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        基于近紅外光譜特征提取的花椰菜灰霉病早期檢測

        2021-08-17 02:52:12穆炳宇張淑娟李澤珍李紫輝薛建新
        光譜學(xué)與光譜分析 2021年8期
        關(guān)鍵詞:花椰菜灰霉病波段

        穆炳宇, 張淑娟, 李澤珍, 王 凱, 李紫輝, 薛建新*

        1. 山西農(nóng)業(yè)大學(xué)農(nóng)業(yè)工程學(xué)院,山西 晉中 030801 2. 山西農(nóng)業(yè)大學(xué)食品科學(xué)與工程學(xué)院,山西 晉中 030801

        引 言

        十字花科農(nóng)作物已成為全球種植最多的作物之一,其中花椰菜(BrassicaoleraceaL.botrytis)因其高產(chǎn)量和經(jīng)濟(jì)效益脫穎而出,其需求旺盛的主要原因是存在多種促進(jìn)健康的生物活性物質(zhì),如芥子油苷,多酚或維生素C,為其可食部分增添了巨大的營養(yǎng)價(jià)值[1]。并且已發(fā)現(xiàn)花椰菜可有效預(yù)防慢性疾病,例如某些癌癥和心血管疾病[2]。然而,隨著種植面積和產(chǎn)量的不斷增加,花椰菜病害(灰霉病等)發(fā)生情況逐漸加重,使得花椰菜品質(zhì)受到影響。花椰菜灰霉病是由灰葡萄孢(Botrytis Cinerea Pers)引起的真菌性病害[3]。植物感染灰霉病之后,其組織表面會產(chǎn)生大量灰色霉層,造成大量減產(chǎn)[4]。因此實(shí)現(xiàn)對花椰菜灰霉病的早期檢測非常重要。

        近紅外光譜技術(shù)作為無損檢測技術(shù),檢測速度快、 效率高,在研究植物病害方面有很大的作用[5]。Anna等[6]使用高光譜成像技術(shù)檢測出感染灰霉病的草莓,所建模型的R2達(dá)到了0.85。有研究建立CARS-PCA-SVM模型,可實(shí)現(xiàn)對水稻感染稻瘟病早期和無病斑葉片的檢測。Bin等[7]使用光譜技術(shù)鑒別了真菌性病原體,為農(nóng)作物疾病的快速診斷和預(yù)警提供了技術(shù)參考。He等[8]使用近紅外光譜和計(jì)算機(jī)視覺在線無損檢測了受到脫氧性苯酚污染的小麥谷物。秦立峰等[9]對溫室黃瓜早期霜霉病光譜圖像田間采集存在的問題,提出融合病害差異信息的特征波段提取方法,建立了黃瓜霜霉病早期檢測模型。Shen等[10]使用NIR光譜技術(shù)鑒定受到不同濃度曲霉菌株污染的花生,實(shí)現(xiàn)了92.11%的正確分類率。Sun等[12]使用光譜技術(shù)檢測了接種灰霉菌的桃子,在36 h時對測試數(shù)據(jù)集的分類準(zhǔn)確率達(dá)到了97.5%。應(yīng)用近紅外光譜技術(shù)對花椰菜灰霉病早期無病斑階段的檢測未見報(bào)道。

        本工作以健康和感染灰霉病的花椰菜為研究對象,應(yīng)用近紅外光譜技術(shù),對花椰菜灰霉病早期分級檢測進(jìn)行研究,主要對染病但無病斑階段進(jìn)行檢測。先從外觀和品質(zhì)指標(biāo)上對早期染病花椰菜階段進(jìn)行判定,之后使用CARS算法對光譜數(shù)據(jù)進(jìn)行特征波段的提取,構(gòu)建花椰菜灰霉病的早期PLSR單一判別模型以及組合判別模型,目的是確定對花椰菜快速、 準(zhǔn)確的早期分類檢測模型,為花椰菜灰霉病的早期診斷提供科學(xué)依據(jù)。

        1 實(shí)驗(yàn)部分

        1.1 樣本制備

        實(shí)驗(yàn)所用花椰菜品種為“松花”,于2020年10月采摘于大田地,當(dāng)天運(yùn)至實(shí)驗(yàn)室并對花椰菜進(jìn)行篩選,以保證實(shí)驗(yàn)前花椰菜樣本的初始狀態(tài)相對一致,降低個體差異對實(shí)驗(yàn)結(jié)果的影響[12]?;移咸焰?Botrytis Cinerea Pers)由山西農(nóng)業(yè)大學(xué)植物保護(hù)研究中心提供,在馬鈴薯葡萄糖瓊脂(Potato Dextrose Agar)培養(yǎng)基上繼代培養(yǎng)后[13],配置成孢子濃度為1×106mL的孢子懸浮液。

        將菜花用小刀(0.1%的次氯酸鈉溶液消毒)切成大小基本一致,約為3 cm的花球浸泡在1%的次氯酸鈉溶液中2 min,進(jìn)行消毒滅菌,取出后用無菌水清洗三次。用無菌的接種針在菜花上刺孔,深度3 mm,向孔中注入10 μL孢子菌懸液,自然晾干,放入墊有無菌紗布的滅菌密封托盤中,轉(zhuǎn)入溫度為21 ℃,相對濕度為90%的恒溫恒濕培養(yǎng)箱中貯藏。另有相等數(shù)量的花椰菜樣本經(jīng)消毒滅菌后轉(zhuǎn)入溫度為21 ℃,相對濕度為90%的同等環(huán)境下貯藏。分別在接種后0.5,1,2和3 d后取出對照和接菌樣本各76個,共608個樣本分批次進(jìn)行近紅外光譜和圖片信息的采集,隨機(jī)選取對照和接種樣本各9個用于測定品質(zhì)指標(biāo)。

        1.2 儀器

        采用美國ASD(Analytical Spectral Device)公司的Field Spec 3型光譜儀對花椰菜樣本光譜數(shù)據(jù)進(jìn)行采集。光譜數(shù)據(jù)間隔為1 nm,光譜范圍為350~2 500 nm,采樣方式為漫反射。在使用前儀器至少預(yù)熱30 min,并置于暗箱中進(jìn)行黑白板校正。

        1.3 光譜數(shù)據(jù)獲取與品質(zhì)指標(biāo)測量

        使用Field Spec 3型光譜儀分別采集對照組花椰菜上表面中心點(diǎn)、 處理組花椰菜接種點(diǎn)位置的光譜數(shù)據(jù)。每個點(diǎn)位掃描3次,并取3次反射光譜平均值作為該樣本的光譜數(shù)據(jù)。之后每天對照組和處理組各取9個樣本進(jìn)行理化指標(biāo)的測定。多酚氧化酶(PPO)測定采用鄰苯二酚法,過氧化物酶(POD)活性測定采用愈創(chuàng)木酚法,具體操作參考文獻(xiàn)[14]; 丙二醛(MDA)測定參照張承等[15]的方法。為了減少儀器與外界環(huán)境等因素對光譜曲線的影響,去除兩端噪聲后,用500~2 400 nm波段的光譜數(shù)據(jù)進(jìn)行分析[16]。

        1.4 光譜數(shù)據(jù)處理方法

        采用K-S算法(Kennard-Stone)劃分校正集和預(yù)測集。為了提高建模速度、 縮短建模時間,采用競爭性自適應(yīng)加權(quán)采樣法(competitive adaptive reweighted sampling,CARS)對光譜數(shù)據(jù)進(jìn)行特征波長的選擇。采用偏最小二乘回歸(partial least squares regression,PLSR)方法建模。選擇決定系數(shù)(determination coefficient,R2)和均方根誤差(root mean square error,RMSE)作為模型評價(jià)的指標(biāo)。數(shù)據(jù)處理軟件包括SPSS19.0(Version20.0,Inc.,Chicago,IL,USA)、 Matlab 2014 a (The MathWorks,USA)、 The Unscramber X10.1(CAMO ASA,Norway),利用Origin2019b繪圖。

        2 結(jié)果與討論

        2.1 外觀變化分析

        花椰菜4個不同貯藏期(0.5,1,2和3 d)對照和接菌樣本如表1所示。隨著貯藏時間的延長,花椰菜樣本顏色逐漸變暗。第0.5 d與1 d的對照和處理組花椰菜樣本從外觀上看并無明顯差異,無法判別是否感染灰霉菌。而在第2 d,約有30%的接種花椰菜在接種點(diǎn)周圍出現(xiàn)黑斑,而到了第3 d時,已進(jìn)入花椰菜灰霉病高發(fā)期,約有80%的接種花椰菜已出現(xiàn)明顯的黑斑,可以用肉眼觀察出花椰菜是否染病。但是在2 d之前從外觀上不能直接觀察出花椰菜是否感染灰霉病。

        表1 貯藏期花椰菜樣本圖

        2.2 品質(zhì)指標(biāo)分析

        花椰菜樣本在貯藏期間品質(zhì)指標(biāo)(PPO,POD,MDA)平均值、 均方根誤差以及顯著性分析如表2所示。POD在0.5~1 d一直處于升高的狀態(tài),在1 d到達(dá)最高值后開始下降,處理組的POD上升速率和下降速率均高于對照組,并在第3 d達(dá)到最低。PPO在貯藏初期呈現(xiàn)上升趨勢,在2 d時達(dá)到最高峰后開始下降,處理組花椰菜在第2 d與3 d時的PPO值遠(yuǎn)大于對照組。從0.5 d到3 d,對照組和處理組的MDA值均在一直上升。

        PPO活性的變化即為組織褐變發(fā)生的進(jìn)程,POD活性的提高則有效抑制灰霉菌的侵染,切分時的機(jī)械操作對細(xì)胞造成傷害并提高了酶的活性,而后期伴隨著花椰菜的衰老與抵御病害的失敗以及病害的進(jìn)一步發(fā)展,PPO和POD酶的活性逐漸降低。在整個貯藏期間,MDA值的含量一直在增加,這是因?yàn)榧?xì)胞膜透性增大,花椰菜處于不斷衰老的進(jìn)程中。

        表2 貯藏期花椰菜品質(zhì)指標(biāo)的變化Table2 Changes of cauliflower quality indexes during storage

        從表2可知,在0.5 d時,接種花椰菜和對照花椰菜樣本的理化指標(biāo)并無顯著性差異,測量值差距較小; 而到了第1 d時,僅有MDA在處理組和對照組之間出現(xiàn)了顯著性差異,無法從第1 d的樣本來區(qū)分花椰菜是否感染灰霉病; 在第2 d時,POD,PPO和MDA三個指標(biāo)均出現(xiàn)了顯著性差異,且處理組均值都高于對照組; 第3d時,對照組的POD均值高于處理組,而POD和MDA均值低于處理組,表明接菌的花椰菜樣本衰老速度高于對照組,從第2 d,品質(zhì)指標(biāo)就可以檢測出花椰菜是否感染灰霉病,但是仍無法有效判別第0.5 d和1 d的患病花椰菜。

        2.3 花椰菜樣本近紅外反射光譜特征分析

        圖1是每個貯藏天數(shù)(0.5,1,2和3 d),所有健康和染病“松花”花椰菜樣本在500~2 400 nm波段的平均光譜反射曲線。從圖1可知: 隨著貯藏期的延長,對照組和處理組花椰菜樣本平均光譜反射率逐漸升高,光譜反射曲線趨勢大致相同,但不同樣本的吸收峰強(qiáng)度不同。從圖中可知,不同天數(shù)的花椰菜光譜圖在980,1 180,1 260,1 450,1 660,2 250 nm都出現(xiàn)了吸收峰,其中980和1 180 nm為O—H鍵的二級倍頻峰,1 450 nm為O—H鍵的一級倍頻峰,1 660和2 250 nm處的吸收峰則與C—H鍵和C—O鍵有關(guān)。

        圖1 花椰菜樣本平均反射光譜圖Fig.1 Average reflection spectrum of cauliflower sample

        2.4 花椰菜灰霉病早期檢測模型建立與分析

        2.4.1 花椰菜樣本集數(shù)據(jù)劃分

        將每一天的花椰菜樣本(健康76個、 染病76個)光譜信息使用K-S算法按照3∶1劃分為校正集(114個樣本)和預(yù)測集(38個樣本)。

        2.4.2 基于CARS算法的花椰菜樣本特征波長選擇

        CARS算法是效仿達(dá)爾文進(jìn)化理論中“適者生存”的原理提出的變量選擇理論[17],既可以去除無信息變量,也可以減少共線性變量對模型的影響。在實(shí)際特征波長選擇過程中,保留PLSR模型中回歸系數(shù)絕對值大的波長變量,去除絕對值小的變量,多次篩選后可以獲得一系列變量子集,之后采用交叉驗(yàn)證的方法建模,獲得模型交叉驗(yàn)證均方根誤差最小的變量子集,即為最優(yōu)波長變量子集。

        表3 CARS算法提取的特征波長Table 3 Characteristic wavelength tableextracted by CARS algorithm

        采用CARS算法對每天的花椰菜樣本數(shù)據(jù)提取特征波長,由表3可知,0.5~3 d的4個批次特征波長個數(shù)依次為11,10,10和9個,每個貯藏時間內(nèi)大多數(shù)特征波段并不相同,分析認(rèn)為隨著貯藏時間的延長,花椰菜內(nèi)所含酶活性變化,MDA含量上升,而這些物質(zhì)內(nèi)部含有的O—H,C—O和C—H鍵時刻處在動態(tài)變化中。僅有少數(shù)波長重復(fù)。其中0.5和2 d重復(fù)的波長為1 874 nm,0.5和3 d重復(fù)的波長為2 354和2 383 nm。

        2.4.3 CARS特征波長PLSR單一批次建模

        將4個單一批次特征波段數(shù)據(jù)為自變量,以花椰菜的好壞類別為因變量,建立基于近紅外光譜的PLSR判別模型。目的是驗(yàn)證使用近紅外光譜能否實(shí)現(xiàn)對早期感染灰霉病花椰菜的判別,以此建立的PLSR模型預(yù)測結(jié)果如表4所示。

        表4 CARS特征波長PLSR單一批次建模Table 4 CARS characteristic wavelength PLSRsingle batch modeling

        2.4.4 CARS特征波長PLSR組合批次建模

        將花椰菜樣本4個批次(0.5~3 d)通過CARS算法提取的特征波段(共37個)組合起來作為自變量,以花椰菜的好壞類別為因變量,進(jìn)行基于PLSR算法的組合批次建模,提高模型的泛化能力和檢測效率,并以此來判別單一批次花椰菜是否患病。

        表5 CARS特征波長PLSR組合批次建模Table 5 CARS characteristic wavelength PLSRcombined batch modeling

        使用0.5 d單一批次特征波段所建模型判別準(zhǔn)確率達(dá)到了94.74%,而組合批次特征波段PLSR算法所建模型在0.5 d時判別準(zhǔn)確率僅為92.11%,差距達(dá)到2.63%,1 d單一批次特征波段建模已達(dá)100%識別率,而1 d組合批次特征波段所建模型驗(yàn)證時仍有1個誤判; 同樣使用組合批次特征波段建立基于PLSR算法的模型預(yù)測第2 d和第3 d時,預(yù)測均方根誤差低于單一批次特征波段建模,表明PLSR組合批次模型效果劣于PLSR單一批次模型。

        利用可見/近紅外光譜技術(shù)對花椰菜灰霉病進(jìn)行早期檢測。通過CARS算法進(jìn)行特征波段的提取,既可以提取病害的特征信息,又可以對冗余數(shù)據(jù)進(jìn)行剔除; 通過PLSR建立相應(yīng)的病害判別模型,對單一批次的花椰菜樣本進(jìn)行檢測; 將CARS單一批次提取的特征波段組合進(jìn)行總體PLSR建模,實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,所有模型的樣本判別準(zhǔn)確率全部大于92.11%,精度較高。CARS-PLSR單一批次模型可有效判別花椰菜是否感染灰霉病,對染病僅0.5 d的花椰菜檢測精度達(dá)到94.74%,比使用組合批次波段的整體模型高2.63%,輸入變量僅僅有11個; 對染病1 d之后的花椰菜檢測精度均達(dá)到100%。組合批次波段的整體建模在染病1 d時判別準(zhǔn)確率達(dá)到了97.37%,處于較高水平,但輸入變量達(dá)到了37個,且效果差于單一批次模型,該模型在染病2d之后對花椰菜檢測精度也可達(dá)到100%。因此,綜合評價(jià)CARS-PLSR單一批次模型為最優(yōu)模型,其各天準(zhǔn)確率分別為94.74%,100%,100%和100%。

        3 結(jié) 論

        基于花椰菜感染灰霉病,在肉眼無法觀察以及品質(zhì)指標(biāo)沒有顯著性差異時,使用近紅外光譜對花椰菜是否患病進(jìn)行了早期判別檢測,取得較好的效果。結(jié)果表明近紅外光譜可有效判別健康與感染灰霉病的花椰菜。為已經(jīng)感染灰霉病但是仍處于早期無病斑階段的花椰菜檢測提供了新思路,為花椰菜灰霉病檢測、 早期防治與科學(xué)用藥提供了參考,也為開發(fā)實(shí)時、 便攜病害檢測儀器提供理論支持。

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