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        基于CT的紋理分析預(yù)測(cè)甲狀腺乳頭狀癌BRAFV600E突變

        2021-09-22 06:16:14童永秀陳永欽陳曉芳張瑋張惠娟
        關(guān)鍵詞:特征選擇降維組學(xué)

        童永秀,陳永欽,陳曉芳,張瑋,張惠娟*

        1.福建醫(yī)科大學(xué)省立臨床醫(yī)學(xué)院,福建省立醫(yī)院南院放射科,福建 福州 350028;2.福建醫(yī)科大學(xué)附屬協(xié)和醫(yī)院病理科,福建 福州 350001;3.福建省立醫(yī)院放射科,福建 福州 350001; *通信作者 張惠娟 workyx22@163.com

        近年全世界范圍內(nèi)甲狀腺癌的發(fā)病率均明顯升高,其中絕大部分為甲狀腺乳頭狀癌(papillary thyroid carcinoma,PTC),占所有分型的80%以上[1]。BRAFV600E是一種與PTC密切相關(guān)的基因,既往研究證實(shí),合并BRAFV600E突變的PTC具有更強(qiáng)的侵襲性,臨床上需要選擇積極的、擴(kuò)大范圍的手術(shù)治療方案[2]。因此,明確PTC的BRAFV600E突變情況,可對(duì)患者進(jìn)行高風(fēng)險(xiǎn)分類,并制訂相應(yīng)的治療計(jì)劃。紋理分析是影像組學(xué)的一種新型的無(wú)創(chuàng)方法,利用從醫(yī)學(xué)圖像中提取的數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化成高通量、可挖掘的和定量的紋理特征,可用于揭示腫瘤的內(nèi)部結(jié)構(gòu)特征(如病理生理狀況)[3-4]。近年多項(xiàng)研究將影像組學(xué)紋理特征與不同器官的腫瘤分子特征聯(lián)系起來(lái),目前將影像組學(xué)應(yīng)用于預(yù)測(cè)甲狀腺癌的分子狀態(tài)的相關(guān)研究較少[5-6]。本研究將基于CT的紋理分析用于預(yù)測(cè)PTC的BRAFV600E突變情況,并評(píng)價(jià)其判斷性能。

        1 資料與方法

        1.1 研究對(duì)象 系統(tǒng)性回顧2016年1月—2019年12月在福建省立醫(yī)院南院完成術(shù)前甲狀腺CT靜脈期增強(qiáng)掃描檢查后接受手術(shù)治療,并經(jīng)病理證實(shí)且成功進(jìn)行BRAFV600E突變分析的PTC患者。排除標(biāo)準(zhǔn):①結(jié)節(jié)直徑<10 mm,因?yàn)?10 mm的病灶ROI準(zhǔn)確性低[7];②多發(fā)結(jié)節(jié)的病理、BRAF突變情況和CT圖像缺乏準(zhǔn)確對(duì)應(yīng);③非首次發(fā)現(xiàn)、經(jīng)過(guò)臨床干預(yù)和治療的病例。最終納入52例PTC患者,其中女38例,男14例;年齡19~78歲,平均(41.1±13.3)歲。

        1.2 CT檢查和圖像評(píng)估 采用Siemens 64排螺旋CT掃描儀(Definition AS 128),所有患者行雙期增強(qiáng)掃描?;颊呷⊙雠P位,掃描范圍從口咽部至鎖骨上緣,對(duì)胸骨后甲狀腺病例,掃描至氣管分叉水平。掃描參數(shù):管電壓120 kV,采用自動(dòng)管電流調(diào)節(jié)技術(shù),參考毫安秒165 mAs,準(zhǔn)直寬度128×0.6 mm,螺距0.8,球管旋轉(zhuǎn)時(shí)間0.3 s,層厚3 mm。增強(qiáng)掃描采用雙筒高壓注射器,使用非離子型對(duì)比劑碘佛醇(320 mgI/ml,江蘇恒瑞醫(yī)藥股份有限公司)90 ml,以3 ml/s經(jīng)右肘前靜脈注射;靜脈期掃描延遲時(shí)間為70 s。

        所有患者的術(shù)前CT增強(qiáng)靜脈期圖像由2名具有10年以上甲狀腺疾病診斷經(jīng)驗(yàn)的放射醫(yī)師進(jìn)行回顧分析和評(píng)估,意見不一致時(shí)協(xié)商統(tǒng)一。

        1.3 紋理特征分析 將圖像通過(guò)PACS下載并導(dǎo)入MaZda 4.6軟件。在腫瘤的最大層面、沿病灶邊緣勾畫感興趣區(qū)(ROI),勾畫過(guò)程中盡可能保持勾畫范圍與病灶本身大小一致,同時(shí)避開明顯的鈣化及囊變區(qū)(圖1)。MaZda軟件對(duì)ROI進(jìn)行紋理分析,分為3步:①紋理特征參數(shù)提?。篗aZda軟件提供了灰度直方圖、灰度絕對(duì)梯度、游程矩陣、灰度共生矩陣、自回歸模型和小波分析6種紋理分析方法。本研究綜合采用以上6種紋理分析方法,每個(gè)ROI共得到256個(gè)紋理特征參數(shù)。②最優(yōu)特征選擇:分別運(yùn)用軟件內(nèi)的費(fèi)希爾參數(shù)法(Fisher)、最小分類誤差與最小平均相關(guān)系數(shù)法(POE+ACC)和互信息測(cè)度法(MI)3種常見的特征選擇算法,對(duì)256個(gè)特征參數(shù)進(jìn)行篩選,得到10個(gè)最優(yōu)特征。③最優(yōu)特征數(shù)據(jù)降維和分類:使用軟件自帶的B11程序中的主要成分分析(PCA)、線性判別分析(LDA)和非線性判別分析(NDA)3種降維方法對(duì)10個(gè)最優(yōu)特征進(jìn)行降維。最后,根據(jù)降維情況軟件會(huì)對(duì)病灶進(jìn)行分類,并得出BRAFV600E的誤判率R。

        圖1 CT增強(qiáng)掃描靜脈期PTC感興趣區(qū)勾畫。A.CT增強(qiáng)掃描靜脈期,甲狀腺左葉PTC(箭);B.沿腫瘤邊緣勾畫感興趣區(qū)(紅色區(qū)域,箭)

        根據(jù)R的大小將紋理分析結(jié)果分為5個(gè)等級(jí)[8]:≤10%為優(yōu)秀,10%40%為較差。

        1.4 病理學(xué)診斷 PTC及BRAFV600E突變?cè)\斷以術(shù)后病理學(xué)檢查為依據(jù),病理學(xué)資料來(lái)自我院病理科。

        1.5 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法 采用SPSS 23.0軟件進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)分析。采用受試者工作特征(ROC)曲線進(jìn)行分析,并計(jì)算相應(yīng)的曲線下面積(AUC)、敏感度、特異度、準(zhǔn)確度、陽(yáng)性預(yù)測(cè)值、陰性預(yù)測(cè)值和約登指數(shù),評(píng)價(jià)各種組合方案的性能。

        2 結(jié)果

        2.1 病理診斷 52例患者中,BRAFV600E陽(yáng)性32例,陰性20例。

        2.2 不同紋理分析方法預(yù)測(cè)BRAFV600E突變的誤判率 不同紋理特征選擇算法和不同降維方法組合下預(yù)測(cè)BRAFV600E突變陽(yáng)性和陰性的總誤判率R見表1。無(wú)論哪種特征選擇算法,NDA降維方法誤判率最低,均在10%以下,屬于優(yōu)秀;其次為L(zhǎng)DA,各種組合誤判率均<20%,屬于優(yōu)秀-良好;PCA的誤診率最高,均>30%,屬于一般甚至較差。誤判率最低的組合是POE+ACC+NDA,為3.85%;誤判率最高的組合是Fisher+PCA,為53.85%。未發(fā)現(xiàn)哪種特征選擇算法具有較突出的優(yōu)勢(shì)或劣勢(shì)。

        表1 不同紋理分析方法對(duì)PTC患者BRAFV600E突變誤判率

        2.3 不同紋理分析方法預(yù)測(cè)BRAFV600E突變的性能評(píng)價(jià) 將上述結(jié)果進(jìn)一步繪制成ROC曲線(圖2),各指標(biāo)評(píng)價(jià)不同紋理特征分析方法預(yù)測(cè)PTC 患者BRAFV600E突變的性能見表2。PCA降維方法的AUC為0.4~0.7,診斷性能較低;LDA的AUC為0.7~0.95,有較好的診斷性能;NDA的AUC均>0.9,診斷性能高。診斷性能最好的組合POE+ACC+NDA的AUC約為0.969;診斷性能最差的組合Fisher+PCA的AUC約為0.413。

        表2 不同紋理分析方法組合對(duì)PTC患者BRAFV600E突變預(yù)測(cè)性能評(píng)價(jià)

        圖2 不同紋理分析方法組合下PTC BRAFV600E突變預(yù)測(cè)的ROC曲線

        3 討論

        目前,甲狀腺癌的主要挑戰(zhàn)是需要一種更有效、更準(zhǔn)確的生物學(xué)標(biāo)志物預(yù)測(cè)PTC的侵襲性,將這類高風(fēng)險(xiǎn)、需要積極治療的甲狀腺癌患者鑒別出來(lái)。然而,分子分型、BRAFV600E突變等生物學(xué)標(biāo)志物需通過(guò)有創(chuàng)的活檢或手術(shù)取得標(biāo)本進(jìn)行分析。影像組學(xué)作為一種新興的非侵襲性方法,在預(yù)測(cè)腫瘤生物學(xué)標(biāo)志物方面具有很大的潛力,目前已用于預(yù)測(cè)多種惡性腫瘤的基因突變情況[9-12]。關(guān)于PTC患者BRAFV600E突變的評(píng)估,Kwon等[5]和Yoon等[6]基于超聲圖像的影像組學(xué)進(jìn)行了相應(yīng)的預(yù)測(cè)研究。本研究發(fā)現(xiàn)運(yùn)用MaZda軟件對(duì)PTC患者術(shù)前CT圖像進(jìn)行紋理分析,可以預(yù)測(cè)BRAFV600E突變情況,但是不同降維方法對(duì)結(jié)果預(yù)測(cè)的準(zhǔn)確率存在一定的差異,其中NDA具有很高的診斷性能。

        MaZda是目前主流的影像組學(xué)軟件之一,在國(guó)內(nèi)外運(yùn)用非常廣泛。該軟件提供Fisher、P0E+ACC和MI等多種紋理特征選擇算法進(jìn)行紋理特征提??;同時(shí)自帶有B11程序,其內(nèi)含的PCA、LDA和NDA等降維方法和分類器可以對(duì)提取的紋理特征進(jìn)行降維、分類,最終對(duì)數(shù)據(jù)作出鑒別。本研究所選的3種降維方法中,PCA和LDA均是使用數(shù)據(jù)線性變換進(jìn)行分類;而NDA則通過(guò)數(shù)據(jù)非線性變換實(shí)現(xiàn)分類[13-14]。由于腫瘤異質(zhì)性(包括時(shí)間異質(zhì)性和空間異質(zhì)性)的原因,腫瘤細(xì)胞間及內(nèi)部存在一定的特性和差異性,一部分細(xì)胞提供了BRAFV600E突變的基礎(chǔ),而另一些細(xì)胞沒有突變[7]。此外,BRAFV600E突變與腫瘤大小、多灶性、疾病分期、侵襲性變異及橋本甲狀腺炎患病率等多種因素相關(guān)[15-16]。因此,對(duì)于惡性腫瘤和腫瘤BRAFV600E突變情況收集的數(shù)據(jù)更符合非線性數(shù)據(jù)集,運(yùn)用NDA獲得的準(zhǔn)確性最高。另外,軟件也指出PCA能夠最優(yōu)地表示數(shù)據(jù)集,但是在數(shù)據(jù)分類上的效果相對(duì)較差[14],因此PCA的結(jié)果相對(duì)不可靠。本研究中,不管組合哪種特征選擇算法,誤判率最低和最高的均分別為NDA和PCA;相應(yīng)地,NDA診斷性能也較高,而PCA的診斷性能較低。但是對(duì)于3種特征選擇算法的優(yōu)劣,并未顯示出巨大的差異性,可能與研究數(shù)據(jù)的特征重疊有關(guān)。

        運(yùn)用MaZda軟件預(yù)測(cè)腫瘤基因突變既往鮮有報(bào)道,但用于預(yù)測(cè)甲狀腺腫瘤良惡性的研究較多。Ardakani等[17]采用超聲影像組學(xué)預(yù)測(cè)甲狀腺結(jié)節(jié)的良惡性,結(jié)果顯示采用POE+ACC+NDA組合分析得到最佳結(jié)果,準(zhǔn)確率為97.14% ; 與本研究結(jié)果POE+ACC+NDA組合最高準(zhǔn)確率96.2%相近;但該研究?jī)H采用Fisher和POE+ACC特征選擇算法,并未選用MI方法。黃福靈等[18]運(yùn)用MaZda軟件基于CT增強(qiáng)圖像預(yù)測(cè)甲狀腺結(jié)節(jié)的良惡性,結(jié)果發(fā)現(xiàn)采用NDA降維方法得到的準(zhǔn)確率最高,與本研究結(jié)果一致。然而,Kwon等[5]基于超聲圖像用Py-Radiomics開源影像組學(xué)軟件預(yù)測(cè)PTC患者BRAFV600E基因突變情況,結(jié)果發(fā)現(xiàn)各種降維和分離器選擇對(duì)實(shí)驗(yàn)結(jié)果影響不大,但特征選擇的算法會(huì)影響結(jié)果的性能,最終結(jié)論認(rèn)為超聲影像組學(xué)對(duì)PTC患者BRAF突變情況的預(yù)測(cè)價(jià)值有限,有待進(jìn)一步研究證實(shí)。Yoon等[6]的研究也得出相似的結(jié)論。本研究結(jié)果顯示,選用NDA降維方法進(jìn)行分析時(shí),AUC均>0.9,具有很高的準(zhǔn)確性,推測(cè)可能原因是所選用的影像組學(xué)軟件不同造成結(jié)果不一致,這也是目前影像組學(xué)研究存在的最大困擾之一。另一方面,即使選用同一款軟件,由于紋理特征分析方法的多樣性,選擇不同的方法和組合也會(huì)影響實(shí)驗(yàn)結(jié)果的對(duì)比性。因此,影像組學(xué)研究有待進(jìn)一步制訂統(tǒng)一、規(guī)范化的標(biāo)準(zhǔn)。

        美國(guó)甲狀腺協(xié)會(huì)指南指出,主動(dòng)監(jiān)測(cè)已成為低風(fēng)險(xiǎn)PTC患者安全替代手術(shù)干預(yù)的方法;而對(duì)于具有侵襲性的高風(fēng)險(xiǎn)PTC患者,積極、擴(kuò)大范圍的手術(shù)治療是安全、可靠的方案[19]?;贑T的紋理分析研究可以幫助臨床醫(yī)師在術(shù)前明確PTC的BRAFV600E突變情況,對(duì)患者進(jìn)行高風(fēng)險(xiǎn)分類并制訂相應(yīng)的治療計(jì)劃;同時(shí)也指導(dǎo)低風(fēng)險(xiǎn)PTC患者隨訪觀察,避免手術(shù)等過(guò)度治療。此外,本研究結(jié)果對(duì)于后續(xù)運(yùn)用MaZda軟件進(jìn)行相關(guān)領(lǐng)域紋理特征分析具有一定的指導(dǎo)意義:如進(jìn)行腫瘤良惡性或分子特征預(yù)測(cè)研究時(shí),NDA降維方法可作為首選。

        總之,由術(shù)前CT圖像提取的紋理特征作為預(yù)測(cè)PTC存在BRAFV600E突變狀態(tài)的非侵入性生物標(biāo)志物具有一定的價(jià)值。但由于本研究納入樣本量較小,10 mm以下的結(jié)節(jié)未納入研究,而且選用特定的MaZda影像組學(xué)軟件。因此,需要擴(kuò)大樣本量和研究范圍,選用其他影像組學(xué)軟件進(jìn)一步研究論證。

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