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        版納微型豬近交系PSP-I基因的克隆及生物信息學分析

        2020-11-18 08:10:28查星琴成文敏潘偉榮李海昌霍金龍
        中國畜牧雜志 2020年11期

        查星琴 ,成文敏,潘偉榮,李海昌,張 瑩,霍金龍,黃 英

        (1.云南農(nóng)業(yè)大學動物醫(yī)學院,云南昆明 650201;2.云南農(nóng)業(yè)大學動物科學技術學院,云南昆明 650201;3.云南農(nóng)業(yè)大學云南省動物營養(yǎng)與飼料重點實驗室,云南昆明 650201)

        版納微型豬近交系(Banna Minipig Inbred Line,BMI)在發(fā)育、生理、解剖、病理、疾病發(fā)生等諸多方面與人類極其相似,是研究轉(zhuǎn)基因動物、異種器官移植、生物醫(yī)學及豬基因組計劃中功能基因的理想實驗動物模型[1-4]。本實驗室通過長期的統(tǒng)計、觀察和基礎研究發(fā)現(xiàn),BMI 在培育過程中,繁殖力較低的亞系精液品質(zhì)相對較差、畸形率較高。但常規(guī)的精液品質(zhì)指標對于評估公豬的繁殖力具有一定局限性,從分子方面對精液品質(zhì)進行選擇標記,研究與精液品質(zhì)相關的基因,有利于快速和準確地篩選精液,為公畜繁殖育種提供科學依據(jù)。

        精漿蛋白是由哺乳類雄性動物性腺、副性腺分泌的對精子細胞形成發(fā)育具有重要調(diào)節(jié)功能的一類多功能蛋白。精子黏附蛋白家族(AQNl、AQN3、AWN、PSP-I和PSP-II)含量占精漿總蛋白的90% 以上,是公豬精漿蛋白的主要成分[5],在精子獲能、頂體反應、運動(超活化)及精卵融合中具有重要調(diào)控作用[5-9]。豬精漿蛋白-I(Porcine Seminal Protein-I,PSP-I)和豬精漿蛋白-II(Porcine Seminal Protein-II,PSP-II)是2 個主要的精子黏附蛋白成員,其含量占精漿總蛋白的50%以上,主要在精囊腺表達,在其他副性腺組織中僅有少量表達[10]。二者分子量為14~16 ku,序列同源性為45.2%,氨基酸序列中均含有1 個CUB 結構域,分別由109 和116 個氨基酸殘基組成成熟肽。PSP-I 和PSP -II 主要以非共價異源二聚體形式存在于精漿中,主要參與生殖免疫調(diào)控、精子能動性維持、精子膜完整性、精子線粒體活性、受精等一系列重要的生殖過程[11-12]。目前,對PSP-I 蛋白的研究鮮有報道,在BMI 上更是未見報道。本研究采用RT-PCR 方法克隆BMI 的PSP-I基因并對其進行生物信息學分析,為深入研究BMIPSP-I基因的生物學功能奠定基礎。

        1 材料與方法

        1.1 實驗材料與試劑 采集活體去勢成年(15 月齡)BMI 不育公豬睪丸組織,經(jīng)液氮處理后,置于-80℃超低溫冰箱保存以備RNA 提取。本實驗所用試劑DNA片段回收純化試劑盒購自全式金生物技術有限公司,逆轉(zhuǎn)錄酶XL(AMV)、DL2000、RT-PCR 一步法試劑盒、Competent Cell Preparation Kit、病毒總RNA/DNA 提取試劑盒(TaKaRaMiniBEST Viral DNA/RNA Extraction Kit Ver.3.0)、TaKaRa Ex TaqTMTaq 酶等均購自寶生物工程(大連)有限公司,pMD18-T 克隆載體和大腸桿菌感受態(tài)細胞DH5α購于TaKaRa 公司。

        1.2 實驗方法

        1.2.1 合成引物 下載GenBank 上豬的PSP-I基因的保守序列(基因登錄號:NM_213837),運用Primer Premier5.0 和Oligo 6 軟件設計1 對特異性引物(F:5′-TCTCCAGGTGGACCCGAAATAT-3′,R:5′-TAGCAG GGAAGACAGGAAAGGC-3′),交上海生工有限公司合成,預計擴增目的片段的大小約為420 bp。

        1.2.2 RNA 的提取及cDNA 合成 稱取BMI 睪丸組織樣品約100 mg,依照RNA Plus(TaKaRa)公司相應步驟提取總RNA,通過1.5%瓊脂糖凝膠電泳檢測其完整性,以檢測合格的總RNA 為模板,參考反轉(zhuǎn)錄試劑盒說明書的步驟進行反轉(zhuǎn)錄,轉(zhuǎn)錄體系:在20 μL 反應體積中,加入2 μg(10 μL)的Total RNA 樣品、1 μL 的Oligo(dT)18(50 μmol/L)和1 μL 的dNTP(10 mmol/L)混合物后,輕輕混勻置于70℃孵育5 min 后,快速放在冰上冷卻;短暫離心后再加入4 μL 的5×first Buffer、2 μL 的DTT(0.1 mol/L)及1 μL 的recombiant RNase inhibitor,輕微吹打混勻,37℃孵育2 min,室溫下加入1 μL的reverse transcriptase M-MLV(200 U/ μL),稍微吹打?qū)⒏鹘M分混勻,37℃孵育10 min,最后53℃將其加熱1 h,94℃反應5 min,終止反應,儲存于-20℃?zhèn)溆谩?/p>

        1.2.3PSP-I基因PCR 擴增反應體系與程序 PCR 反應總體系25 μL:1 μL DNA 模板(25 ng/ μL)、12.5 μL Premix Taq(5 U/μL)、上下游引物(10 pmol/μ L)各1 μL,加ddH2O 補足至 25 μL。PCR 擴增程序:94℃預變性5 min;94℃變性45 s,55℃退火30 s,72℃延伸45 s,30 個循環(huán);72℃延伸8 min。產(chǎn)物用2%瓊脂糖凝膠電泳檢測,紫外凝膠成像系統(tǒng)拍照。

        1.2.4 PSP-I 基因克隆 采用DNA 純化回收試劑盒回收純化PCR 產(chǎn)物,取一份純化產(chǎn)物送上海生工有限公司直接進行測序,另取一份純化后的目的片段連接到pMD18-T 克隆載體上在 l6℃下連接過夜,轉(zhuǎn)化大腸桿菌DH5α感受態(tài)細胞并提取質(zhì)粒,經(jīng)PCR 再擴增和酶切鑒定后,篩選出陽性菌液送到上海生工生物技術有限公司序列測定。

        1.2.5PSP-I基因序列的生物信息學分析 將測序得到的PSP-I基因編碼區(qū)序列采用Generunr 軟件進行比對,人工校對預測出開放閱讀框;利用ExPaSyProtParam程序推測PSP-I基因編碼蛋白分子量、等電點、序列氨基酸的組成、總親水性和穩(wěn)定性;采用NCBI 數(shù)據(jù)庫中的nucleotide blast 軟件檢驗核苷酸的序列;NetNGlyc 1.0 Server 預測蛋白質(zhì)N-糖基化位點;NetOGlyc 4.0 Server 預測蛋白質(zhì)O-糖基化位點;SignalP 4.1 Server預測信號肽序列;NetPhos 2.0 Server 預測蛋白質(zhì)磷酸化位點;TMpred server 預測跨膜結構域;ExPASy-PrtPram tool 參與編碼蛋白質(zhì)的結構分析;SOPMA 參與蛋白質(zhì)的二級結構預測。

        2 結果與分析

        2.1PSP-I基因擴增結果 將PSP-I基因進行擴增,特異性片段為420 bp,經(jīng)電泳檢測,目的基因片段大小與預期片段大小一致(圖1)。

        2.2PSP-I基因序列分析 登錄http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/,將所得測序結果與GenBank 中下載的豬PSP-I基因序列進行比對,如圖2 所示,有2 處突變位點,分別在第80 bp 和352 bp 處,其中第80 位堿基G 突變?yōu)锳,第352 位堿基A 突變?yōu)镚,將測序結果推導的氨基酸序列與GenBank 中下載的豬PSP-I 蛋白進行比對(圖3),第27 位氨基酸由I(異亮氨酸)突變?yōu)閂(纈氨酸)。

        2.3PSP-I基因序列生物信息學分析 用ExPaSyProtParam程序預測PSP-I基因編碼蛋白分子量為8.588 9 ku,理論等電點為8.64;在氨基酸組成上,酸性氨基酸(Asp+Glu)有8 個;堿性氨基酸(Lys+Arg)有10 個;其中亮氨酸(Leu,占12.7%)、絲氨酸(Ser,占11.4%)、甘氨酸(Gly,占11.4%)等含量較高。

        PSP-I 蛋白質(zhì)不穩(wěn)定指數(shù)為34.99,屬于穩(wěn)定蛋白;脂溶指數(shù)為90.00,總的親水性平均系數(shù)(Grand Average Of Hydropathicity,GRAVY)為-0.241,具有疏水性。使用SignalP 4.1 對PSP-I 蛋白進行預測,表明PSP-I 蛋白沒有信號肽位點(圖4);用NetNGly 1.0進行預測的結果表明,在第17 位有一個N-糖基化位點是NLTC(圖5)。

        NetPhos2.0 預測表明,PSP-I 蛋白存在8 個磷酸化位點,其中5 個絲氨酸(Ser)磷酸化位點(A51、A52、A62、A67、A77)、0 個蘇氨酸(Thr)磷酸化位點、3 個酪氨酸(Tyr)活性位點(A7、A24、A69)(圖6)。

        用SOPMA 方法預測的PSP-I 蛋白的二級結構如圖7 所示,參與α-螺旋的氨基酸有9 個,含量為11.39%;有30 個氨基酸參與延伸鏈,占37.97%;15個氨基酸可能參與β-轉(zhuǎn)角,占18.99%;25 個氨基酸可能參與無規(guī)則卷曲,占31.65%。以上分析可以推測,無規(guī)則卷曲是PSP-I 蛋白的主要結構。

        3 討 論

        精子黏附蛋白基因家族是由豬、馬、牛、羊等有蹄類動物生殖道分泌的一類新穎的蛋白家族,能結合磷脂、寡糖、絲氨酸蛋白酶和硫酸多糖的配基發(fā)揮多種功能。其既是精漿蛋白中起重要作用的蛋白,也是占最大比重的蛋白[10],分子量一般為12.16 ku,呈松散附著在精子細胞表面。該蛋白家族在公豬成熟精子中的mRNA表達豐度很高[13],在受精過程的各個階段參與精子獲能和頂體反應、調(diào)節(jié)精子活力、在雌性生殖道形成精子庫等多種生物功能[5,14]。公豬精漿中的AQNl、AWN、AQN3、PSP-I、PSP-II 5 個精子黏附蛋白家族成員已被分離鑒定。PSP-I 和PSP Ⅱ是公豬精液中含量最高的蛋白,為公豬生殖道組織特異性蛋白,揭示該基因的表達具有組織特異性。射精后PSP-I 和PSP-II 在精液中形成異二聚體復合物,在公畜生殖道內(nèi)可維持精子穩(wěn)定性,在母畜生殖道內(nèi)可促進精子獲能;在精子冷凍中可修補解凍后損傷的精子膜,提高精子活力。Centurion 等[15]報道PSP-I/PSP-II(純化)二聚體可對高倍稀釋的精子起到保護作用,在生理溫度下可在5 h 內(nèi)保持精子的運動能力、活力和線粒體活性。以上研究表明豬PSP-I、PSP-II 和PSP-I/PSP-II 蛋白在受精過程中發(fā)揮重要作用,但目前對PSP-I、PSP-II 和PSP-I/PSP-II 蛋白的研究較少,對于PSP-I、PSP-II 和PSP-I/PSP-II 蛋白在繁殖育種中所能發(fā)揮的作用缺乏全面的評價。因此,克隆分析PSP-I、PSP-II 和PSP-I/PSP-II 蛋白具有重要意義。

        本研究克隆得到BMI 的PSP-I基因序列長度為420 bp,其核苷酸序列中包含241 bp 的編碼區(qū)和179 bp的非編碼區(qū),經(jīng)基因序列比對后,編碼區(qū)有1 個堿基發(fā)生突變,其中第80 位堿基G 突變?yōu)锳,將測序結果推導的氨基酸序列與GenBank 中下載的豬PSP-I 蛋白進行比對,第27 位氨基酸由I(異亮氨酸)突變?yōu)閂(纈氨酸)。但這個堿基的突變是否引起PSP-I 蛋白結構和功能發(fā)生改變,從而造成版納微型豬近交系弱精的產(chǎn)生還有待深入研究。

        PSP-I 蛋白質(zhì)屬于穩(wěn)定蛋白,具有疏水性。PSP-I蛋白沒有跨膜信號肽位點,在第17 位有1 個N-糖基化位點是NLTC。本實驗中PSP-I 蛋白存在8 個磷酸化位點,其中5 個絲氨酸(Ser)磷酸化位點(A51、A52、A62、A67、A77)、0 個蘇氨酸(Thr)磷酸化位點、3 個酪氨酸(Tyr)活性位點(A7、A24、A69)。在BMI PSP-I 蛋白序列中只存在3 個潛在的酪氨酸磷酸化位點,推測可能由于酪氨酸磷酸化位點較少,導致對蛋白的修飾和調(diào)控較低,PSP-I 蛋白的活性較弱,才引起B(yǎng)MI 繁殖力低下,具體原因仍需進一步的深入研究。

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