王 琪,徐文娟,石盼盼
(1.鄭州市食品藥品檢驗(yàn)所,河南鄭州 450000;2.鄭州大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院,河南鄭州 450000)
食品安全問題是全世界人們共同關(guān)注的公共衛(wèi)生安全問題。近年來,由微生物引起的食源性疾病在食品安全事故中的比例不斷上升,對人類健康和生命安全構(gòu)成了嚴(yán)重的威脅[1]。腸出血性大腸桿菌(Enterohemorrhagic E.coli, EHEC)是一種危害嚴(yán)重的人獸共患病原體,主要通過受污染的食物傳播,如牛肉、奶制品、蔬菜和水果[2],極易對人們的身體健康造成巨大危害。自1982 年在美國首次被分離出來,并被認(rèn)為是一種新型的腸道致病菌[3],美國又發(fā)生了多起該病的暴發(fā)流行[4?5]。我國也受到腸出血性大腸桿菌O157:H7 的感染威脅,江蘇、安徽省于1999 年暴發(fā)流行腸出血性大腸桿菌O157:H7 感染性腹瀉,流行時(shí)間7 個(gè)月,患者超過2 萬例,死亡177 例[6]。腸出血性大腸桿菌引起散發(fā)性或暴發(fā)性出血性結(jié)腸炎的血清型主要為O157:H7,可產(chǎn)生志賀氏毒素樣細(xì)胞毒素[7],可引起出血性結(jié)腸炎、溶血性尿毒癥綜合征和血小板減少性紫癜等[8],嚴(yán)重者還可能導(dǎo)致死亡。
目前對腸出血性大腸桿菌 O157:H7 的檢測通常采用常規(guī)增菌培養(yǎng)、自動(dòng)酶聯(lián)熒光免疫檢測方法(ELISA)、免疫磁珠捕獲法、噬菌體分型技術(shù)、單重及多重PCR 快速檢測法等[9?12]。傳統(tǒng)檢測方法《GB 4789.36-2016 食品安全國家標(biāo)準(zhǔn) 食品微生物學(xué)檢驗(yàn)大腸埃希氏菌O157:H7/NM 檢驗(yàn)》[13]中的常規(guī)培養(yǎng)法和免疫磁珠捕獲法應(yīng)用最為廣泛。該方法中常規(guī)培養(yǎng)法主要靠不發(fā)酵山梨醇、不發(fā)酵鼠李糖、不分解MUG(4-甲基傘形花內(nèi)酯-β--D-葡萄糖醛酸苷)的生化特性進(jìn)行血清學(xué)生化檢測試驗(yàn),但是其做法繁瑣,檢出效率低,需要培養(yǎng)的時(shí)間長,需6~8 d 才能得到檢出結(jié)果,而且需有有一定的專業(yè)技術(shù)人員才能動(dòng)手操作。免疫磁珠技術(shù)利用了經(jīng)過修飾的磁性微球作為載體,它能對目標(biāo)物進(jìn)行捕獲及富集[14]。免疫磁珠捕獲法可重復(fù)性好、效率高、分離速度快,不影響被分離細(xì)胞或其它生物材料的生物學(xué)性狀和功能,但是國內(nèi)生產(chǎn)的磁珠在敏感性等方面還需要進(jìn)一步的實(shí)驗(yàn)改進(jìn),而進(jìn)口的免疫磁珠性能上更好,但是價(jià)格昂貴。這些方法工序繁瑣、檢測周期長、檢測靈敏度不高,易產(chǎn)生交叉反應(yīng)使得假陽性率較高[15],并不適合適合食藥監(jiān)及基層檢驗(yàn)部門推廣普及。因此,建立一種快速準(zhǔn)確、靈敏度高、操作簡單的檢測腸出血性大腸桿菌 O157:H7 的方法,對食品安全監(jiān)控有著重要意義。
等溫多自配引發(fā)擴(kuò)增技術(shù)(Isothermal Multiple Self-matching-initiated Amplification,IMSA)作為一種新型的等溫?cái)U(kuò)增技術(shù),該技術(shù)在食藥監(jiān)和基層檢測機(jī)構(gòu)中應(yīng)用較少,在臨床醫(yī)學(xué)上應(yīng)用較多,如張夢等將其應(yīng)用到結(jié)核分枝桿菌的檢測,提高了陽性檢出率[16]。該技術(shù)是由馬學(xué)軍[17]、丁雄[18]等2015 年公開發(fā)明,其擴(kuò)增反應(yīng)是在等溫(60~65 ℃)條件下進(jìn)行,擴(kuò)增反應(yīng)時(shí)間在30~60 min 內(nèi),產(chǎn)物濃度大于500 ng/μL,核酸產(chǎn)量比PCR 高100 余倍[19]。在引物設(shè)計(jì)上,IMSA 技術(shù)針對目標(biāo)基因設(shè)計(jì)6 條IMSA引物,6 條引物特異性地識別7 個(gè)位點(diǎn),特異性更強(qiáng)、靈敏度更高[20?21],并且靈敏度以及特異性受到廣泛認(rèn)可[22]。同時(shí)在反應(yīng)體系中加入熒光染料SYBR Green I,可以實(shí)現(xiàn)實(shí)時(shí)監(jiān)控靶基因的擴(kuò)增情況,避免了人工判斷結(jié)果時(shí)主觀因素的影響。IMSA 技術(shù)作為一種新型的分子生物學(xué)檢測方法,不僅具有操作步驟簡單、檢測速度快、特異性強(qiáng)、靈敏度高等優(yōu)點(diǎn),還具有成本低、專業(yè)檢測能力要求低、耗時(shí)短、操作簡單等優(yōu)點(diǎn),適宜在基層檢驗(yàn)機(jī)構(gòu)普及和檢測應(yīng)用。IMSA 技術(shù)是我國自己開發(fā)的具有自主知識產(chǎn)權(quán)的一種新型的體外核酸等溫?cái)U(kuò)增技術(shù),并已申報(bào)了國家專利[22](申請專利號為CN201310370202.0)。該技術(shù)一定程度上打破了日本環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增(LAMP)技術(shù)專利在我國的應(yīng)用限制,使等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)更好地服務(wù)于我國的食源性致病菌的防控、食品安全檢測等各個(gè)領(lǐng)域。
本研究針對腸出血性大腸桿菌O157:H7 特異性基因rfbE基因?yàn)榘谢?,設(shè)計(jì)一套IMSA 引物,建立EHEC O157:H7 的IMSA 檢測方法,實(shí)現(xiàn)對食源性EHEC O157:H7 的快速檢測,驗(yàn)證其靈敏度和特異性,并將該方法應(yīng)用于實(shí)際食品樣本的檢測。該方法相比較于傳統(tǒng)培養(yǎng)法,免去了高昂的成本,降低了操作難度以及對檢測人員的技術(shù)要求,為食藥監(jiān)及基層檢驗(yàn)部門快速檢測食品中EHEC O157:H7 提供有力的幫助。
大腸桿菌O157:H7 等20 株菌種 ATCC、CICC 菌種保藏管理中心(表1);肉及肉制品樣品包括肥牛卷1、肥牛卷2、肥牛卷3、烏雞卷1、烏雞卷2、烏雞卷3、羊肉卷1、羊肉卷2、羊肉卷3、牛排1、牛排2、牛排3、牛肉火腿腸1、牛肉火腿腸2、牛肉火腿腸3、醬鹵牛肉1、醬鹵牛肉2、醬鹵牛肉3、生牛肉1、生牛肉2、生牛肉3、牛肉干1、牛肉干2、牛肉干3 附近大型超市;細(xì)菌基因組DNA 快速提取試劑盒、腸出血性大腸桿菌O157:H7 核酸檢測試劑盒(PCR 熒光探針法) 廣州迪澳生物科技有限公司;PCR SuperMix Buffer、Bst 聚 合 酶、熒 光 染 料SYTO-9 紐英倫生物(北京)有限公司;改良EC 肉湯(mEC+n)、改良山梨醇麥康凱瓊脂(CT-SMAC)、大腸埃希氏菌O157 顯色培養(yǎng)基、LB 液體培養(yǎng)基、LB 固體培養(yǎng)基、HBI O157 菌生化鑒定條(GB) 青島海博生物科技有限公司。
表1 實(shí)驗(yàn)菌株信息Table 1 The tested strains
CFX96 Touch 實(shí)時(shí)熒光PCR 檢測儀 美國伯樂公司;LED 數(shù)顯加熱金屬浴 大龍興創(chuàng)實(shí)驗(yàn)儀器(北京)有限公司;CT15RE 高速冷凍離心機(jī) 日本日立HITACHI 公司;電熱恒溫培養(yǎng)箱 上海智城分析儀器制造有限公司。
1.2.1 引物的設(shè)計(jì)與合成 根據(jù)Genebank 發(fā)表的大腸桿菌O157:H7rfbE基因序列(Genbank S83460),利用在線設(shè)計(jì)軟件(http://primerexplorer.jp/e/index.html)設(shè)計(jì)之后手動(dòng)修飾出一套IMSA 特異性引物[23](見表2)。引物由生工生物工程(上海)股份有限公司合成。
表2 引物序列Table 2 Primer sequence
1.2.2 預(yù)增菌 在無菌環(huán)境中,無菌操作稱取25 g食品樣本,置于盛有225 mL 改良EC 肉湯(mEC+n)的無菌均質(zhì)袋中;將大腸桿菌O157:H7 純菌培養(yǎng)液稀釋成102、101、100、10?1CFU/mL,分別取1 mL 培養(yǎng)液加到上述無菌均質(zhì)袋中,以1000 r/min 均質(zhì)1~2 min,36 ℃培養(yǎng),在第8、10、12 h 時(shí)各取1mL 增菌液加到1.5 mL 無菌離心管中待用[24]。
1.2.3 細(xì)菌DNA 的提取 取1.2.2 中的待用增菌液,13000 r/min 離心3 min 后棄上清液,沉淀中加入細(xì)菌核酸提取液50 μL,渦旋混勻后,100 ℃處理10 min,13000 r/min 離心10 min,小心吸取上清至潔凈的EP 管中,作為后續(xù)檢測的模板[24]。若長時(shí)間不用,可置于?20 ℃下保存?zhèn)溆谩?/p>
1.2.4 IMSA 法擴(kuò)增反應(yīng)體系與反應(yīng)條件 以提取的細(xì)菌DNA 為模板,使用設(shè)計(jì)的引物對rfbE基因片段進(jìn)行特異性擴(kuò)增,PCR SuperMix Buffer(2×)12.5 μL,Bst 聚合酶(8 U)1 μL,10 μmol/L DsF/DSR各0.5 μL,40 μmol/L FIT /RIT 各1 μL,40 μmol/L SteF/SteR 各1 μL,DNA 模板2 μL,補(bǔ)超純水至25 μL。密封液20 μL。將配制好的體系漩渦混合后,放入PCR 儀中,反應(yīng)程序:63.0 ℃ 30 s, 63.0 ℃15 s, 63.0 ℃ 45 s。將 63.0 ℃ 15 s, 63.0 ℃ 45 s 作為一個(gè)循環(huán),于63.0 ℃ 45 s 處收集熒光信號,設(shè)置45 個(gè)循環(huán)[24]。
1.2.5 qPCR 擴(kuò)增反應(yīng)體系與反應(yīng)條件 按說明書進(jìn)行qPCR 反應(yīng)體系配制,加DNA 模板5 μL。qPCR 擴(kuò)增反應(yīng)程序:95 ℃ 10 min;95 ℃ 15 s,60 ℃45 s,40 個(gè)循環(huán);并于60 ℃ 45 s 處采集熒光[25]。
1.2.6 特異性試驗(yàn) 復(fù)蘇表1 中20 株不同菌株,提取核酸,利用引物大腸桿菌O157:H7 特異性rfbE基因,進(jìn)行IMSA 檢測,用滅菌的去離子水作為對照實(shí)驗(yàn)。以此評估該方法的特異性[24]。
1.2.7 靈敏度試驗(yàn) 大腸桿菌O157:H7 純菌種置于LB 肉湯中復(fù)蘇培養(yǎng)((36±1) ℃培養(yǎng)18~24 h),復(fù)蘇后的菌種取1 mL 用磷酸鹽緩沖液制備成菌懸液備用,按10 倍梯度稀釋至10?8。選擇3 個(gè)適宜稀釋度,取200 μL 進(jìn)行平板計(jì)數(shù),同一稀釋度做3 個(gè)平行。(36±1) ℃培養(yǎng)18~24 h,即可推算出菌種原液含有的菌落數(shù)。同時(shí),各稀釋度菌液取1 mL進(jìn)行提取核酸,進(jìn)行IMSA 檢測,檢測該方法的靈敏度[24]。
1.2.8 IMSA 法與qPCR 法的對比試驗(yàn) 取1.2.7 經(jīng)平板計(jì)數(shù)方法確定菌落數(shù)值后的各稀釋度菌液取1 mL,進(jìn)行提取核酸,用qPCR 法進(jìn)行檢測,從而評價(jià)IMSA 法和qPCR 法兩種方法的差異[23]。
1.2.9 樣本的最短增菌時(shí)間和最低含菌量檢出限確定試驗(yàn) 在無菌的環(huán)境中,將經(jīng)傳統(tǒng)培養(yǎng)法和IMSA 檢測過的大腸桿菌O157:H7 為陰性的牛肉卷25 g,加入225 mL 改良EC 肉湯(mEC+n)的無菌均質(zhì)袋中。培養(yǎng)后經(jīng)平板計(jì)數(shù)確定濃度為9.1×103CFU/ mL 的大腸桿菌O157:H7 純菌菌液進(jìn)行10 倍梯度稀釋至10?1,各稀釋度菌液取1 mL 加入到改良EC 肉湯(mEC+n)培養(yǎng)基中,于36 ℃培養(yǎng)8、10、12 h,提取DNA 核酸,進(jìn)行IMSA 檢測,分析實(shí)驗(yàn)結(jié)果,確定檢測IMSA 方法的最短培養(yǎng)時(shí)間和最低含菌量[24]。
1.2.10 肉及肉制品樣品O157:H7 檢測試驗(yàn) 將24 份代表性肉制品樣本加入225 mL 改良EC 肉湯(mEC+n)中36 ℃培養(yǎng)10 h,取1 mL 增菌液提取細(xì)菌DNA 并進(jìn)行IMSA 檢測;同時(shí)按照GB 4789.36-2016 《食品安全國家標(biāo)準(zhǔn) 食品微生物學(xué)檢驗(yàn) 大腸埃希氏菌O157:H7/NM 檢驗(yàn)》中的常規(guī)培養(yǎng)法進(jìn)行檢驗(yàn),比較兩種方法的檢測結(jié)果,評估其一致性[26]。
利用IMSA 技術(shù)方法對20 株不同菌株(表1)經(jīng)培養(yǎng)后的培養(yǎng)液提取核酸進(jìn)行檢測,檢測結(jié)果如圖1 所示。由圖1 可以看出,僅大腸桿菌O157:H7(EHEC)均出現(xiàn)了S 型擴(kuò)增曲線,判定為陽性擴(kuò)增結(jié)果。而其他19 株菌種沒有出現(xiàn)S 型擴(kuò)增曲線,判定為陰性擴(kuò)增結(jié)果。由此可知,建立的大腸桿菌O157:H7 IMSA 法所用的引物具有良好的特異性。
圖1 腸出血大腸桿菌O157 IMSA 特異性試驗(yàn)結(jié)果Fig.1 IMSA specificity test results of Escherichia coli O157
對大腸桿菌O157:H7 菌種純培養(yǎng)后,經(jīng)平板計(jì)數(shù)確定,原始大腸桿菌O157:H7 菌種菌液的濃度為8.9×109CFU/mL,10 倍梯度稀釋至10?2,各稀釋梯度菌液取1 mL 進(jìn)行IMSA 檢測,檢測結(jié)果如圖2 所示,IMSA 方法對大腸桿菌O157:H7 的靈敏度為8.9×102CFU/mL。
圖2 大腸桿菌O157:H7 IMSA 靈敏性檢測結(jié)果Fig.2 Sensitivity of Escherichia coli O157:H7 detected by IMSA assay
O157:H7 純菌種培養(yǎng)后,經(jīng)平板計(jì)數(shù)確定菌落數(shù)值為8.9×109CFU/mL,用qPCR 法進(jìn)行檢測。檢測結(jié)果如圖3 所示,qPCR 法對大腸桿菌O157:H7 的最低檢出限為8.9×103CFU/mL。結(jié)合圖2 表明,IMSA 法對大腸桿菌O157:H7 的檢測限達(dá)到102CFU/mL,qPCR 法對大腸桿菌O157:H7 檢測限達(dá)到103CFU/mL,說明IMSA 法比qPCR 法靈敏度更好。
圖3 大腸桿菌O157:H7 qPCR 法檢測結(jié)果Fig.3 Detection results of Escherichia coli O157:H7 qPCR assay
檢測結(jié)果如圖4 所示,增菌時(shí)間不少于 10 h 時(shí),加標(biāo)濃度為9.1 CFU /mL 以上的樣品均能夠被穩(wěn)定檢測出大腸桿菌O157:H7,加標(biāo)濃度為 9.1×10?1CFU /mL 的樣品延長增菌時(shí)間依然無法檢測出大腸桿菌O157:H7。由此證明,該 IMSA 方法檢測大腸桿菌O157:H7 的最短增菌時(shí)間為 10 h,檢出限為9.1 CFU/25 g。
圖4 人工污染培養(yǎng)8 h(A)、10 h(B)、12 h(C)IMSA 檢測結(jié)果Fig.4 Artificial contamination culture 8 h(A),10 h(B),12 h(C)IMSA test results
將24 份食品樣本加入225 mL 改良EC 肉湯(mEC+n)中培養(yǎng)后,用IMSA 法與國標(biāo)法(GB 4789.36-2016)中的常規(guī)培養(yǎng)法進(jìn)行試驗(yàn),評估兩種檢驗(yàn)方法的一致性。通過結(jié)果發(fā)現(xiàn):2 份肉制品利用建立的IMSA 方法檢測出腸出血性大腸桿菌O157:H7,與國標(biāo)法中常規(guī)培養(yǎng)法檢測結(jié)果一致,說明IMSA 法能夠準(zhǔn)確檢測出腸出血性大腸桿菌O157:H7,與常規(guī)培養(yǎng)法一致性高達(dá)100%,證明兩種檢測方法一致性非常好(表3、圖5、圖6)。
圖6 不同食品樣本大腸桿菌0157:H7 國標(biāo)法的檢測結(jié)果Fig.6 Results of Escherichia coli O157:H7 detected in different food samples by national standard method
表3 不同肉制品樣品腸出血大腸桿菌0157:H7 的檢測結(jié)果Table 3 Detection results of enterohemorrhagic Escherichia coli 0157: H7 in different meat Products
圖5 不同食品樣本大腸桿菌O157:H7 的檢測結(jié)果Fig.5 Results of Escherichia coli O157:H7 detected in different food samples
腸出血性大腸桿菌O157:H7 感染具有傳染性高、發(fā)病高、病死率高等特點(diǎn)[27],嚴(yán)重影響人們的身體健康安全,因此建立有關(guān)腸出血性大腸桿菌O157:H7 的快速檢測技術(shù)有重大意義。應(yīng)用IMSA技術(shù)可以快速準(zhǔn)確地從食品樣品中檢測出目標(biāo)食源性致病菌,并應(yīng)用到各種實(shí)驗(yàn)室檢測工作中,為控制食品的衛(wèi)生安全提供技術(shù)支持。近年來,為了快速得到有關(guān)食源性致病菌的檢測結(jié)果,分子生物技術(shù)逐漸被更多的專業(yè)人員了解并應(yīng)用到食源性致病菌的檢測中。IMSA 作為一種新型等溫?cái)U(kuò)增技術(shù),只需要一步預(yù)增菌操作,使腸出血性大腸桿菌O157:H7 大量增殖以達(dá)到檢出限,即可提取樣本核酸、上機(jī)檢測,只需要11~12 h 即可得到腸出血性大腸桿菌O157:H7 的檢測結(jié)果。
本研究運(yùn)用IMSA 技術(shù)建立快速檢測大腸桿菌O157:H7 的方法,需要解決的難點(diǎn)是其IMSA 引物的設(shè)計(jì)。引物的設(shè)計(jì)對其建立IMSA 法的成敗至關(guān)重要。鑒于微生物基因結(jié)構(gòu)的性質(zhì),通常會(huì)選擇血清群特異性基因、血清型特異性基因和屬特異性基因這三類靶基因用于設(shè)計(jì)特異性引物[28]。大腸桿菌O157:H7 是出血性大腸桿菌的主要血清型,能引起血性結(jié)腸炎等嚴(yán)重性疾病,而rfbE基因是大腸桿菌O157:H7 的高度保守基因[29?30],因此選擇rfbE基因?yàn)榘谢蜻M(jìn)行IMSA 快速檢測方法的研究。本次研究建立的IMSA 法對大腸桿菌O157:H7 特異性強(qiáng),靈敏度達(dá)到8.9×102CFU/mL,而qPCR 法的靈敏度在103CFU/mL 水平,IMSA 法比qPCR 就靈敏度上提高了10 倍;人工污染食品樣本在經(jīng)過10 h 增菌后,檢出限達(dá)到9.1 CFU/25 g,滿足國家標(biāo)準(zhǔn)GB4789.36 的要求。本研究選擇24 份不同類型的肉制品,進(jìn)行IMSA 法和國標(biāo)法的檢測,發(fā)現(xiàn)IMSA 法與國標(biāo)法的結(jié)果一致性達(dá)100%,說明兩種方法一致性非常好。
本次研究建立的快速檢測大腸桿菌O157:H7 的IMSA 方法,特異性強(qiáng),靈敏度高,操作簡單,不需要昂貴的儀器,耗時(shí)短,僅在11~12 h 內(nèi)得到檢測結(jié)果。為疾控部門和各種檢測機(jī)構(gòu)提供可靠、方便、快速、經(jīng)濟(jì)的技術(shù)思路與選擇,具有很高的應(yīng)用推廣價(jià)值。