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        基于深度可分離卷積的組織病理圖像分類(lèi)

        2021-10-23 04:06:28萬(wàn)亞利彭仁華
        新型工業(yè)化 2021年7期
        關(guān)鍵詞:分類(lèi)深度特征

        萬(wàn)亞利,彭仁華

        (廣州商學(xué)院信息技術(shù)與工程學(xué)院,廣東 廣州 510000)

        0 引言

        據(jù)癌癥協(xié)會(huì)2018年全球數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì),全球范圍內(nèi)預(yù)計(jì)約有1810萬(wàn)人次的新增癌癥病例,約有960萬(wàn)人因癌癥而死亡[1]。目前最可靠的檢測(cè)技術(shù)是病理醫(yī)生根據(jù)人工病理切片進(jìn)行診斷,統(tǒng)計(jì)出組織病理中各項(xiàng)生物學(xué)指標(biāo),從而完成基于人工的組織病理圖像分類(lèi),不僅費(fèi)時(shí)且費(fèi)力,同時(shí)還易于出現(xiàn)人為主觀(guān)影響,造成誤診。依靠計(jì)算機(jī)輔助診斷技術(shù),不僅能夠提高醫(yī)生的診斷效率,而且還能提取出客觀(guān)且有效的診斷信息,具備非常重要的臨床應(yīng)用價(jià)值。

        1 目前在組織病理圖像分類(lèi)研究方面,大體分兩個(gè)方向

        (1)基于傳統(tǒng)圖像算法和機(jī)器學(xué)習(xí)算法的組織病理圖像分類(lèi)。Qu[2]等從病理圖像中人工提取特征,提出一種基于像素支持向量機(jī)(SVM)分類(lèi)器的腫瘤巢(TNs)和基質(zhì)分割方法,該方法能夠區(qū)分TNs和間質(zhì),準(zhǔn)確率為87.1%。Abderrahmane[3]等采用關(guān)聯(lián)規(guī)則和支持向量機(jī)對(duì)特征集進(jìn)行約簡(jiǎn)的乳腺癌分類(lèi),該模型對(duì)8個(gè)及4個(gè)屬性的分類(lèi)正確率分別為98.00%和96.14%。Swain等[4]采用采用盒計(jì)數(shù)法提取特征,將得到的分形維數(shù)(FD)在支持向量機(jī)分類(lèi)器下進(jìn)行處理,對(duì)良惡性腫瘤細(xì)胞進(jìn)行分類(lèi),從而使得正確率達(dá)到98.13%。然而,上述算法都需要人工提取特征,當(dāng)樣本量不斷增大,就會(huì)極大的影響模型的適應(yīng)能力,模型訓(xùn)練的復(fù)雜度也隨之增加。

        (2)基于深度學(xué)習(xí)的組織病理圖像分類(lèi)。Hou[5]用一種改進(jìn)的深度卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)(DCNN)模型完成病理圖像自動(dòng)分類(lèi),通過(guò)數(shù)據(jù)增強(qiáng)和遷移學(xué)習(xí)的方法使準(zhǔn)確率均達(dá)到91%。Krithiga[6]等將一種新的多層顯著細(xì)胞核檢測(cè)模型與深度CNN相結(jié)合,并將其應(yīng)用于乳腺癌組織的導(dǎo)管癌中,生成了一個(gè)n MSDeep CNN模型,該系統(tǒng)的準(zhǔn)確度為98.62%。Alzubaidi等[7]提出利用平行卷積層和殘差結(jié)構(gòu)的混合模型將乳腺活檢圖像分為四類(lèi)。該模型取得了最新的性能,在驗(yàn)證集的分片分類(lèi)準(zhǔn)確率為90.5%,圖像分類(lèi)準(zhǔn)確率為97.4%。上述方法利用DCNN來(lái)自動(dòng)學(xué)習(xí)特征,自動(dòng)學(xué)習(xí)組織病理圖像的特征,來(lái)完成病理圖像分類(lèi)識(shí)別。然而,這些方法在處理組織病變分類(lèi)問(wèn)題中,隨著網(wǎng)絡(luò)的加深,輕量化深度網(wǎng)絡(luò)模型,在提高識(shí)別率的同時(shí)也需要優(yōu)化網(wǎng)絡(luò)的計(jì)算復(fù)雜度。

        因此,本文采用深層卷積網(wǎng)絡(luò)模型,以此來(lái)解決復(fù)雜性和局限性的人工特征提取方式,完成自動(dòng)提取組織病變圖像的特征,同時(shí),采用深度可分離卷積的方法來(lái)避免因卷積網(wǎng)絡(luò)深度加深,所帶來(lái)的參數(shù)和計(jì)算量增大的問(wèn)題,實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,該方法能夠有效的提高病理圖像的識(shí)別率。

        1 深度可分離卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)

        1.1 常規(guī)卷積操作

        CNN卷積層的輸出特征圖(Feature map)由前一輸出層與當(dāng)前層濾波器進(jìn)行卷積得到,對(duì)于一張形狀為H*W*C彩色輸入圖片,經(jīng)過(guò)卷積核的個(gè)數(shù)為n,k*k的卷積核進(jìn)行卷積運(yùn)算后,輸出n個(gè)新的特征圖,其中每個(gè)卷積核的通道數(shù)為C。因此可計(jì)算出常規(guī)卷積運(yùn)算的參數(shù)數(shù)量為:N_std=n*C*k*k。

        1.2 深度可分離卷積

        深度可分離卷積主要由兩部分組成,分別為:逐通道(Depthwise, DW)卷積(Convolution)和逐點(diǎn)(Pointwise,PW)卷積(Convolution)。該結(jié)構(gòu)相比于常規(guī)卷積運(yùn)算,可以降低參數(shù)量和運(yùn)算量。

        PW卷積在運(yùn)算過(guò)程中,每個(gè)通道只單獨(dú)與每個(gè)卷積核進(jìn)行卷積操作。假如一張彩色輸入圖片可表示為H*W*C,PW卷積運(yùn)算中的卷積核(大小為k*k)的數(shù)量需要與上一層輸入的通道數(shù)相同,即此處卷積核個(gè)數(shù)為C,采用PW卷積的方式將生成C張新的特征圖。此時(shí),卷積運(yùn)算的參數(shù)為:N_d=C*k*k。由此可以看出,經(jīng)過(guò)一次PW卷積運(yùn)算,輸出的特征圖與輸入層的通道數(shù)相同,特征圖數(shù)量保持不變,另外,該方式在進(jìn)行卷積運(yùn)算過(guò)程中,獨(dú)立對(duì)每個(gè)輸入層的通道進(jìn)行分別運(yùn)算,沒(méi)有對(duì)特征圖之間的空間信息進(jìn)行有效的融合。因此,采用PW卷積的方式來(lái)解決上述問(wèn)題。

        PW卷積運(yùn)算過(guò)程和常規(guī)卷積類(lèi)似,主要采用1*1*C的卷積核來(lái)加權(quán)組合上一層特征圖的深度,并生成一個(gè)新的特征圖,其中,C代表的是上一層的通道數(shù),即一張輸入圖片H*W*C,與一個(gè)1*1*C的卷積核經(jīng)過(guò)PW卷積運(yùn)算后,得到一張新的特征圖,與n個(gè)的卷積核PW卷積運(yùn)算將生成n個(gè)新的特征圖??梢钥闯觯?jīng)過(guò)PW卷積運(yùn)算后,可以對(duì)輸出維度進(jìn)行擴(kuò)充。同時(shí),可計(jì)算出卷積過(guò)程中的參數(shù)量為:N_P=n*C*1*1。

        1.3 參數(shù)對(duì)比

        經(jīng)過(guò)上述分析,常規(guī)卷積的參數(shù)量可表示為:N_std =n*C*k*k。深度可分離卷積的參數(shù)量可表示為DW卷積和PW卷積運(yùn)算量之和,即N_d+ N_P= C*k*k+ n*C*1*1。其中,n為輸出層生成的新的特征圖,k*k為卷積核的尺寸,C為特征圖的通道數(shù)。以常用的3*3卷積,相同的輸入為三通道特征圖,輸出五張新的特征圖為例,則常規(guī)卷積的參數(shù)量為5*3*3*3=135個(gè),而深度可分離卷積的參數(shù)量?jī)H為:3*3*3+5*3*1*1=42個(gè)??梢钥闯?,深度可分離卷積參數(shù)量遠(yuǎn)遠(yuǎn)小于常規(guī)卷積操作,并隨著輸入輸入及輸出特征的數(shù)量,參數(shù)量的優(yōu)勢(shì)更加突顯。

        1.4 網(wǎng)絡(luò)架構(gòu)設(shè)計(jì)

        網(wǎng)絡(luò)的主體架構(gòu)采用CNN常規(guī)卷積加上深度可分離卷積相結(jié)合,構(gòu)建基于深度網(wǎng)絡(luò)的組織病理圖像分類(lèi)模型。每一層常規(guī)卷積后,選用RELU激活函數(shù),引入批量歸一化對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化處理。在全連接前進(jìn)行全局池化操作,以此來(lái)降低空間參數(shù),使模型更加健壯,抗過(guò)擬合效果更佳。

        全連接層采用dropout層以0.3的概率舍棄網(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn),網(wǎng)絡(luò)優(yōu)化器采用Adam,初始學(xué)習(xí)率為0.001。

        2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果及分析

        實(shí)驗(yàn)采用python軟件對(duì)算法進(jìn)行測(cè)試。實(shí)驗(yàn)所用的環(huán)境為AMD Ryzen 5 3600 6-Core Processor CPU@3.60GHZ,內(nèi)存為8GB,GPU采用2060s,64位的Windows 10操作系統(tǒng)。

        2.1 數(shù)據(jù)集

        PatchCamelyon(PCam)數(shù)據(jù)集是二元組織病理圖像分類(lèi)數(shù)據(jù)集,包含數(shù)字掃描提取的高分辨率全幻燈片淋巴結(jié)切片圖像。分辨率為96x96的彩色圖像約30萬(wàn)張組成。

        2.2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果分析

        在訓(xùn)練開(kāi)始,采取隨機(jī)抽樣的方式選取10萬(wàn)張圖像進(jìn)行模型訓(xùn)練和測(cè)試,為了進(jìn)一步提高模型的性能,對(duì)選取的圖像進(jìn)行增強(qiáng)處理。訓(xùn)練過(guò)程中采用70%數(shù)據(jù)作為模型訓(xùn)練集,20%的數(shù)據(jù)作為模型測(cè)試集,另外10%的數(shù)據(jù)作為模型驗(yàn)證集。下圖1結(jié)果訓(xùn)練過(guò)程中所記錄的訓(xùn)練和測(cè)試數(shù)據(jù)集準(zhǔn)確率所繪制的曲線(xiàn)圖。從圖1中可知,在前10個(gè)epoch訓(xùn)練過(guò)程中,模型的準(zhǔn)確率提升較快。模型的訓(xùn)練正確率能達(dá)到98.5%,訓(xùn)練集正確率為94.8%。由此可以看出,本文所采用的深度可分離卷積能大大縮減深度網(wǎng)絡(luò)的參數(shù)量,使模型收斂速度更快,同時(shí)能保證模型的分類(lèi)效果。

        圖1 訓(xùn)練集與測(cè)試集準(zhǔn)確率圖

        由圖2看出,模型的損失值在訓(xùn)練集和測(cè)試集上逐步下降。最終在訓(xùn)練集和測(cè)試集上的損失值分別為0.04和0.18。采用深度可分離卷積方式,結(jié)合常規(guī)卷積層所構(gòu)建的模型,能加快損失函數(shù)的收斂速度。由此可見(jiàn),本文所提出的模型能夠基于組織病理圖像進(jìn)行有效的完成分類(lèi)識(shí)別,并具有較高的識(shí)別率。

        圖2 訓(xùn)練集和測(cè)試集損失值曲線(xiàn)圖

        3 結(jié)語(yǔ)

        本文提出了一種基于深度可分離卷積的組織病理圖像分類(lèi)新方法,相較于常規(guī)卷積層,能獲得更少的參數(shù)計(jì)算量,來(lái)改進(jìn)深度學(xué)習(xí)中由于網(wǎng)絡(luò)層數(shù)加深而帶來(lái)的參數(shù)量計(jì)算過(guò)大的問(wèn)題。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,采用深度可分離卷積能夠使網(wǎng)絡(luò)模型參數(shù)量更少,在保證模型性能的前提下,訓(xùn)練效率更快。

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