王晨驕,陳穎,李蕾,郭嘉航,唐光美,官會(huì)林,黃晶心
(云南師范大學(xué)高原特色中藥材種植土壤質(zhì)量演變退化與修復(fù)云南省野外科學(xué)觀測(cè)研究站,昆明650500)
苯酚是石油化工、塑料生產(chǎn)、醫(yī)藥合成等行業(yè)的原料,具有長(zhǎng)效性和生物積累性,是工業(yè)生產(chǎn)中的主要污染物之一,目前世界范圍內(nèi)均普遍存在農(nóng)田苯酚污染的情況[1]。苯酚等土壤有機(jī)污染物可以被植物的根系吸收并由蒸騰拉力輸送到作物地上部位,影響農(nóng)作物的生長(zhǎng)和品質(zhì)[2],例如:土壤污染可導(dǎo)致甘薯中苯酚含量增加48%以上[3],高濃度苯酚將嚴(yán)重限制植物的生長(zhǎng)[2]。禾谷鐮刀菌是多種糧食作物的致病菌,導(dǎo)致農(nóng)作物的根腐、莖腐、萎蔫等,造成玉米、水稻大量減產(chǎn),有些年份甚至導(dǎo)致減產(chǎn)70%以上[4]。并且隨著污染的持續(xù)增加,土壤苯酚污染和鐮刀菌病害同時(shí)發(fā)生的概率必然增加。
多數(shù)傳統(tǒng)的物理、化學(xué)方法例如淋洗法、熱脫附法、化學(xué)氧化法雖能修復(fù)苯酚污染土壤,但此類(lèi)方法破壞土壤質(zhì)地,影響農(nóng)業(yè)土壤的可耕作性,并且修復(fù)費(fèi)用高昂,不適于農(nóng)田土壤苯酚污染的修復(fù)[5-6]?;瘜W(xué)農(nóng)藥雖可有效控制禾谷鐮刀菌病害的發(fā)生,但化學(xué)農(nóng)藥的生產(chǎn)、存儲(chǔ)、使用等環(huán)節(jié)存在明顯的環(huán)境、健康風(fēng)險(xiǎn),目前部分歐美國(guó)家已加大對(duì)化學(xué)農(nóng)藥使用的管控,禁用部分風(fēng)險(xiǎn)較大、難降解化學(xué)農(nóng)藥的使用[7]。微 生 物 如 紅 球 菌(Rhodococcussp.)[8]、假 單 胞 菌(Pseudmonassp.)[9]等具有動(dòng)植物所不具備的代謝途徑,可快速降解土壤中的苯酚,部分種類(lèi)的紅球菌屬微生物其苯酚的降解效率最高可達(dá)80%~100%[8]。苯酚降解菌可以苯酚作為碳源進(jìn)行生命活動(dòng),在降解苯酚的同時(shí)避免對(duì)環(huán)境形成二次污染,具有綠色環(huán)保的特點(diǎn)[10]。微生物可通過(guò)競(jìng)爭(zhēng)抑制、分泌抗生素等方式抑制其他微生物的生長(zhǎng),目前被廣泛研究用于制備生物防治藥劑、提取活性物質(zhì)等[11],生防菌可有效防控糧食作物如馬鈴薯和玉米[12]的鐮刀菌病害。由于代謝的復(fù)雜性,部分微生物可同時(shí)具備多種生物學(xué)功能,例如紅球菌屬微生物同時(shí)具有降解單環(huán)和雙環(huán)芳烴化合物的功能[13],銅綠假單胞菌(Pseudomonas aeruginosa)不僅能降解苯酚,也可促進(jìn)植物生長(zhǎng)[14]。據(jù)上述背景推測(cè)存在可同時(shí)降解苯酚和抑制其他微生物生長(zhǎng)的微生物,但目前該方面的研究報(bào)道較少。
本研究擬通過(guò)微生物學(xué)方法,從高濃度苯酚污染土壤中富集、篩選高活性苯酚降解菌,并從得到的苯酚降解菌中篩選具備抑制禾谷鐮刀菌的“多功能菌”,通過(guò)分子生物學(xué)法對(duì)其進(jìn)行初步鑒定,進(jìn)一步通過(guò)溫室栽培試驗(yàn)驗(yàn)證其降解苯酚、防治禾谷鐮刀菌病害功能,為苯酚污染修復(fù)、禾谷鐮刀菌病害防治提供有潛力的菌株資源。
1.1.1 土壤樣品的采集及處理
采集昆明市郊某紙品廠排污渠中的10 個(gè)黑色沉積物樣品100 g,仔細(xì)清除樣品中的雜物后混合均勻,帶回實(shí)驗(yàn)室常溫保存并盡快用于后續(xù)研究。
1.1.2 苯酚降解菌的富集培養(yǎng)
本研究通過(guò)往LB液體培養(yǎng)基中添加苯酚制備富集培養(yǎng)基,LB 培養(yǎng)基的基本成分為:胰蛋白胨10 g·L-1、酵母浸出粉5 g·L-1、NaCl 5 g·L-1,pH 值7.0。進(jìn)一步通過(guò)在LB 培養(yǎng)基中添加不同量的苯酚形成100、200、400、800 mg·L-1苯酚濃度梯度,采用該培養(yǎng)基通過(guò)逐級(jí)富集方法富集土壤樣品中的苯酚降解菌。具體做法為:取上述土壤樣品1 g 接種于苯酚含量為100 mg·L-1的培養(yǎng)基200 mL 中,25 ℃、180 r·min-1搖床培養(yǎng)7 d后取1 mL培養(yǎng)液接種于200 mg·L-1苯酚培養(yǎng)基中,后續(xù)培養(yǎng)過(guò)程所用方法與上述過(guò)程相同。于800 mg·L-1苯酚培養(yǎng)基中富集培養(yǎng)的菌液用于后續(xù)篩選過(guò)程。
1.1.3 苯酚降解菌的篩選、純化、優(yōu)選
使用苯酚篩選培養(yǎng)基篩選上述富集培養(yǎng)基中的苯酚降解菌,苯酚篩選培養(yǎng)基成分如下:K2HPO40.40 g·L-1、KH2PO40.20 g·L-1、NaCl 0.10 g·L-1、MgSO40.10 g·L-1、MnSO4·H2O 0.01 g·L-1、(NH4)2SO40.40 g·L-1、苯酚0.50 g·L-1。苯酚降解菌的篩選方法具體步驟為:將上述富集培養(yǎng)液通過(guò)梯度稀釋法稀釋為10-4,通過(guò)平板涂布法將稀釋液均勻地涂布到苯酚篩選培養(yǎng)基平板上,培養(yǎng)5 d后挑取菌落較大、生長(zhǎng)旺盛的菌落進(jìn)行2 次純化,純化得到的菌株在苯酚培養(yǎng)固體基中通過(guò)相同培養(yǎng)方法優(yōu)選生長(zhǎng)旺盛的9 種菌株用于后續(xù)生防效果研究。
1.1.4 同時(shí)具備苯酚降解和生防功能的“多功能菌”篩選
本研究針對(duì)幾種糧食作物主要的致病菌禾谷鐮刀菌(Fusarium graminearum),通過(guò)平板對(duì)峙法篩選能夠抑制該種致病菌的菌株。具體步驟為:將浸有生防菌液的濾紙放在平板上靜置30 min,用5 mm 直徑打孔器將鐮刀菌菌餅置換入平板中央,培養(yǎng)5 d 后測(cè)量抑菌圈的大小。將其中抑菌活性最高的3 種菌分別命名為PBC01、PBC02、PBC03 用于后續(xù)研究。本研究按照以下方法計(jì)算上述3種菌株的抑菌率:
抑菌率=(對(duì)照組指示菌菌落直徑-處理組指示菌菌落直徑)/(對(duì)照組生防菌菌落直徑-濾紙直徑)×100%。
將上述具有生防功能的3 種菌接種于200 mL 苯酚濃度為500 mg·L-1的苯酚培養(yǎng)基中,菌種的接種量約為2.0×106cfu·mL-1,每種菌株平行培養(yǎng)3 次。接種后的搖瓶置于恒溫?fù)u床中25 ℃、180 r·min-1培養(yǎng),通過(guò)連續(xù)取樣的方式測(cè)定培養(yǎng)液中苯酚的含量,取樣的時(shí)間間隔為10 h,每次取樣盡快完成,以減少苯酚的揮發(fā)性損失。為減少培養(yǎng)過(guò)程中苯酚的損失,本研究的培養(yǎng)瓶采用橡膠塞密封,外用牛皮紙包裹。溶液中殘留的苯酚經(jīng)過(guò)離心、取上清液,按照何小麗等[15]的方法采用改進(jìn)的4-氨基安替吡林法測(cè)定苯酚含量。
將篩選出的生防作用較強(qiáng)的菌株接種于LB液體培養(yǎng)基中,25 ℃、180 r·min-1搖床培養(yǎng)48 h后離心,用于提取菌株的DNA。使用正向引物27f(5′ -AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3′)和反向引物1492R(5′-ACGGCTACCTTGTTACGACTT-3′),按照參考方法擴(kuò)增[16]菌株的16s rRNA 基因,擴(kuò)增后的DNA 片段純化后交生物公司測(cè)序。
采用BioEdit 軟件(BioEdit v7.2.6.1)對(duì)測(cè)序結(jié)果和參比序列進(jìn)行分析,使用MEGA 軟件(MEGA 7.0.26)制作序列的N-J 系統(tǒng)發(fā)育樹(shù),通過(guò)Bootstrap 法對(duì)系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)進(jìn)行評(píng)估。
為驗(yàn)證“多功能菌”在田間降解苯酚及同時(shí)防止禾谷鐮刀菌病害的功能,本研究在溫室中設(shè)置對(duì)比試驗(yàn)。溫室試驗(yàn)土壤采自云南師范大學(xué)植物園拋荒地,土壤的采集深度為0~20 cm,將采集的栽培土壤去除雜物、風(fēng)干、破碎、過(guò)5目篩備用。本研究所有處理均設(shè)置4個(gè)重復(fù),每個(gè)重復(fù)均使用上述土壤1 kg裝于10 cm×8 cm×8 cm(上徑×下徑×高)的塑料花盆中。
為探究“多功能菌”降解土壤苯酚的功能,本研究設(shè)置植物+苯酚+禾谷鐮刀菌+“多功能菌”處理組(PPFP):盆內(nèi)種植3 株玉米,土壤中的苯酚濃度為500 mg·kg-1,添加禾谷鐮刀菌孢子的數(shù)量約為5×106cfu·kg-1,“多功能菌”的添加量約為1×107cfu·kg-1;植物+苯酚+鐮刀菌+水處理組(PPFW):該組除未添加“多功能菌”外其他均與PPFP組相同;苯酚+禾谷鐮刀菌+“多功能菌”處理組(PFP):該組除未種植玉米外,其他處理均與PPFP 組相同;為探究“多功能菌”對(duì)禾谷鐮刀菌病害的生防功能,本研究另外設(shè)置對(duì)照處理組(CK):除不添加苯酚、禾谷鐮刀菌、“多功能菌”,其他均與PPFP處理相同。本研究為控制培養(yǎng)基營(yíng)養(yǎng)對(duì)試驗(yàn)結(jié)果的影響,添加禾谷鐮刀菌孢子、“多功能菌”之前均進(jìn)行3 次“離心-水洗”過(guò)程,通過(guò)無(wú)菌水重懸后均勻倒入栽培土壤中。為減少試驗(yàn)過(guò)程中土壤苯酚的揮發(fā),盆口使用多層保鮮膜密封,植物通過(guò)保鮮膜上的孔長(zhǎng)出后再使用保鮮膜加密孔上的縫隙。土壤殘留苯酚通過(guò)乙酸乙酯萃取、濃縮后,采用氣相色譜法測(cè)定含量,進(jìn)而求出土壤中苯酚的濃度(HJ 703—2014)。
分別于玉米種植第10、20、30、40 d 測(cè)定玉米的株高。于收獲前使用SPAD-502 Plus(KONICA MINOLTA,Japan)測(cè)定第3 伸展葉葉綠素含量。種植40 d后收獲整株玉米,仔細(xì)清洗收獲后玉米植株上的泥沙,而后置于恒溫干燥箱72 ℃烘干48 h,稱(chēng)量玉米的單株質(zhì)量。株高、葉綠素含量、單株生物量均按照每盆內(nèi)3株玉米的均值作為1個(gè)重復(fù)。
應(yīng)用Excel 軟件(Excel 2016)對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析和制圖,應(yīng)用R 軟件(R x64 3.5.0)通過(guò)單因素方差分析法檢驗(yàn)不同菌株苯酚降解速率、抑菌率和不同處理間玉米株高、葉綠素含量、單株生物量的差異。
在禾谷鐮刀菌長(zhǎng)滿整個(gè)平板的5 d 時(shí)間里,優(yōu)選得到的9株菌種中有3種能夠明顯抑制禾谷鐮刀菌的活性,均能夠在平板對(duì)峙試驗(yàn)開(kāi)始5 d 后形成明顯的抑菌現(xiàn)象。其中PBC01 菌株的抑菌率為79.38%,顯著高于PBC02 菌株的47.05%(P<0.05),高于PBC03菌株的61.85%(圖1)。
圖1 不同菌株對(duì)禾谷鐮刀菌的抑菌率Figure 1 Inhibition rate of different strains to F.graminearum
在密閉培養(yǎng)瓶中,上述3 種菌株在濃度為500 mg·L-1的苯酚培養(yǎng)基中具有明顯的降解苯酚活性,溶液中苯酚的濃度均呈下降趨勢(shì),經(jīng)過(guò)70 h 的培養(yǎng)PBC01、PBC02、PBC03 分別將苯酚濃度降解至2.16、148.97、107.96 mg·L-1,PBC01菌株具有更顯著的苯酚降解活性(P<0.01),PBC01 菌株在整個(gè)培養(yǎng)過(guò)程中,其降解苯酚的速率均明顯高于PBC02、PBC03 菌株(圖2)。表明PBC01 菌株同時(shí)具有相對(duì)較高的苯酚降解活性和對(duì)禾谷鐮刀菌的生防功能,本研究選擇該菌株進(jìn)行后續(xù)溫室試驗(yàn)。
PBC01 菌株16s rDNA 測(cè)序結(jié)果上傳至NCBI 后獲得的序列登陸號(hào)為MT012079,經(jīng)序列比對(duì),選擇同源性較近的菌株作為參比菌株構(gòu)建進(jìn)化樹(shù),該菌株被鑒定為Rhodococcussp.,其系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)如圖3所示。
經(jīng)過(guò)40 d 的種植PPFP、PPFW、PFP 處理土壤中苯酚含量均明顯降低,其中PPFP 處理土壤中苯酚濃度最低為79 mg·kg-1,PFP 處理組的濃度為105.33 mg·kg-1,均顯著低于PPFW 處理的262.67 mg·kg-1(P<0.01)。這說(shuō)明PBC01 菌株施入土壤后能明顯提高土壤中苯酚的降解速率,顯著增加土壤對(duì)苯酚的自?xún)裟芰ΑV参锏姆N植在一定程度上增加了土壤中苯酚降解菌的活性,但對(duì)PBC01降解苯酚的活性并無(wú)顯著的促進(jìn)作用,降解苯酚的作用主要來(lái)自于PBC01 菌株(圖4)。
圖2 不同菌株降解苯酚速率Figure 2 Degradation rate of phenol by different strains
圖3 基于16s rRNA基因“多功能菌”的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)Figure 3 Phylogenetic tree of"multifunctional bacteria"based on 16S rRNA gene
圖4 不同處理土壤中苯酚含量變化Figure 4 Change of phenol content in soil of different treatments
圖5 不同處理植物株高變化Figure 5 Changes of plant height under different treatments
圖5 表明,在40 d 的栽培過(guò)程中PPFP 和CK 處理玉米的株高均明顯高于PPFW 處理,在40 d 時(shí)這2 個(gè)處理組的株高分別為58.37 cm 和61.70 cm,顯著高于PPFW 處理組的37.63 cm(P<0.05)。這說(shuō)明PBC01菌株可顯著降低苯酚、禾谷鐮刀菌對(duì)玉米株高的影響。
圖6 表明,盆培40 d 時(shí)PPFP 和CK 處理組玉米的葉綠素含量無(wú)顯著差異,分別為33.50 和33.33,均顯著 高 于PPFW 處 理 組 的22.93(P<0.05)。這 說(shuō) 明PBC01菌株的使用可顯著降低苯酚、禾谷鐮刀菌對(duì)玉米葉綠素含量的影響。
栽培40 d 時(shí)PPFP 和CK 處理組玉米的單株生物量分別為1.79 g 和1.92 g,二者無(wú)顯著差異,但均顯著高于PPFW 處理組的0.97 g(P<0.05)。這說(shuō)明PBC01菌株的施用可顯著降低苯酚、禾谷鐮刀菌對(duì)玉米單株生物量的影響(圖7)。
圖6 不同處理植物葉綠素含量Figure 6 Chlorophyll content of plants under different treatments
圖7 不同處理植物單株生物量Figure 7 Single biomass of plant under different treatments
土壤苯酚污染通過(guò)植物的根系吸收、擴(kuò)散等方式進(jìn)入植物體內(nèi)[2],破壞植物的酶系統(tǒng),影響植物的正常新陳代謝[17]。本研究分離獲得的PBC01 菌株在苯酚培養(yǎng)基中70 h 內(nèi)能夠?qū)⑷芤褐械谋椒咏到?9.57%,在40 d 內(nèi)能夠?qū)⑼寥乐懈邼舛缺椒咏到?4.20%,這與其他研究結(jié)果類(lèi)似[18]。微生物具有多種苯酚代謝通路,例如可通過(guò)苯酚羥化酶將苯酚轉(zhuǎn)化為鄰苯二酚,然后由鄰苯二酚2,3-雙加氧酶通過(guò)中間途徑將其轉(zhuǎn)化為2-羥基黏液半醛方式分解環(huán)境中的苯酚,利用分解苯酚獲得的能量進(jìn)行新陳代謝[19]。目前研究發(fā)現(xiàn)的苯酚降解菌種類(lèi)較多,包括部分假單胞菌屬(Pseudmonas)[9]、不動(dòng)桿菌屬(Acinetobacter)[19]等,這說(shuō)明環(huán)境中有大量能夠降解苯酚的微生物。本研究中PPFW 處理組苯酚含量也明顯降低,說(shuō)明土壤對(duì)苯酚具有一定的自?xún)裟芰Γ@或許是由于土壤中存在一定量具有降解苯酚功能的微生物[14]。本研究篩選獲得的苯酚降解菌為Rhodococcussp.,目前已有一些研究表明Rhodococcussp.能夠降解苯酚,并且該菌屬具有較高的苯酚降解速率,可在短時(shí)間內(nèi)降解溶液中的大部分苯酚[8,18]。由于苯酚污染物對(duì)植物的新陳代謝具有顯著的抑制作用,對(duì)其去除可顯著降低土壤中苯酚對(duì)植物生長(zhǎng)的負(fù)效應(yīng)[17],PBC01 菌株的施用顯著降低了土壤中苯酚的含量(圖4),進(jìn)而降低了苯酚對(duì)玉米的株高、葉綠素含量、生物量的抑制(圖5~圖7)。
PBC01菌株具有明顯的生防功能,在平板對(duì)峙試驗(yàn)中能抑制禾谷鐮刀菌生長(zhǎng)(圖1),在土壤中仍能夠顯著限制禾谷鐮刀菌對(duì)玉米生長(zhǎng)的影響(圖5~圖7)。生防菌通過(guò)對(duì)營(yíng)養(yǎng)、生存空間的競(jìng)爭(zhēng)、分泌抗生素等方式限制致病微生物的生長(zhǎng)[11],在土壤顆粒、植物根際、植物根內(nèi)生存,限制致病微生物在土壤中的生長(zhǎng)、繁殖,在植物根部形成“防火墻”從而限制土傳致病微生物對(duì)植物的侵染[7,20]。本研究發(fā)現(xiàn)的PBC01菌株具有較快的生長(zhǎng)速率,5 d 內(nèi)在培養(yǎng)平板上形成了較大直徑的菌落,或許該種菌株能通過(guò)快速生長(zhǎng)限制禾谷鐮刀菌的生長(zhǎng)。平板對(duì)峙試驗(yàn)中PBC01 菌株在培養(yǎng)平板上形成了明顯的抑菌圈,該種菌株可能通過(guò)向胞外分泌抗生素的方式致畸、裂解禾谷鐮刀菌的菌絲,從而限制禾谷鐮刀菌的生長(zhǎng)[7]。施入土壤后,PBC01菌株顯著限制了禾谷鐮刀菌對(duì)玉米生長(zhǎng)的影響,這或許由于該種菌能夠在土壤顆粒、植物根際較好地定殖,利用土壤中的苯酚、植物根部分泌的營(yíng)養(yǎng)生存,限制禾谷鐮刀菌的生長(zhǎng),從而減少其對(duì)植物生長(zhǎng)的影響。
本研究發(fā)現(xiàn)的PBC01 菌株同時(shí)具有良好的降解苯酚和對(duì)禾谷鐮刀菌的生防功能,雖然此類(lèi)研究結(jié)果較少,但同時(shí)具有多種生理功能的“多功能菌”的研究較多。Wang 等[14]的研究分離獲得的“多功能菌”同時(shí)具備分解土壤中苯酚和促進(jìn)植物生長(zhǎng)的功能,一種紅球菌能同時(shí)降解苯酚和吡啶,同時(shí)對(duì)Cr6+具有還原作用[13],鳳尾蕨根際微生物萬(wàn)古霉素假單胞菌(Pseudomonas vancouverensis)可通過(guò)分泌生長(zhǎng)素、鐵載體的方式促進(jìn)鳳尾蕨的生長(zhǎng),同時(shí)具有促進(jìn)砷轉(zhuǎn)化的功能[21],從堆肥中分離出的100種微生物中25種同時(shí)具有促進(jìn)植物生長(zhǎng)、生防或促進(jìn)堆肥腐解的功能[22],這說(shuō)明同時(shí)具有多種功能的微生物在自然界普遍存在。自然界微生物的多樣性據(jù)估計(jì)超過(guò)50萬(wàn)種,微生物具有有別于動(dòng)植物的獨(dú)特代謝通路,并且微生物之間普遍存在基因的水平轉(zhuǎn)移,這可能是導(dǎo)致上述微生物同時(shí)具備多種環(huán)境生物學(xué)、生理生態(tài)學(xué)功能的原因[23-24]。
本研究分離獲得了能同時(shí)降解苯酚和生物防治禾谷鐮刀菌病害的多功能菌株Rhodococcus zopfiisp.PBC01,該種微生物在實(shí)驗(yàn)室內(nèi)70 h 能降解培養(yǎng)液中99.57%的苯酚,同時(shí)對(duì)禾谷鐮刀菌的抑制率達(dá)到79.38%。該種菌株在溫室栽培試驗(yàn)中也具有良好的效果,可顯著降低禾谷鐮刀菌對(duì)玉米生長(zhǎng)的影響,將土壤苯酚濃度由500 mg·kg-1降低至79 mg·kg-1,這或許是由于該種菌株同時(shí)具有苯酚代謝途徑和分泌抗生素的功能,具體原因仍需要進(jìn)一步研究。自然界中或許普遍存在具有多種生理生態(tài)功能的微生物,本研究可為土壤苯酚污染、農(nóng)業(yè)病害綜合問(wèn)題的解決提供一種思路。