孫宇蛟，陳 欣，李潤天，王 媛，鄭 治

（1.東北農(nóng)業(yè)大學(xué) 生命科學(xué)學(xué)院，黑龍江 哈爾濱 150030；2.哈爾濱商業(yè)大學(xué) 能源與建筑工程學(xué)院，黑龍江 哈爾濱 150000）

苯丙氨酸解氨酶（L-phenylalanine ammonia-lyase，PAL，EC.4.3.1.5）廣泛存在于真核生物和原核生物中。它是進(jìn)入苯丙烷代謝途徑的第一個酶，其催化苯丙氨酸脫去氨基生成反式肉桂酸和氨氣[1]。對于模式植物擬南芥來說，苯丙氨酸解氨酶有4個基因編碼（At-PAL1-4），其中，對于PAL1（AT2G37040）與PAL2（AT3G53260）的研究較為廣泛。有學(xué)者認(rèn)為，PAL2在抵御病菌侵染方面又起著關(guān)鍵的作用[2]。葫蘆（Lagenaria siceraria）是一種重要的蔬菜作物。因其可以作為其他葫蘆科作物的砧木，葫蘆栽培也影響著我國的農(nóng)村經(jīng)濟(jì)發(fā)展。本研究依托于生物信息學(xué)分析，以模式植物擬南芥PAL2基因作為參考，初步鑒定了葫蘆作物5個PAL基因，并對其轉(zhuǎn)錄翻譯后的蛋白質(zhì)進(jìn)行了理化性質(zhì)分析及預(yù)測、系統(tǒng)進(jìn)化樹的構(gòu)建，為葫蘆作物PAL蛋白質(zhì)研究、抗病抗逆性分析及分子輔助育種提供了參考及依據(jù)。

1 材料與方法

1.1 數(shù)據(jù)來源

擬南芥PAL基因序列來源于TAIR網(wǎng)站（http://www.arabidopsis.org/），將基因用于葫蘆科數(shù)據(jù)庫（http://cucurbitgenomics.org/）進(jìn)行BLAST比對分析，e值為1e-10.

1.2 PAL基因各級結(jié)構(gòu)分析及分子進(jìn)化樹構(gòu)建

采用在線軟件ProtParam預(yù)測PAL蛋白序列的一級結(jié)構(gòu)，利用SOPMA在線軟件預(yù)測蛋白序列的二級結(jié)構(gòu)，采用SWISS-MODEL預(yù)測蛋白質(zhì)的三級結(jié)構(gòu)，通過MEGA 7.0軟件對所有蛋白質(zhì)編碼序列進(jìn)行分子進(jìn)化樹的構(gòu)建。

表1 PAL基因一級結(jié)構(gòu)分析

2 結(jié)果與分析

2.1 葫蘆PAL基因一級結(jié)構(gòu)分析

經(jīng)分析表1可以看出，擬南芥與葫蘆蛋白質(zhì)等電點(diǎn)集中于6.0左右，氨基酸數(shù)量為634～717不等，不穩(wěn)定指數(shù)集中于35左右，脂肪族指數(shù)為90左右。

2.2 PAL蛋白二級結(jié)構(gòu)及親疏水性預(yù)測

利用SOPMA在線軟件預(yù)測PAL蛋白序列的二級結(jié)構(gòu)。經(jīng)分析得，各PAL蛋白含有50%左右的α-螺旋、30%的左右無規(guī)卷曲，含有較少的鏈延伸結(jié)構(gòu)及β-轉(zhuǎn)角，與擬南芥蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)較為相似。

2.3 PAL蛋白質(zhì)高級結(jié)構(gòu)預(yù)測及分子進(jìn)化樹構(gòu)建

通過SWISS-MODEL，所有序列均通過同源建模獲得結(jié)構(gòu)預(yù)測。其中，葫蘆5個PAL蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)較為相似。以Lsi-1為例圖1（ b），從圖1可以看出，其高級結(jié)構(gòu)與擬南芥圖1（a）有一定的相似度。從分子進(jìn)化樹結(jié)果可以看出圖1（c），Lsi1與Lsi4、Lsi2與Lsi5之間進(jìn)化關(guān)系較近，與擬南芥At-PAL2進(jìn)化關(guān)系較遠(yuǎn)。

3 總結(jié)

因PAL基因?yàn)槎嗫截?、多家族基因，近年來，針對于同一物種，更多的PAL基因漸漸被發(fā)掘[3]。隨著生命科學(xué)和微機(jī)科學(xué)的迅速發(fā)展，生物信息學(xué)已經(jīng)作為一門獨(dú)立學(xué)科，在發(fā)掘新基因、研究生物大分子功能方面，起著重要的作用。本研究依托生物信息學(xué)手段，在葫蘆作物中鑒定擬南芥同源PAL基因，并對其進(jìn)行蛋白質(zhì)功能的初步研究，為PAL基因的發(fā)掘、作物抗病性、品種改良及信號通路傳導(dǎo)方面的研究提供了新的思路。

圖1 PAL蛋白質(zhì)高級結(jié)構(gòu)預(yù)測及分子進(jìn)化樹的構(gòu)建