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        松材線蟲cyp-33D3基因的RNA干擾及其功能研究

        2020-11-27 02:58:40馮夢婷盛東萍葉建仁陳鳳毛張曉陽邱秀文1
        林業(yè)科學(xué)研究 2020年6期
        關(guān)鍵詞:研究

        馮夢婷,盛東萍,葉建仁,陳鳳毛,張曉陽,邱秀文1,*

        (1. 九江學(xué)院江西長江經(jīng)濟帶研究院,江西 九江 332005;2. 江蘇省有害生物入侵預(yù)防與控制重點實驗室,南京林業(yè)大學(xué)林學(xué)院,江蘇 南京 210037;3. 江西農(nóng)業(yè)大學(xué)生物科學(xué)與工程學(xué)院,江西 南昌 330045)

        松材線蟲病,即松樹枯萎?。╬ine wilt disease,PWD),是一種以松材線蟲(Bursaphelenchus xylophilus)為病原的國際檢疫性林業(yè)病害[1-2]。松材線蟲病具有發(fā)病部位隱秘、發(fā)病速度快、傳播蔓延迅速、傳播途徑多、治理難度大等特點,因此該病害又被稱為松樹的“癌癥”[3]。我國于1982年在南京中山陵首次發(fā)現(xiàn)松材線蟲病[4],隨后在我國逐漸蔓延,已經(jīng)造成了重大的經(jīng)濟損失并嚴重威脅著我國眾多名勝風(fēng)景區(qū)和松林生態(tài)系統(tǒng)安全。細胞色素P450(cytochrome p450, P450),又稱單加氧酶,是一類由數(shù)量眾多、功能復(fù)雜的血紅素結(jié)合蛋白組成的同工酶,廣泛存在于細菌、真菌、動物和植物等生物體中[5]。細胞色素P450在內(nèi)源性化合物(脂肪酸、膽汁酸、類固醇、蛻皮激素和保幼激素等)和外源性化合物(農(nóng)藥、植物毒素和環(huán)境致癌物等)代謝過程中十分重要[6-8]。大量研究表明細胞色素P450基因參與代謝過程和抗性機制主要通過上調(diào)來實現(xiàn)。Maja等[9]研究發(fā)現(xiàn)秀麗隱桿線蟲受到毒物質(zhì)侵害時,cyp-33D3基因表達量上調(diào)明顯。松材線蟲全基因組序列于2011年測序完成,為研究松材線蟲致病相關(guān)基因的功能奠定了良好的基礎(chǔ)[10]。我們前期研究發(fā)現(xiàn)松材線蟲感染松樹后,cytochrome P450 33D3 (cyp-33D3) 基因表達量上調(diào)顯著,表明cyp-33D3基因在松材線蟲致病過程中發(fā)揮了重要作用[11]。目前關(guān)于cyp-33D3基因的研究主要集中在過量表達方面,而關(guān)于該基因的功能研究鮮見報道。

        RNA干擾(RNA interference, RNAi)現(xiàn)象廣泛存在于真核生物細胞中,它通過小分子雙鏈RNA誘導(dǎo)同源mRNA降解從而阻斷體內(nèi)特定基因表達[12]。隨著RNA干擾機制被闡明,RNA干擾被認為是一種可以與基因敲除相媲美的技術(shù),在基因功能、信號傳導(dǎo)通路和基因治療等研究領(lǐng)域得到了廣泛的應(yīng)用[13-16]。本研究采用RNA干擾技術(shù)研究cyp-33D3基因沉默后對松材線蟲取食、繁殖和致病性的影響,闡明cyp-33D3基因在松材線蟲致病過程中的功能,為進一步明確松材線蟲分子致病機制奠定理論基礎(chǔ)。

        1 材料與方法

        1.1 實驗材料

        供試松材線蟲BxJJ01分離自江西省九江市的黑松疫木,并保存于九江學(xué)院植物基因資源重點實驗室。將松材線蟲接種至長滿灰葡萄孢(Botrytis cinerea)的馬鈴薯葡萄糖瓊脂(potato dextrose agar, PDA)平板培養(yǎng)基上,25℃恒溫培養(yǎng)5 d,采用貝爾曼漏斗法分離線蟲,用無菌水清洗3次,1 500 r·min-1離心5 min。將離心得到的線蟲懸浮液儲存于1.5 mL離心管中,備用。

        1.2 松材線蟲總RNA提取及cDNA的合成

        根據(jù)RNA抽提試劑盒(天根生化科技有限公司)的使用說明書提取松材線蟲總RNA。利用紫外分光光度計(Nanodrop 2000)測定RNA濃度,通過1%瓊脂糖凝膠電泳檢測RNA的質(zhì)量。根據(jù)TaKaRa公司反轉(zhuǎn)錄試劑盒(Prime Script 1ststrand cDNA Synthesis Kit)使用說明書將松材線蟲總RNA反轉(zhuǎn)錄為cDNA用于后續(xù)PCR實驗。

        1.3 松材線蟲cyp-33D3基因片段的克隆

        依據(jù)GenBank上下載的cyp-33D3(GenBank:KM973212.2)基因序列設(shè)計上游引物cyp-33D3-F(5′-TCACCGACTACGAGGTCC-3′)和下游引物cyp-33D3-R(5′-ATGGGATGAACGACGAAC-3′),以合成的cDNA為模板進行PCR擴增。反應(yīng)條件為:94℃預(yù)變性5 s,94℃變性30 s,60℃34 s,72℃1 min,35個循環(huán),72℃延伸10 min。根據(jù)Axygen公司的切膠回收試劑盒使用說明書對目標片段進行切膠回收,并克隆于PmdTM18-T載體上,轉(zhuǎn)化至大腸桿菌感受態(tài)細胞,委托華大基因公司進行測序。

        1.4 松材線蟲cyp-33D3基因dsRNA的合成

        以PmdTM18-T和pCH-sGFP載體為模板,通過帶有T7啟動子的引物進行PCR擴增,采用MEGAscript RNAi Kit Protocol 試劑盒(Life Technologies 公司)分別合成松材線蟲cyp-33D3和gfp基因dsRNA。用無RNA酶H2O適當(dāng)稀釋合成的dsRNA,通過紫外分光光度計測定A260值,同時測定溶解dsRNA相應(yīng)H2O的A260值作為空白值,dsRNA濃度(μg·mL–1)為260 nm的吸光值減去空白值后乘以稀釋倍數(shù)再乘以系數(shù)40。經(jīng)測定合成的cyp-33D3和gfp基因dsRNA濃度分別為1.45 mg·mL–1和1.53 mg·mL–1,用1%瓊脂糖凝膠電泳檢測dsRNA完整性,將合成好的dsRNA儲存于–80℃冰箱,備用。

        dsRNA濃度(μg·mL–1)=(A260-空白值) ×稀釋倍數(shù) × 40

        1.5 松材線蟲cyp-33D3基因的RNA干擾

        將收集的松材線蟲混合蟲態(tài)浸泡于1 μg·μL–1的cyp-33D3 dsRNA中[17],以gfp dsRNA 作為非靶標性dsRNA對照,以ddH2O作為空白對照,每個處理約8 000條線蟲,每次試驗3次重復(fù),將各處理置于25℃搖床170 r·min-148 h后[15-16],用ddH2O洗脫線蟲。

        分別挑取30對(成熟雄蟲和雌蟲各30條)干擾后和對照組的松材線蟲,接種至長有灰葡萄孢的PDA平板上,25℃條件下培養(yǎng)5 d,用貝爾曼漏斗法進行分離。拍照觀察各處理松材線蟲取食情況,用光學(xué)顯微鏡統(tǒng)計其數(shù)量,每個處理3次重復(fù)。

        分別挑取20對(成熟雄蟲20條,懷孕雌蟲20條)干擾后和對照組的松材線蟲,置于直徑為30 mm的小培養(yǎng)皿上,加入適量ddH2O,25℃黑暗培養(yǎng)12 h后,輕輕倒掉線蟲懸浮液,用無菌水將粘附在培養(yǎng)皿底部的線蟲蟲卵洗出,收集松材線蟲卵粒并統(tǒng)計其數(shù)量,每個處理重復(fù)3次。

        分別挑取100顆線蟲蟲卵浸泡在等量的ddH2O、gfp dsRNA和cyp-33D3 dsRNA溶液中,置于25℃恒溫培養(yǎng)箱黑暗條件下孵化48 h。使用倒置顯微鏡對已孵化卵的數(shù)量進行計數(shù),每個處理重復(fù)3次。

        分別挑取20對(成熟雄蟲和雌蟲各20條)干擾后和對照組的松材線蟲,接種至長有灰葡萄孢的PDA平板上進行交配和繁殖,從而得到子一代(F1)的老熟成蟲。將獲得的成蟲轉(zhuǎn)移至孔板并用高溫殺死,在光學(xué)顯微鏡下測量其個體長度,每個處理重復(fù)3次。

        采用人工皮接法分別將ddH2O浸泡和cyp-33D3dsRNA干擾后含有2 000條松材線蟲的懸液接種到生長情況一致的兩年生黑松上,同時將等體積的gfpdsRNA溶液接種至黑松,每個處理接種6株。接種后觀察松樹的發(fā)病情況,持續(xù)觀察40 d,統(tǒng)計發(fā)病率。

        1.6 松材線蟲cyp-33D3基因干擾效率的測定

        分別提取對照組和干擾后子一代(F1)松材線蟲總RNA,反轉(zhuǎn)錄合成第1鏈cDNA,以松材線蟲Actin基因為內(nèi)參基因,根據(jù)TransStart Green qPCR SuperMix(北京全式金生物技術(shù)有限公司)試劑盒說明書進行熒光定量PCR,測定松材線蟲cyp-33D3基因的表達量。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 松材線蟲cyp-33D3基因的克隆

        以松材線蟲cDNA為模板,用特異性引物擴增獲得細胞色素cyp-33D3基因,結(jié)果顯示擴增片段長度介于1 000~1 500 bp之間(圖1A),與預(yù)期大小1 192 bp相符?;厥漳康臈l帶與pMDTM19-T載體連接后轉(zhuǎn)化至大腸桿菌Trans1-T1感受態(tài)細胞中,挑取陽性克隆進行測序驗證。通過帶有T7啟動子的特異性引物進行PCR擴增,合成dsRNA。從圖1B中可以看出,瓊脂糖凝膠電泳條帶單一、明亮、完整,可用于后續(xù)的RNA干擾實驗。

        圖 1 松材線蟲細胞色素cyp-33D3基因的克?。ˋ)及雙鏈RNA的合成(B)Fig. 1 Clone of cyp-33D3 gene from B. xylophilus (A) and synthesis of double-stranded RNA (B)

        2.2 干擾后松材線蟲cyp-33D3基因表達量分析

        如圖2所示,松材線蟲經(jīng)gfpdsRNA和cyp-33D3dsRNA浸泡后,cyp-33D3基因的表達量分別為0.974和0.036(將ddH2O處理對照組的細胞色素cyp-33D3基因表達量設(shè)為1),說明外源dsRNA對松材線蟲細胞色素cyp-33D3基因表達量無影響,而cyp-33D3dsRNA可以有效抑制靶基因的表達。

        2.3 松材線蟲cyp-33D3基因RNAi對線蟲取食的影響

        從圖3可以看出,ddH2O和gfpdsRNA處理的線蟲取食速度明顯較快,在第5天已經(jīng)幾乎將灰葡萄孢菌絲取食殆盡,而cyp-33D3dsRNA處理松材線蟲取食灰葡萄孢的面積較小,說明細胞色素cyp-33D3基因表達沉默后對松材線蟲的取食有重要影響。

        圖 2 RNAi后松材線蟲cyp-33D3基因表達分析Fig. 2 The analysis of expression of cyp-33D3 gene following RNAi of B. xylophilus

        圖 3 RNAi對松材線蟲取食的影響Fig. 3 Effects of RNAi on feeding of B. xylophilus

        2.4 松材線蟲cyp-33D3基因RNAi對線蟲個體體長的影響

        經(jīng)測量,ddH2O處理雌、雄成蟲的體長分別為964.33 μm和777.12 μm;gfpdsRNA處理雌、雄成蟲的體長分別為951.66 μm和775.34 μm;cyp--33D3dsRNA處理雌、雄成蟲的體長分別為942.57 μm和761.33 μm(圖4)。RNA干擾后雌、雄成蟲的體長有所減短,但差異不顯著(P> 0.05)。因此,我們推測RNA干擾對松材線蟲體長無明顯影響。

        2.5 松材線蟲cyp-33D3基因RNAi對線蟲產(chǎn)卵的影響

        由圖5可知,ddH2O和gfpdsRNA處理的每條雌蟲平均產(chǎn)卵數(shù)量分別為24和23粒,而cyp-33D3dsRNA處理中每條雌蟲平均產(chǎn)卵數(shù)量為12粒。結(jié)果表明,cyp-33D3dsRNA干擾顯著(P<0.01)減少了雌蟲的產(chǎn)卵數(shù)量,降低了松材線蟲的繁殖能力。

        圖 4 RNAi對松材線蟲成蟲個體體長的影響Fig. 4 Effects of RNAi on individual body length of adult B. xylophilus

        圖 5 RNAi對松材線蟲產(chǎn)卵的影響Fig. 5 Effects of RNAi on oviposition of B. xylophilus

        2.6 松材線蟲cyp-33D3基因RNAi對線蟲孵化率的影響

        不同處理的松材線蟲卵孵化率如圖6所示,cyp-33D3dsRNA處理的蟲卵孵化率為49.67%,與ddH2O處理相比差異顯著(P< 0.01);而gfpdsRNA處理和ddH2O處理的蟲卵孵化率無明顯差異(P>0.05)。由此可見,cyp-33D3dsRNA干擾對松材線蟲卵孵化具有一定的抑制作用,而非內(nèi)源雙鏈RNA干擾對其無影響。

        2.7 松材線蟲cyp-33D3基因RNAi對線蟲致病力的影響

        在接種40 d后,ddH2O處理的黑松針葉全部枯萎,發(fā)病率達到100%;cyp-33D3dsRNA處理的黑松發(fā)病率為43.1%;而gfpdsRNA處理的黑松在整個實驗過程中生長狀況良好,發(fā)病率為零(圖7)。據(jù)此推測,RNA干擾在一定程度上減弱了松材線蟲的致病能力,進而降低了黑松的發(fā)病率。

        圖 6 RNAi對松材線蟲孵化率的影響Fig. 6 Effects of RNAi on percentage hatch of B. xylophilus

        圖 7 不同接種處理后第40天黑松的發(fā)病狀況Fig. 7 Wilting symptoms of P. thunbergii after different inoculation treatments at 40 days

        3 討論

        由于松材線蟲的生活史和寄生環(huán)境與其他線蟲差別很大,致使其分子致病機制研究進展緩慢。Kikuchi等人于2011年完成了松材線蟲全基因組測序,這為進一步研究松材線蟲致病基因的功能奠定了良好的基礎(chǔ)。松材線蟲感染寄主后,寄主會分泌一系列的次級代謝產(chǎn)物抵御松材線蟲的入侵。有研究表明,CYP450基因產(chǎn)物是松材線蟲代謝寄主松樹次級代謝產(chǎn)物第一階段最重要的酶。我們的前期研究結(jié)果發(fā)現(xiàn)在松材線蟲入侵寄主后cyp-33D3基因表達量上調(diào)顯著,說明該基因在松材線蟲致病過程中發(fā)揮了重要作用。

        RNA干擾是由與靶基因序列同源的雙鏈RNA引發(fā)的廣泛存在于生物體內(nèi)的序列特異性基因轉(zhuǎn)錄后沉默的過程。RNA干擾具有特異、有效的基因沉默效應(yīng),克服了建立基因敲除動物模型費時費力的缺點,已成為研究基因功能非常有效的手段。Wang等[18]通過RNA干擾技術(shù)研究松材線蟲精氨酸激酶(BxAK1)基因的功能,發(fā)現(xiàn)該基因表達量下調(diào)增加了線蟲的死亡率,同時減弱了線蟲的繁殖能力。Kang等[19]通過該方法對松材線蟲毒液過敏原樣蛋白(BxVap-1)基因進行RNA干擾,結(jié)果表明毒液過敏原樣蛋白基因與線蟲的遷移能力有密切聯(lián)系。魏麗莎子等[20]利用RNA干擾技術(shù)對象耳豆根結(jié)線蟲二齡幼蟲Me-mapk1基因進行沉默,線蟲誘導(dǎo)番茄根結(jié)形成的數(shù)量顯著減少,推測Memapk1基因的下調(diào)表達有可能與象耳豆根結(jié)線蟲二齡幼蟲(J2)的生長發(fā)育相關(guān)。以上研究表明,RNA干擾是一種研究基因功能的有效技術(shù)。細胞色素P450作為線蟲體內(nèi)三大與代謝抗性相關(guān)的超基因家族之一,對松材線蟲生長發(fā)育和致病性起到至關(guān)重要的作用。Benenati 等[21]通過RNA干擾技術(shù)研究了秀麗隱桿線蟲(Caenorhabditis elegans)cyp-31A2和cyp-31A3基因的功能,發(fā)現(xiàn)這兩個基因表達量下調(diào)導(dǎo)致線蟲胚胎細胞不能正確執(zhí)行減數(shù)分裂以及卵殼形成所需的脂質(zhì)物質(zhì)合成受阻。Verma等[22]研究表明,cyp5122A1基因表達量下降增加了杜氏利什曼蟲(Leishmania donovani)的死亡率,降低了利什曼蟲對藥物的敏感性和減少了麥角固醇的合成。本研究通過RNA干擾技術(shù)沉默了松材線蟲cyp-33D3基因,發(fā)現(xiàn)cyp-33D3基因下調(diào)表達后,松材線蟲取食速率降低,繁殖能力下降。這可能是由于cyp-33D3基因沉默后影響了松材線蟲胚胎細胞減數(shù)分裂的正確執(zhí)行,抑制了卵殼形成所需脂質(zhì)物質(zhì)的合成以及增加了線蟲的死亡率,導(dǎo)致線蟲繁殖數(shù)量下降,進而影響了松材線蟲的取食速度。

        植物寄生線蟲致病的前提是能夠在寄主體內(nèi)存活和進行繁殖。我們將cyp-33D3 dsRNA干擾后的松材線蟲接種至黑松苗上,發(fā)現(xiàn)線蟲的致病能力明顯下降,推測原因可能是:(1)cyp-33D3基因表達沉默后,松材線蟲在松樹體內(nèi)的取食和產(chǎn)卵受到影響,進而降低了線蟲的繁殖數(shù)量,導(dǎo)致其致病力下降;(2)松材線蟲入侵寄主后,松樹會分泌出大量的次生代謝產(chǎn)物抵御松材線蟲的入侵,松材線蟲為了應(yīng)對這些次生代謝產(chǎn)物的毒害作用,必須通過解毒基因?qū)υ擃愇镔|(zhì)進行代謝轉(zhuǎn)化,由于CYP450基因在松材線蟲解毒過程中具有重要作用,因此cyp-33D3基因被表達被沉默后,可能致使松材線蟲不能有效降解寄主分泌的有毒次生代謝產(chǎn)物,大量線蟲被殺死,最終導(dǎo)致松材線蟲的致病力下降。我們的研究結(jié)果表明cyp-33D3基因與松材線蟲的取食、繁殖和致病力密切相關(guān),為揭示松材線蟲cyp-33D3基因的功能提供了理論依據(jù),對科學(xué)指導(dǎo)松材線蟲病生物防治具有重要的理論和實踐意義。然而,關(guān)于cyp-33D3基因?qū)λ刹木€蟲卵殼形成和致病力的具體調(diào)控機理還不清楚,還有待于進一步深入研究。

        4 結(jié)論

        通過RNA干擾技術(shù)對松材線蟲cyp-33D3基因功能進行了研究,發(fā)現(xiàn)cyp-33D3dsRNA 干擾可以有效抑制cyp-33D3基因的表達,cyp-33D3基因干擾后降低了松材線蟲的取食速度,每條線蟲的產(chǎn)卵數(shù)量以及蟲卵的孵化率都下降顯著(P < 0.01)。然而,cyp-33D3基因干擾對松材線蟲個體體長影響較小。cyp-33D3基因干擾減弱了松材線蟲的致病能力,降低了黑松的發(fā)病率。本研究不僅為闡明松材線蟲cyp-33D3基因的功能提供了數(shù)據(jù)支撐,而且為研究松材線蟲其他基因的功能提供了參考。

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