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        基于網(wǎng)絡藥理學的水蛭-蜈蚣藥對治療糖尿病性勃起功能障礙的作用機制研究

        2021-11-27 00:17:58王旭昀胡志偉蔣子康胡金濤
        中國醫(yī)藥導報 2021年30期
        關鍵詞:數(shù)據(jù)庫分析

        王旭昀 胡志偉 蔣子康 胡金濤

        1.首都醫(yī)科大學附屬北京中醫(yī)醫(yī)院男科,北京 100010;2.遼寧省大連市中醫(yī)醫(yī)院康復科,遼寧大連 116013;3.廈門大學醫(yī)學院中醫(yī)系,福建廈門 361102;4.北京中醫(yī)藥大學東直門醫(yī)院兒科,北京 100070

        勃起功能障礙(erectile dysfunction,ED)是指因多種原因造成的陰莖海綿體血液充盈不足,不能完成性交,是糖尿?。╠iabetes mellitus,DM)常見的并發(fā)癥之一,發(fā)病率較高[1]。男性DM 患者發(fā)生ED 的病因復雜,包括血管、平滑肌及神經(jīng)功能受損等。中醫(yī)學則認為血瘀是糖尿病性勃起功能障礙(diabetic erectile dysfunction,DED)的重要病因病機之一,在臨床上采用活血法治療該病獲得了一定的臨床效果[2]。水蛭-蜈蚣藥對是治療DED 的主要活血藥物組合,效果確切,然其作用機制并不明確[3]。因此,本研究擬通過網(wǎng)絡藥理學的方法對水蛭-蜈蚣藥對治療DED 的靶標進行篩選,以期揭示活血法治療DED 的機制。

        1 資料與方法

        1.1 水蛭-蜈蚣藥對有效成分與潛在靶點篩選

        通過中國知網(wǎng)查閱2017 年1 月1 日至2020 年2 月10 日的相關文獻[4-22]獲得水蛭-蜈蚣藥對的成分,查詢并閱覽PubChem 數(shù)據(jù)庫得到這些成分的分子結構式,輸進Swiss Target Prediction 數(shù)據(jù)庫得到成分所對應的靶點,過濾無效成分及靶點。

        1.2 水蛭-蜈蚣藥對藥物-成分-靶點網(wǎng)絡構建

        使用UIbot Creator 軟件對成分重新編碼后,匯總2 種藥物的成分與靶點,構建藥物-成分-靶點網(wǎng)絡,使用Cytoscape 3.8 軟件繪圖并分析,可得各個要素的degree 值。

        1.3 DM-ED 靶點的收集及藥物-疾病共同靶點的篩選

        以“erectile dysfunction”“diaBetes”為關鍵詞,錄入Genecards、OMIM、DrugBank 等數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站查詢靶點,獲取與DM-ED 相關靶點后去重,使用Python 3.7 的Matplotlib-venn 庫繪制維恩圖,并獲得該藥對與DMED的交集靶點。

        1.4 蛋白質-蛋白質相互作用(protein-protein interaction,PPI)網(wǎng)絡構建

        將水蛭-蜈蚣藥對、ED 的相同靶點使用STRING數(shù)據(jù)庫的應用程序接口構建上述交集靶點的網(wǎng)絡(置信度>0.4),使用Cytoscape 3.8 軟件分析并繪圖,依據(jù)度中心度(degree centrality,DC)、中介中心度(betweeness centrality,BC)、接近中心度(closeness centrality,CC)及鄰里連通性(neighborhood connectivity,NC)四值大于等于中位數(shù),進一步篩選核心靶點。

        1.5 獲得核心成分并構建、繪制核心成分-核心靶點網(wǎng)絡

        核心靶點所對應的成分即為核心成分,使用UIbot Creator 查出核心成分,構建核心成分-核心靶點網(wǎng)絡并使用Cytoscape 3.8 軟件進行繪圖分析。

        1.6 基因本體(gene ontology,GO)富集分析和京都基因和基因組數(shù)據(jù)庫(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析

        Metascape 數(shù)據(jù)平臺對核心靶點進行分析,如GO富集分析可獲得水蛭-蜈蚣藥對治療DED 潛在的分子功能、細胞組分、生物學過程的GO 條目;KEGG 富集分析可獲得水蛭-蜈蚣藥對治療DED 最有可能調控的信號轉導通路。

        2 結果

        2.1 水蛭-蜈蚣藥對的有效成分與潛在靶點篩選

        根據(jù)設定的條件篩選出2 味藥物有效成分47 個、靶點534 個。每味中藥的成分數(shù)量如下:水蛭15 個、蜈蚣39 個、共有成分7 個。將degree 值>30 作為篩選標準,水蛭-蜈蚣藥對主要有效成分見表1。以拼音首字母為編碼標準,水蛭成分編號為SZ1~SZ15,蜈蚣成分編號為WG1~WG39,共有成分編號為GY1~GY7。

        表1 水蛭-蜈蚣藥對主要有效成分基本信息

        2.2 水蛭-蜈蚣藥對的藥物-成分-靶點網(wǎng)絡構建

        用Cytoscape 3.8 繪制水蛭-蜈蚣藥對“藥物-成分-靶點”網(wǎng)絡,網(wǎng)絡包含584 個節(jié)點、1552 條邊(圖1)。

        圖1 水蛭-蜈蚣藥對成分靶點-網(wǎng)絡

        2.3 DM-ED 靶點的收集及藥物-疾病共同靶點的篩選

        在DrugBank 數(shù)據(jù)庫獲得ED 靶點650 個和DM靶點650 個,在OMIM 數(shù)據(jù)庫獲得ED 靶點109 個和DM 靶點123 個,去重后獲得ED 靶點743 個和DM 靶點736 個。水蛭-蜈蚣藥對與ED 和DM 的相交靶點為32 個。繪制維恩圖見圖2。

        圖2 水蛭-蜈蚣藥對與糖尿病、勃起功能障礙靶點

        2.4 PPI 網(wǎng)絡構建

        繪制PPI 網(wǎng)絡如圖3 所示,以DC≥3、BC≥0.039、CC≥0.4、NC≥4.5 為條件,篩選得出水蛭-蜈蚣藥對與ED 和DM 的3 個核心靶點。

        圖3 水蛭-蜈蚣藥對與糖尿病、勃起功能障礙核心靶點蛋白質-蛋白質相互作用網(wǎng)絡

        2.5 “核心成分-核心靶點”網(wǎng)絡構建

        “核心成分-核心靶點”網(wǎng)絡如圖4 所示,網(wǎng)絡分析可見表2。

        表2 藥物活性成分-核心靶點網(wǎng)絡分析(degree 值>2)

        圖4 核心成分-核心靶點網(wǎng)絡

        2.6 GO 與KEGG 富集分析

        通過GO 富集分析共獲得18 個GO 條目,其中有生物學過程14 個,包括細胞內雌激素受體、細胞內類固醇激素受體、類固醇激素介導等;分子功能4 個,包括核受體活性、轉錄因子活性、直接的配體調節(jié)序列特異性DNA 結合等;未獲得細胞組分相關條目。KEGG 分析結果獲得僅1 條通路,即癌癥通路。

        3 討論

        《本草綱目》認為水蛭能夠破血逐瘀、通經(jīng),為破血逐瘀之猛劑[23]?,F(xiàn)代藥理學認為水蛭能阻止凝血酶對纖維蛋白原的作用,阻礙血液凝固;蜈蚣具有走竄之性,尤善于化瘀通絡,能夠深入邪氣結聚之處,使得瘀血去,新血生,現(xiàn)代藥理研究表明蜈蚣具有擴張血管的作用。血瘀是導致DED 的主要病機,水蛭-蜈蚣二者合用共奏活血通絡起痿之效,故可用來治療DED[24-25]。在臨床上二藥配伍應用取得了一定的效果,然其作用機制并不明確,限制了其進一步的開發(fā)應用,探討其臨床作用機制已成為目前臨床的熱點之一。

        基于以上現(xiàn)狀,本研究查閱相關文獻共篩選出47 個水蛭-蜈蚣藥對的主要有效成分,包括膽固醇、亞麻酸、菜油甾醇、亞油酸等。根據(jù)PPI 網(wǎng)絡得到3 個核心靶點,主要包括AR(androgen receptor)、ESR1(Estrogen receptor alpha)、ESR2(Estrogen receptor beta),因此該藥對可能作用于這3 個靶點恢復DED 患者的勃起功能,從而達到治療DED 的目的。今后關于水蛭-蜈蚣藥對治療DED 的基礎研究可圍繞上述關鍵點開展,以進一步探討其作用機制所在。這對臨床改善DED 的治療效果提供用藥指導、開發(fā)治療DED 的新型藥物提供藥理學基礎具有一定的意義。

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