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        基于SNP雙峰法的人參花 西洋參花 三七花及其混合物的快速鑒定△

        2021-04-01 06:52:38曹佩王剛白璇姣韓建萍
        中國(guó)現(xiàn)代中藥 2021年1期

        曹佩,王剛,白璇姣,韓建萍

        中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院 北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院 藥用植物研究所 國(guó)家中醫(yī)藥管理局中藥資源保護(hù)重點(diǎn)研究室,北京 100193

        人參花、西洋參花和三七花分別來(lái)自于人參PanaxginsengC.A.Mey.、西洋參P.quinquefoliusL.和三七P.notoginseng(Burk.)F.H.Chen,近年來(lái)逐漸被作為“花茶”應(yīng)用于日常保健?,F(xiàn)代藥理學(xué)研究表明,人參花的主要有效成分為多糖和人參皂苷[1-2],可以有效地提高人體免疫力、清除自由基,具有重要的應(yīng)用價(jià)值[3]。西洋參花多糖可以調(diào)節(jié)巨噬細(xì)胞活性,是保健品和食品理想的原材料[4]。三七花中含有大量皂苷類、總酚類和黃酮類化合物及礦物質(zhì),可以抑制人體內(nèi)自由基的生成,也逐漸被作為營(yíng)養(yǎng)添加劑應(yīng)用于食品和藥品中[5]。但是三者均以總花梗短、小花團(tuán)聚為特征,外觀可分辨度低,在干燥之后作為花茶更加難以辨認(rèn)。此外,化學(xué)成分的相似性也從一定層面上增加了其鑒定難度。孟祥松等[6]采用高效液相色譜法(HPLC)對(duì)人參花、西洋參花和三七花鑒別時(shí)發(fā)現(xiàn),人參花中獨(dú)有人參皂苷Rg1峰,三七花中獨(dú)有人參皂苷Rb1峰,除此之外,在化學(xué)成分上無(wú)明顯差異。當(dāng)出現(xiàn)人參花與西洋參花、西洋參花與三七花混雜時(shí),化學(xué)方法難以鑒定真?zhèn)?。因此,運(yùn)用傳統(tǒng)鑒別方法對(duì)這3種花蕾進(jìn)行準(zhǔn)確鑒別難度極大。

        DNA條形碼分子鑒定方法是基于分子生物學(xué)和生物信息學(xué),結(jié)合不同物種基因組中一段公認(rèn)且相對(duì)較短的DNA序列的高效物種鑒定方法,已成功應(yīng)用于植物、動(dòng)物和部分深加工產(chǎn)品的鑒定中[7-9]。對(duì)于植物而言,DNA條形碼分子鑒定體系主要包括核心鑒定序列內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)2(ITS2)和輔助鑒定序列psbA-trnH[10]。ITS2序列具有擴(kuò)增效率高、種內(nèi)較為保守、種間變異大等優(yōu)點(diǎn)[11],已成功應(yīng)用于眾多藥用植物的鑒定中。研究發(fā)現(xiàn),ITS2條形碼聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)擴(kuò)增成功率(93.8%)高于psbA-trnH(92.8%)和ITS(42.3%),且在4800余種、6600多份的植物樣本中,ITS2(92.7%)條形碼的鑒定效率高于psbA-trnH(67.6%)。在ITS2條形碼的基礎(chǔ)上,利用單核苷酸多態(tài)性(SNP)位點(diǎn)可實(shí)現(xiàn)近緣物種間的鑒別[11]。根據(jù)本課題組前期研究結(jié)果,利用人參和西洋參的SNP位點(diǎn)可以準(zhǔn)確鑒定出人參和西洋參。當(dāng)人參和西洋參以1∶19混合時(shí),在SNP處可出現(xiàn)雙峰,且峰高[西洋參的主峰鳥(niǎo)嘌呤(G)/腺嘌呤(A)高于人參的主峰A/G)]可大致反映摻雜比例[12]。

        本研究收集市售人參花6份、西洋參花9份和三七花7份,基于ITS2序列對(duì)其進(jìn)行鑒定,并建立了快速鑒別兩兩混合物的SNP雙峰法,以期為市場(chǎng)上人參花、西洋參花和三七花的質(zhì)量控制提供參考。

        1 材料

        1.1 試藥

        人參花、西洋參花和三七花樣品購(gòu)買于不同藥材市場(chǎng)及道地產(chǎn)區(qū),共計(jì)22份。其中,人參花 6份、西洋參花9份、三七花樣品7份(表1和圖1)。由中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院藥用植物研究所林余霖研究員對(duì)人參花、西洋參花和三七花進(jìn)行形態(tài)學(xué)鑒定,分別為人參PanaxginsengC.A.Mey.、西洋參P.quinquefoliusL.和三七P.notoginseng(Burk.)F.H.Chen的干燥花蕾。

        DP316植物基因組DNA提取試劑盒(天根生化科技有限公司);2×Taq聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR) Master Mix(北京艾德萊生物科技有限公司);引物由北京諾賽基因組研究中心有限公司合成。

        1.2 儀器

        MM400型冷凍混合球磨儀(德國(guó)Retsch公司);LUX-24型數(shù)顯恒溫水浴鍋(北京陸??萍加邢薰?;846-x-070-301型PCR儀(德國(guó)Biometra公司);移液器(德國(guó)Eppendorf公司);D-37250型冷凍離心機(jī)(德國(guó)Sigma公司);GelDoc XR+IMAGELAB型凝膠成像儀(德國(guó)Bio-Rad公司)。

        表1 西洋參花、三七花、人參花樣品信息

        注:A.人參花;B.西洋參花;C.三七花;圖2同。圖1 人參花、西洋參花和三七花

        2 方法

        2.1 DNA提取

        取人參花、西洋參花和三七花樣品20 mg;對(duì)于混合樣品,將已鑒定為正品的人參花、西洋參花和三七花打粉,過(guò)二號(hào)篩,以2∶8、2∶10、8∶2和10∶2兩兩均勻混合,取混合后的植物粉末20 mg。采用球磨儀研磨2 min(30 Hz)。使用植物基因組DNA提取試劑盒提取總DNA。研磨后的樣品加入裂解液后,將其置于65 ℃水浴2 h,用-20 ℃異丙醇沉淀DNA,其余步驟參照試劑盒說(shuō)明書(shū)進(jìn)行[13]。

        2.2 PCR擴(kuò)增

        ITS2引物為2F:5′-ATGCGATACTTGGTGTGAAT-3′;3R:5′-GACGCTTCTCCAGACTACAAT-3′。將引物稀釋至2 μmol·μL-1,擴(kuò)增DNA模板。PCR體系為DNA模板2 μL、2×TaqPCR Master Mix 12.5 μL、引物2F/3R(2.5 μmol·L-1)各1.0 μL、ddH2O 8.5 μL,共25 μL。反應(yīng)程序?yàn)?4 ℃,30 s;56 ℃,30 s;72 ℃,45 s,40個(gè)循環(huán);72 ℃孵育10 min,純化后的PCR產(chǎn)物送至中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院重大工程實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行測(cè)序。

        2.3 數(shù)據(jù)分析

        利用CodonCode Aligner V 9.0.1(CodonCode Co.)軟件進(jìn)行序列校對(duì)、拼接,去除低質(zhì)量序列及引物區(qū)?;陔[馬爾可夫模型(Hidden Markov model,HMM)去除5.8 S rRNA和28 S rRNA基因區(qū)。使用“中藥材DNA條形碼鑒定系統(tǒng)”(www.tcmbarcode.cn)和美國(guó)國(guó)家生物技術(shù)信息中心(NCBI)的BLAST(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/blast.cgi)功能完成人參花、西洋參花和三七花的物種鑒定。采用MEGA 7.0軟件對(duì)測(cè)序得到的ITS2序列和GenBank下載的人參屬ITS2序列進(jìn)行多序列比對(duì)。

        3 結(jié)果

        3.1 人參花、西洋參花和ITS2 2F/3R三七花SNP位點(diǎn)的篩選

        所有樣品均采用ITS2 2F/3R引物進(jìn)行擴(kuò)增,擴(kuò)增成功率為100%,ITS2序列大小為230 bp,具體信息見(jiàn)圖2,共獲得了22條ITS2序列。BLAST結(jié)果表明,所有市售樣品均為正品。采用MEGA 7.0將獲得的序列進(jìn)行比對(duì),比對(duì)結(jié)果表明,在19~47 bp處,存在人參花、西洋參花和三七花的穩(wěn)定遺傳變異。在該區(qū)間內(nèi),人參特有的序列片段為5′-AACCCATCACTCCCTTGCGGGAGTTGAGG-3′,與人參相比,西洋參呈現(xiàn)2個(gè)變異位點(diǎn)[分別是32位胸腺嘧啶(T)和43位胞嘧啶(C)],三七出現(xiàn)4個(gè)變異位點(diǎn)(分別是28位T、34位C、43位C和46位T),見(jiàn)表2。

        圖2 人參花、西洋參花和三七花的ITS2序列特征

        表2 人參花、西洋參花和三七花ITS2區(qū)域5個(gè)穩(wěn)定的SNP位點(diǎn)

        3.2 人參花、西洋參花和三七花ITS2數(shù)據(jù)庫(kù)的建立及SNP位點(diǎn)保守性評(píng)估

        為了評(píng)價(jià)該區(qū)間在物種鑒定方面的準(zhǔn)確性和特異性,從GenBank下載了109條人參、西洋參和三七的ITS2序列,并采用MEGA 7.0進(jìn)行比對(duì)(圖3)。比對(duì)結(jié)果表明,在這28 bp內(nèi),3個(gè)物種間存在穩(wěn)定的變異位點(diǎn)。其中,人參和西洋參存在2個(gè)變異位點(diǎn),人參和三七存在4個(gè)變異位點(diǎn),西洋參和三七存在4個(gè)變異位點(diǎn)。因此,在19~47 bp內(nèi)的SNP位點(diǎn)可應(yīng)用于人參花、西洋參花和三七花的物種鑒定。

        3.3 基于SNP雙峰法的混合物檢測(cè)

        將人參花和西洋參花、人參花和三七花、西洋參花和三七花粉末以2∶8、2∶10、8∶2和10∶2人工混合,混合物的DNA均采用ITS2 2F/3R引物進(jìn)行擴(kuò)增,擴(kuò)增成功率為100%。以PCR產(chǎn)物的測(cè)序峰圖對(duì)混合粉末的物種組成進(jìn)行了檢測(cè)。

        如圖4所示,人參的SNP位點(diǎn)(32、43 bp)處主峰為C/T(圖4A),西洋參在該處的主峰為T/C(圖4B),混合物僅在SNP位點(diǎn)出現(xiàn)雙峰(圖4C~F)。當(dāng)人參花和西洋參花以2∶8混合時(shí),BLAST分析顯示該樣品為人參。此時(shí),在32 bp處,西洋參花的主峰T略高于人參花的主峰C,在43 bp處,人參花的主峰T略高于西洋參花的主峰C(圖4C),表明該樣品為人參花和西洋參花的混合物。當(dāng)人參花和西洋參花以2∶10混合時(shí),BLAST分析顯示該樣品為西洋參。此時(shí),西洋參花的主峰T/C高于人參花的主峰C/T(圖4D),表明該樣品為摻雜有人參花的西洋參花。當(dāng)人參花和西洋參花以8∶2混合時(shí),BLAST分析顯示該樣品為人參。此時(shí),人參花的主峰C/T高于西洋參花的主峰C/T(圖4E),表明該樣品為摻雜有少量西洋參花的人參花。當(dāng)人參花和西洋參花以10∶2混合時(shí),BLAST結(jié)果顯示該樣品為人參。此時(shí),人參花的主峰C/T遠(yuǎn)高于西洋參花的峰T/C(圖4F),表明該樣品為摻雜有微量西洋參花的人參花。

        圖3 人參、西洋參和三七的ITS2序列片段比對(duì)結(jié)果

        注:A.人參花;B.西洋參花;C.人參花和西洋參花2∶8混合;D.人參花和西洋參花2∶10混合;E.人參花和西洋參花8∶2混合;F.人參花和西洋參花10∶2混合。圖4 人參花、西洋參花和兩花混合物雙峰圖

        如圖5所示,人參的SNP位點(diǎn)(28、34、43、46 bp)處主峰為C/T/T/G(圖5A),三七在該處的主峰為T/C/C/T(圖5B),混合物僅在SNP位點(diǎn)處出現(xiàn)雙峰(圖5C~F)。當(dāng)人參花和三七花以2∶8混合時(shí),BLAST分析顯示該樣品為三七。此時(shí),在28、34、46 bp處,三七花的主峰T/C/T略高于人參花的主峰C/T/G,在43 bp處,人參花的主峰略高于三七花的主峰C(圖5C),表明該樣品為摻雜有人參花的三七花。當(dāng)人參花和三七花以2∶10混合時(shí),BLAST分析顯示該樣品為三七。此時(shí),在28、34、46 bp處,三七花的主峰T/C/T高于人參花的主峰C/T/G,在43 bp處,人參花的主峰高于三七花的主峰C(圖5D),表明該樣品為摻雜有少量人參花的三七花。當(dāng)人參花和三七花以8∶2混合時(shí),BLAST分析顯示該樣品為人參。此時(shí),人參花的主峰C/T/T/G高于三七花的主峰T/C/C/T(圖5E),表明該樣品為摻雜有少量三七花的人參花。當(dāng)人參花和三七花以10∶2混合時(shí),BLAST分析顯示該樣品為人參。此時(shí),人參花的主峰C/T/T/G遠(yuǎn)高于三七的主峰T/C/C/T(圖5F),表明該樣品為摻雜有微量三七花的人參花。

        注:A.人參花;B.三七花;C.人參花和三七花2∶8混合;D.人參花和三七花2∶10混合;E.人參花和三七花8∶2混合;F.人參花和三七花10∶2混合。圖5 人參花、三七花和兩花混合物雙峰圖

        如圖6所示,西洋參花在28、32、34、46 bp處主峰為C/T/T/G(圖6A),三七花在該處的主峰為T/C/C/T(圖6B),混合物僅在SNP位點(diǎn)處出現(xiàn)雙峰(圖6C~F)。當(dāng)西洋參花和三七花以2∶8混合時(shí),BLAST分析顯示該樣品為三七,此時(shí),三七花主峰T/C/C/T高于西洋參花的主峰C/T/C/G(圖6C),表明該樣品為摻雜有少量西洋參花的三七花。當(dāng)西洋參花和三七花以2∶10混合時(shí),BLAST分析顯示該樣品為三七。此時(shí),在34 bp處,三七花主峰C遠(yuǎn)高于西洋參花的主峰T(圖6D),表明該樣品為摻雜有微量西洋參花的三七花。當(dāng)西洋參花和三七花以8∶2混合時(shí),BLAST分析顯示該樣品為西洋參。此時(shí),在28、34、46 bp處,西洋參花的主峰C/T/G高于三七花的主峰/T/C/T,在32 bp處,三七花的主峰C高于西洋參花的主峰T(圖6E),表明該樣品為摻雜有三七花的西洋參花。當(dāng)西洋參花和三七花以10∶2混合時(shí),BLAST分析顯示該樣品為西洋參。此時(shí),西洋參花的主峰C/T/T/G遠(yuǎn)高于三七花的主峰/T/C/C/T(圖6F),表明該樣品為摻雜有少量三七花的西洋參花。

        注:A.西洋參花;B.三七花;C.西洋參花和三七花2∶8混合;D.西洋參花和三七花2∶10混合;E.西洋參花和三七花8∶2混合;F.西洋參花和三七花10∶2混合。圖6 人參花、三七花和兩花混合物雙峰圖

        3.4 基于SNP雙峰法對(duì)市售商品BLAST結(jié)果的深度驗(yàn)證

        鑒于混合物的BLAST分析結(jié)果與實(shí)際結(jié)果存在差異,對(duì)采用BLAST分析的22份花類商品進(jìn)行了深度分析。峰圖顯示(圖7),樣品S1和樣品S7在32、43 bp處出現(xiàn)雙峰,且T/C峰高于C/T峰,表明樣品1和樣品7為摻雜有少量人參花的西洋參花。此外,其余20份樣品在SNP處均為單峰,表明均為正品。

        注:S6.正品西洋參花;S1、S7.摻雜有少量人參花的西洋參花。圖7 西洋參花樣品雙峰圖

        4 討論

        4.1 SNP雙峰法在花類混合物鑒定中的必要性

        人參花、西洋參花和三七花不僅可以作為花茶飲用,同時(shí)也是很多保健品的原材料。但是,由于此3類物種的相似性和市場(chǎng)監(jiān)管的缺失,有必要開(kāi)發(fā)一種新的鑒別方法對(duì)該類產(chǎn)品市場(chǎng)進(jìn)行規(guī)范化的引導(dǎo)。

        Chen等[12]發(fā)現(xiàn),人參和西洋參的遺傳距離較小(0~0.02),在其ITS2區(qū)域可以檢測(cè)出穩(wěn)定的SNP位點(diǎn),認(rèn)為ITS2可應(yīng)用于人參和西洋參的鑒別。Liu等[14]報(bào)道了一種基于ITS2序列的西洋參專屬分子身份證,應(yīng)用該分子身份證不僅可實(shí)現(xiàn)西洋參與其混偽品的鑒別,還可實(shí)現(xiàn)深加工的中成藥鑒別。但是,目前對(duì)于該類產(chǎn)品多集中于混偽品的研究,缺乏對(duì)于混合物行之有效的鑒定方法?;谝陨蠗l形碼鑒定方法在物種鑒定上的準(zhǔn)確性,考慮將該方法引入到花類產(chǎn)品以及花類混合物的鑒定中。本研究中發(fā)現(xiàn)了可應(yīng)用于人參花、西洋參花和三七花物種鑒定的SNP位點(diǎn),不僅可以準(zhǔn)確鑒定這3種花的真?zhèn)?,還可以對(duì)混合粉末的組成做出判斷。

        4.2 SNP雙峰法是BLAST分析的補(bǔ)充手段

        在本研究中,SNP雙峰法可準(zhǔn)確、迅速、直觀地對(duì)近緣物種進(jìn)行鑒定。通過(guò)人工混合不同比例的人參花和西洋參花、人參花和三七花、西洋參花和三七花來(lái)驗(yàn)證該方法的準(zhǔn)確性。通過(guò)對(duì)混合物ITS2序列的BLAST分析法和SNP雙峰法的分析結(jié)果進(jìn)行對(duì)比,發(fā)現(xiàn)SNP雙峰法是物種鑒定的靈敏手段。當(dāng)西洋參花和三七花以2∶8混合時(shí),BLAST結(jié)果顯示該樣品為三七,此時(shí),三七花主峰T/C/C/T高于西洋參花的主峰C/T/C/G,表明該樣品為摻雜有西洋參花的三七花。Gao等[15]發(fā)現(xiàn),即使在混合比例低至6%時(shí),通過(guò)分析SNP位點(diǎn)的雙峰仍可以清楚地檢測(cè)到金銀花和山銀花的混合物。同樣,在本研究中,通過(guò)分析SNP位點(diǎn)的雙峰,可以有效地鑒定人參花和西洋參花、人參花和三七花、西洋參花和三七花的混合物。

        在此基礎(chǔ)上,對(duì)本研究中的22份商品花類進(jìn)行了深度鑒定。鑒定結(jié)果表明,22份商品中,20份商品為正品。BLAST分析結(jié)果表明,基于DNA條形碼序列判斷22份商品均為正品。而SNP雙峰法的驗(yàn)證結(jié)果顯示,所有的人參花和三七花均為正品,但9份西洋參花中有2份商品在SNP位點(diǎn)處出現(xiàn)雙峰,且西洋參花的主峰T/C高于人參花的主峰C/T,據(jù)此推斷這2份樣品為摻雜有少量人參花的西洋參花。因此,SNP雙峰法可以作為BLAST分析的補(bǔ)充手段,用于物種的鑒定。

        4.3 SNP雙峰法為花類市場(chǎng)監(jiān)管提供有效的技術(shù)支撐

        近年來(lái),DNA條形碼技術(shù)已經(jīng)廣泛應(yīng)用于中藥的物種鑒定(包括根類、種子類、葉類和花)[16-19]。這些結(jié)果表明,DNA條形碼是高效的物種鑒定工具。本研究在DNA條形碼的基礎(chǔ)上,成功利用SNP雙峰法對(duì)市售人參花、西洋參花和三七花進(jìn)行了鑒定,且實(shí)現(xiàn)了3種花類兩兩混合物的鑒定。因此,利用SNP雙峰法可實(shí)現(xiàn)人參花、西洋參花和三七花的鑒定,同時(shí)可為花類產(chǎn)品的檢測(cè)提供參考。

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