居述云,吳堅(jiān)平,楊立榮
(1 浙江大學(xué)化學(xué)工程與生物工程學(xué)院,浙江杭州310027;2 浙江大學(xué)杭州國(guó)際科創(chuàng)中心,浙江杭州311200)
D- 氨基酸氧化酶(D-amino acid oxidase,DAAO,EC 1.4.3.3)是一類(lèi)含有黃素腺嘌呤二核苷酸(FAD)的黃素蛋白。有氧條件下,該類(lèi)酶能夠?qū)τ丑w選擇性催化D-氨基酸氧化脫氫,生成亞胺酸。后者自發(fā)水解生成相應(yīng)的α-酮酸和氨,見(jiàn)圖1。反應(yīng)過(guò)程中,還原型輔酶FADH2經(jīng)氧氣再氧化,產(chǎn)生過(guò)氧化氫。
圖1 DAAO催化D-氨基酸氧化脫氫反應(yīng)示意圖
迄今為止,已報(bào)道的DAAO主要來(lái)源于真核生物,如絲狀真菌、酵母菌、哺乳動(dòng)物等[1]。其中,典型的DAAO 包括豬腎(porcine kidney)來(lái)源的pkDAAO[2]、紅酵母(Rhodotorula gracilis)來(lái)源的RgDAAO[3]和三角酵母(Trigonopsis variabilis)來(lái)源的TvDAAO[4]。此外,在放線(xiàn)菌屬的原核生物中也陸續(xù)發(fā)現(xiàn)了DAAO[5],例如源自原玻璃蠅節(jié)桿菌(Arthrobacter protophormiae)的ApDAAO。這些不同來(lái)源的DAAO 不僅在D-氨基酸代謝過(guò)程中發(fā)揮重要作用[6],同時(shí)也為該類(lèi)酶在生物技術(shù)中的應(yīng)用奠定了基礎(chǔ)。
DAAO通常具有寬泛的底物譜和高度的對(duì)映體選擇性,已被成功用于多種生化反應(yīng)過(guò)程,相關(guān)研究引起了國(guó)內(nèi)外學(xué)者廣泛的關(guān)注[7-8]。多年來(lái),DAAO在生物催化方面的應(yīng)用主要見(jiàn)于7-氨基頭孢烷酸、手性氨基酸以及α-酮酸的合成。最近,研究人員基于該類(lèi)酶的蛋白結(jié)構(gòu)以及催化機(jī)制,通過(guò)蛋白質(zhì)工程改造酶的催化性能,使其能夠選擇性催化氧化胺類(lèi)化合物并用于制備手性胺,不僅成功拓展了底物特異性,而且為后續(xù)以DAAO為蛋白骨架創(chuàng)制新的酶類(lèi)提供了重要的理論依據(jù)。
本文介紹了DAAO的蛋白結(jié)構(gòu)特征及其催化機(jī)制,闡述了DAAO底物特異性和熱穩(wěn)定性分子改造的代表性成果。最后,總結(jié)了DAAO在生物催化與轉(zhuǎn)化中的應(yīng)用進(jìn)展。
到目前為止,蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)(protein data bank,PDB)中已披露的DAAO 登錄號(hào)共有39 個(gè),包括4 個(gè)RgDAAO[9-10]、16 個(gè)pkDAAO[11-12]以及19 個(gè)人體來(lái)源的hDAAO[13]。這些結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)都是基于X 射線(xiàn)晶體衍射技術(shù)而獲得,分辨率在1.2~3.2?(1?=10-10m)。
RgDAAO、pkDAAO和hDAAO蛋白分子量大小相近,單個(gè)亞基所含有的氨基酸數(shù)目分別為368、347 和347,見(jiàn)表1。序列比對(duì)結(jié)果表明,pkDAAO(或hDAAO) 與RgDAAO 的序列一致性分別為28.73%(或27.73%)。
雖然RgDAAO、pkDAAO 和hDAAO 的氨基酸序列具有一定的差異,但在三維結(jié)構(gòu)上卻頗為相似[14-15]。一般而言,它們均為同源二聚體,每一個(gè)亞基都含有一個(gè)非共價(jià)結(jié)合的輔酶FAD。催化活性中心處與配體相互作用的氨基酸殘基具有高度的保守性。例如,在RgDAAO 與D-三氟丙氨酸的復(fù)合體晶體結(jié)構(gòu)(PDB登錄號(hào):1C0L[9])中,D-三氟丙氨酸的α-羧基與R285位的精氨酸殘基以及Y223位的酪氨酸殘基相互作用,形成了鹽橋和氫鍵,見(jiàn)圖2(a)。pkDAAO與苯甲酸(PDB登錄號(hào):1VE9[12])[見(jiàn)圖2(b)]以及hDAAO與2-氨基苯甲酸(PDB登錄號(hào):2E4A[13])[見(jiàn)圖2(c)]的復(fù)合體晶體結(jié)構(gòu)解析結(jié)果表明,與配體羧基作用的正是R283 位的精氨酸殘基以及Y228 位的酪氨酸殘基。此外,配體的取代基團(tuán)都朝向由疏水性氨基酸殘基(如苯丙氨酸、甲硫氨酸、異亮氨酸、亮氨酸等)形成的口袋。DAAO蛋白晶體結(jié)構(gòu)的解析不僅有利于該類(lèi)酶催化機(jī)制的研究,而且為后續(xù)蛋白質(zhì)工程改造酶的催化性能提供了重要的理論支撐。
Walsh 等[16]和Hersh 等[17]早 期 針 對(duì)DAAO 催 化的氧化脫氫反應(yīng),分別提出了“負(fù)碳離子”和“Cα-H氫轉(zhuǎn)移”機(jī)制。隨著pkDAAO和RgDAAO的蛋白結(jié)構(gòu)相繼被解析,目前普遍認(rèn)可的是“氫轉(zhuǎn)移”機(jī)制[9,18]。DAAO 利用輔酶FAD 在底物和O2之間進(jìn)行電子和氫的轉(zhuǎn)運(yùn)(見(jiàn)圖3),所催化的氧化脫氫反應(yīng)由兩個(gè)半反應(yīng)組成。①還原半反應(yīng),底物進(jìn)入DAAO 的活性中心后,以兼性離子的狀態(tài)與活性中心底物結(jié)合口袋處的氨基酸殘基相互作用,形成氫鍵、離子鍵等。這種狀態(tài)會(huì)發(fā)生動(dòng)態(tài)平衡,底物Cα上的氫轉(zhuǎn)移到輔酶FAD 異咯嗪環(huán)的N(5)上,而氨基上的一個(gè)氫則釋放到反應(yīng)體系中,從而形成亞胺酸。該化合物不穩(wěn)定,自發(fā)水解生成相應(yīng)的α-酮酸和氨。②氧化半反應(yīng),還原型輔酶被O2氧化,生成過(guò)氧化氫。整個(gè)反應(yīng)過(guò)程中,活性中心處的氨基酸殘基并沒(méi)有直接參與催化反應(yīng),僅僅與底物的結(jié)合及其保持正確定向有關(guān)[7,9,19]。
表1 RgDAAO、pkDAAO和hDAAO的基本性質(zhì)比較
圖2 RgDAAO、pkDAAO和hDAAO分別與不同配體相互作用的二維平面圖
圖3 DAAO催化D-氨基酸氧化脫氫的反應(yīng)機(jī)制示意圖
2.1.1 基于理性設(shè)計(jì)改變底物結(jié)合口袋處關(guān)鍵氨基酸殘基的帶電性質(zhì)
RgDAAO 的底物特異性偏好中性或堿性D-氨基酸。為提高該酶對(duì)酸性氨基酸的催化活力,Pollegioni 等[20]將D-天冬氨酸(1,見(jiàn)表2)分別與牛腎來(lái)源D-天冬氨酸氧化酶DASPO(同源模建)和RgDAAO(PDB 登錄號(hào):1C0L)進(jìn)行分子對(duì)接,選取底物結(jié)合口袋處的M213進(jìn)行定點(diǎn)突變。結(jié)果表明M213 位甲硫氨酸殘基對(duì)于RgDAAO 正確識(shí)別D-天冬氨酸側(cè)鏈基團(tuán)中帶負(fù)電荷的羧基具有重要影響,而在DASPO 模擬結(jié)構(gòu)中,與之相對(duì)應(yīng)的是側(cè)鏈基團(tuán)帶正電荷的精氨酸殘基。當(dāng)甲硫氨酸被精氨酸取代后,突變體M213R對(duì)D-天冬氨酸(1)和D-谷氨酸(2)的催化效率(kcat/Km值)分別是原始酶的74倍和37倍,而對(duì)D-丙氨酸(3)的催化效率卻顯著降低。
近年來(lái),Asano 等[21]通過(guò)分析苯甲酸與pkDAAO的復(fù)合物晶體結(jié)構(gòu),選取與苯甲酸的羧基形成鹽橋的R283作為定點(diǎn)飽和突變位點(diǎn)。當(dāng)R283位側(cè)鏈基團(tuán)帶正電荷的精氨酸殘基突變?yōu)椴粠щ姾傻母拾彼釟埢鶗r(shí),突變體R283G 轉(zhuǎn)變成了具有嚴(yán)格(R)-構(gòu)型選擇性的胺氧化酶,能夠?qū)τ丑w選擇性識(shí)別(R)-α-苯乙胺(9),同時(shí)喪失了對(duì)天然底物D-苯丙氨酸的催化活力,從而將pkDAAO的底物特異性由氨基酸拓展到了胺類(lèi)化合物。
上述研究表明,DAAO底物結(jié)合口袋處關(guān)鍵氨基酸殘基的帶電性質(zhì)能夠顯著影響該酶對(duì)底物的識(shí)別能力。因此,對(duì)這些位點(diǎn)進(jìn)行改造可以進(jìn)一步拓展DAAO的底物特異性。
2.1.2 基于理性設(shè)計(jì)改變底物結(jié)合口袋處關(guān)鍵氨基酸殘基側(cè)鏈基團(tuán)的大小
Pollegioni等[22]基于已有的RgDAAO晶體結(jié)構(gòu)和虛擬篩選,發(fā)現(xiàn)M213位氨基酸殘基側(cè)鏈基團(tuán)的大小顯著影響該酶對(duì)大位阻底物的催化活力。當(dāng)M213 位側(cè)鏈基團(tuán)較大的甲硫氨酸突變?yōu)檩^小的甘氨酸時(shí),疏水性底物結(jié)合口袋的空間變大,突變體M213G對(duì)于D-1-萘基丙氨酸(4)和D-1-萘基甘氨酸(6)的催化效率相較于原始酶分別提高了8.4 倍和10.5倍。此外,對(duì)于結(jié)構(gòu)剛性較大的苯甘氨酸類(lèi)衍生物(5)和(7),該突變體的催化效率也有不同程度的提高[23]。
Asano 等[21]在pkDAAO 突變體R283G 的基礎(chǔ)之上,對(duì)與苯甲酸羧基相互作用的另一位點(diǎn)Y228 進(jìn)行突變。其中,突變體Y228L/R283G 對(duì)(R)-9 的催化活力提高到了21.5U/mg。蛋白晶體結(jié)構(gòu)解析結(jié)果表明在輔酶FAD 二甲苯環(huán)的旁邊產(chǎn)生了一個(gè)疏水口袋,從而有足夠的空間能夠容納(R)-9 的苯環(huán)。盡管底物特異性發(fā)生了改變,突變體Y228L/R283G依然通過(guò)α-質(zhì)子氫轉(zhuǎn)移機(jī)制來(lái)進(jìn)行氧化脫氫反應(yīng)[24]。底物(R)-9 的Cα原子上的氫(α-質(zhì)子)更靠近輔酶FAD 的N(5)原子,而(S)-9 的α-質(zhì)子則朝向Y224,從而使得(R)-構(gòu)型底物的氧化脫氫反應(yīng)更容易進(jìn)行。第一性原理計(jì)算結(jié)果表明,突變體Y228L/R283G 與(R)-9 的相互作用能比(S)-9 的相互作用能強(qiáng)達(dá)13kcal/mol(1kcal/mol=4.1840kJ/mol)。這些差異導(dǎo)致突變體Y228L/R283G 能夠特異性識(shí)別外消旋體中的(R)-構(gòu)型胺類(lèi)化合物[25]。該課題組同時(shí)也發(fā)現(xiàn)pkDAAO 突變體Y228L/R283G 活性中心處F242 位氨基酸殘基側(cè)鏈基團(tuán)的大小顯著影響該酶對(duì)較大位阻底物的催化活力,見(jiàn)表2。當(dāng)該位點(diǎn)的苯丙氨酸突變?yōu)閭?cè)鏈基團(tuán)較小的異亮氨酸時(shí),活性中心處形成了更大的疏水口袋,突變體Y228L/R283G/F242I 對(duì)(R)-1-(2-萘基)-乙胺(10)的催化活力達(dá)4U/mg,催化效率相較于突變體Y228L/R283G 提高了0.6 倍[25]。雖然突變體Y228L/R283G 能夠催化氧化(R)-9 和(R)-10,但對(duì)于具有更大取代基的底物4-氯-二苯甲胺(11)卻沒(méi)有催化活力。Asano 等[26]根據(jù)已有的突變體Y228L/R283G晶體結(jié)構(gòu)以及構(gòu)效關(guān)系分析,推測(cè)活性中心處L51、I215和I230位氨基酸殘基可能在該酶催化大位阻底物氧化脫氫的反應(yīng)過(guò)程中起重要作用。因此,分別以突變體R283G 和Y228L/R283G 作為親本,對(duì)上述三個(gè)位點(diǎn)進(jìn)行定點(diǎn)飽和突變。突變體I230A/R283G 對(duì) rac-11 的催化效率最高(122.7mmol/L·min),并且具有嚴(yán)格(S)-對(duì)映體選擇性,見(jiàn)表2。
表2 DAAO底物特異性改造的代表性成果
續(xù)表2
由此可見(jiàn),DAAO底物結(jié)合口袋的大小受關(guān)鍵氨基酸殘基側(cè)鏈基團(tuán)空間位阻的影響。利用具有較小側(cè)鏈基團(tuán)的氨基酸代替大位阻側(cè)鏈基團(tuán)的氨基酸殘基,可以有效擴(kuò)大底物結(jié)合口袋,增強(qiáng)酶與底物的相互作用,進(jìn)而提高該類(lèi)酶的催化活力。
2.1.3 基于理性設(shè)計(jì)改變底物結(jié)合口袋處氨基酸殘基的極性
到目前為止,TvDAAO的蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)還未有報(bào)道。因此,通過(guò)同源建模獲得較為可靠的三維模型,考察酶與底物的相互作用,在此基礎(chǔ)上進(jìn)行突變,可以獲得具有目標(biāo)性能的突變體。
為進(jìn)一步提高TvDAAO 對(duì)頭孢菌素C(8)的催化活力,Wong 等[27]基于底物8 與TvDAAO(同源模建)的分子對(duì)接結(jié)果,選取底物結(jié)合口袋處鄰近底物氨基的F54 位苯丙氨酸殘基作為定點(diǎn)突變位點(diǎn)。當(dāng)疏水性苯丙氨酸殘基變?yōu)闃O性相對(duì)較大的酪氨酸殘基時(shí),側(cè)鏈基團(tuán)中的酚羥基與底物8的氨基形成了氫鍵,穩(wěn)定了底物在結(jié)合口袋處的構(gòu)象,突變體F54Y 對(duì)底物8 的催化效率相較于原始酶提高了1倍。
2.1.4 基于定向進(jìn)化改變非底物結(jié)合口袋處的氨基酸殘基
理性設(shè)計(jì)主要基于酶與底物相互作用的氨基酸殘基而展開(kāi)改造工作。此外,通過(guò)定向進(jìn)化,可以發(fā)掘一些非活性中心處的氨基酸殘基對(duì)DAAO底物特異性的影響。
除上述疏水性底物結(jié)合口袋處的氨基酸殘基以外,Sacchi 等[28]通過(guò)易錯(cuò)PCR 構(gòu)建了隨機(jī)突變體庫(kù),結(jié)合過(guò)氧化物酶/鄰聯(lián)茴香胺介導(dǎo)的顯色法,進(jìn)行高通量篩選。結(jié)果表明:位于RgDAAO 蛋白表面的L118,T60 以及Q144 位氨基酸殘基能夠顯著影響該酶的催化活力,見(jiàn)表2。例如,突變體L118H對(duì)底物3和1的催化效率分別是原始酶的1.9倍和2 倍。突變體T60A/Q144R/K152E 對(duì)1 的催化效率是原始酶的5.6倍。
酶的熱穩(wěn)定性是影響生物催化反應(yīng)的重要因素。Bakke 等[29]通過(guò)易錯(cuò)PCR 建立突變體庫(kù),利用過(guò)氧化物酶/4-氨基安替比林介導(dǎo)的顯色反應(yīng)進(jìn)行高通量篩選,獲得了熱穩(wěn)定性顯著提高的pkDAAO。55℃條件下孵育1h 后,突變體F42C 對(duì)(R)-3的殘余酶活達(dá)70%以上,而原始酶僅為10%。此外,2.1.3 節(jié)中通過(guò)理性設(shè)計(jì)獲得的突變體TvDAAO F54Y 不僅提高了該酶對(duì)底物8 的催化活力,而且也增強(qiáng)了熱穩(wěn)定性。55℃條件下保溫30min,突變體F54Y 對(duì)8 的殘余活力幾乎沒(méi)有影響,而原始酶卻喪失了40%。
7-氨基頭孢烷酸(14)是制備半合成頭孢菌素類(lèi)抗生素的前體化合物。自20 世紀(jì)90 年代以來(lái),以DAAO 和戊二?;?7-氨基頭孢烷酸?;笧樯锎呋瘎?,已成功建立了兩步酶法催化轉(zhuǎn)化頭孢菌素C(8)合成14 的生產(chǎn)工藝(見(jiàn)圖4),并進(jìn)行了工業(yè)化生產(chǎn)[30]。在此過(guò)程中,DAAO催化8的D-α-氨基己二?;鶊F(tuán)氧化脫氫生成α-酮己二酰-7-氨基頭孢烷酸(12),后者經(jīng)脫羧反應(yīng)轉(zhuǎn)化成戊二酰-7-氨基頭孢烷酸(13)。最終,酰化酶催化13進(jìn)行脫?;磻?yīng)生成產(chǎn)物14[31-32]。
手性氨基酸和胺類(lèi)化合物是合成眾多醫(yī)藥、農(nóng)藥等高值化學(xué)品的前體化合物。例如,以(S)-1,2,3,4-四氫異喹啉-1-甲酸(16)為底物,經(jīng)多步化學(xué)反應(yīng),可合成一種靶向Keap1-Nrf2 相互作用的小分子抑制劑,從而有望用于癌癥、糖尿病等疾病的治療和預(yù)防[33]。(S)-1,2,3,4-四氫異喹啉-3-甲酸(17)是降壓藥喹那普利的重要組成部分[34],L-2-氨基丁酸(21)是抗癲癇藥物左乙拉西坦的前體化合物[35]。利用D-氨基酸氧化酶介導(dǎo)的去消旋化反應(yīng)制備該類(lèi)化合物具有外消旋底物來(lái)源簡(jiǎn)單、底物譜廣泛、反應(yīng)對(duì)映體選擇性高、反應(yīng)條件溫和等顯著特點(diǎn)。到目前為止,該方法主要有兩種反應(yīng)方式:①化學(xué)-酶法去消旋化;②多酶催化氧化還原級(jí)聯(lián)去消旋化。
圖4 兩步酶法合成7-氨基頭孢烷酸
3.2.1 化學(xué)-酶法去消旋化
DAAO 介導(dǎo)的化學(xué)-酶法去消旋化包含兩步反應(yīng)。①選擇性生物催化反應(yīng):以外消旋氨基酸或胺為底物,利用氧化酶選擇性催化其中的一個(gè)構(gòu)型進(jìn)行Cα-N 鍵氧化脫氫反應(yīng)生成亞胺,另一構(gòu)型保持不變。②非選擇性化學(xué)還原反應(yīng):亞胺被非選擇性化學(xué)還原劑轉(zhuǎn)化為外消旋底物。兩步反應(yīng)在“一鍋”反應(yīng)體系中高效協(xié)同進(jìn)行,見(jiàn)圖5。亞胺(特別是鏈狀亞胺)在水溶液中通常不穩(wěn)定,易水解開(kāi)環(huán)生成醛(酮)和胺。因此,反應(yīng)需加入過(guò)量化學(xué)還原劑,如硼氫化鈉(NaBH4)[36]、氰基硼氫化鈉(NaCNBH3)[37]、氨硼烷(NH3·BH3)[38]等,以確保亞胺能夠直接轉(zhuǎn)化為外消旋底物,盡可能避免副產(chǎn)物(如酮或醇)的生成。
Chen 等[39]利用硅藻土固定化的TvDAAO 和NH3·BH3(10個(gè)當(dāng)量)進(jìn)行去消旋化反應(yīng),制備糖尿病藥物合成中間體(S)-α-氨基-6-(2-甲基苯)3-吡啶丙酸(15),產(chǎn)率為68%,ee值>99%。本文作者所在課題組[40]以來(lái)源于茄病鐮刀菌(Fusarium solani)M-0718 的FsDAAO 作為生物催化劑,構(gòu)建了“一鍋法”FsDAAO-NH3·BH3(4 個(gè)當(dāng)量)去消旋化反應(yīng)體系,將外消旋四氫異喹啉羧酸類(lèi)化合物轉(zhuǎn)化成了(S)-對(duì)映體,轉(zhuǎn)化率達(dá)98%以上,產(chǎn)率達(dá)82%,ee 值>99%。Asano 等[21]利用pkDAAO Y228L/R283G 和NaBH4(20 個(gè)當(dāng)量)進(jìn)行去消旋化反應(yīng),(R)-9完全轉(zhuǎn)化為(S)-對(duì)映體,產(chǎn)率為65%,ee值達(dá)99%。底物為rac-11 時(shí),以pkDAAO I230A/R283G作為生物催化劑進(jìn)行去消旋化反應(yīng),產(chǎn)物(R)-11的產(chǎn)率為46%,ee值為96%[26]。
該方法通常只需要一種氧化還原酶參與反應(yīng),并且所用化學(xué)還原劑來(lái)源簡(jiǎn)單。不足之處在于反應(yīng)過(guò)程中通常需要加入過(guò)量的化學(xué)還原劑,不利于環(huán)境友好。反應(yīng)結(jié)束后,需要額外的分離純化步驟,用于除去剩余的化學(xué)還原劑,導(dǎo)致最終的產(chǎn)率有所下降。
3.2.2 多酶催化氧化還原級(jí)聯(lián)去消旋化
多酶催化氧化還原級(jí)聯(lián)去消旋化反應(yīng)是在上述D-氨基酸氧化酶介導(dǎo)的選擇性生物催化反應(yīng)的基礎(chǔ)上,利用生物催化不對(duì)稱(chēng)還原反應(yīng)來(lái)代替非選擇性化學(xué)還原反應(yīng),從而將外消旋底物(通常為氨基酸及其衍生物)轉(zhuǎn)化成單一構(gòu)型的產(chǎn)物。當(dāng)?shù)孜餅殒湢畎被釙r(shí),其氧化脫氫產(chǎn)物亞胺酸通常不穩(wěn)定,易自發(fā)水解生成酮酸。后者可在氨基酸脫氫酶或者轉(zhuǎn)氨酶的催化下,進(jìn)行不對(duì)稱(chēng)還原胺化反應(yīng),見(jiàn)圖6。
Findrik 等[41]利 用 ApDAAO 和 紅 球 菌 屬(Rhodococcus sp.) 來(lái)源的L-苯丙氨酸脫氫酶(L-PheDH) 進(jìn)行生物催化級(jí)聯(lián)反應(yīng),將D-甲硫氨酸(18)幾乎全部轉(zhuǎn)化成了L-甲硫氨酸。Chen等[39]以TvDAAO 和脲芽孢八疊球菌(Sporosarcina ureae)來(lái)源的(S)-選擇性氨基酸脫氫酶(AADH)作為催化劑進(jìn)行去消旋化反應(yīng),產(chǎn)物(S)-15的最終分離產(chǎn)率為54%,ee 值>99%。此外,該作者也利用伯克霍爾德菌(Burkholderia sp.)來(lái)源的(S)-選擇性轉(zhuǎn)氨酶(TA)替代上述氨基酸脫氫酶,進(jìn)行“一鍋法”去消旋化反應(yīng),產(chǎn)物(S)-15 的產(chǎn)率達(dá)73%,ee值>99%。Qi 等[42]以外消旋氨基酸為底物,利用TvDAAO 與谷氨酸棒狀桿菌(Corynebacterium glutamicum)來(lái)源的亮氨酸酸脫氫酶(CgLeuDH)進(jìn)行“一鍋法”去消旋化反應(yīng),制備L-氨基酸。通過(guò)批次補(bǔ)料,反應(yīng)體系中產(chǎn)物L(fēng)-正纈氨酸(19)的濃度達(dá)54.09g/L,轉(zhuǎn)化率>96%,ee 值>99%。Green等[43]利用RgDAAO和大腸桿菌來(lái)源轉(zhuǎn)氨酶EcgabT進(jìn)行去消旋化反應(yīng),將DL-草銨膦(20)轉(zhuǎn)化成了L-草銨膦,轉(zhuǎn)化率達(dá)85%,ee 值>99%。Seo 等[44]在兩相體系中,利用表達(dá)VHb-RgDAAO 融合蛋白的全細(xì)胞與表達(dá)河流孤菌(Vibrio fluvialis)來(lái)源ω-轉(zhuǎn)氨酶(VfTA)的全細(xì)胞進(jìn)行“一鍋法”去消旋化反應(yīng),將底物rac-21 (500mmol/L)轉(zhuǎn)化成了(S)-21,轉(zhuǎn)化率達(dá)97%,ee 值>99%。Liu 等[45]以基因組上攜帶有TvDAAO 和L-PheDH 基因的釀酒酵母作為宿主細(xì)胞,將前體化合物DL-甲硫氨酸經(jīng)L-甲硫氨酸轉(zhuǎn)化成了S-腺苷-L-甲硫氨酸,產(chǎn)物積累量達(dá)10.3g/L。
不同于上述鏈狀亞胺酸,環(huán)狀亞胺酸在水溶液中較為穩(wěn)定,可被(S)-選擇性還原酶直接轉(zhuǎn)化為(S)-構(gòu)型環(huán)狀氨基酸,見(jiàn)圖7。例如,Yasuda 等[46]以外消旋哌啶酸(22)為底物,利用pkDAAO 與惡臭假單胞菌(Pseudomonas putida)KT2440 來(lái)源的還原酶PpDpkA 進(jìn)行去消旋化反應(yīng),產(chǎn)物為(S)-22,轉(zhuǎn)化率和ee 值均>99%。本文作者課題組[47]基于反應(yīng)可行性及兼容性評(píng)估,成功耦合FsDAAO催化的對(duì)映體選擇性氧化脫氫反應(yīng)和PpDpkA介導(dǎo)的不對(duì)稱(chēng)還原反應(yīng),構(gòu)建了“一鍋法”多酶級(jí)聯(lián)去消旋化反應(yīng)體系,將底物rac-16轉(zhuǎn)化成了(S)-對(duì)映體,產(chǎn)率為89%,ee值>99%。相較于化學(xué)-酶法去消旋化反應(yīng),該反應(yīng)體系中的亞胺酸被直接轉(zhuǎn)化成了目標(biāo)手性化合物,從而使得整個(gè)去消旋化反應(yīng)效率更高,并且反應(yīng)結(jié)束后,分離純化步驟簡(jiǎn)單,產(chǎn)物的收率更高。不足之處在于具有相反對(duì)映體選擇性的氧化還原酶篩選困難,需要優(yōu)化獲得合適的反應(yīng)條件,以確保整個(gè)去消旋化反應(yīng)高效協(xié)同進(jìn)行。
圖7 DAAO介導(dǎo)的多酶催化級(jí)聯(lián)去消旋化制備手性環(huán)狀氨基酸
作為一種重要的化工原料,α-酮酸綠色高效的合成方法是近年來(lái)的熱點(diǎn)研究?jī)?nèi)容之一。DAAO催化D-氨基酸氧化脫氫是合成相應(yīng)α-酮酸的重要途徑。例如,Orrego 等[48]以外消旋氨基酸為底物,利用霍亂弧菌(Vibrio cholera)來(lái)源的氨基酸消旋酶BsrV 將L-氨基酸轉(zhuǎn)化成D-氨基酸,后者經(jīng)TvDAAO 催化生成α-酮酸(23~25),轉(zhuǎn)化率>99%,見(jiàn)圖8。該方法的優(yōu)勢(shì)在于反應(yīng)效率高,環(huán)境友好,并且避免了使用價(jià)格昂貴的D-氨基酸作為原料。然而,相較于L-氨基酸氧化酶或氨基酸脫氨酶催化的“一步法”合成α-酮酸[49-52],該三酶體系仍然較為復(fù)雜。
圖8 DAAO催化合成α-酮酸
DAAO作為一種重要的生物催化劑,已成功用于制備7-氨基頭孢烷酸、手性氨基酸和胺類(lèi)化合物等過(guò)程?;钚灾行奶幣c底物相互作用的氨基酸殘基主要與底物的正確定向有關(guān)。目前DAAO的分子改造工作也主要基于該處關(guān)鍵氨基酸殘基的突變而展開(kāi),相關(guān)成果加深了該酶構(gòu)效關(guān)系的理解。然而,到目前為止,能夠滿(mǎn)足生物合成需求的DAAO種類(lèi)仍然相對(duì)較少,底物范圍主要集中于頭孢菌素C 和結(jié)構(gòu)較為簡(jiǎn)單的D-氨基酸及其衍生物。后續(xù)的研究工作或許可以從以下三方面展開(kāi)。
(1)挖掘具有不同底物特異性的DAAO,解析蛋白結(jié)構(gòu),結(jié)合計(jì)算化學(xué)闡明其對(duì)映體選擇性及底物識(shí)別的分子機(jī)制。
(2)基于理性設(shè)計(jì),對(duì)該類(lèi)酶進(jìn)行分子改造,以期獲得能夠催化不同非天然底物的突變體。此外,目前可用于生物催化過(guò)程的L-氨基酸氧化酶仍然稀少,如能翻轉(zhuǎn)現(xiàn)有DAAO 的對(duì)映體選擇性,使其能夠催化氧化L-氨基酸及其衍生物,必將擴(kuò)大該類(lèi)酶的應(yīng)用范圍。
(3)設(shè)計(jì)新穎的化學(xué)-酶或多酶耦合催化體系,以挖掘或改造獲得的DAAO作為催化劑,從而實(shí)現(xiàn)功能化學(xué)品生物催化合成新途徑的構(gòu)建。