王麗華 郭 建
(安徽科技學(xué)院,安徽 鳳陽 233100)
玉米(Zeamays L.)是一年生的禾本科植物,玉米不僅可以作為糧食,還可以作為飼料、工業(yè)原料等。就種植面積而言,已經(jīng)超越水稻、小麥,成為國內(nèi)目前種植的第一大農(nóng)作物。由于玉米種植面積越來越大,對玉米新品種的需求也越來越大,這為玉米育種工作提供了機遇和挑戰(zhàn),尤其近幾年每年參加國家和各省市的區(qū)域試驗的玉米雜交組合達(dá)數(shù)千個。雖然玉米已經(jīng)日益凸顯其在農(nóng)業(yè)發(fā)展上的重要性,但就我國的玉米種質(zhì)資源來說,其遺傳基礎(chǔ)比較狹窄。李俊芳等在對國家玉米主產(chǎn)區(qū)預(yù)試品種的SSR分析中指出我國現(xiàn)階段的玉米育種的親本組合有比較強的趨同趨勢,越是優(yōu)良的品種趨同趨勢越明顯。
SSR(Simple sequence Repeats)分子標(biāo)記的出現(xiàn)對玉米育種的快速發(fā)展起到了非常重要的作用,SSR 是一種以特異性引物為基礎(chǔ)的分子輔助標(biāo)記技術(shù),也稱微衛(wèi)星DNA,是由幾個核苷酸為重復(fù)單位組成的長達(dá)幾十個核苷酸的串聯(lián)重復(fù)序列。SSR分子輔助標(biāo)記技術(shù)以其標(biāo)記的多態(tài)性高、重復(fù)性好、操作簡單、成本較低等優(yōu)點,因此被廣泛應(yīng)用在育種工作中。孫友位等利用SSR標(biāo)記對85個玉米自交系進行聚類分析,聚類結(jié)果與自交系系譜關(guān)系基本一致,說明SSR標(biāo)記在劃分種質(zhì)資源的親緣關(guān)系是比較理想的。
試驗選用的是2012-2015年國家東南區(qū)區(qū)域試驗的玉米雜交組合種子,采用SSR標(biāo)記技術(shù),對34個玉米雜交組合進行SSR標(biāo)記及聚類分析,研究其親緣關(guān)系的遠(yuǎn)近,對指導(dǎo)玉米育種實踐,有一定的積極作用。
試驗材料為國家東南區(qū)區(qū)域試驗2012-2015年的玉米雜交組合(見表1),分別取30粒種子于發(fā)芽盒內(nèi)砂床,28℃發(fā)芽室內(nèi)發(fā)苗。期間每天澆水兩次,待幼苗長出5-6片葉子時進行DNA的提取。
表1 試驗材料的編號對應(yīng)試驗材料名稱
1.2 .1 DNA的提取
(1)研磨 選取生長健壯的幼苗,取適量的葉片,用剪刀剪成小段,放置帶有標(biāo)記的2ml離心管中,每個離心管放置兩粒鋼珠,剪刀每次用完后都要用衛(wèi)生紙擦干凈以防止不同玉米雜交組合間DNA的混雜。把離心管放到液氮中冷凍數(shù)分鐘后,快速放入研磨機中進行研磨,研磨后倒出鋼珠,把研磨的玉米葉片粉末倒入另一帶有標(biāo)記的2ml離心管中。
(2)裂解 將上述樣品管加入65℃預(yù)熱的SDS提取液 600μL,快速搖勻后放入到65℃的水浴鍋中,保溫30min,期間每10min輕微搖晃3-4次,從水浴鍋中取出樣品管,加入150μL 5M預(yù)冷的醋酸鉀后放入冰箱中冷凍存放30min。從冰箱中取出冷凍的樣品加入事先配好的24︰1的氯仿︰異戊醇,在振蕩器上震蕩30min,使其充分混勻。
(3)離心 將樣品管放置在離心機上12000r/min離心5min,用移液槍小心吸取上清液200μL加入到帶有標(biāo)記的1.5ml離心管中,加入1.5倍的預(yù)冷的無水乙醇,輕輕搖晃,放置冰箱中冷凍20min后取出離心,倒掉離心管中的液體。
(4)漂洗 向離心管中加入400μL 70%的乙醇,輕輕搖晃數(shù)次,靜置5min后,放入離心機中,12000r/min離心1min,棄廢液。把離心管倒扣在吸水紙上,晾干后,加入100μLddH2O后,用旋渦振蕩器進行震蕩,待充分溶解后,冷凍保存。
1.2 .2 DNA的檢測
采用紫外光光度計(波長260nm)檢測DNA濃度,結(jié)果表明,34個玉米樣品DNA的濃度都能符合本試驗的要求。
1.2 .3 SSR的擴增條件
對142對玉米的SSR引物進行多態(tài)性篩選,從中選出多態(tài)性好,重復(fù)性高的引物再對34個玉米雜交組合進行PCR的擴增。
PCR的擴增體系:試驗采用10μL反應(yīng)體系,其中ddH2O 4μL,Taq Buffer(含有Mg2+)1μL,引物1.5μL,dNTP 1μL,Taq聚合酶0.5μL,DNA 2.0μL。
PCR擴增的程序:PCR反應(yīng)程序為94℃預(yù)變性7min,94℃變性30s,50℃退火50s,72℃延伸1min,共36個循環(huán)。72℃再延伸7min,反應(yīng)結(jié)束后,4℃的冰箱中保存。
1.2 .4 聚丙烯酰胺凝膠電泳檢測
PCR擴增產(chǎn)物用8%的聚丙烯酰胺凝膠進行電泳,用0.2%的硝酸銀溶液進行染色,染色15min,染色完成后,加入200ml的顯色液,放置在脫色搖床上,加入2ml甲醛溶液,顯色10min,條帶清晰時,倒掉廢液,用自來水緩慢沖洗幾次后,取出,掃描成像并記錄。
1.2 .5 數(shù)據(jù)處理
SSR是共顯性標(biāo)記,同一引物擴增產(chǎn)物中電泳遷移率一致的條帶具有同源性。有帶記為1,無帶記為0,形成SSR數(shù)據(jù)矩陣。用DPS7.05軟件進行數(shù)據(jù)處理,以Jaccard系數(shù)、用UPGMA(類平均數(shù))法進行聚類分析。
試驗共有142對SSR引物,在對引物的篩選過程中,首先隨機選取多個SSR引物對34個玉米雜交組合進行PCR的擴增。電泳檢測后選取清晰的條帶進行比較,選出2015A1、2015A4玉米雜交組合的DNA,進行SSR 引物的篩選。共篩選出多態(tài)性較好、條帶清晰的引物50對。
圖1 SSR引物篩選圖
用篩選出的50對SSR引物對34個玉米雜交組合進行擴增,結(jié)果表明,擴增條帶的數(shù)目隨引物和樣品DNA的不同在1~8之間變化,多態(tài)位點百分率最低為62.5%,最高為100%。(見表2)通過與Marker比較可以看出,SSR引物擴增出的條帶集中在100-500bp之間。
表2 SSR引物序列與擴增結(jié)果
圖2 1號引物擴增結(jié)果
利用UPGMA法進行聚類分析,結(jié)果表明(見圖3):以Jaccard系數(shù)0.80為標(biāo)準(zhǔn),可以將2012-2015年參加國家東南區(qū)區(qū)域試驗的玉米雜交組合分為三大類:第一類為1、3、2、6、12、10、17、26、22、33、18、31、11、21、30、28、25、5、16、4、13、29、27、34、8、14、24、9、20、23,共30個,占88.2%,且雜交組合數(shù)量很多,說明近幾年參加區(qū)試品種的遺傳基礎(chǔ)差異較窄。第二類為32,第三類為7、15、19,從圖中可以看出第一類的親緣關(guān)系較近,第三類的Jaccard系數(shù)最大,與第一類相比,其親緣關(guān)系相對較遠(yuǎn),但從整體上來看,34個雜交組合的Jaccard系數(shù)集中在0.26-0.94之間,說明34個玉米雜交組合間的親緣關(guān)系差別不大。
圖3 34 個玉米雜交組合的SSR 標(biāo)記聚類圖
大量研究表明,SSR標(biāo)記的試驗操作簡單、省時且成本較低。利用SSR標(biāo)記的多態(tài)性高,結(jié)合相應(yīng)的分析如相關(guān)分析、聚類分析等數(shù)量遺傳分析手段,可以對不同的玉米雜交組合進行分類,判斷其親緣關(guān)系的遠(yuǎn)近。韓萌等利用23對SSR引物對101份貴州地方種質(zhì)進行遺傳多樣性分析,結(jié)果表明,SSR多態(tài)性位點檢測擴增條帶為7-21個,平均11個,每個位點的多態(tài)性信息量變幅為0.753-0.945,平均0.857。與之相比,本試驗利用50對SSR引物對34個玉米雜交組合進行遺傳多樣性分析,結(jié)果表明,SSR多態(tài)位點檢測擴增條帶為1-8個,平均3個,每個位點的多態(tài)性信息量變幅為0.625-1.000,平均0.984。所以試驗從142對SSR引物篩選出的50對引物對34個玉米雜交組合的SSR多態(tài)性分析結(jié)果是可信的。
由于玉米是異交授粉作物,存在自交衰退現(xiàn)象,而異交可以增強后代的產(chǎn)量、品質(zhì)等,所以大田上的生產(chǎn)用種是通過自交系間雜交得到的F1。玉米自交系的遺傳多樣性是育成新品種的重要基礎(chǔ)。大量研究表明SSR標(biāo)記可以有效地應(yīng)用在玉米等農(nóng)作物種質(zhì)的遺傳變異研究及類群的劃分。
利用UPGMA方法進行聚類分析,Jaccard系數(shù)主要集中在0.26-0.94之間,說明這些雜交組合親緣關(guān)系差別不大,遺傳基礎(chǔ)比較狹窄,不利于玉米品種多樣性的形成,也不利于玉米品種抵抗風(fēng)險的能力,所以在玉米育種上,利用更加豐富的種質(zhì)資源。