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        基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)與分子對接技術(shù)探究半夏-夏枯草藥對治療高血壓的分子機(jī)制?

        2021-03-08 12:11:44張澤宇
        中國中醫(yī)急癥 2021年2期
        關(guān)鍵詞:高血壓

        張澤宇 張 芯

        (浙江中醫(yī)藥大學(xué),浙江 杭州 310053)

        近年來,我國高血壓病的患病率不斷上升[1],2017年美國心臟協(xié)會將高血壓的標(biāo)準(zhǔn)調(diào)整為≥130/80 mmHg,按此標(biāo)準(zhǔn),我國成年人高血壓的患病率或?qū)⑦_(dá)到46.4%,患病人數(shù)可能超過5億人[2]。半夏配伍夏枯草常用于高血壓病、失眠和甲狀腺功能亢進(jìn)等病癥的治療[3-5]。相關(guān)研究表明,半夏具有抗炎和保護(hù)血管內(nèi)皮的作用[6],夏枯草可通過降低血管緊張素Ⅱ和內(nèi)皮素-1等含量發(fā)揮降壓活性,且作用持久[7]。但中藥多成分多靶點的特點,仍然是系統(tǒng)研究半夏-夏枯草藥對藥效物質(zhì)和作用機(jī)制的一大困難。

        網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)通過構(gòu)建“藥物-靶點-疾病”的相關(guān)網(wǎng)絡(luò),可以分析出中藥的成分與疾病多靶點之間的相互作用,從而在整體上預(yù)測其活性成分及作用機(jī)制[8]。分子對接技術(shù)是通過計算機(jī)模擬,預(yù)測靶點與藥物分子之間的結(jié)合模式與親和力的一種方法[9]。本文將通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué),篩選出半夏-夏枯草藥對的作用靶點,通過聚類分析預(yù)測其核心化合物,進(jìn)而使用分析軟件對靶點進(jìn)行信號通路分析與分子對接研究,預(yù)測治療高血壓的作用機(jī)制,為其治療高血壓的臨床和實驗研究提供參考。

        1 資料與方法

        1.1 半夏-夏枯草藥對活性成分和作用靶點獲取 利用 TCMSP 數(shù) 據(jù) 庫(http://tcmspw.com/tcmspsearch.php),以“半夏”“夏枯草”作為關(guān)鍵詞,設(shè)置口服生物利用度(OB)≥30%,類藥性(DL)≥0.18,篩選半夏-夏枯草藥對所含化合物成分并獲取其作用靶點。

        1.2 半夏-夏枯草藥對高血壓相關(guān)靶點的收集 通過 genecards數(shù)據(jù)庫(https://www.genecards.org/),以“Hypertension”作為關(guān)鍵詞進(jìn)行檢索,將所得靶點根據(jù)Relevance score值降序排列,選取前400個作為疾病靶點。并用Venn工具將其與半夏-夏枯草藥對作用靶點進(jìn)行交集比對,得到“藥物-疾病”共同作用靶點。

        1.3 化合物-靶點網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建 通過Cytoscape 3.7.2軟件構(gòu)建“藥物-化合物-靶點”網(wǎng)絡(luò),將其作用關(guān)系進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋵W(xué)分析并可視化。以靶點度值(Degree)和中介中心度(betweenness centrality)評價半夏-夏枯草藥對有效成分及靶點的重要程度,從而探究半夏-夏枯草藥對中所含化合物的藥理作用機(jī)制。

        1.4 蛋白互作(PPI)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建 用UniProt(https://www.uniprot.org/)數(shù)據(jù)庫將“藥物-疾病”共同作用靶點的靶點名稱轉(zhuǎn)換為基因名稱,并將基因名稱上傳至STRING11.0(https://string-db.org/),輸出PPI蛋白互作網(wǎng) 絡(luò) 圖(protein protein interaction network,PPI net?work),根據(jù)分析結(jié)果統(tǒng)計靶點蛋白關(guān)聯(lián)頻次,獲取蛋白互作信息進(jìn)行研究,篩選出核心靶點。

        1.5 KEGG通路富集分析 利用Bioconductor數(shù)據(jù)庫(https://www.bioconductor.org/)對核心靶點進(jìn)行京都基因與基因組百科全書(Kyoto Enclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析并將結(jié)果可視化。

        1.6 成分-靶點分子對接 將靶點蛋白和化合物分子的pdb文件用AutoDockTools處理后保存為pdbqt格式的文件備用。將處理好的化合物與靶點蛋白,載入AutoDock Vina進(jìn)行對接,使用Pymol,Ligplus軟件對結(jié)果進(jìn)行分析與可視化。

        1.7 “成分-靶點-通路”網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建 取KEGG通路富集分析結(jié)果中排名前20的通路,結(jié)合文獻(xiàn),篩選出7條與高血壓相關(guān)的通路。將活性成分、靶點、通路導(dǎo)入Cytoscape 3.7.2軟件,得到“成分-靶點-通路”網(wǎng)絡(luò)圖。

        2 結(jié)果

        2.1 半夏-夏枯草藥對活性成分的篩選結(jié)果 見表1。根據(jù)設(shè)置的篩選條件,在TCMSP數(shù)據(jù)庫中篩選出半夏的活性成分11個,夏枯草的活性成分11個。β-谷甾醇,植物甾醇為兩者共同活性成分。

        表1 半夏-夏枯草藥對的活性成分

        2.2 半夏-夏枯草藥對治療高血壓的靶點預(yù)測 利用genecards數(shù)據(jù)庫對高血壓靶點進(jìn)行檢索和排序篩選,最終得到400個與高血壓相關(guān)的靶點,通過Venny工具與半夏-夏枯草藥對中活性成分作用靶點進(jìn)行交集比對,得到半夏-夏枯草藥對治療高血壓的“藥物-疾病”共同作用靶點54個,即為半夏-夏枯草藥對治療高血壓的潛在靶點。圖1為“藥物-疾病”的韋恩圖;表2為靶點信息。

        表2 半夏-夏枯草藥對治療高血壓的潛在靶點信息表

        圖1 半夏-夏枯草藥對靶點與高血壓靶點的韋恩圖

        2.3 “藥物-化合物-靶點”相互作用網(wǎng)絡(luò) “藥物-化合物-靶點”網(wǎng)絡(luò)總共含有454條邊和211個節(jié)點,其中包括2個藥物節(jié)點、20個化合物節(jié)點(其中β-谷甾醇,植物甾醇為共同活性成分)、189個靶點節(jié)點,如圖2所示。

        圖2 半夏-夏枯草藥對“藥物-化合物-靶點”網(wǎng)絡(luò)

        2.4 潛在靶點蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)分析 基于蛋白與蛋白之間相互作用關(guān)系,利用STRING數(shù)據(jù)庫構(gòu)建半夏-夏枯草藥對潛在靶點蛋白的PPI網(wǎng)絡(luò)圖(見圖3)。得到的PPI網(wǎng)絡(luò)包含54個節(jié)點,741條邊,平均Degree為27.4。根據(jù)節(jié)點的Degree值大小繪制出30個關(guān)鍵靶點蛋白節(jié)點的條形圖(見圖4)。其中白細(xì)胞介素-6(IL-6)、蘇氨酸蛋白激酶(Akt1)、腫瘤壞死因子(TNF)的度值(Degree=48/45/44)較其他靶點蛋白高,說明這3個靶點在網(wǎng)絡(luò)中發(fā)揮了關(guān)鍵的作用,是連通網(wǎng)絡(luò)中其他靶點蛋白的橋梁。

        圖3 半夏-夏枯草藥對潛在蛋白靶點的相互作用網(wǎng)絡(luò)

        圖4 半夏-夏枯草藥對治療高血壓的STRING網(wǎng)絡(luò)關(guān)鍵靶點(排名前30)

        2.5 分子對接結(jié)果與分析 利用AutoDock Vina軟件,對靶點相互作用網(wǎng)絡(luò)中degree值最大的3個靶點蛋白(IL-6、Akt1、TNF)與半夏-夏枯草藥對中的4個相關(guān)活性成分進(jìn)行分子對接,對接結(jié)果見表4,最低結(jié)合能表示化合物與靶點蛋白具的結(jié)合能力,結(jié)合能越小,代表兩者結(jié)合的越好[10]。圖5表示3個靶點蛋白與其各自對應(yīng)活性化合物對接最好的組合,其中包括IL-6與 luteolin,Akt1與 luteolin,TNF與 quercetin。對接結(jié)果說明了半夏-夏枯草藥對中活性成分和靶點蛋白之間具有良好的結(jié)合能力。

        表3 靶點蛋白與活性化合物的對接結(jié)果

        圖5 IL-6與luteolin,Akt1與luteolin,TNF與quercetin的結(jié)合模式

        2.6 KEGG通路富集結(jié)果與分析 利用Bioconductor數(shù)據(jù)庫對“藥物-疾病”共同作用靶點進(jìn)行KEGG通路富集分析并將分析結(jié)果轉(zhuǎn)化為氣泡圖。KEGG通路富集分析(圖6)提示,糖尿病并發(fā)癥中晚期糖基化終產(chǎn)物-糖基化終產(chǎn)物受體信號通路(AGE-RAGE signal?ing pathway in diabetic complications),流體剪切力與動脈粥樣硬化(Fluid shear stress and atherosclerosis),腫瘤壞死因子信號通路(TNF signaling pathway),白細(xì)胞介素-17信號通路(IL-17 signaling pathway)等信號通路與高血壓的聯(lián)系更為密切。

        圖6 半夏-夏枯草藥對潛在靶點的KEGG通路富集分析

        2.7 “成分-靶點-通路”網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建與分析 將半夏-夏枯草藥對治療高血壓的活性成分,靶點蛋白,分析篩選出的相關(guān)信號通路導(dǎo)入Cytoscape3.7.2軟件,構(gòu)建“成分-靶點-通路”網(wǎng)絡(luò)圖,將3者的關(guān)系可視化(見圖7)。圖中共有51個節(jié)點,149條邊。“成分-靶點-通路”網(wǎng)絡(luò)圖體現(xiàn)了中藥治療疾病,具有多成分、多靶點、多通路的特點,作用機(jī)制復(fù)雜。

        圖7 半夏-夏枯草藥對“藥物-成分-靶點-通路”網(wǎng)絡(luò)

        3 討論

        中醫(yī)學(xué)將高血壓歸于“眩暈”的范疇。朱丹溪在歷代醫(yī)家認(rèn)識的基礎(chǔ)上提出“無痰不作?!钡牟C(jī)理念,指出“眩暈屬痰者居多,蓋無痰不能作眩也”[11]。高血壓的證候研究結(jié)果顯示其證候以肝陽上亢為主,兼夾痰濁、痰熱、血瘀等[12]。半夏化痰散結(jié),夏枯草清熱瀉火、化痰散結(jié),兩藥配伍共奏清熱、化痰、散結(jié)之功效,與高血壓的主要證候良好契合。

        本研究搜集了半夏-夏枯草藥對治療高血壓的活性成分共計20個,其中槲皮素、山柰酚等具有治療高血壓的相關(guān)作用。根據(jù)文獻(xiàn)記載,槲皮素能夠抑制血管緊張素轉(zhuǎn)換酶的活性,改善內(nèi)皮血管舒張[13],山柰酚可以增強(qiáng)血管內(nèi)皮的非依賴性和依賴性舒張[14]。

        PPI網(wǎng)絡(luò)顯示,半夏-夏枯草藥對的活性成分主要通過作用于IL-6、Akt1、TNF 3個靶點發(fā)揮治療高血壓的作用。靶點蛋白IL-6在血管內(nèi)的炎癥反應(yīng)與免疫反應(yīng)中起著關(guān)鍵的介導(dǎo)作用,能促進(jìn)血管平滑肌細(xì)胞DNA的合成及增殖,與原發(fā)性高血壓有著密切的關(guān)系[15]。在特發(fā)性肺動脈高壓中,Akt1信號聯(lián)級參與遠(yuǎn)端肺動脈平滑肌細(xì)胞的增殖與遷移增強(qiáng),具有無效Akt1編碼基因的小鼠患有肺動脈高壓的概率很低,Akt1活性強(qiáng)弱影響著特發(fā)性肺動脈高壓的發(fā)?。?6]。在原發(fā)性高血壓的發(fā)病機(jī)制中,TNF-α通過細(xì)胞毒作用,導(dǎo)致血管內(nèi)皮功能障礙,TNF-α影響著機(jī)體對血壓的控制[15-17]。分子對接結(jié)果顯示,半夏-夏枯草藥對的活性成分與IL-6、Akt1、TNF有很好的親和力,半夏-夏枯草藥對所含化合物治療高血壓的生物活性需要進(jìn)一步實驗驗證。

        通過分析預(yù)測出的靶點和通路發(fā)現(xiàn)半夏-夏枯草藥對治療高血壓,主要是通過影響晚期糖基化終產(chǎn)物-糖基化終產(chǎn)物受體(AGEs、RAGE)信號通路、腫瘤壞死因子(TNF)信號通路等發(fā)揮作用。AGE與RAGE的相互作用,可能通過影響血管平滑肌細(xì)胞的增殖誘導(dǎo)血管肥厚,進(jìn)而導(dǎo)致肺動脈高壓的發(fā)生[18]。文獻(xiàn)記載,較高的血流剪切力利于維持正常的血管內(nèi)皮功能,減少內(nèi)皮損傷因子分泌,保護(hù)血管內(nèi)膜,有效防止高血壓的發(fā)生[19]。腫瘤壞死因子可引起血管內(nèi)皮損傷、促進(jìn)血管平滑肌細(xì)胞的增殖、誘導(dǎo)IL-6的表達(dá)和釋放,在高血壓的發(fā)生發(fā)展中扮演重要角色[20]。有研究證明,IL-17的過表達(dá)將誘導(dǎo)全身內(nèi)皮功能障礙與動脈高壓[21]。

        本研究利用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和分子對接方法,預(yù)測分析半夏-夏枯草藥對的活性化合物、抗高血壓的分子機(jī)制并發(fā)掘了潛在的治療靶點,以期為下一步實驗研究提供參考。

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