集靶點基因38個,為地榆皂苷Ⅱ抗鼻咽癌的潛在靶點基因,見圖2。

        圖2 地榆皂苷Ⅱ抗鼻咽癌的潛在靶點

        2.1.3 地榆皂苷Ⅱ與鼻咽癌相關(guān)靶點的PPI網(wǎng)絡(luò)

        PPI網(wǎng)絡(luò)為復(fù)雜疾病構(gòu)建多種蛋白質(zhì)的多因素功能的可視化圖,因此,構(gòu)建了地榆皂苷Ⅱ與鼻咽癌相關(guān)靶點的PPI 網(wǎng)絡(luò)圖。將38 個交集靶點導(dǎo)入STRING 數(shù)據(jù)庫,獲得地榆皂苷Ⅱ-鼻咽癌靶點PPI網(wǎng)絡(luò)圖,見圖3。

        圖3 地榆皂苷Ⅱ抗鼻咽癌PPI網(wǎng)絡(luò)圖

        2.1.4 GO功能富集注釋

        將疾病和藥物交集的38 個共同靶點通過DAVID數(shù)據(jù)庫進行GO功能富集分析,根據(jù)P≤0.01,共篩選出233 個GO 條目。按照P值升序排列結(jié)果前10條顯著富集的條目,見圖4。結(jié)果表明,涉及內(nèi)肽酶活性、相同蛋白質(zhì)結(jié)合等分子功能;涉及多項生物調(diào)控機制,包括凋亡過程的負調(diào)控、蛋白質(zhì)水解、RNA聚合酶Ⅱ啟動子轉(zhuǎn)錄的正調(diào)控、內(nèi)皮細胞增殖的正調(diào)控等生物過程;涉及核質(zhì)、細胞質(zhì)、線粒體等細胞組成。推測地榆皂苷Ⅱ治療鼻咽癌可能與內(nèi)肽酶活性、激酶活性、金屬內(nèi)肽酶活性、RNA聚合酶Ⅱ啟動子轉(zhuǎn)錄的正調(diào)控、蛋白質(zhì)磷酸化的正調(diào)控等生物過程。

        圖4 地榆皂苷Ⅱ抗鼻咽癌GO功能富集分析

        2.1.5 KEGG通路富集分析

        通過DAVID數(shù)據(jù)庫進行KEGG通路富集分析,共富集得到77條通路。根據(jù)P值排序,篩選出與鼻咽癌相關(guān)度最高的前19 條通路,見表2。富集結(jié)果顯示在癌癥信號通路(Pathways in cancer)、PI3KAkt 信號通路(PI3K-Akt signaling pathway)等通路上富集較多。

        表2 地榆皂苷Ⅱ抗鼻咽癌KEGG富集結(jié)果

        2.1.6 構(gòu)建地榆皂苷Ⅱ抗鼻咽癌的“藥物—靶點—疾病—通路”網(wǎng)絡(luò)模型

        通過構(gòu)建“藥物—靶點—疾病—通路”網(wǎng)絡(luò)模型圖,可直觀展示地榆皂苷Ⅱ與鼻咽癌交集靶點及通路之間的相互作用關(guān)系及關(guān)聯(lián)程度,見圖5。圖中左側(cè)38 個黃色節(jié)點代表地榆皂苷Ⅱ抗鼻咽癌交集的靶點,根據(jù)節(jié)點的度值按順時針從大到小的梯度進行排列,右側(cè)19個綠色節(jié)點則對應(yīng)了KEGG富集結(jié)果中的19條通路,節(jié)點間的連線顯示了通路和靶點間的相互作用關(guān)系,涉及的關(guān)鍵基因包括:AKT1、AKT2、MAPK10、PRKCA、GRB2、JUN、STAT3、MAPK14等。

        圖5 “藥物—靶點—疾病—通路”網(wǎng)絡(luò)圖

        2.2 實驗驗證

        2.2.1 CCK8細胞毒性實驗

        結(jié)果如圖6所示,與對照組相比較,隨著地榆皂苷Ⅱ濃度的升高及作用時間的延長,其對5-8F細胞增殖抑制率明顯升高,作用時長為24 h、48 h、72 h的半抑制濃度(IC50)分別為34.47 μmol/L、33.68 μmol/L、19.89 μmol/L。

        圖6 地榆皂苷Ⅱ?qū)Ρ茄拾?-8F細胞增殖的影響

        2.2.2 Western blotting 實驗檢測地榆皂苷Ⅱ?qū)I3K和AKT蛋白表達的影響

        Western blotting 實驗檢測結(jié)果顯示,與對照組相比較,100 μmol/L 地榆皂苷Ⅱ?qū)嶒灲M的AKT 和PI3K蛋白表達量顯著低于空白對照組(P<0.01),見圖7。

        圖7 地榆皂苷Ⅱ?qū)?-8F細胞PI3K/AKT信號通路蛋白的影響

        3 討論

        鼻咽癌是一種起病隱逸、前期癥狀不明顯、較難診斷和確診的疾病,雖然放療能大大提高患者生存率,但其帶來的副反應(yīng)也深深地折磨著患者,臨床數(shù)據(jù)顯示,多數(shù)患者在化療后出現(xiàn)口舌干燥、口腔潰瘍、吞咽困難、腦脊髓損傷等諸多副反應(yīng)[14]。因此,這些治療方式具有一定的局限性。

        基于中藥單體在腫瘤治療中突出的療效,近些年來對于中藥單體治療腫瘤的研究顯著增加[15],尋找能有效治療腫瘤的中藥單體,成為目前的研究熱點和未來的發(fā)展方向。王振龍等[16]相關(guān)研究表示,中藥單體地榆皂苷Ⅱ可激活細胞凋亡途徑來抑制腫瘤細胞的增殖,促進腫瘤細胞的凋亡,吳澤承等[17]也通過相關(guān)實驗驗證了地榆皂苷Ⅱ可有效抑制人舌鱗癌細胞CAL27細胞株的增殖。

        本研究分析了地榆皂苷Ⅱ“藥物—靶點—疾病—通路”網(wǎng)絡(luò)模型,結(jié)果顯示,AKT1、AKT2、MAPK10、PRKCA、GRB2 等度值較高,是地榆皂苷Ⅱ治療鼻咽癌的關(guān)鍵潛在靶點基因。再結(jié)合KEGG通路富集分析,結(jié)果顯示,在相關(guān)信號通路中,PI3KAKT 信號通路是地榆皂苷Ⅱ作用于鼻咽癌度值最高的關(guān)鍵通路。在PI3K-AKT 途徑當中,PIP3 的3位磷酸基團可同時招募AKT 和PDK1 蛋白到細胞膜上,使PDK1 蛋白將AKT 蛋白上308 號位的蘇氨酸(T308)磷酸化,致使AKT 蛋白部分活化,從而被活化的AKT 進一步調(diào)控激活下游通路。郭金蘭等[18]的研究表明,miR-17-5p 可通過下調(diào)PIK3R1 基因從而靶向激活PI3K/AKT信號通路抑制皮膚鱗狀細胞癌細胞凋亡,促進細胞增殖,說明PI3K/AKT信號通路對癌細胞的增殖和凋亡有重要影響;朱文潔等[19]的研究則表明MiR-1268b 可以靶向下調(diào)ERBB2-PI3K-Akt 通路從而抑制乳腺癌化療的耐藥性,從另一個角度證實了可通過下調(diào)PI3K/AKT 信號通路相關(guān)關(guān)鍵蛋白的表達,達到干預(yù)癌細胞的增殖,促進癌細胞凋亡;而朱振華等[20]則發(fā)現(xiàn)KIF20A與細胞周期、凋亡等功能密切相關(guān),通過在腦膠質(zhì)瘤中下調(diào)KIF20A高表達后,PI3K/AKT信號通路被明顯抑制,從而引起細胞周期阻滯和細胞凋亡。

        本研究通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)預(yù)測結(jié)合細胞實驗、分子實驗等對地榆皂苷Ⅱ治療鼻咽癌進行了多維度多層次的研究和比較分析,預(yù)測了地榆皂苷Ⅱ?qū)Ρ茄拾┑淖饔猛凡Ⅱ炞C了其作用機制,本研究為未來鼻咽癌的臨床治療及實驗研究提供了參考依據(jù)。

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