劉明嶺,何家穎,陳靖雯,鄧日輝,徐 強,林昌松
(廣州中醫(yī)藥大學第一附屬醫(yī)院,廣東 廣州 510405)
痛風是一種表現(xiàn)為發(fā)作性關節(jié)紅腫熱痛的炎性疾病。腸道菌群與痛風有密切關系。GUO Z等[1]通過腸道菌群測序技術分析,發(fā)現(xiàn)痛風患者的腸道菌群整體結構與健康人群具有顯著的差異,痛風患者腸道菌群中糞便擬桿菌(Bacteroides caccae)和木糖降解擬桿菌(Bacteroides xylanisolvens)致病菌豐度升高,而另2種益生菌普氏糞桿菌(Faecalibacterium prausnitzii)和假小鏈雙歧桿菌(Bifidobacterium pseudocatenulatum)豐度降低。腸道菌群失調(diào)可導致尿酸晶體誘導產(chǎn)生NLRP3炎癥小體相關的酶激活,最終導致痛風急性發(fā)作[2]。腸道菌群參與了嘌呤代謝酶的合成及炎癥因子的釋放[3]。ZAKHARZHE VSKAYA N B等[4]在動物模型中注射尿酸鹽結晶后觀察到了關節(jié)炎癥的發(fā)生,而在無菌小鼠模型中注射尿酸鹽結晶卻未見關節(jié)炎癥反應。腸道菌群在尿酸代謝、關節(jié)炎癥反應中均具有關鍵作用。
目前中醫(yī)研究認為,痛風急性發(fā)作最常見的病因病機是濕濁瘀熱痹阻關節(jié)[5]?!吨嗅t(yī)內(nèi)科病證診斷療效標準》有關痛風的證候分為4個證型,即濕熱蘊結、瘀熱阻滯、痰濁阻滯、肝腎陰虛[6]。本研究根據(jù)臨床痛風急性發(fā)作的常見證候,選擇濕熱蘊結與瘀熱阻滯進行探討。目前尚未見相關研究報道這2種證型客觀的物質(zhì)基礎及其與腸道菌群的相關性。本研究采用宏基因組學技術研究腸道菌群與痛風急性發(fā)作的中醫(yī)證型的相關性,旨在揭示痛風急性發(fā)作的關鍵菌群及不同中醫(yī)證型的差異菌群,旨在為研究痛風急性發(fā)作的機制、中醫(yī)證型的物質(zhì)基礎提供參考。
1.1 診斷標準
1.1.1 西醫(yī)診斷 痛風急性發(fā)作診斷參照2015年美國風濕病學會/歐洲抗風濕病聯(lián)盟痛風分類標準[7],符合痛風診斷,符合1977年美國風濕病協(xié)會分類標準急性痛風關節(jié)炎的分類標準[8]。
1.1.2 中醫(yī)診斷 濕熱蘊結證與瘀熱阻滯證辨證參照《中醫(yī)內(nèi)科病證診斷療效標準》中痛風的診斷依據(jù)、證候分類、療效評定[6]。(1)濕熱蘊結證:下肢小關節(jié)卒然紅腫熱痛、拒按,觸之局部灼熱,得涼則舒,伴發(fā)熱口渴,心煩不安,溲黃。舌紅,苔黃膩,脈滑數(shù)。(2)瘀熱阻滯證:關節(jié)紅腫刺痛,局部腫脹變形,屈伸不利,肌膚色紫暗,按之稍硬,病灶周圍或有塊瘰硬結,肌膚干燥,皮色暗黧。舌質(zhì)紫暗或有瘀斑,苔薄黃,脈細澀或沉弦。
1.2 納入標準(1)符合痛風急性發(fā)作期診斷標準及中醫(yī)證候標準;(2)年齡18~65歲,性別不限;(3)本次就診為急性起病,病程在48 h內(nèi);(4)患者自愿接受并配合檢查。
1.3 排除標準(1)近3個月內(nèi)使用過抗生素、益生菌等;(2)合并急性感染及有嚴重心腦血管疾病及嚴重肝腎功能損害;(3)有精神疾患或依從性差的患者;(4)妊娠或哺乳期婦女。
1.4 研究對象 本研究選擇2019年3月至2020年12月在本院風濕病科住院治療的痛風急性發(fā)作期患者40例,濕熱蘊結組與瘀熱阻滯組各20例。同時納入治未病中心健康體檢人群20人為健康對照組。本研究經(jīng)廣州中醫(yī)藥大學第一附屬醫(yī)院倫理學委員會批準(NO.K[2019]096)。
1.5 觀察指標
1.5.1 臨床信息 參考《中醫(yī)病證診斷療效標準》[9]及《中藥新藥臨床研究指導原則(試行)》[10]設計病例信息記錄表,收集研究對象年齡、性別、體質(zhì)量、身高、既往病史、痛風病史、癥狀、體征、中醫(yī)舌脈及相關檢驗指標等信息。體質(zhì)量指數(shù)(BMI)=體質(zhì)量(kg)/身高(m)2。
1.5.2 樣本采集與儲存 收集受試者新鮮自然排出的糞便約2 g,置于2 mL無菌凍存管中,置于-80 ℃冰箱保存。4 ℃冷藏條件下送至武漢華大醫(yī)學檢驗所有限公司進行測序和分析。
1.5.3 提取糞便DNA 采用MagPure Stool DNAKF kit B(Magen,中國)提取糞便中微生物群落DNA。質(zhì)控采用BR Assay kit(Invitrogen,美國)對DNA進行熒光定量檢測。
1.5.4 DNA擴增與測序 采用16sRNA基因的V4區(qū)對基因組進行擴增,PCR引物上下游分別為,515F(5'-GTGCCAGCMGC CGCGGTAA-3')和806R(5’-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3’)。前后端均采用Illumina接合器、pad和連接子序列標記引物。PCR擴增前,模板濃度統(tǒng)一稀釋到0.6 ng/μL。PCR循環(huán)條件結果如下:95 ℃3 min,95 ℃30個循環(huán)45 s,56 ℃45 s,72 ℃45 s,72 ℃持續(xù)10 min。PCR產(chǎn)物采用Agencourt AMPure XP beads純化和緩沖液中洗脫。PCR擴增產(chǎn)物采用安捷倫科技2100生物分析儀進行質(zhì)檢,合格后進行文庫構建。采用Illumina MiSeq測序平臺進行250 bp×2雙末端測序。下機后,要進行測序原始數(shù)據(jù)整理、過濾及質(zhì)量評估;序列進行質(zhì)控過濾后,接下來進行OTUs列表生成及注釋。
1.6 數(shù)據(jù)處理 測序完成后,對原始數(shù)據(jù)進行處理,步驟如下:(1)去掉質(zhì)量低、模糊的數(shù)據(jù);(2)利用FLASH 軟件(v1.2.11)對通過質(zhì)量初篩的雙端序列根據(jù)短序列快速長度調(diào)整進行配對連接,獲得相應序列;(3)使用UPARSE軟件(v7.0.1090)對獲得的序列按97% cutoff值進行OUT歸類劃分,嵌合體序列使用UCHIME(v4.2.40)檢測與Gold數(shù)據(jù)庫進行比較;(4)根據(jù)最小置信度閾值為0.6,利用遺傳算法對OTU代表序列進行分類,采用核糖體數(shù)據(jù)庫項目(RDP)分類器v.2.2進行OTU分類,然后采用QIIME v1.8.0在Greengenes數(shù)據(jù)庫v201305上進行分析;(5)使用USEARCH-global將所有序列與OTU進行比較,以獲得各樣品OTU豐度統(tǒng)計表;(6)根據(jù)OTU在每個樣本中所包含的序列數(shù),構建OTU在各樣本中豐度的矩陣文件;(7)采用MOTHUR(v1.31.2)和QIIME軟件(v1.8.0)對樣品序列進行Alpha、Beta多樣性分析;(8)采用QIIME軟件(v1.8.0)進行樣本聚類分析;(9)基于UPGMA、KEGG 和COG數(shù)據(jù)庫,采用PICRUSt軟件進行功能預測;(10)使用R軟件,根據(jù)OTU豐度矩陣和樣本分組數(shù)據(jù)構建PCoA分析,評估微生物群落的整體差異,根據(jù)OTU豐度矩陣表,使用R軟件對豐度前50名的微生物屬進行聚類分析并繪制heatmap聚類圖。
2.1 臨床樣本統(tǒng)計分析 本研究共納入60名受試者,其中濕熱蘊結組、瘀熱組滯組與健康對照組各20人。入組人群的基本資料見表1。
表1 臨床研究人群基本資料
2.2 腸道菌群16SrDNA測定結果 60份糞便樣本總共獲得7 562 932條有效序列,人均126 049條clean reads,測序平均覆蓋度為98.16%。
2.3 腸道菌群物種注釋 依據(jù)測序結果,對測出的序列進行注釋,依照界、門、綱、目、科、屬和種對腸道菌群進行了注釋。測出的OTU總數(shù)為11 013個,對其進行注釋后,得到門共計11個,綱共計19個,目共計27個,科共計52個,屬共計138個,種共計226個。
圖1展示了綱水平的注釋結果,可進一步明確各個樣本的菌群分布情況,出現(xiàn)的菌群按照門水平平均相對豐度(relative abundance,RA)由高到低前5名分別為:Bacteroidetes(平均RA 為44.21%),F(xiàn)irmicutes(平均RA 為42.25%),Proteobacteria(平均RA為8.14%),F(xiàn)usobacteria(平均RA為2.52%),Verrucomicrobia(平均RA為1.45%)。在屬水平,按照平均相對豐度由高到低前5名分別為:Bacteroides(平均RA為31.02%),Megamonas(平均RA為11.52%),Prevotella(平均RA為10.18%),Unclassified(平均RA為5.79%),F(xiàn)aecalibacterium(平均RA為4.46%)。
圖1 3 組樣本在綱水平的物種組成
2.4 腸道菌群的多樣性比較分析 Alpha多樣性指數(shù)(ACE、Chao1、Shannon、Simpson)顯示瘀熱阻滯組Alpha多樣性指數(shù)高于健康人群,而濕熱蘊結組的Alpha多樣性指數(shù)低于健康人群。上述4種多樣性指數(shù)值越高,表明群落的多樣性越高。3組比較,濕熱蘊結組略低于健康對照組,而瘀熱阻滯組高于濕熱蘊結組及健康對照組,但差異無統(tǒng)計學意義(P>0.05)。(見圖2)
圖2 3 組間Alpha 多樣性指數(shù)
Beta(β)多樣性分析可以體現(xiàn)不同組之間的腸道菌群是否存在差異。β多樣性分析顯示:濕熱蘊結組顯著低于健康人群(R=0.052,P=0.007);瘀熱阻滯組高于健康人群,差異無統(tǒng)計學意義(R=0.027,P=0.32),濕熱蘊結組低于瘀熱蘊結組,但差異無統(tǒng)計學意義(R=0.035,P=0.108),3組間菌群比較,差異有統(tǒng)計學意義(R=0.051,P=0.025)。(見圖3)
圖3 3 組間Beta 多樣性PCoA 分析
2.5 3組間菌群組成差異分析 菌屬豐度排在前10的為Bacteroidia、Clostridia、Negativicutes、Gammaproteobacteria、Fusobacteriia、Verrucomicrobiae、Actinobacteria、Bacilli、Betaproteo bacteria、Erysipelotrichia。其中濕熱蘊結組、瘀熱阻滯組與健康對照組比較,差異有統(tǒng)計學意義(P<0.05)的菌群為Bacteroidia(相對豐度降低)、Negativicutes(相對豐度升高)、Actinobacteria(相對豐度升高)、Bacilli(相對豐度升高)。NMDS分析證實3組在腸道菌群屬水平比較,差異有統(tǒng)計學意義(P<0.05)。(見圖4)
圖4 3 組間菌群組成差異分析
2.6 3組間菌群LEfSe分析 從LEfSe LDA圖可以看出3組間的差異菌群,篩選出有顯著差異Biomaker。圖中顯示瘀熱阻滯組的多樣性較豐富,代表性菌群較多,濕熱蘊結組次之,健康對照組最少。(見圖5)
圖5 3 組間菌群LEfSe 分析
2.7 3組間屬水平菌群結構差異熱圖分析 熱圖可顯示各樣本及組間的物種組成及豐度。與健康對照組比較,濕熱蘊結組、瘀熱阻滯組Bacteroidia、Fusobacteriia豐度降低,Clostridia、Negativicutes、Actinobacteria、Bacilli豐度升高。瘀熱阻滯組菌屬中Prevotella 菌群豐度上升,Clostridium_sensu_stricto、Clostridium_XlVb、Butyricimonas豐度降低;濕熱蘊結組菌屬中Bacteroides 菌群豐度上升,Paraprevotella、Dorea、Romboutsia豐度降低;健康對照組菌屬中Bacteroidia菌群豐度上升,Lactobacillus、Faecalicoccus、Pseudoflavonifractor、Acidaminococcus、Clostridium_IV、Dialister豐度降低。(見圖6)
圖6 基于腸道菌群屬水平差異物種的heatmap 聚類圖
痛風是一種單鈉尿酸鹽沉積所致的晶體相關性關節(jié)病,與嘌呤代謝紊亂及(或)尿酸排泄減少所致的高尿酸血癥直接相關,屬代謝性風濕病范疇。我國痛風的患病率為1%~3%,逐年上升且呈年輕化趨勢[11]。高嘌呤飲食會導致痛風發(fā)作,具體機制尚不清楚。人體存在數(shù)量巨大的腸道菌群,對人的生理、病理有重要影響[12]。這些影響包括關節(jié)促炎與抗炎反應,與關節(jié)炎的發(fā)生、發(fā)展有關[13]。中醫(yī)學認為,痛風急性發(fā)作最常見的病因病機是濕濁瘀熱痹阻關節(jié)[14]?!吨嗅t(yī)內(nèi)科病證診斷療效標準》有關痛風的證候分類將痛風發(fā)作期的證型分為濕熱蘊結證與瘀熱阻滯證等證型[6]。這2種證型客觀的物質(zhì)基礎,以及其與腸道菌群的關聯(lián)尚不明確。因此,本研究擬探討痛風急性發(fā)作期的腸道菌群變化及其與中醫(yī)證型的相關性。
本研究納入人群主要為中老年男性,男性占85%以上,符合痛風發(fā)病的優(yōu)勢人群。痛風患者體質(zhì)量均存在超重現(xiàn)象,明顯高于健康人群,且50%以上合并高血壓,較多合并糖尿病、高脂血癥、腎結石及腎功能不全,與國內(nèi)有關痛風流行病學報道基本一致[15]。
本研究通過16SrDNA測序發(fā)現(xiàn),痛風患者的腸道菌群與健康人群存在顯著差異,濕熱蘊結證與瘀熱阻滯證的痛風患者腸道菌群也存在差異。痛風急性發(fā)作期,主要表現(xiàn)為Bacteroidia豐度降低,Negativicutes、Actinobacteria、Bacilli豐度升高。而在不同證型之間,瘀熱阻滯組菌屬中Prevotella菌群豐度上升,Clostridium_sensu_stricto、Clostridium_XlVb、Butyric imonas豐度降低;濕熱蘊結組菌屬中Bacteroides菌群豐度上升,Paraprevotella、Dorea、Romboutsia豐度降低。這些升高的菌群絕大多數(shù)為致病菌,與炎癥、免疫密切相關,而降低的為益生菌,與抗炎作用有關[16-18]。因此,可以從腸道菌群的角度闡釋痛風出現(xiàn)急性炎癥的部分機制。
中醫(yī)辨證是中醫(yī)四診資料的高度概括,包括癥狀、體征、舌脈,這些變化與患者體質(zhì)密切相關。本研究根據(jù)中醫(yī)辨證進行分組,研究不同證型之間的腸道菌群差異,以尋找這些證型客觀的物質(zhì)基礎。腸道菌群的變化與人的體質(zhì)有密切關系[19-20],這或許可以解釋痛風急性發(fā)作期不同證型的菌群差異。目前有學者進行了中醫(yī)證型與腸道菌群的相關研究,但未見痛風的中醫(yī)證型與腸道菌群關系的相關研究報道。如周夢玲等[21]發(fā)現(xiàn)帕金森病內(nèi)熱證擬桿菌門豐度升高,厚壁菌門豐度降低;安明偉等[22]研究表明慢性腹瀉脾胃濕熱證患者腸道需氧菌(腸桿菌、腸球菌)豐度升高;張寧等[23]研究發(fā)現(xiàn)寒凝血瘀證模型組大鼠中Firmicutes顯著上調(diào),Bacteroidetes顯著下調(diào)。這些研究與本研究相似,均證實了腸道菌群變化與中醫(yī)證型的相關性。
本研究從腸道菌群的角度闡釋了痛風急性發(fā)作期不同證型與腸道菌群失調(diào)的關系,并為不同證型找到了可能的標志菌屬,為中醫(yī)辨證論治提供了客觀物質(zhì)基礎,也可能為痛風急性發(fā)作的機制提供了研究線索。但本研究屬于探索性研究,發(fā)現(xiàn)的菌群尚需進一步驗證,如采用菌群移植法進一步驗證。因為本研究納入的均為住院患者,病例數(shù)偏少,兩種中醫(yī)證型在年齡、BMI、病程上存在差異,所以在病例選擇方面可能存在偏倚。因此,有必要擴大病例來源,增加樣本量,使得各組在基線水平保持一致。