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        2021年世界衛(wèi)生組織中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤分類(第五版)分子診斷指標(biāo)解讀

        2021-02-10 06:20:56劉幸陳慧媛鄒婉婧李桂林
        關(guān)鍵詞:彌漫性膠質(zhì)瘤甲基化

        劉幸 陳慧媛 鄒婉婧 李桂林

        隨著病理學(xué)的發(fā)展和病理檢測(cè)技術(shù)的進(jìn)步,尤其是第二代測(cè)序技術(shù)(NGS)、全基因組甲基化測(cè)序(WGBS)等組學(xué)技術(shù)的提高,腫瘤遺傳背景和發(fā)生發(fā)展機(jī)制逐漸清晰。越來越多的分子生物學(xué)標(biāo)志物被證實(shí)在中樞神經(jīng)系統(tǒng)(CNS)腫瘤分類、分型、分級(jí)、治療和預(yù)后方面發(fā)揮重要作用。2016年世界衛(wèi)生組織(WHO)中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤分類第四版修訂版(以下簡(jiǎn)稱第四版修訂版)首次在組織學(xué)形態(tài)的基礎(chǔ)上引入分子表型,提出整合診斷的理念,旨在提高病理診斷的客觀性和可重復(fù)性,完善個(gè)體化管理流程,促進(jìn)臨床試驗(yàn)、基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)和流行病學(xué)研究的開展,并為優(yōu)化資源配置、制定政策提供支持[1-2]。然而,第四版修訂版是組織病理學(xué)和分子病理學(xué)整合后的首次嘗試,許多暫定的腫瘤實(shí)體仍待進(jìn)一步研究[2-3]。經(jīng)過5年的實(shí)踐和完善,2021年WHO中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤分類(第五版,以下簡(jiǎn)稱新版腫瘤分類)在整合最新研究進(jìn)展與中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤分子信息與分類實(shí)踐聯(lián)盟-非WHO官方組織(cIMPACT-NOW)7次更新的基礎(chǔ)上,制定新的腫瘤分類體系和分級(jí)標(biāo)準(zhǔn),重點(diǎn)推進(jìn)分子診斷在中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤分類中的應(yīng)用[4]。本文擬對(duì)中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤分子診斷指標(biāo)進(jìn)行解讀,其中基因變異以斜體字表示,蛋白質(zhì)和基因家族則以正體字表示(表1)[4]。盡管新版腫瘤分類并不推薦分子檢測(cè)的具體方法,但本文對(duì)常用的分子檢測(cè)技術(shù)進(jìn)行簡(jiǎn)要介紹,為更好地理解分子檢測(cè)提供幫助。

        表1 不同中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤的關(guān)鍵基因、分子及信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路改變[4]Table 1. Key diagnostic genes,molecules,pathways,and/or combinations in major primary CNS tumors[4]

        一、中樞神經(jīng)系統(tǒng)常見腫瘤分子變異

        1.成人型彌漫性膠質(zhì)瘤 IDH突變是成人型彌漫性膠質(zhì)瘤的重要診斷標(biāo)志物。腦膠質(zhì)瘤最常見的IDH突變?yōu)镮DH1基因第132位密碼子突變(以R132H突變最常見,其他包括R132C、R132S、R132G和R132L等),其余為IDH2基因第172位密碼子突變(包括R172G、R172M和R172W等)及其他少見密碼子突變(如IDH1R49等)[5-7]。IDH突變的彌漫性膠質(zhì)瘤若伴1p/19q共缺失,則診斷為少突膠質(zhì)細(xì)胞瘤,IDH突變和1p/19q共缺失型;其中,TERT啟動(dòng)子突變、NOTCH1突變、FUBP1突變和CIC突變是此種類型膠質(zhì)瘤的常見分子特征[8];IDH突變但是不伴1p/19q共缺失的彌漫性膠質(zhì)瘤,診斷為星形細(xì)胞瘤,IDH突變型;ATRX突變、TP53突變是此種類型膠質(zhì)瘤的典型分子變異,也是重要的輔助診斷標(biāo)志物[7-9];而CDKN2A/B純合性缺失是此種類型腫瘤的分級(jí)標(biāo)志物,有CDKN2A/B缺失的IDH突變型星形細(xì)胞瘤診斷為星形細(xì)胞瘤,IDH突變型,CNS WHO 4級(jí)[4,9](圖1)。組織學(xué)形態(tài)表現(xiàn)為壞死或微血管增生的IDH野生型彌漫性膠質(zhì)瘤,則診斷為膠質(zhì)母細(xì)胞瘤,IDH野生型[1,4];組織學(xué)形態(tài)呈CNS WHO 2級(jí)或3級(jí)的IDH野生型彌漫性星形細(xì)胞瘤,如果有EGFR擴(kuò)增、第7號(hào)染色體擴(kuò)增/第10號(hào)染色體缺失(+7/-10)、TERT啟動(dòng)子突變上述3種分子變異之一,也可診斷為膠質(zhì)母細(xì)胞瘤,IDH野生型[10],同時(shí)這3種分子變異也是此類腫瘤預(yù)后相關(guān)的分子生物學(xué)標(biāo)志物[10]。

        續(xù)表1

        2.兒童型彌漫性低級(jí)別膠質(zhì)瘤 新版腫瘤分類首次引入兒童型彌漫性低級(jí)別膠質(zhì)瘤的概念,組織學(xué)形態(tài)表現(xiàn)為彌漫性低級(jí)別膠質(zhì)瘤,主要發(fā)生于兒童,亦可見于成人,通常有癲病史[11]。分子 變異分為MYB或MYBL1變異型和絲裂原激活蛋白激酶(MAPK)通路變異型兩大類[4]。(1)MYB或MYBL1變異型:MYB是含MYB/SANT結(jié)構(gòu)域轉(zhuǎn)錄因子家族的基因之一,在控制造血及其他祖細(xì)胞增殖和分化中發(fā)揮重要作用,在白血病和實(shí)體腫瘤中扮演原癌基因 的 角 色[12]。MYBL1基 因 的 作 用 與 之 類 似[12]。MYB或MYBL1變異形式包括基因拷貝數(shù)變異和基因 融 合(MYB伴 侶 基 因 有QKI、ESR1、MMP16、MAML2、PCDHGA1等,MYBL1伴侶基因有RAD51B、MAML2、ZFHX4、TOX等)[12-15]。盡管研究顯示,MYB或MYBL1變異的低級(jí)別膠質(zhì)瘤具有相似的DNA甲基化譜(DNA methylome patterns),但尚待多中心大樣本研究進(jìn)一步證實(shí)[14]。新版腫瘤分類結(jié)合組織學(xué)形態(tài)和分子特征將MYB或MYBL1變異型腫瘤分為彌漫性星形細(xì)胞瘤,MYB或MYBL1變異型和血管中心型膠質(zhì)瘤(MYB-QKI融合常見)兩種類型[4]。(2)MAPK通路變異型:MAPK信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路是真核細(xì)胞重要的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)系統(tǒng),通過三級(jí)激酶級(jí)聯(lián)反應(yīng)轉(zhuǎn)導(dǎo)細(xì)胞外信號(hào),參與細(xì)胞生長(zhǎng)、分化、凋亡等多種生理過程,與腫瘤發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)[12]。膠質(zhì)瘤MAPK通路相關(guān)基因變異包括NF1、BRAF、FGFR1、CRAF、NTRK、PTPN11、ROS1等[12]。青年人多形性低級(jí)別神經(jīng)上皮腫瘤(PLNTY)的分子變異包括BRAFV600E、FGFR3-TACC3融合、FGFR2-CTNNA3

        融合、FGFR2-KIAA1598融合[16-17]。彌漫性低級(jí)別膠質(zhì)瘤,MAPK通路變異型的常見分子變異包括FGFR1酪氨酸激酶結(jié)構(gòu)域(TKD)重復(fù)、FGFR1突變、FGFR1融合,以及BRAFV600E突變、BRAF融合、BRAF插入突變[18]。由于MAPK通路變異型腫瘤中部分分子變異缺乏特異性,故組織學(xué)形態(tài)和免疫組化染色等經(jīng)典病理診斷方法和結(jié)果十分重要。

        RTK,receptor tyrosine kinase,受體酪氨酸激酶圖1 彌漫性膠質(zhì)瘤分子遺傳學(xué)特征Figure 1 The genetic alterations of diffuse gliomas.

        3.兒童型彌漫性高級(jí)別膠質(zhì)瘤 (1)組蛋白H3變異型:H3是參與真核細(xì)胞染色質(zhì)結(jié)構(gòu)的5個(gè)主要組蛋白之一,其序列變異和修飾狀態(tài)在基因的動(dòng)態(tài)和長(zhǎng)期調(diào)控中發(fā)揮重要作用。新版腫瘤分類新增彌漫性中線膠質(zhì)瘤,H3 K27變異型,進(jìn)一步拓展彌漫性中線膠質(zhì)瘤的定義[4]。根據(jù)分子變異分為3種亞型,即H3 K27突變型[19-20](包括H3 K27M和H3 K27I)、EGFR突變型[21-22](多累及丘腦)、H3野生伴EZHIP過表達(dá)型[23]。H3 K27突變發(fā)生于H3.3(編碼基因H3F3A)和H3.1(編碼基因HIST1H3B/C),其中H3F3A突變率約為HIST1H3B/C的3倍,且預(yù)后更差[20]。TP53突 變、ACVR1突 變、PPM1D突 變 和PDGFRA擴(kuò)增等分子變異是H3 K27突變型彌漫性中線膠質(zhì)瘤的常見分子遺傳學(xué)特征[1]。另一攜帶組蛋白H3變異的腫瘤是彌漫性半球膠質(zhì)瘤,H3 G34突變型,主要發(fā)生于大腦半球,表現(xiàn)為組蛋白H3.3第34位甘氨酸(Gly)被精氨酸(Arg)或纈氨酸(Val)取代的錯(cuò)義突變(H3.3 G34R/V)[24-25]。膠質(zhì)瘤H3.3 G34突變主要發(fā)生于H3F3A基因,常伴ATRX突變、TP53突變[24]。(2)H3野生和IDH野生型:彌漫性兒童型高級(jí)別膠質(zhì)瘤,H3野生和IDH野生型好發(fā)于兒童和青年,具備高級(jí)別腫瘤組織學(xué)特征,但分子病理學(xué)特征表現(xiàn)為IDH野生型、組蛋白H3野生型。根據(jù)DNA甲基化特征可以分為兒童型高級(jí)別膠質(zhì)瘤RTK1型、兒童型高級(jí)別膠質(zhì)瘤RTK2型和兒童型高級(jí)別膠質(zhì)瘤MYCN型,其中,RTK2型伴高頻率的EGFR擴(kuò)增和CDKN2A/B純合性缺失,預(yù)后較好;MYCN型伴高頻率的MYCN擴(kuò)增和ID2擴(kuò)增,預(yù)后最差;RTK1型伴高頻率PDGFRA擴(kuò)增[26]。(3)嬰兒型半球膠質(zhì)瘤:主要發(fā)生于嬰幼兒,位于大腦半球,分子遺傳學(xué)特征為受體酪氨酸激酶(RTK)家族變異,主要包括NTRK家族基因(NTRK1/2/3)融合、ROS1融合、MET融合、ALK融合[28-29]。

        4.局限性星形細(xì)胞膠質(zhì)瘤 毛細(xì)胞型星形細(xì)胞瘤最常見的分子變異是KIAA1549-BRAF融合(>70%),其他變異包括其他形式的BRAF融合(伴侶基因?yàn)镕AM131B、RNF130等)、BRAFV600E突變、NF1突變、FGFR1變異(包括突變、融合或內(nèi)部串聯(lián)重復(fù))等[1]。多形性黃色瘤型星形細(xì)胞瘤最常見的是BRAFV600E突變,其他變異包括CDKN2A/B純合性缺失、第3和7號(hào)染色體獲得等[1];由于多形性黃色瘤型星形細(xì)胞瘤亦可部分?jǐn)y帶TERT啟動(dòng)子突變[11],因此診斷IDH野生型且僅TERT啟動(dòng)子突變腫瘤時(shí),須注意組織學(xué)診斷的準(zhǔn)確性。室管膜下巨細(xì)胞型星形細(xì)胞瘤發(fā)病與多發(fā)性硬化密切相關(guān),故常伴TSC1和TSC2突變[1]。脊索樣膠質(zhì)瘤最常見的分子變異為PRKCAD463H突變[29-30],部分腫瘤還可攜帶BRAFV600E突變[31]。有毛細(xì)胞樣特征的高級(jí)別星形細(xì)胞瘤是新版腫瘤分類新定義的腫瘤,具有特征性DNA甲基化譜,但是組織學(xué)特征無特異性。部分腫瘤表現(xiàn)出間變性和毛細(xì)胞樣組織學(xué)特征,同時(shí)伴高頻率MAPK通路基因變異(包括BRAF突變和融合、NF1突變、FGFR1突變和融合、KRAS突變),CDKN2A/B純合性缺失和ATRX突變[32-34]。具有典型星形母細(xì)胞瘤組織學(xué)形態(tài)的腫瘤,若攜帶MN1變異(MN1-BEND2融合和MN1-CXXC5融合,常伴染色體22q和X染色體大量雜合性缺失),則可診斷為星形母細(xì)胞瘤,MN1變異型[35-37]。

        5.膠質(zhì)神經(jīng)元和神經(jīng)元腫瘤 MAPK通路相關(guān)基因變異是多種膠質(zhì)神經(jīng)元和神經(jīng)元腫瘤的典型分子病理學(xué)特征。神經(jīng)節(jié)細(xì)胞膠質(zhì)瘤最常見的分子變異是BRAFV600E突變(20%~60%)[1],還涉及多種BRAF融合(伴侶基因包括MACF1、AGK、GNAI1、KIAA1549、FXR1)[1,18]。胚胎發(fā)育不良性神經(jīng)上皮腫瘤FGFR1酪氨酸激酶結(jié)構(gòu)域重復(fù)、FGFR1突變和FGFR1-TACC1融合常見[18],同時(shí)可檢測(cè)到BRAFV600E突 變 或 融 合、PDGFRA突變等[18,38-39]。形成菊形團(tuán)的膠質(zhì)神經(jīng)元腫瘤以FGFR1突變最常見(突變形式包括N546K和K656E),伴PIK3CA突變、NF1突變,偶見PTPN11突變[40]。彌漫性軟腦膜膠質(zhì)神經(jīng)元腫瘤常見KIAA1549-BRAF融合和第1號(hào)染色體短臂缺失[41],基于其DNA甲基化特征可以分為兩種亞型,MC-1型(1p/19q共缺失比例較高)和MC-2型(伴染色體1q獲得)[42]。其中,MC-2型無進(jìn)展生存期(PFS)和總生存期(OS)較差,可能與染色體1q獲得有關(guān)[43]。多結(jié)節(jié)和空泡狀神經(jīng)元腫瘤的典型分子變異也與MAPK通路相關(guān),包括BRAF突變、MAP2K1變異(突變和閱讀框內(nèi)缺失)以及FGFR2-INA融合[44]。腦室外神經(jīng)細(xì)胞瘤主要特征為FGFR1-TACC1融合(60%),亦可見FGFR3-TACC3融合和FGFR1-EVI5融合[45]。其他常見分子變異包括乳頭狀膠質(zhì)神經(jīng)元腫瘤常見的PRKCA融合(主要為SLC44A1-PRKCA融合,偶見NOTCH1-PRKCA融合)[46-47]以及小腦發(fā)育不良性神經(jīng)節(jié)細(xì)胞瘤(Lhermitte-Duclos病)的PTEN胚系變異[1]。新版腫瘤分類新增的兩種類型腫瘤中,黏液樣膠質(zhì)神經(jīng)元腫瘤伴PDGFRAK385突變(K385L/I)[48-49],其DNA甲基化特征與胚胎發(fā)育不良性神經(jīng)上皮腫瘤相似;

        有少突膠質(zhì)細(xì)胞瘤樣特征和核簇的彌漫性膠質(zhì)神經(jīng)元腫瘤也是具有特征性DNA甲基化譜的腫瘤,伴第14號(hào)染色體單體,常發(fā)生于兒童[50]。

        6.室管膜腫瘤 室管膜腫瘤的分子特征與其解剖部位、年齡等因素密切相關(guān)[51]。幕上室管膜瘤以融合基因?yàn)橹饕卣鳎煞譃閆FTA融合陽(yáng)性型和YAP1融合陽(yáng)性型。ZFTA(C11orf95)的融合方式主要為ZFTA-RELA融合,導(dǎo)致核因子-κB(NF-κB)信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路過度激活,預(yù)后相對(duì)較差[52-53];其他融合方式包括ZFTA-MAML2,ZFTA-NCOA1等,ZFTA融合陽(yáng)性的幕上室管膜瘤有相似的DNA甲基化特征[52]。YAP1融合的方式主要為YAP1-MAMLD1融合,部分為YAP1-FAM118B融合,YAP1融合陽(yáng)性型主要發(fā)生于兒童(<3歲),預(yù)后相對(duì)較好[54-55]。非ZFTA非YAP1融合的幕上室管膜瘤比例較低,部分伴MAML2-ASCL2、MARK2-ADCY3、RTN3-NCOA1、MTMR3-NCOA3等融合,部分缺乏典型分子病理學(xué)特征(組織學(xué)形態(tài)表現(xiàn)為伸長(zhǎng)細(xì)胞型室管膜瘤或星形母細(xì)胞瘤)[54,56]。后顱窩室管膜瘤表現(xiàn)為特征性DNA甲基化譜,可分為PFA組和PFB組[57]。PFA組主要發(fā)生于嬰幼兒,多數(shù)具有間變性特征,預(yù)后較差,組蛋白H3 K27me3表達(dá)缺失、CXorf67過表達(dá);PFB組主要發(fā)生于大齡兒童或者成人,預(yù)后相對(duì)較好,組蛋白H3 K27me3表達(dá)正常[58-59]。染色體1q獲得也是后顱窩室管膜瘤預(yù)后不良的生物學(xué)標(biāo)記之一[51]。脊髓室管膜瘤中有一類以MYCN擴(kuò)增為特征,具有很強(qiáng)的侵襲性和轉(zhuǎn)移能力,預(yù)后較差[60]。由于脊髓室管膜瘤是2型神經(jīng)纖維瘤病的特征性病變之一,故常伴NF2變異[1]。

        7.胚胎性腫瘤 第四版修訂版已對(duì)髓母細(xì)胞瘤進(jìn)行分子分型,新版腫瘤分類延續(xù)這一分子分型體系,并予以更詳細(xì)闡釋[1,4]。WNT活化型最常見的分子變異為CTNNB1突變和第6號(hào)染色體單體,其次 為DDX3X、SMARCA4、KMT2D、TP53、PIK3CA、CSNK2B等突變,APC胚系變異與該亞型的發(fā)生具有一定相關(guān)性[1,61]。SHH活化型的常見分子變異為TP53、PTCH1、SUFU、SMO等 突 變,MYCN、GLI1、GLI2等擴(kuò)增,第9號(hào)染色體長(zhǎng)臂、第10號(hào)染色體長(zhǎng)臂、第17號(hào)染色體短臂缺失,以及TERT啟動(dòng)子突變等[61]。非WNT/非SHH活化型的常見分子變異為MYC、MYCN、OTX2等擴(kuò)增,GFI1、GFI1B、PRDM6激活,SMARCA4、KBTBD4、CTDNEP1、KMT2D、KDM6A、ZMYM3、KMT2C、KMT2D等 突 變。基 于DNA甲基化特征,SHH活化型分為α、β、γ、δ共4種亞型,非WNT/非SHH活化型分為8種亞型,不同亞型臨床特征及驅(qū)動(dòng)基因有所不同[62]。其他中樞神經(jīng)系統(tǒng)胚胎性腫瘤中,非典型性畸胎樣/橫紋肌樣腫瘤(AT/RT)典型分子變異為SMARCB1或SMARCA4突變,基于DNA甲基化特征將SMARCB1突變的腫瘤分為3種亞型,即AT/RT-TYR型、AT/RT-SHH型和AT/RT-MYC型[63]。有多層菊形團(tuán)的胚胎性腫瘤的典型分子變異為C19MC擴(kuò)增[染色體19q13.42,涵蓋一簇微小RNA(miRNA),約90%]、DICER1突變(約5%)、MIR17HG擴(kuò)增(miRNA17~92簇)[1,64-65]。中樞神經(jīng)系統(tǒng)神經(jīng)母細(xì)胞瘤,F(xiàn)OXR2活化型的組織學(xué)形態(tài)表現(xiàn)為神經(jīng)母細(xì)胞瘤或節(jié)細(xì)胞神經(jīng)母細(xì)胞瘤(GNB),分子病理學(xué)特征為染色體重排致FOXR2過表達(dá)(包括重復(fù)、缺失、易位、線粒體基因插入等,部分產(chǎn)生FOXR2相關(guān)融合基因),常伴染色體1q獲得,具有獨(dú)特的DNA甲基化特征[66]。有BCOR內(nèi)部串聯(lián)重復(fù)的中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤典型的分子病理學(xué)特征為BCOR基因外顯子15內(nèi)部串聯(lián)重復(fù)[66-67]。

        8.腦膜瘤 腦膜瘤是最常見的原發(fā)性顱內(nèi)腫瘤,其分子變異與性別、腫瘤解剖部位等具有一定相關(guān)性[68]。約60%的腦膜瘤可檢出NF2變異,包括移碼突變、等位基因失活、錯(cuò)義突變等[1,69]。非NF2變異的腦膜瘤較復(fù)雜,包括Hedgehog信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路變異(SMO、SUFU、PRKAR1A、PTCH1/2等)、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路變異(PTEN、AKT1、PIK3CA、PIK3R1等)、染色體重塑復(fù)合物變異(SMARCB1、SMARCE1、ARID1A、PBRM1等)及其他基因變異(KLF4、BAP1、POLR2A、DMD等)[70]。部分分子病理學(xué)特征與腦膜瘤組織學(xué)亞型相關(guān),例如TRAF7和KLF4突變是分泌型腦膜瘤的分子生物學(xué)標(biāo)志物[70],TRAF7、POLR2A、ATK1突變是內(nèi)皮型腦膜瘤的標(biāo)志物[69-70],SMARCE1突變是透明細(xì)胞型腦膜瘤的標(biāo)志物[71],BAP1和PBRM1突變是橫紋肌樣型腦膜瘤和乳頭狀型腦膜瘤的標(biāo)志物[72-73]。另一部分與腫瘤惡性程度有關(guān),如組蛋白H3 K27me3表達(dá)缺失與腦膜瘤復(fù)發(fā)密切相關(guān)[74-75],TERT啟動(dòng)子突變和CDKN2A/B純合性缺失是CNS WHO 3級(jí)腦膜瘤的分子生物學(xué)標(biāo)志物[76-77]。此外,染色體1p、6q、9p、10、14q、18q、22q缺失,染色體1q、9q、12q、15q、20q獲得以及某些基因(如NRDG2、MEG3、PDGFR等)DNA甲基化水平或表達(dá)變化也與腦膜瘤的發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)[1,70]。基于DNA甲基化特征,腦膜瘤分為兩組6型,其中,A組包括benign-1型、benign-2型、benign-3型和intermediate A型,B組包括intermediate B型、malignant型,不同亞型的解剖部位、驅(qū)動(dòng)基因和臨床預(yù)后等有所差異[78]。值得注意的是,發(fā)生于兒童的腦膜瘤有不同的分子病理學(xué)特征,除與腫瘤易感綜合征相關(guān)的分子變異外,YAP1融合可能與部分NF2野生型兒童腦膜瘤有關(guān)[79]。

        9.中樞神經(jīng)系統(tǒng)其他腫瘤松果體區(qū)促纖維增生性黏液樣腫瘤,SMARCB1突變型發(fā)生于松果體區(qū)。免疫組化染色,胞核整合酶相互作用分子1(INI-1)表達(dá)缺失、而表達(dá)上皮膜抗原(EMA)和CD34,分子病理學(xué)特征為SMARCB1缺失(純合性或雜合性缺失)或移碼突變,與AT/RT-MYC型具有相似的DNA甲基化特征[80]。孤立性纖維性腫瘤的典型分子變異為NAB2-STAT6融合。免疫組化染色,胞核表達(dá)信號(hào)傳導(dǎo)與轉(zhuǎn)錄激活因子6(STAT6)[1]。彌漫性腦膜黑色素細(xì)胞腫瘤包括腦膜黑色素細(xì)胞增生癥和腦膜黑色素瘤病,NRAS(常見突變位點(diǎn)為Q61)突變頻率較高[81];局限性腦膜黑色素細(xì)胞腫瘤包括腦膜黑色素細(xì)胞瘤和腦膜黑色素瘤,則可檢測(cè)到GNAQ(常見突變位點(diǎn)為Q209)、GNA11(常見突變位點(diǎn)Q209)、CYSLTR2(常見突變位點(diǎn)L129)、PLCB4(常見突變位點(diǎn)D630)、BAP1、EIF1AX、SF3B1等突變[82-83]。牙釉質(zhì)細(xì)胞瘤型顱咽管瘤以CTNNB1突變?yōu)樘卣鳎s95%),乳頭狀型顱咽管瘤以BRAFV600E突變?yōu)樘卣鳎?1%~95%),二者具有特征性DNA甲基化譜,新版腫瘤分類將上述腫瘤歸為不同類型[4,84]。

        二、常用分子病理學(xué)檢測(cè)技術(shù)

        中樞神經(jīng)系統(tǒng)分子病理學(xué)檢測(cè)應(yīng)選擇同類方法中結(jié)果穩(wěn)定、重復(fù)性佳、特異性高的技術(shù),同時(shí)亦應(yīng)考慮樣本量、腫瘤異質(zhì)性、檢測(cè)項(xiàng)目多少等,綜合選擇適宜的檢測(cè)方法。檢測(cè)過程中須嚴(yán)格參照國(guó)家衛(wèi)生健康委員會(huì)制訂的《腫瘤個(gè)體化治療檢測(cè)技術(shù)指南(試行)》進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化操作和質(zhì)量控制。

        1.免疫組化染色 免疫組化染色是一種經(jīng)濟(jì)、便捷、穩(wěn)定的檢測(cè)技術(shù),利用抗體與組織內(nèi)抗原的特異性結(jié)合,對(duì)抗原進(jìn)行定性、定位和相對(duì)定量檢測(cè),是臨床實(shí)踐最常用的分子病理學(xué)檢測(cè)方法[7]。除鑒別腫瘤起源、明確分化方向、判斷增殖活性外,其在分子診斷方面的應(yīng)用還包括:(1)直接反映分子變異類型和位點(diǎn),如應(yīng)用IDH1 R132H(H09)、

        BRAF V600E(VE1)、H3 K27M、H3 G34R、H3 G34V

        等突變特異性抗體。(2)通過編碼蛋白表達(dá)水平或模式反映該基因變異,如胞核ATRX表達(dá)缺失、胞核β-catenin陽(yáng)性、胞核STAT6陽(yáng)性、胞核INI-1表達(dá)缺失等。(3)通過相關(guān)蛋白的表達(dá)推斷基因變異,如L1細(xì)胞黏附分子(L1CAM)陽(yáng)性與ZFTA-RELA融合、LIN28A彌漫性陽(yáng)性與C19MC擴(kuò)增、H3 K27me3表達(dá)缺失與后顱窩室管膜瘤,PFA組等。由于NGS等其他高通量分子檢測(cè)技術(shù)耗時(shí)長(zhǎng)、費(fèi)用高、對(duì)樣本和檢測(cè)設(shè)備要求較高,通過尋找不同免疫組化指標(biāo)替代其他分子檢測(cè)方法仍是目前病理學(xué)研究的方向之一。例如,對(duì)于星形細(xì)胞瘤,IDH突變型,免疫組化染色,胞核ATRX表達(dá)缺失和(或)P53彌漫性強(qiáng)陽(yáng)性(>10%),可在不進(jìn)行1p/19q檢測(cè)的情況下明確診斷[7,9]。

        2.熒光原位雜交 熒光原位雜交(FISH)系通過熒光標(biāo)記的DNA探針與胞核內(nèi)DNA靶序列雜交,并在熒光顯微鏡下觀察分析其結(jié)果的分子細(xì)胞遺傳學(xué)技術(shù),可對(duì)基因缺失、基因擴(kuò)增、基因重排(斷裂-分離探針)、基因融合(融合探針)等進(jìn)行檢測(cè)。FISH技術(shù)空間定位精確,敏感性和特異性較好,可檢測(cè)隱匿或微小的染色體畸變和復(fù)雜核型,目前廣泛應(yīng)用于臨床。中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤的一些重要分子改變,如1p/19q共缺失、EGFR擴(kuò)增、MN1重排、KIAA1549-BRAF融合等均可行FISH檢測(cè),但該項(xiàng)技術(shù)對(duì)操作和結(jié)果判讀要求較高,且成本昂貴,通量低,故需多個(gè)分子診斷指標(biāo)聯(lián)合分析時(shí),局限性較大。同時(shí),整合FISH檢測(cè)結(jié)果時(shí)還應(yīng)注意潛在的假陽(yáng)性或假陰性結(jié)果,如染色體1p/19q FISH探針僅覆蓋1p36和19q13區(qū)域,無法區(qū)分部分缺失和整臂缺失[85];小于探針長(zhǎng)度的CDKN2A微小缺失無法經(jīng)FISH檢出,可能出現(xiàn)假陰性結(jié)果[86]。

        3.Sanger測(cè)序、焦磷酸測(cè)序及其他基于聚合酶鏈反應(yīng)的檢測(cè)技術(shù) (1)Sanger測(cè)序:系經(jīng)典的DNA序列分析方法,可檢測(cè)已知和未知的變異位點(diǎn),包括少見的突變形式和確切的突變類型,如點(diǎn)突變、片段缺失,被認(rèn)為是基因分型的“金標(biāo)準(zhǔn)”。但敏感性較低,等位基因突變率>20%方可檢出且通常要求腫瘤細(xì)胞比例≥50%。(2)焦磷酸測(cè)序(pyrosequencing):系一種可定量檢測(cè)樣品中單核苷酸突變水平的方法,適用于對(duì)已知短序列進(jìn)行重測(cè)序分析,在表觀遺傳學(xué)研究中逐漸成為數(shù)據(jù)分析的“金標(biāo)準(zhǔn)”[87],檢測(cè)靈敏度為10%,重復(fù)性和精確性可與Sanger測(cè)序媲美,且通量較高,但缺點(diǎn)是無法對(duì)長(zhǎng)片段進(jìn)行分析。(3)其他基于聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)的檢測(cè)技術(shù):擴(kuò)增阻滯突變系統(tǒng)(ARMS)-PCR、高分辨率熔解曲線(HRM)、數(shù)字PCR(digital PCR)、熒光實(shí)時(shí)定量PCR等,目前已用于中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤TERT啟動(dòng)子突變、IDH突變、1p/19q共缺失、MGMT啟動(dòng)子甲基化等的檢測(cè)[88-89]。NanoString數(shù)字化基因分析系統(tǒng)(NanoString nCounter Technology)系通過對(duì)探針上顏色分子條形碼標(biāo)記直接探測(cè)、計(jì)數(shù)以實(shí)現(xiàn)多重定量檢測(cè)的技術(shù),敏感性和準(zhǔn)確性與熒光實(shí)時(shí)定量PCR相當(dāng),通量高,操作流程便捷[90]。該項(xiàng)技術(shù)通過對(duì)髓母細(xì)胞瘤核心基因表達(dá)進(jìn)行檢測(cè),從而快速、穩(wěn)定進(jìn)行腫瘤分子分型,是目前髓母細(xì)胞瘤分子診斷的重要方法。

        4.第二代測(cè)序技術(shù) NGS亦稱大規(guī)模平行測(cè)序,可高通量地檢測(cè)分析腫瘤驅(qū)動(dòng)基因變異或治療靶點(diǎn),給患者帶來治療和生存獲益。該項(xiàng)技術(shù)用于中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤的分子診斷可以一次性獲得覆蓋基因組特定區(qū)域(啟動(dòng)子、外顯子、內(nèi)含子等)的高通量數(shù)據(jù),同時(shí)可以檢測(cè)多種基因變異形式(突變、插入或缺失、重排、拷貝數(shù)變異等)[91]。然而,傳統(tǒng)NGS僅覆蓋部分常見融合基因,無法檢測(cè)所有可能出現(xiàn)的基因融合。因此,mRNA第二代測(cè)序(next-generation mRNA sequencing)有助于發(fā)現(xiàn)腫瘤診斷、分類和靶向治療重要的、少見的、新的融合基因[92]。檢測(cè)過程中采用的NGS技術(shù)平臺(tái)應(yīng)符合技術(shù)診斷標(biāo)準(zhǔn),達(dá)到有效測(cè)序深度要求,遵循標(biāo)準(zhǔn)化檢測(cè)流程,納入必需的分子指標(biāo)、試劑和方法以進(jìn)行嚴(yán)格的管理和質(zhì)控、對(duì)每個(gè)基因變異位點(diǎn)進(jìn)行明確的注釋和合理的遺傳咨詢[91]。

        5.DNA甲基化譜 基于DNA甲基化特征的分析已經(jīng)成為中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤分類的重要方法之一,不僅可獲得腫瘤的甲基化信息,還可獲得拷貝數(shù)變異(擴(kuò)增、缺失、基因融合等)。當(dāng)與其他標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)(如組織學(xué))共同應(yīng)用時(shí),DNA甲基化分析是腦和脊髓腫瘤分類的有效輔助方法,尤其對(duì)于特征不顯著、罕見的腫瘤類型和亞型[4,93]。與其他診斷技術(shù)一樣,判讀檢測(cè)結(jié)果時(shí)須考慮組織學(xué)特征(如腫瘤細(xì)胞數(shù)目和純度)。新版腫瘤分類假定幾乎所有(但是并非所有)腫瘤類型均具有特征性DNA甲基化譜。

        三、結(jié)論

        新版腫瘤分類反映了目前知識(shí)背景下相關(guān)領(lǐng)域?qū)<覍?duì)中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤的理解,應(yīng)視為中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤分類的一個(gè)階段。相信新版腫瘤分類正式發(fā)布后,隨著新型檢測(cè)技術(shù)的大規(guī)模應(yīng)用,一定會(huì)發(fā)現(xiàn)越來越多與腫瘤相關(guān)的新的分子變異;同時(shí),隨著相關(guān)臨床試驗(yàn)的開展,我們對(duì)中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤分類體系的理解也將更加深刻。希望這些變化及其解釋可以為神經(jīng)病理學(xué)家和神經(jīng)腫瘤學(xué)家的臨床實(shí)踐提供指導(dǎo),從而使患者獲益。

        利益沖突 無

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