婁永峰,高志民
(1. 江西省林業(yè)科學(xué)院 江西省植物生物技術(shù)重點實驗室,江西 南昌 330032;2. 國際竹藤中心 竹藤資源基因科學(xué)與基因產(chǎn)業(yè)化研究所 國家林業(yè)和草原局/北京市共建竹藤科學(xué)與技術(shù)重點開放實驗室,北京 100102)
綠色植物吸收光能主要依靠捕光色素蛋白復(fù)合體(light harvesting complex,LHC)完成,該復(fù)合體由LHC基因家族編碼的蛋白結(jié)合葉綠素和類胡蘿卜素組成,而這些LHC基因的表達是受光照調(diào)控的。強光可以抑制LHC基因的轉(zhuǎn)錄表達,同時能誘導(dǎo)一些本身具有光保護功能的LHC-Like基因表達,例如強光下OHPs(one helix proteins)、SEPs(stress enhanced proteins)和ELIPs(early light induced proteins)基因的表達增加[1?2]。ELIPs是核基因編碼的受光誘導(dǎo)的葉綠體類囊體膜蛋白,最早發(fā)現(xiàn)于豌豆Pisum sativum黃化苗轉(zhuǎn)綠過程。在此過程中ELIPs比其他的光誘導(dǎo)蛋白出現(xiàn)的更早,并在光合細胞器葉綠體發(fā)育完全后迅速消失[3?4]。ELIPs在蛋白結(jié)構(gòu)上高度保守,目前已知的所有ELIPs都有3個α-螺旋跨膜結(jié)構(gòu),其中螺旋Ⅰ和螺旋Ⅲ與光系統(tǒng)中所有捕光葉綠素a/b結(jié)合蛋白相應(yīng)部位有很高的序列同源性,因此ELIP蛋白被歸入葉綠素a/b結(jié)合蛋白超家族,并根據(jù)其跨膜螺旋數(shù)量分為3個亞組[2,5]。目前,已經(jīng)在擬南芥Arabidopsis thaliana[6]、葡萄Vitis vinifera[7]、紫花苜蓿Medicago sativa[8]、銀杏Ginkgo biloba[9]等多種植物中克隆鑒定獲得了ELIP基因。有關(guān)ELIP蛋白基因功能的研究也越來越得到研究者的重視。ELIPs是在有光的情況下產(chǎn)生的,在類囊體色素-蛋白質(zhì)復(fù)合物的光保護或組裝中起作用,也可在葉綠體到有色體的轉(zhuǎn)換中發(fā)揮作用,對光合作用系統(tǒng)起到光修復(fù)作用[10?12]。一些ELIP基因在山墻蘚Tortula ruralis中被干旱激活[13],在豌豆中能被紫外線B波段(UV-B)激活[14],在小麥Triticum aestivum中被低溫激活[15]。推測ELIPs除了具有光保護功能外,可能具有適應(yīng)與光抑制有關(guān)的非生物脅迫環(huán)境的功能[16]。此外,在擬南芥中發(fā)現(xiàn),AtELIP1和AtELIP2基因的缺失會使其種子萌發(fā)率下降,且ELIP蛋白的抑制因子DAG1突變后,擬南芥種子萌發(fā)率則高于野生型,表明ELIP蛋白具有促進種子萌發(fā)的作用[17]??梢奅LIPs在多種生理過程中可能具有重要作用。毛竹Phyllostachys edulis是重要的森林資源,生長迅速,材質(zhì)優(yōu)良,其光合作用一直倍受關(guān)注。人們已從竹子光合作用生理特性[18?19]、分子機理[20?25]等方面進行了大量研究。然而,對于毛竹的ELIPs尚缺乏研究。本研究以毛竹為研究對象,克隆ELIP基因,全面分析它的分子特征及表達模式,構(gòu)建了PeELIP3表達載體并轉(zhuǎn)化模式植物擬南芥,對基因功能進行了初步分析,以期為深入研究ELIP基因在竹子光保護中的生物學(xué)功能提供參考。
以實驗室培養(yǎng)的毛竹實生苗為材料。培養(yǎng)條件:溫度為18~25 ℃,光周期為16 h/8 h,光照強度為250~350 μmol·m?2·s?1,待長至 6個月時進行光照處理。光強處理:將毛竹實生苗在黑暗適應(yīng) 24 h后分別移至于不同的光照強度 (0、300、600、900、1 200 和 1 500 μmol·m?2·s?1)下,處理 2 h 后取樣。強光處理:將毛竹實生苗置于 1 200 μmol·m?2·s?1的強光下,分別在處理后 0、0.5、1.0、2.0、4.0、8.0和12.0 h時取樣。黃化苗處理:在黑暗條件下培養(yǎng)毛竹實生黃化苗,待長至1個月時,將毛竹黃化苗放置在 250~350 μmol·m?2·s?1的光照下進行處理,分別在處理后 0、0.5、1.0、4.0 和 8.0 h 取樣,并以室內(nèi)正常光照 (250~350 μmol·m?2·s?1)條件下生長的毛竹實生苗為對照 (ck)。3 次重復(fù),每次重復(fù)的每個處理4~6株毛竹實生苗,所有處理均取苗頂端第3片葉為樣本,液氮速凍后置于?80 ℃保存?zhèn)溆谩?/p>
從前期毛竹基因組測序和RNA-Seq結(jié)果[22,26]中篩選出與擬南芥ELIPs相似的基因,暫時將其認定為毛竹ELIP基因,并根據(jù)其序列設(shè)計特異性擴增引物(表1),進行目的基因擴增。利用Trizol法提取毛竹葉片的總RNA,并使用反轉(zhuǎn)錄試劑盒(Promage,美國)合成cDNA作為模板。PCR產(chǎn)物經(jīng)瓊脂糖凝膠DNA回收試劑盒完成回收,然后連接到pGEM-T easy Vector,轉(zhuǎn)化大腸埃希菌Escherichia coliDH5α感受態(tài)細胞,篩選陽性克隆,在生工生物工程(上海)股份有限公司進行基因測序。
表1 引物序列Table 1 Sequence of primers
對克隆獲得的基因及其編碼的氨基酸序列進行分析,其中編碼蛋白的基本理化性質(zhì)通過ExPasy(http://www.expasy.org/)在線工具獲取,相應(yīng)功能結(jié)構(gòu)域分析使用美國國家生物信息中心(NCBI)鏈接的在線數(shù)據(jù)庫CD Search (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi);利用Plant-mPLoc (http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/plant/#)和WoLF PSORT (https://www.genscript.com/psort/wolf_psort.html)預(yù)測亞細胞定位。此外,利用MEGA 7.0[27]提供的Clustal W工具對毛竹ELIP基因編碼的氨基酸序列與其他物種ELIPs序列進行比對分析,且使用鄰接法(neighbor-joining)構(gòu)建系統(tǒng)進化樹,重復(fù)次數(shù)1 000次,其他參數(shù)使用系統(tǒng)默認值。
根據(jù)獲得的毛竹ELIP基因序列的非保守區(qū)域設(shè)計定量引物(表1)。利用qRT-PCR技術(shù)分析毛竹ELIP基因在不同光照處理條件下的表達模式,反應(yīng)在qTower熒光定量PCR儀上進行,體系為10.0 μL:2 × SYBR Ⅱ Green 1 Master 5.0 μL;正/反向引物各 0.3 μL (10 μmol·L?1);cDNA 模板 1.0 μL;H2O 3.4 μL。兩步法進行PCR擴增:95 ℃ 6 min;95 ℃ 10 s,62 ℃ 10 s,40個循環(huán)。選擇PeNTB為內(nèi)參基因[28],基因的表達變化情況采用 2–ΔΔCt法分析[29]。
通過PCR擴增得到兩端分別帶有BamHⅠ和XbaⅠ酶切位點的PeELIP3基因片段,酶切回收純化后,將目的片段連接到pCAMBIA1301載體的多克隆位點,得到重組質(zhì)粒pCAMBIA1301-PeELIP3。經(jīng)測序驗證正確后,將植物表達載體質(zhì)粒利用電擊法導(dǎo)入農(nóng)桿菌Agrobacterium tumefaciensEHA105菌株,并經(jīng)PCR驗證正確后用于轉(zhuǎn)化擬南芥。
利用農(nóng)桿菌介導(dǎo)的浸花法[30]轉(zhuǎn)化擬南芥,獲得的T0代擬南芥種子經(jīng)消毒后播種在含50 mg·L?1潮霉素的1/2 MS培養(yǎng)基中培養(yǎng),初步挑選出具有抗性的轉(zhuǎn)基因植株,并移栽到營養(yǎng)土中。提取T1代候選轉(zhuǎn)基因植株的DNA,經(jīng)PCR擴增PeELIP3基因序列,進一步鑒定轉(zhuǎn)基因植株。在此基礎(chǔ)上,篩選轉(zhuǎn)基因植株至T3代,進行后續(xù)分析。同時,利用半定量RT-PCR檢測PeELIP3在轉(zhuǎn)基因擬南芥中的表達水平[23]。
參照韓志國等[31]方法,以3周的擬南芥植株為材料,利用IMAGING-PAM葉綠素?zé)晒鈨x進行葉綠素?zé)晒鈪?shù)的測定,包括光系統(tǒng)Ⅱ最大光化學(xué)效率(Fv/Fm)、非光化學(xué)猝滅(NPQ)誘導(dǎo)曲線等。同時獲取擬南芥的葉綠素?zé)晒獬上?,分析野生型與轉(zhuǎn)基因擬南芥植株之間的非光化學(xué)猝滅差異。
經(jīng)基因克隆、測序、序列分析和鑒定,從毛竹中獲得3個ELIP同源基因,分別命名為PeELIP1、PeELIP2和PeELIP3。序列分析表明:3個PeELIPs基因的開放閱讀框分別為498、540和549 bp,對應(yīng)編碼氨基酸大小分別為165、179和182個氨基酸,預(yù)測蛋白分子量為16.70、18.42和18.61 kDa。用DNAMAN分析3個PeELIPs基因編碼的氨基酸序列,發(fā)現(xiàn)它們相互之間具有高度的相似性(80%以上),其中PeELIP2和PeELIP3之間達到91.1%。分別對3個PeELIPs蛋白的保守結(jié)構(gòu)域進行預(yù)測,結(jié)果顯示:它們的蛋白序列中都含有典型的捕光葉綠素a/b結(jié)合蛋白功能域,同時在該結(jié)構(gòu)上都有3個α-螺旋跨膜結(jié)構(gòu),其中第1、3跨膜α-螺旋高度保守,且包括2個葉綠素結(jié)合位點:谷氨酸(Glu)殘基和天冬酰胺(Asn)殘基(圖1),這一結(jié)構(gòu)域是捕光葉綠素a/b結(jié)合蛋白的典型結(jié)構(gòu)域[1,5]。因此,3個PeELIPs均屬于葉綠素a/b結(jié)合蛋白超家族成員。序列比對分析發(fā)現(xiàn):3個PeELIPs與水稻Oryza sativa、玉米Zea mays等單子葉植物的ELIPs具有較高的相似性,同源性達72%以上,而與擬南芥等雙子葉植物的ELIPs相似性較低,同源性低于67%。
用Plant-PLoc在線軟件進行亞細胞定位預(yù)測顯示:PeELIP1和PeELIP2蛋白定位于葉綠體,而PeELIP3蛋白則定位在線粒體中。為了使預(yù)測結(jié)果更加準(zhǔn)確,使用蛋白亞細胞定位預(yù)測專業(yè)軟件WoLF PSORT在線對PeELIPs蛋白再次進行預(yù)測,結(jié)果顯示:PeELIP1、PeELIP2和PeELIP3都最有可能定位于葉綠體中,進一步支持了它們屬于葉綠素a/b結(jié)合蛋白超家族成員。
圖1 毛竹與擬南芥、水稻、玉米的ELIPs氨基酸序列比對Figure 1 Alignment of the deduced amino acid sequences of ELIPs from Ph. edulis, A. thaliana, O. sativa and Z. mays
為揭示PeELIPs與其他物種ELIPs之間的進化關(guān)系,將PeELIPs與擬南芥、水稻、小立碗蘚Physcomitrellapatens等18個不同物種ELIPs的氨基酸序列進行比對分析,并構(gòu)建進化樹。結(jié)果(圖2)表明:ELIPs進化可分為四大類,包括被子植物(雙子葉植物和單子葉植物)、藻類、苔蘚及裸子植物。毛竹ELIPs與水稻、玉米等單子葉植物ELIPs聚在一起,說明毛竹ELIPs與單子葉植物ELIPs蛋白具有較近的親緣關(guān)系,然后是雙子葉植物,與裸子植物、苔蘚植物及藻類家族的親緣關(guān)系較遠,這與植物系統(tǒng)發(fā)育分類結(jié)果相一致。
圖2 基于ELIPs氨基酸序列構(gòu)建的系統(tǒng)進化樹Figure 2 Phylogenetic tree based on the amino acid sequences of ELIPs
為分析光照對PeELIPs基因表達的影響,選擇毛竹實生苗中的黃化苗為材料,進行光照處理(光照強度 250~350 μmol·m?2·s?1),以綠色正常苗為對照 (ck)。qRT-PCR 結(jié)果 (圖3)顯示:PeELIPs在毛竹黃化苗中僅檢測到微量的表達,而在光照條件處理后黃化苗中3個PeELIPs的基因表達量均顯著增加,其中PeELIP1和PeELIP2的表達量在光照處理的前1.0 h內(nèi)快速增加,分別在0.5和1.0 h達峰值,與未光照處理的黃化苗相比,分別增加約21倍和58倍,隨后出現(xiàn)下降趨勢,至8.0 h時仍然高于ck,分別約為ck的2倍和4倍。而PeELIP3的表達量隨光照處理時間的延長而上升,在4.0 h以后逐漸趨向平穩(wěn),在光照8.0 h后,其表達量約是對照的12倍,是黃化苗的20倍。
圖3 PeELIPs在毛竹黃化苗中的表達分析Figure 3 Expression analysis of PeELIPs in etiolated seedlings of moso bamboo
為進一步研究光照對PeELIPs基因表達的影響,選擇不同光照強度(0、300、600、900、1 200和1 500 μmol·m?2·s?1)處理正常生長的毛竹實生苗葉片,檢測其中PeELIPs的表達情況。qRT-PCR結(jié)果(圖4)顯示:隨著光照強度增加,PeELIPs的表達量均比對照 (0 h)增加,經(jīng) 1 500 μmol·m?2·s?1的光強處理2 h后,PeELIP1、PeELIP2和PeELIP3的表達量分別約是光照處理前的22、18和13倍,約是正常培養(yǎng)條件 (300 μmol·m?2·s?1)下的 7、9 和 12 倍。在強光條件 (1 200 μmol·m?2·s?1)下,隨著處理時間的延長,PeELIPs的表達量都是先快速上升,隨后變化不大,整體趨向平穩(wěn)(圖5)。毛竹黃化苗和正常苗中PeELIPs在不同光照強度、不同處理時間的表達變化表明,PeELIPs基因的表達受光照的誘導(dǎo),且在光照初期的表達變化更為明顯,進一步說明了PeELIPs編碼的蛋白符合光早期誘導(dǎo)表達蛋白的特點。
圖4 不同光照強度處理下PeELIPs的表達分析Figure 4 Expression analysis of PeELIPs under different light intensity
圖5 強光 (1 200 μmol·m?2·s?1)脅迫下 PeELIPs的表達分析Figure 5 Expression profile analysis of PeELIPs under high light stress(1 200 μmol·m?2·s?1)
為驗證PeELIPs基因的功能,選擇其中1個基因PeELIP3構(gòu)建了表達植物載體pCAMBIA1301-PeELIP3。將pCAMBIA1301-PeELIP3重組質(zhì)粒通過農(nóng)桿菌介導(dǎo)轉(zhuǎn)化野生型擬南芥(Col-0),通過抗性篩選出的T1代擬南芥經(jīng)基因組PCR和半定量RT-PCR鑒定,結(jié)果(圖6A)顯示:獲得的10個抗性轉(zhuǎn)基因擬南芥中6個株系(L2、L3、L4、L7、L8和L9)可檢測到PeELIP3基因片段,而野生型擬南芥中沒有檢測到。隨后對6個轉(zhuǎn)基因株系繼續(xù)進行培養(yǎng),至T3代不分離后通過半定量RT-PCR進一步檢測。結(jié)果(圖6B)發(fā)現(xiàn):PeELIP3基因在6個株系中均得到了表達,其中L3、L4、L8和L9株系中的表達量略高于L2和L7。這表明:PeELIP3基因已成功導(dǎo)入擬南芥中并得到轉(zhuǎn)錄表達,但不同株系中的表達量存在一定的差異。正常培養(yǎng)條件下,PeELIP3過量表達沒有引起轉(zhuǎn)基因擬南芥植株表型的變化。
圖6 PeELIP3轉(zhuǎn)基因擬南芥PCR鑒定(A)及表達檢測(B)Figure 6 Detection of transgenic Arabidopsis by PCR (A) and expression analysis of PeELIP3 in transgenic lines (B)
強光處理野生型和各轉(zhuǎn)基因株系擬南芥,結(jié)果(圖7)發(fā)現(xiàn):經(jīng)過4.0 h用1 200 μmol·m?2·s?1的強光處理后,野生型和轉(zhuǎn)基因擬南芥的Fv/Fm都迅速下降,但兩者的下降幅度存在顯著差異,其中野生型擬南芥的Fv/Fm下降43.8%,而轉(zhuǎn)基因擬南芥植株的下降幅度明顯低于野生型擬南芥,僅下降25.1%~35.4%。由此表明:1 200 μmol·m?2·s?1強光處理后野生型和各轉(zhuǎn)基因擬南芥均受到了脅迫,但過量表達PeELIP3可降低轉(zhuǎn)基因擬南芥受強光脅迫的光抑制,以減緩Fv/Fm的下降程度。
圖7 強光 (1 200 μmol·m?2·s?1)對 PeELIP3 轉(zhuǎn)基因擬南芥Fv/Fm的影響Figure 7 Effect of high light (1 200μmol·m?2·s?1) on Fv/Fm of PeELIP3 transgenic Arabidopsis
對PeELIP3轉(zhuǎn)基因植株進行了非光化學(xué)猝滅成像和誘導(dǎo)+弛豫動力學(xué)分析。非光化學(xué)猝滅成像結(jié)果顯示:在 185 μmol·m?2·s?1的光強下,野生型和轉(zhuǎn)基因擬南芥植株的非光化學(xué)猝滅成像均顯示為黃色(圖8A),當(dāng)光強增加至925 μmol·m?2·s?1時,兩者的非光化學(xué)猝滅成像均轉(zhuǎn)變成青藍色(圖8B)。這說明在弱光或強光下,野生型和轉(zhuǎn)基因擬南芥植株間的非光化學(xué)猝滅沒有明顯差異。同時,隨機選取2個株系(L3和L7)進行非光化學(xué)猝滅誘導(dǎo)+弛豫動力學(xué)曲線分析。結(jié)果表明:在不同的活化光(弱光和強光)下,野生型與轉(zhuǎn)基因擬南芥植株的非光化學(xué)猝滅誘導(dǎo)+弛豫動力學(xué)曲線沒有明顯差異,即185 μmol·m?2·s?1活化光下,野生型和轉(zhuǎn)基因擬南芥的非光化學(xué)猝滅系數(shù)變化趨勢都是先快速上升到達峰值,然后開始下降(圖8C);當(dāng)活化光光強設(shè)置為925 μmol·m?2·s?1時,兩者的非光化學(xué)猝滅系數(shù)都是迅速上升,短時間內(nèi)到達峰值,然后保持平穩(wěn)(圖8D)。在關(guān)閉活化光,進入暗弛豫后,兩者的非光化學(xué)猝滅系數(shù)都在約5 min內(nèi)快速弛豫(圖8C和圖8D)。以上結(jié)果表明:PeELIP3基因不影響轉(zhuǎn)基因植株的非光化學(xué)猝滅,可能未參與熱耗散相關(guān)的光保護途徑。
圖8 PeELIP3轉(zhuǎn)基因擬南芥非光化學(xué)猝滅分析Figure 8 Analysis of NPQ in PeELIP3 transgenic Arabidopsis
早期光誘導(dǎo)蛋白是核編碼的葉綠體蛋白,在植物中廣泛分布。但不同植物間編碼ELIPs的基因數(shù)量存在較大差異,部分植物僅含有1個ELIP基因,如豌豆[14]和紫花苜蓿[8],而茶樹Camellia sinensis[32]、番紅花Crocus sativus[33]、杜鵑Rhododendron catawbiense[34]等部分植物中則有 2~7個差異表達的ELIPs基因。本研究從毛竹中克隆得到了3個PeELIPs,它們分別編碼的蛋白之間具有較高的相似性,均包含葉綠素a/b結(jié)合的結(jié)構(gòu)域,屬于捕光葉綠素a/b結(jié)合蛋白超家族成員。此外,PeELIPs蛋白與水稻、玉米等單子葉植物的ELIPs蛋白同源性較高,聚類在一個分支,但與苔蘚植物和藻類的同源性相對偏低,這說明不同物種ELIPs蛋白存在較大差異。被子植物(雙子葉和單子葉植物)、苔蘚植物和藻類各自聚在一起,這表明ELIPs蛋白在相同進化等級的物種間相對比較保守,與物種的進化相一致。
大量研究結(jié)果表明:光照、溫度、干旱等非生物脅迫影響ELIP基因表達調(diào)控。例如,17個旋蒴苣薹Boea hygrometricaELIP基因中有7個基因受到干旱處理誘導(dǎo)[35],紫花苜蓿MsELIPs和杜鵑RcELIPs在低溫脅迫中基因表達量增加[8,34]。光照是誘導(dǎo)ELIP基因表達的主要因素。本研究中,毛竹黃化苗光照處理過程中,PeELIPs的表達量快速增加,在前1 h中達到頂峰,然后出現(xiàn)下降。這與番茄ELIP基因在其黃化苗轉(zhuǎn)綠過程中的表達模式類似[36]。此外,3個毛竹PeELIPs的表達量都隨著光照強度增加而上調(diào),這表明光照誘導(dǎo)毛竹PeELIPs表達,其表達模式與擬南芥AtELIP1和AtELIP2[6]、葡萄VvELIP[7]、銀杏GbELIP[9]基因類似。
研究[11]表明:擬南芥chaos突變體因為不能快速積累ELIPs蛋白,對強光和低溫十分敏感,在強光脅迫下擬南芥chaos突變體植株葉片白化,表現(xiàn)出明顯的光氧化現(xiàn)象,但將擬南芥ELIP基因在chaos突變體中組成性表達后,轉(zhuǎn)基因擬南芥的強光耐受性又恢復(fù)到野生型狀態(tài),這表明ELIP蛋白具有光保護功能。鹽藻Dunaliella salinaDsCBR基因轉(zhuǎn)化擬南芥elip突變體后,轉(zhuǎn)基因擬南芥的強光耐受性提高到野生水平,這表明DsCBR基因與其高等植物ELIP基因同樣具有光保護功能[37]。過量表達PeELIP3基因可減緩轉(zhuǎn)基因擬南芥在強光脅迫下Fv/Fm的下降幅度,這表明PeELIP3可降低轉(zhuǎn)基因擬南芥在強光脅迫中的光抑制程度,具有一定的光保護作用。另外,PeELIP1和PeELIP2的功能如何,有待深入研究。
熱耗散過剩光能是植物重要的光保護途徑,而葉綠素?zé)晒鈪?shù)非光化學(xué)猝滅系數(shù)能反映植物耗散過剩光能的能力,即光保護能力[38]。本研究中過表達PeELIP3基因不影響轉(zhuǎn)基因擬南芥植株的非光化學(xué)猝滅,表明PeELIP3可能未參與非光化學(xué)猝滅的熱耗散光保護途徑。ELIPs光保護功能可能與其作為色素臨時載體有關(guān),強光脅迫下能加劇葉綠素結(jié)合蛋白的破壞,產(chǎn)生游離的葉綠素,而其容易被光敏化,形成葉綠素三聚體,葉綠素三聚體則與氧分子反應(yīng)形成單線態(tài)氧,進而發(fā)生光氧化破壞,ELIP蛋白通過與葉綠素的短暫結(jié)合,防止游離葉綠素的積累,從而防止光氧化脅迫[11,39]。同時,ELIP蛋白作為葉綠素傳感器可調(diào)控葉綠素合成防止過多游離態(tài)葉綠素的積累[40]。因此,毛竹PeELIP3基因在光保護中的作用機制需要更多的研究去驗證。