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        組蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶ASH1L的研究進(jìn)展

        2020-11-18 08:10:20崔立欣田雅晴郝海生趙學(xué)明龐云渭朱化彬杜衛(wèi)華
        中國畜牧雜志 2020年11期
        關(guān)鍵詞:小鼠

        崔立欣,田雅晴,郝海生,趙學(xué)明,龐云渭,朱化彬,杜衛(wèi)華

        (中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京畜牧獸醫(yī)研究所,家畜胚胎工程與繁殖創(chuàng)新團(tuán)隊,北京 100193)

        組蛋白甲基化修飾作為表觀遺傳中的關(guān)鍵調(diào)控機制之一,在基因表達(dá)及沉默、異染色質(zhì)形成、細(xì)胞分化和基因印跡等方面發(fā)揮著重要作用。缺失的、小的、同源異形 1(Absent,Small,or Homeotic 1,ASH1)是組蛋白賴氨酸N-甲基轉(zhuǎn)移酶,也稱為huASH1、ASH1L(ASH1-like)、KMT2H,由位于染色體帶1q22 的Ash1L基因編碼。ASH1 首先在果蠅中被鑒定[1],因其基因突變導(dǎo)致的同源異形的表現(xiàn)與三胸腔結(jié)構(gòu)蛋白(Trithorax,Trx)的突變體相似而被歸類于TrxG 蛋白家族[2-3]。ASH1L 是含有SET(Su[var]3-9,Enhancerof-zeste,Trithorax)結(jié)構(gòu)域的組蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶,不僅可催化組蛋白H3K4 和H3K36 的甲基化[4],而且參與細(xì)胞分化、胚胎發(fā)育及自身免疫應(yīng)答反應(yīng)等過程。本文就ASH1L 蛋白酶的組成、功能和調(diào)控機制等方面的研究進(jìn)展進(jìn)行綜述,旨在為進(jìn)一步探索ASH1L 蛋白酶在疾病發(fā)生和治療方面的調(diào)控機制及其大家畜快速擴繁研究提供參考。

        1 組蛋白修飾

        組蛋白是真核生物染色體的基本結(jié)構(gòu)蛋白,有2 個活性末端——羧基端和氨基端。組蛋白修飾包括甲基化、乙?;?、磷酸化、泛素化、蘇素化等,其中,組蛋白甲基化是研究的熱點之一,不同位點的賴氨酸或精氨酸的乙酰化和甲基化可使染色體構(gòu)象發(fā)生改變,調(diào)控基因的表達(dá)與沉默[5]。組蛋白不同殘基、不同水平的甲基化修飾具有不同的生物學(xué)功能,組蛋白H3 第4 位、第36 位、第79 位賴氨酸(Histone H3 Lysine 4,36,79,H3K4、H3K36、H3K79)的甲基化與基因激活有關(guān);組蛋白H3 第9 位、第27 位、(Histone H3 Lysine 9,27,H3K9、H3K27)及組蛋白H4 第20 位賴氨酸(Histone H4 Lysine 20,H4K20)的甲基化與基因沉默或異染色質(zhì)形成有關(guān)[6]。

        早期胚胎的表觀重編程可有效地將父方和母方的表觀基因組轉(zhuǎn)換為合子的表觀基因組,重編程異常則導(dǎo)致早期胚胎死亡或疾病[7]。作為體細(xì)胞核移植(Somatic Cell Nuclear Transfer,SCNT)胚胎EGA 的重要表觀調(diào)控因子,賴氨酸特異性去甲基化酶4E(Lysine-Specific Demethylase 4E,KDM4E)在SCNT 胚胎中的低表達(dá)造成持續(xù)性的H3K9me3去甲基化障礙和基因組的異常重編程[8]。供體細(xì)胞基因組的H3K9me3 是SCNT 胚胎有效重編程的主要表觀遺傳障礙,在EGA 階段的小鼠和人SCNT 胚胎中富集于重編程抗性區(qū)(Reprogramming Resistance Regions)[9-10]。在卵母細(xì)胞生長過程中,少數(shù)基因的CpG 島在卵母細(xì)胞成熟的后期變?yōu)榧谆?,這與H3K36me3 的增加和H3K4me2/3 的減少有關(guān)[11]。Mu等[12]制備了多梳抑制復(fù)合體2(Polycomb Repressive Complex 2,PRC2)的2 個亞基Zeste 同源物增強子1(Enhancer of Zeste Homologue 1,EZH1)和Zeste 同源物增強子2(EZH2)的基因敲除小鼠模型,結(jié)果發(fā)現(xiàn)EZH1 和EZH2 的切除導(dǎo)致精母細(xì)胞減數(shù)分裂的停滯;且即使沒有EZH2-PRC2 存在,EZH1 的表達(dá)水平仍能單獨決定H3K27 甲基化的恢復(fù)。

        2 三胸腔結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)組(TrxG)

        TrxG 是多種蛋白質(zhì)的集合,最早在果蠅中作為維持同源異形基因(Homeobox Gene,Hox)表達(dá)模式的調(diào)控因子而被分離出來[13-14]。根據(jù)其分子功能,TrxG蛋白可分為組蛋白修飾、染色質(zhì)重塑、DNA 結(jié)合蛋白和其他TrxG 蛋白[15]。TrxG 蛋白普遍存在于哺乳動物和植物等多細(xì)胞生物體內(nèi),主要作用是維持基因表達(dá);在進(jìn)化上保持高度保守;其甲基化與轉(zhuǎn)錄激活相關(guān),是生物體內(nèi)重要的調(diào)控因子。

        TrxG 相關(guān)的組蛋白修飾復(fù)合物包括SET1SET1 相關(guān)的蛋白復(fù)合物(COMplex of Proteins Associated SET1with SET1,COMPASS)、類COMPASS(COMPASS-like)、Trx 乙?;瘡?fù)合物1(Trx Acetylation Complex 1,TAC1)和ASH1 復(fù)合物,具有組蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶(Histone Methyltransferase,HMT)活性的SET 結(jié)構(gòu)域是這些復(fù)合物的共同組分(表1)。值得注意的是,COMPASS 和類COMPASS 復(fù)合物的HMT 亞基均能甲基化H3K4,屬于細(xì)胞中具有非冗余功能的亞基;另外,COMPASS復(fù)合物的Set1 亞基負(fù)責(zé)全局基因激活,而類COMPASS復(fù)合物的Trx 及其相關(guān)的亞基(Trx related,Trr)則靶向特定的基因[16-17]。可見,TrxG 復(fù)合物的組成決定其功能,例如在果蠅中,以Trx 和Menin(Mnn1)為特征的類COMPASS 復(fù)合物靶向Hox基因,而由Trr 和Utx 組成的類COMPASS 則靶向某些激素應(yīng)答基因[16],Trx 在哺乳動物中的同源物、混合譜系白血病1(Mixed Linkage Leukemia,MLL1)對Hox基因具有調(diào)控作用[18],且對維持干細(xì)胞的多能性起保守作用[19]。在多梳家族蛋白(Polycomb Group,PcG)調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄沉默的過程中,TAC1 和ASH1L 復(fù)合物發(fā)揮更重要的拮抗作用[20],且其通過環(huán)磷腺苷效應(yīng)元件結(jié)合蛋白(cAMP-Response Element Binding Protein,CREB)與組蛋白乙酰轉(zhuǎn)移酶(Histone Acetyltransferase,HAT)活性偶聯(lián)[21]。TAC1 酶的活性由Trx 和CREB 結(jié)合蛋白(CREB Binding Protein,CBP)調(diào)節(jié),以偶聯(lián)H3K4甲基化和H3K27 乙?;?;Trx 過表達(dá)可與CBP 相互作用而引起PcG 沉默[22]。

        表1 TrxG 復(fù)合物成分[23]

        3 ASH1L 蛋白的調(diào)控功能

        3.1 ASH1L 調(diào)控Hox基因的表達(dá) ASH1L 組蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶在果蠅和哺乳動物中可甲基化H3K4[24]和H3K36[25],兩者可調(diào)控Hox基因的表達(dá)[26],因此ASH1L 是基因激活所必需的[27]。ASH1L 蛋白位于核內(nèi)斑點和緊密連接處[28],ChIP 分析證明其與活躍轉(zhuǎn)錄基因的5′轉(zhuǎn)錄區(qū)結(jié)合,是調(diào)節(jié)Hox基因表達(dá)的轉(zhuǎn)錄激活因子,分布在Hox基因的整個轉(zhuǎn)錄區(qū)域,是Hoxa6和Hoxa10全局表達(dá)及H3K4 甲基化所必需的[29]。在小鼠子宮發(fā)育過程中,ASH1L 通過組蛋白甲基化進(jìn)行染色質(zhì)重塑而激活Hoxa10及其他基因的表達(dá);在其突變體中,Hoxa10的表達(dá)顯著降低[30],其他多個Hox基因的表達(dá)缺失。此外,類似于果蠅PRC2 的單突變體,PRC2 和ASH1 的雙突變體中,Hox基因表達(dá)恢復(fù)到正常水平[31]。說明在Hox基因處,Ash1 本身不需要轉(zhuǎn)錄激活,但需要拮抗PcG 蛋白來發(fā)揮作用[32]。

        3.2 ASH1L 抑制PcG 蛋白的表達(dá) PcG 蛋白是一種表觀遺傳修飾系統(tǒng),其介導(dǎo)的組蛋白H3K27me3 在基因沉默和發(fā)育調(diào)控中起著至關(guān)重要的作用;PcG 分為多梳抑制復(fù)合體1(Polycomb Repressive Complex 1,PRC1)和PRC2 2 個核心蛋白復(fù)合體,其中PRC2 具有組蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶活性[33]。PRC2 包含EZH2、ESC(Extrasex Combs)、SU(Z)12(Suppressor of Zeste 12)及Nurf55(Nucleosome Remodeling Factor 55)4 個亞基,后兩者是PRC2 與核小體結(jié)合所必需的。在HeLa 細(xì)胞中,ASH1L 催化的H3K36me2/3 標(biāo)記很少與PRC2 催化的H3K27me3 共存于組蛋白的同一條多肽上[34]。在果蠅的活性基因中,由于ASH1L 的存在PRC2 不能使染色質(zhì)的H3K27 三甲基化;而在ASH1L 突變的多線染色體中,多個基因的啟動子和編碼區(qū)存在H3K27me3 免疫熒光信號的增強[35],所以ASH1L 特異性催化H3K36甲基化,并通過干擾核小體上PRC2 的活性而抑制H3K27 甲基化[34],可見ASH1L 通過在靶基因的轉(zhuǎn)錄區(qū)二甲基化/三甲基化H3K36 來防止H3K27me3 沉積[36]。TrxG 家族的Kismet(KIS)蛋白也可通過促進(jìn)ASH1催化的H3K36me2 來拮抗PcG 的抑制功能[23,34]。15 號染色體上的轉(zhuǎn)錄因子MORF4 相關(guān)基因(Morf4-Related Gene on Chromosome 15,Mrg15)為ASH1L 復(fù)合體的一個亞基,與ASH1L 形成的復(fù)合物可增強H3K36me1/2的活性,拮抗PcG 介導(dǎo)的基因沉默,并維持靶基因的轉(zhuǎn)錄“ON”狀態(tài);而在ASH1L 突變體中,Nurf55 與Mrg15 形成的融合蛋白可部分恢復(fù)ASH1L 的激活機制和抗沉默功能[37]。

        3.3 ASH1L 與非編碼RNA 協(xié)同促進(jìn)基因轉(zhuǎn)錄 TrxG 蛋白也可與長鏈非編碼RNA(Long Noncoding RNA,lncRNA)結(jié)合以調(diào)節(jié)基因表達(dá)[38-39]。從脊椎動物Hoxa基因座5' 端轉(zhuǎn)錄而來的基因間lncRNA HOTTIP,結(jié)合WD 重復(fù)蛋白5(WD Repeat-Containing Protein 5,WDR5)而促進(jìn)活性轉(zhuǎn)錄[40];敲降HOTTIP 后,最接近HOTTIP 基因座的基因表達(dá)量下降,而Hoxa 基因座遠(yuǎn)端基因的表達(dá)量不變,說明HOTTIP 對活性轉(zhuǎn)錄基因的調(diào)控與兩者之間的距離有關(guān)[41]。同時,敲降HOTTIP也導(dǎo)致TrxG 復(fù)合物中MLL1 和WDR5 的募集減少、5'端Hoxa 結(jié)構(gòu)域處的H3K4me3 減少,可見該lncRNA對TrxG 復(fù)合物募集的重要性[40-41]。ASH1 與lncRNA互相作用,其可與靈長類特有的D4Z4 重復(fù)序列結(jié)合元件轉(zhuǎn)錄本(D4Z4 Binding Element-Transcript,DBE-T)結(jié)合;lncRNA DBE-T 能招募D4Z4 和ASHIL 至4 號染色體長臂第35 區(qū)(4q35),催化H3K36me2,導(dǎo)致染色體重塑,4q35 區(qū)基因轉(zhuǎn)錄,最終導(dǎo)致肌營養(yǎng)不良癥的發(fā)生。DBE-T 在體內(nèi)與ASH1L 結(jié)合,在體外則直接與ASH1L 的SET 結(jié)構(gòu)域結(jié)合;敲低DBE-T 會導(dǎo)致ASH1L 募集受阻,H3K36me2 水平降低[38]。

        3.4 ASH1L 調(diào)控免疫應(yīng)答反應(yīng) 在天然免疫應(yīng)答反應(yīng)中,ASH1L 是Toll 樣受體(Toll-Like Receptor,TLR)信號中一個全新的負(fù)向調(diào)控分子,通過控制TLR 觸發(fā)的NF-kB 和絲裂原活化蛋白激酶(Mitogen-Activated Protein Kinase,MAPK)信號通路,抑制隨后的白細(xì)胞介素-6(Interleukin-6,IL-6)表達(dá),從而保護(hù)機體抵御內(nèi)毒素休克和自身免疫疾病的發(fā)生發(fā)展[42]。在哺乳動物子宮中,ASH1L 突變會導(dǎo)致子宮發(fā)育異常、雌性不孕、產(chǎn)后致死率高、雄性生育能力下降等問題[30]。ASH1L在骨髓中是一種新的關(guān)鍵調(diào)節(jié)因子;在胎兒造血干細(xì)胞移植到成年小鼠受體的過程中,ASH1L 對胎兒造血干細(xì)胞適應(yīng)骨髓環(huán)境起關(guān)鍵作用;其缺失會導(dǎo)致成體中胎兒造血干細(xì)胞的消耗,降低移植后受體骨髓中胎兒造血干細(xì)胞的再生能力[43]。HeLa 細(xì)胞中的Hox 啟動子需MLL1 和ASH1L 共同激活,而單獨的MLL1 或ASH1L不足以激活轉(zhuǎn)錄[44]。在小鼠中,ASH1L 可通過直接激活其啟動子上調(diào)Smad3(Drosophila Mothers Against Decapentaplegic Protein 3)的表達(dá),進(jìn)而促進(jìn)Foxp3(Forkhead Box Protein P3)表達(dá),并在體外誘導(dǎo)調(diào)節(jié)性T 細(xì)胞(Regulatory T,Treg)分化;當(dāng)ASH1L 沉默時,由于Treg 細(xì)胞極化的損傷,小鼠更容易患T 細(xì)胞介導(dǎo)的自身免疫性疾病[45]。使用促炎細(xì)胞因子腫瘤壞死因子(Tumor Necrosis Factor Alpha,TNF-α)處理人牙髓細(xì)胞后,其可通過MAPK 信號通路誘導(dǎo)細(xì)胞核和細(xì)胞質(zhì)中ASH1L 的表達(dá),進(jìn)而抑制基質(zhì)金屬蛋白酶產(chǎn)生,預(yù)防牙髓炎的發(fā)生[46]。

        3.5 ASH1L 調(diào)控細(xì)胞分化 作為Trx 蛋白家族的一員,ASH1L 蛋白通過其SET 結(jié)構(gòu)域的甲基轉(zhuǎn)移酶活性來激活基因的表達(dá)。在細(xì)胞的分化過程中,ASH1L 是一個積極的調(diào)節(jié)因子。在受傷小鼠中,ASH1L 突變導(dǎo)致表皮細(xì)胞分化紊亂,角質(zhì)形成細(xì)胞過度增殖,傷口愈合缺陷及皮膚增生[47]。在肝星狀細(xì)胞(Hepatic Stellate Cells,HSCs)中,ASH1L 通過直接靶向I 型膠原纖維(Type I Collagen Fibers,Col1)和轉(zhuǎn)化生長因子β1(Transforming Growth Factorβ1,TGF-β1)啟動子區(qū)域中的H3K4me3修飾來促進(jìn)HSCs 分化為肌成纖維細(xì)胞[48]。在小鼠胚胎干細(xì)胞中,ASH1L 突變時會下調(diào)Wnt(Wingless-Type MMTV Integration Site Family)基因的表達(dá)[49]。此外,ASH1L 通過結(jié)合Hox和Smad基因的啟動子,并改變H3K4me3 的修飾水平來調(diào)控這2 個基因的表達(dá)[45,50],而Wnt、Hox、Smad和Col1基因均能調(diào)節(jié)骨髓間充質(zhì)干細(xì)胞的成骨分化[51-52]。敲除人紅白血病細(xì)胞系K562細(xì)胞中的ASH1L 導(dǎo)致ε-珠蛋白基因的上調(diào)、髓細(xì)胞標(biāo)記物血小板膜糖蛋白IIb(Platelet Glycoprotein Iib,GPIIb)和血小板膜糖蛋白IIa(GPIIIa)的下調(diào);且在譜系標(biāo)志物陰性的造血祖細(xì)胞中,敲降A(chǔ)SH1L 使造血干細(xì)胞向髓單核細(xì)胞分化障礙,向淋巴細(xì)胞和紅細(xì)胞譜系分化增強,表明ASH1L 與MLL1 一樣,通過促進(jìn)造血干細(xì)胞向骨髓單核細(xì)胞分化,而調(diào)節(jié)造血干細(xì)胞發(fā)育[44]。

        4 展 望

        組蛋白修飾在細(xì)胞的基因表達(dá)等多種生物過程中具有重要的調(diào)控作用,而TrxG 蛋白能特異地甲基化組蛋白殘基,激活基因的轉(zhuǎn)錄;ASH1L 則是TrxG 蛋白家族的成員。作為一種組蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶,ASH1L 通過催化組蛋白尾部賴氨酸的甲基化來調(diào)控細(xì)胞分化、胚胎發(fā)育及自身免疫應(yīng)答等生物過程。隨著組蛋白甲基化修飾在許多重大疾病中的致病機制和臨床應(yīng)用研究的深入,ASH1L 甲基轉(zhuǎn)移酶的功能及其調(diào)控機制研究必將受到廣泛關(guān)注。然而,目前ASH1L 的相關(guān)研究主要集中于人、小鼠和果蠅,其在家畜的研究還沒有報道。作為人類疾病的動物模型,以豬、牛為對象,將有利于闡明組蛋白甲基化修飾與疾病的關(guān)系,以便在治療過程中尋找潛在的治療靶向標(biāo)志物和相關(guān)的抑制劑,為疾病的預(yù)防與治療提供新途徑。同時該甲基轉(zhuǎn)移酶調(diào)控家畜細(xì)胞分化和胚胎發(fā)育機制的揭示,也將為提高家畜的繁殖效率和實現(xiàn)優(yōu)質(zhì)家畜的高效快速擴繁提供實驗基礎(chǔ)。

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