王院霞,姚鋰鳳,鄭巧平,陳 旭
(上海交通大學醫(yī)學院附屬第九人民醫(yī)院檢驗科,上海 200011)
耐甲氧西林金黃色葡萄球菌(methicillin resistant Staphylococcus aureus,MRSA)是引起醫(yī)院感染和社區(qū)感染的重要病原體,可導致皮膚軟組織感染(如癤、癰、手術傷口感染、創(chuàng)面感染)和侵襲性感染(如骨髓炎、關節(jié)炎、膿毒癥)等[1-4]。MRSA 感染于1961 年由英國首次報道,后相繼在其他國家出現(xiàn),并在全球的醫(yī)院環(huán)境中流行傳播。20 世紀90 年代起,MRSA 不再局限于醫(yī)院或醫(yī)療環(huán)境中,世界各地相繼報道了社區(qū)獲得MRSA(community-associated methicillin resistant Staphylococcus aureus,CA-MRSA)感染[5-7]。由此,MRSA 可以分為醫(yī)療機構獲得耐甲氧西林金黃色葡萄球菌(healthcare-associated methicillin resistant Staphylococcus aureus,HA-MRSA)和CA-MRSA。HA-MRSA 與CA-MRSA在分子特征、耐藥性及毒力因子等方面均具有一定差異。我國HA-MRSA 克隆一般攜帶葡萄球菌盒式染色體基因mec (Staphylococcal cassette chromosome mec,SCCmec)Ⅱ和Ⅲ,而CA-MRSA 一般攜帶SCCmec Ⅳ和Ⅴ。HA-MRSA 通常具有多重耐藥性,而CA-MRSA 一般僅對β-內酰胺類抗生素耐藥;CA-MRSA 通常攜帶較多的毒力基因[如殺白細胞素基因 (panton-valentine leukocidin gene,pvl 基因)],具有較強的致病性。隨著人群(主要為患者)在醫(yī)院環(huán)境和社區(qū)環(huán)境中的相互流通,CA-MRSA也開始逐漸進入醫(yī)院環(huán)境中,并引起相應的感染,且隨著CA-MRSA 菌株的進化,CA-MRSA 開始對多種非β-內酰胺類抗生素產生耐藥性。本研究收集2014 年4 月至2015 年12 月期間住院患者臨床分離的CA-MRSA 菌株,并對其進行分子特征和耐藥性分析,目前國內尚無類似報道,為進一步監(jiān)測CA-MRSA 流行、治療提供研究基礎。
收集2014 年4 月到2015 年12 月期間符合CA-MRSA 診斷標準的住院患者臨床分離的金黃色葡萄球菌菌株,采用VITEK-2 鑒定系統(tǒng)(生物梅里埃公司,法國)進行鑒定。菌株純化后保存于含30%甘油的肉湯中,置于-80 ℃深低溫冰箱內保存。CAMRSA 感染診斷依據(jù)美國疾病預防控制中心在2003 年公布的CA-MRSA 的診斷標準,具體如下。①在門診或入院后48 h 內的送檢標本中檢測出MRSA;②患者在過去1 年內無住院、無外科手術、無透析、無人住家庭病房、無使用護理設施等;③患者無持續(xù)性留置導管或經(jīng)皮進入身體的醫(yī)療裝置。同時符合以上條件者可診斷為CA-MRSA 感染。
1.SCCmec 分型:根據(jù)SCCmec 中ccr 基因復合物和mec 基因復合物的不同(見表1),采用PCR 檢測ccr1-5、mec1 基因(mec 復合物A)、IS1272-mecR1基因(mec 復合物B)和IS431-mecA 基因(mec 復合物C2)。
表1 不同SCCmec 分型的基因結構組成
2.金黃色葡萄球菌A 蛋白(Staphylococcus protein A,SPA)基因分型:擴增并測序spa 基因X區(qū)域的重復序列,根據(jù)重復序列的數(shù)目、排列進行分型(https://spa.ridom.de/index.shtml)。
3.多位點序列分型 (multilocus-sequence typing,MLST):檢測金黃色葡萄球菌7 個管家基因,與標準序列(http://saureus.mlst.net/)進行比對,得到相應的序列號,根據(jù)不同管家基因序列號組合得到相應的序列型(ST)。引物由生工生物工程(上海)股份有限公司合成并測序。
4.藥物敏感試驗:參照美國臨床和實驗室標準協(xié)會 (Clinical and Laboratory Standards Institute,CLSI)指南,采用紙片擴散法檢測菌株對青霉素、頭孢西丁、慶大霉素、妥布霉素、紅霉素、克林霉素、磺胺甲唑、利福平、利奈唑胺、莫匹羅星、夫西地酸和替考拉寧等藥物的敏感性;誘導性克林霉素耐藥試驗采用D-試驗法檢測,ATCC25923 作為質控菌株。
5.耐藥基因和毒力基因檢測:采用PCR 擴增并檢測mecA 基因、erm(A)、erm(B)、erm(C)基因、pvl基因等[3,8],擴增引物序列見表2。
本研究共收集到147 株分離自住院患者標本中的金黃色葡萄球菌菌株,根據(jù)頭孢西丁紙片法和mecA 基因檢測確認,其中共58 株為mecA 基因介導的MRSA 菌株。進一步對這些菌株進行SCCmec分型,篩選出SCCmecⅣ型和Ⅴ型的MRSA 菌株(CA-MRSA 基因型菌株)共9 株,其中SCCmecⅣ型3 株,SCCmecⅤ型6 株。
采用SPA 分型和MLST,對9 株CA-MRSA 菌株進行分析,共檢測到4 種SPA 型別,即t008(1 株)、t034(1 株)、t127(1 株)和t437(6 株);ST 型別共5 種,包括ST1(1 株)、ST8(1 株)、ST59(5 株)、ST338(1 株)和ST804(1 株)。分子特征分析結果表明,CA-MRSA 中以t437-ST59 克隆為主,每個菌株的具體分子特征信息見表3。
采用紙片擴散法檢測CA-MRSA 對常用抗生素的敏感性,結果表明,CA-MRSA 對氨基糖甙類、大環(huán)內酯類和林可霉素類耐藥率高于β-內酰胺類抗生素。9 株CA-MRSA 菌株中有8 株對大環(huán)內酯類和林可霉素類耐藥,其中有2 株D-試驗陽性,為誘導性大環(huán)內酯和林可霉素及鏈陽霉素B 耐藥(inducible macrolide-lincosamide-streptogramin B,iMLSB)表型,攜帶耐藥基因erm(C),另外6 株D-試驗結果為陰性,表現(xiàn)為固有型大環(huán)內酯-林可霉素-鏈陽霉素B 耐藥 (constitutive macrolide-lincosamidestreptogramin B,cMLSB),由erm(B)基因介導。此外,有8 株CA-MRSA 菌株對氨基糖苷類抗生素產生耐藥,主要對卡那霉素耐藥,也有對妥布霉素耐藥及慶大霉素耐藥的菌株,每株CA-MRSA 具體的耐藥情況見表3。
9 株CA-MRSA 菌株中有5 株檢測出pvl 基因陽性,主要集中在t437-ST59 克隆(4 株),另外一株分子特征為t437-ST338,表明從這些住院患者標本中分離的CA-MRSA 具有典型的克隆流行特征,且攜帶pvl 基因。
表2 耐藥基因和毒力基因引物
表3 CA-MRSA 菌株的分子特征、耐藥情況及毒力基因
MRSA 是臨床上引起患者感染的重要病原體,由于其大多具有多重耐藥性,使得治療比較困難。近年來的臨床數(shù)據(jù)表明,毒力較強的CA-MRSA 菌株也正逐漸進入醫(yī)院環(huán)境中,引起住院患者的感染[2-3,9]。有研究報道,我國的HA-MRSA 流行克隆為ST239-SCCmecⅢ,CA-MRSA 流行克隆為ST59-SCCmecⅣ、ST59-SCCmecⅤ[1,10]。典型的CA-MRSA 菌株一般僅對β-內酰胺類抗生素耐藥,但也有研究發(fā)現(xiàn),隨著菌株的進化,CA-MRSA 逐漸開始對非β-內酰胺類抗生素產生耐藥,尤其是對大環(huán)內酯和林可霉素等耐藥[2,9-11]。因此,對CA-MRSA 的耐藥性進行檢測,具有重要的臨床意義。本研究收集分離自住院患者標本的CA-MRSA 菌株,對其分子特征和耐藥性進行分析,為進一步監(jiān)測CA-MRSA 流行及治療、控制CA-MRSA 感染提供研究依據(jù)。
本研究共收集到9 例CA-MRSA 菌株,在分子流行病學特征上有5 株為t437-ST59 型,與報道的CA-MRSA 流行克隆一致,表明CA-MRSA 菌株不再局限于社區(qū)環(huán)境,也進入了醫(yī)院環(huán)境中。2013 年,《公共科學圖書館病原體》雜志上一項數(shù)理模型研究[12]預測,CA-MRSA 菌株與HA-MRSA 菌株將會在彼此的環(huán)境中共存,認為由于HA-MRSA 菌株具有多重耐藥性,使其能在抗生素使用較多的醫(yī)院環(huán)境中流行,而CA-MRSA 菌株的耐藥性較低,則在社區(qū)流行傳播,但隨著抗生素的使用、菌株耐藥性的改變以及人群結構的變化,CA-MRSA 菌株會與HA-MRSA 菌株在醫(yī)院環(huán)境中同時存在。因此,采用傳統(tǒng)的流行病學定義對CA-MRSA 進行區(qū)分具有一定的局限性,采用分子特征對MRSA 菌株進行區(qū)分可以作為有效的實驗室依據(jù)。本研究的前期研究顯示,鼻腔攜帶MRSA 菌株在CA-MRSA 傳播中具有重要作用[13],但該結論仍需進一步在大規(guī)模樣本中進行驗證。2011 年的美國傳染病學會指南指出,克林霉素、四環(huán)素及利奈唑胺等是治療CA-MRSA 感染的重要藥物,而耐藥性監(jiān)測數(shù)據(jù)表明,歐美地區(qū)CA-MRSA 對克林霉素和四環(huán)素的耐藥率為3%~24%[14]。另外一項來自國內的研究數(shù)據(jù)表明,我國的CA-MRSA 菌株對克林霉素的耐藥率竟高達92%[15]。這表明CA-MRSA 的耐藥性日益增加,且呈現(xiàn)對多種非β-內酰胺類抗生素耐藥(多重耐藥)的趨勢。在本研究的9 株CA-MRSA 菌株中,有8 株對紅霉素和克林霉素耐藥,進一步分析其耐藥表型,檢測耐藥基因后發(fā)現(xiàn),CA-MRSA 中以cMLSB耐藥表型為主,主要為erm(B)基因介導,而HA-MRSA 中主要為erm(A)和erm(C)基因介導[13],提示相對于erm(A)和erm(C)基因,erm(B)基因較小且位于可以水平傳播的質粒上,使得這種耐藥機制得以在菌株之間廣泛傳播[15]。結合分子特征與耐藥表型及機制可以發(fā)現(xiàn),t437-ST59 克隆主要為erm(B)基因介導的cMLSB耐藥表型,其他克隆如t034-ST804、t008-ST8 具有erm(C)基因介導的iMLSB耐藥表型,因此在探索耐藥機制的同時,對CA-MRSA 菌株的分子特征進行研究,也具有重要意義。
本研究對與CA-MRSA 密切相關的pvl 基因進行了檢測,結果發(fā)現(xiàn)9 株CA-MRSA 中有5 株攜帶pvl 基因,這表明并非所有的CA-MRSA 均攜帶pvl基因。近來有另一項研究發(fā)現(xiàn),pvl 陰性CA-MRSA引起的感染增加,但從皮膚與軟組織中分離的CAMRSA 菌株pvl 基因的攜帶率仍然較高[16],這值得進一步探究。雖然有些pvl 基因陽性的CA-MRSA菌株感染可以導致嚴重的感染性疾病,如壞死性筋膜炎,但pvl 基因在CA-MRSA 感染發(fā)病中的作用一直未能被完全確認,臨床上觀察到pvl 基因陽性CA-MRSA 與pvl 基因陰性CA-MRSA 所引起的感染率間差異無統(tǒng)計學意義[17],這可能與其他的影響因素(如宿主免疫)有關。
總而言之,本研究對分離自住院患者標本的9 株CA-MRSA 菌株進行了分子特征及耐藥性分析,結果發(fā)現(xiàn)其中有5 株屬于流行克隆t437-ST59-SCCmecⅣ、t437-ST59-SCCmecⅤ;菌株對氨基糖苷類藥物(主要為卡那霉素)、紅霉素和克林霉素的耐藥率較高,表明致病性較強的CA-MRSA 菌株正逐漸進入醫(yī)療環(huán)境中,同時其對非β-內酰胺類藥物的耐藥性也逐漸增加,提示臨床應加強監(jiān)控住院患者CA-MRSA 感染。