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        利用WGCNA鑒定谷子內(nèi)源脫落酸響應禾生指梗霉脅迫的共表達基因

        2020-09-11 05:37:26常國蓉李任建張琦張育銘韓淵懷張寶俊
        中國農(nóng)業(yè)科學 2020年16期
        關(guān)鍵詞:脫落酸共表達谷子

        常國蓉,李任建,張琦,張育銘,韓淵懷,張寶俊

        (山西農(nóng)業(yè)大學植物保護學院,山西太谷 030801)

        0 引言

        【研究意義】脫落酸(ABA)作為一類“逆境激素”,在響應干熱、高鹽、低溫、重金屬及輻射等非生物脅迫過程中起著重要作用。同時,脫落酸可直接或通過與水楊酸(SA)、茉莉酸(JA)和乙烯(ETH)等激素的互作或調(diào)控等參與寄主的生物脅迫[1]。脫落酸信號轉(zhuǎn)導依賴其受體蛋白 PYR/PYL/PCAR及負調(diào)控因子2C類蛋白磷酸酶(PP2C)和正調(diào)控因子SNF1相關(guān)的蛋白激酶(SnRK2)組成的雙重負調(diào)控系統(tǒng)的調(diào)控,激活其下游基因的表達[2-3]。據(jù)報道,在擬南芥(Arabidopsis thaliana)、水稻(Oryza sativa)等作物中,約 10%的基因受脫落酸的調(diào)控[3]。谷子(Setaria italica)是我國北方地區(qū)一種重要的雜糧作物,具有較強的抗旱、抗逆能力,且生育期短,經(jīng)濟效益高[4]。但谷子生產(chǎn)上常受到多種生物脅迫及非生物脅迫因素的影響,特別是近年來,隨著谷子種植規(guī)模擴大,由卵菌綱禾生指梗霉(Sclerospora graminicola)引起的谷子白發(fā)病在各地頻發(fā),對谷子產(chǎn)量和品質(zhì)的提高造成嚴重威脅,分析脫落酸在谷子響應禾生指梗霉侵染中的調(diào)控作用,有利于解析谷子白發(fā)病的發(fā)生特點及規(guī)律,并為其防治提供新思路?!厩叭搜芯窟M展】稻瘟病菌(Magnaporthe oryzae)在水稻感染部位能夠激活脫落酸信號,抑制水稻中最初入侵的免疫信號,從而負調(diào)控水稻對稻瘟病菌的抗病性[5-6]。SONG等[7]研究發(fā)現(xiàn),對番茄葉面外施脫落酸,可有效降低番茄早疫病菌(Alternaria solani)對番茄植株的病害程度。ARF10可誘導甘藍型油菜對脫落酸的敏感性,提高對黑斑病菌(Alternaria brassicicola)的抗性[8]。PYL和SnRK2是脫落酸信號轉(zhuǎn)導途徑中兩個關(guān)鍵的正反饋調(diào)節(jié)的家族基因。當植物體內(nèi)脫落酸大量積累時,脫落酸與其受體PYR/PYLs/RCARs結(jié)合后,其以單體形式與磷酸酶PP2Cs結(jié)合,通過抑制PP2Cs,從而釋放SnRK2s蛋白激酶,SnRK2s磷酸化激活ABFs及RAV1等轉(zhuǎn)錄因子、激活下游脫落酸響應基因[9-14]。反之當脫落酸含量較低時,PYR/PYLs/RCARs以二聚體的形式存在,SnRK2的活性受到抑制,阻止脫落酸信號傳導[15]。ZHANG等[16]研究發(fā)現(xiàn),SnRK2家族的OsSAPK9可與OsSGT1相互作用,提高水稻的抗白葉枯病能力;YAO等[17]通過GWAS群體和轉(zhuǎn)錄關(guān)聯(lián)的方法,鑒定到PYL和SnRK2在玉米早期抗穗腐病中顯著上調(diào)。【本研究切入點】現(xiàn)有研究表明,脫落酸在寄主響應病菌侵染、擴展、致病過程中發(fā)揮重要作用[9],且PYL和SnRK2是脫落酸信號轉(zhuǎn)導途徑中兩類關(guān)鍵因子,在脫落酸代謝過程中發(fā)揮著重要作用。然而目前尚未有脫落酸代謝在谷子抗病中的相關(guān)研究?!緮M解決的關(guān)鍵問題】通過基因家族、加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡(luò)(WGCNA)、轉(zhuǎn)錄組分析對PYL和SnRK2家族基因進行鑒定和分析,探索谷子響應禾生指梗霉侵染過程中脫落酸發(fā)揮的作用及關(guān)鍵的調(diào)控因子,為后續(xù)谷子抗白發(fā)病或抗其他生物脅迫的調(diào)控機制研究提供參考。

        1 材料與方法

        1.1 試驗材料

        感病品種晉谷 21號種子由山西農(nóng)業(yè)大學生物工程研究所種質(zhì)資源庫提供,病菌孢子于2016年在山西農(nóng)業(yè)大學試驗田的病株上分離獲得。2017年5月初將種子拌菌處理后種植于山西農(nóng)業(yè)大學谷子雜糧育種基地,以消毒不接種谷子為對照組,采取隨機區(qū)組設(shè)計方法劃分試驗小區(qū),每個小區(qū)面積為3 m×2 m。在谷子葉片剛表現(xiàn)出“灰背”癥狀后,每隔7 d取材一次,樣品經(jīng)液氮速凍后于-80℃保存,用于脫落酸含量測定和RNA提取,共取材5次,以健康葉片為對照,3次重復。

        1.2 谷子PYL和SnRK2家族全基因篩選

        PYL家族篩選:在 Phytozome數(shù)據(jù)庫(https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html)中獲取谷子(v2.2)、水稻(v7_JGI)和擬南芥(TAIR10)的基因組數(shù)據(jù)。在Pfam數(shù)據(jù)庫(http://pfam.xfam.org/)中下載PYL(Polyketide_cyc2)HMMER模型(PF10604),通過HMMER軟件[18]中的hmmsearch命令搜索谷子全基因蛋白質(zhì)數(shù)據(jù),選取比對值 E-value<0.01。SnRK2家族篩選:利用蛋白激酶模型(PF00069)通過hmmsearch對谷子基因組進行搜索,隨后利用擬南芥數(shù)據(jù)庫和水稻數(shù)據(jù)庫下載的SnRK2家族基因?qū)ι弦徊骄哂械鞍准っ附Y(jié)構(gòu)的基因進行同源比對,選取比對值E-value<0.01,利用MEGA計算篩選的基因與水稻、擬南芥SnRK2的遺傳距離,篩選谷子SnRK2家族基因。

        使用 Pfam中的 Batch search對檢索到PYL和SnRK2蛋白序列結(jié)構(gòu)域進行驗證。使用TBtools軟件[19]對谷子的基因組注釋gff3文件的基因定位結(jié)果可視化分析。

        1.3 谷子PYL和SnRK2蛋白理化性質(zhì)和基因定位分析

        采用在線工具 ExPASY-ProtParam(https://web.expasy.org/protparam/)對谷子PYL和SnRK2家族基因的氨基酸數(shù)目、分子量、等電點和總平均疏水指數(shù)進行分析[20]。

        1.4 谷子PYL和SnRK2的系統(tǒng)進化分析

        采用MEGA 7.0[21]中的ClustalW將擬南芥(9個)、水稻(8個)的PYL序列與谷子PYL序列進行多重比對,將擬南芥(5個)、水稻(9個)SnRK2序列與谷子SnRK2序列進行多重比對,構(gòu)建系統(tǒng)進化樹,矯正后,通過Test Neighbor-Joining Tree(鄰近法)構(gòu)建進化樹。利用進化樹在線美化網(wǎng)站ITOL進行進化樹美化。

        1.5 谷子PYL和SnRK2的順式作用元件分析

        采用TBtools軟件[19]提取谷子PYL和SnRK2家族基因的啟動子序列,將提取的啟動子序列到在線數(shù)據(jù)庫 PlantCARE(http://bioinformatics.psb.gent.e/eboolslantcare/html)[22]分析谷子PYL和SnRK2家族基因順式作用元件。

        1.6 脫落酸含量的測定

        取0.5 g葉片材料在液氮中研磨成粉末,將粉末與3 mL 80%甲醇在4℃下混合4 h,4℃,12 000×g離心20 min。收集上清液,用作激素提取液[23]。采用ELISA試劑盒(上海酶聯(lián))測定內(nèi)源激素脫落酸含量[24]。用酶標儀(SP-Max2300A2)在450 nm處測定吸光度,用標準曲線法計算待測激素的含量。以同時期健康葉片為對照,3次重復。

        1.7 共表達網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建和模塊鑒定

        利用同時期轉(zhuǎn)錄組表達矩陣,過濾 FPKM值<1的基因。使用R軟件(R version 3.4.4)和WGCNA(R version 1.6.6)包,構(gòu)建加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡(luò)與劃分相關(guān)模塊[25]。使用 WGCNA包中的 pickSoftThreashold計算軟閾值,選取最佳網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建的 power值。使用blockwiseModules構(gòu)建無尺度網(wǎng)絡(luò),參數(shù)按照默認值設(shè)置[25]。

        1.8 脫落酸及其下游信號轉(zhuǎn)導關(guān)鍵模塊鑒定和功能分析

        利用moduleTraitCor<-cor(mergedMEs,datTraits,use=“p”)對脫落酸含量和共表達模塊進行相關(guān)性分析,鑒定關(guān)鍵模塊。分析PYL和SnRK2基因家族在共表達網(wǎng)絡(luò)中的分布情況,鑒定其信號轉(zhuǎn)導調(diào)控的關(guān)鍵模塊。提取模塊中的基因,利用TBtools進行GO富集[19],以谷子基因組為參考數(shù)據(jù)庫,P-value<0.05,利用Cytoscape對模塊進行可視化[26]。

        1.9 谷子PYL和SnRK2在禾生指梗霉脅迫下的表達模式分析

        對轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進行分析后,利用pheatmap對谷子PYL和SnRK2家族成員的表達水平進行可視化。

        1.10 實時熒光定量PCR(qRT-PCR)

        選取4個基因的轉(zhuǎn)錄本進行qRT-PCR驗證。使用primer 3設(shè)計定量PCR引物,利用M-MuLV第一鏈cDNA合成試劑盒(TaKaRa)對提取的RNA進行純化并反轉(zhuǎn)錄成cDNA。采用2×SG快速qPCR混合試劑盒(TaKaRa)進行熒光定量分析。qRT-PCR擴增的反應體積為15 μL,包括7.5 μL 2×SG快速qPCR主混合物、0.6 μL每個引物、40 ng cDNA模板、3.3 μL ddH2O。PCR流程:95℃變性30 s,95℃變性5 s,60℃退火/延伸30 s,40個循環(huán),以actin為內(nèi)對照基因,用2-ΔΔCT法計算相關(guān)基因表達。3次重復。

        2 結(jié)果

        2.1 谷子PYL和SnRK2的篩選

        基因家族分析共鑒定到PYL和SnRK2家族基因各11個(表1)。谷子PYL和SnRK2家族基因除6號和8號染色體外,其余染色體均有分布,其中4號染色體上只有PYL基因Seita.4G239500,2號和7號染色體上只有SnRK2,分別為 Seita.2G394500和 Seita.7G100500,3號和9號染色體上數(shù)目最多,分別有6個。PYL家族基因氨基酸長度介于175—220 aa,等電點介于 4.39—8.88,分子量較小,分子量最大為23.67 kD。SnRK2家族基因氨基酸數(shù)目在333—454 aa,等電點介于 4.73—8.49,分子量較大,最高可達51.77 kD。

        表1 谷子PYL和SnRK2基因家族成員基本信息Table 1 The basic information of PYL and SnRK2 gene family members in S.italica

        2.2 谷子PYL和SnRK2的系統(tǒng)進化分析

        谷子PYL家族在系統(tǒng)進化中分為4類,橙色分支中的 Seita.3G072600、Seita.5G302400和 Seita.5G140800較為保守,藍色分支中的谷子PYL與水稻PYL聚集在一起,表明這部分谷子PYL可能與水稻PYL親緣性較高。谷子SnRK2家族在系統(tǒng)進化中可分為3類,在灰色、紫色和黃色3個分支中,水稻SnRK2均與谷子SnRK2位于同一小分支上,而擬南芥SnRK2在分支上較獨立,表明SnRK2在禾本科間較為保守(圖1)。

        2.3 順式作用元件預測

        谷子PYL和SnRK2家族基因順式作用元件分析表明(圖2),PYL和SnRK2家族基因中在127個區(qū)域預測到光響應元件。其中,22個家族基因都預測到脫落酸響應元件;谷子PYL家族基因Seita.1G013900、Seita.9G311900和SnRK2家族基因Seita.3G230400和Seita.3G369900被預測到防御和脅迫響應元件;PYL和SnRK2家族基因同時預測到其他激素類響應元件,其中與茉莉酸甲酯響應有關(guān)的基因最多,PYL家族9個,SnRK2家族10個。

        2.4 脫落酸含量的測定

        受侵染不同時期葉片中脫落酸含量測定表明,脫落酸在病菌侵染前期顯著積累,TG1和TG2時期脫落酸含量顯著高于對照組,分別為 22.50和 18.08 ng·mL-1,隨后含量顯著減少。在TG3時期降低到與對照組同等水平13.79 ng·mL-1,在TG4時期達到最低值13.18 ng·mL-1,且含量顯著低于對照組 21.82 ng·mL-1(圖3)。

        2.5 谷子脫落酸共表達網(wǎng)絡(luò)鑒定

        利用 gsg=goodSamplesGenes(datExpr,verbose=3),gsg$allOK參數(shù)測試數(shù)據(jù)的合理性,在所測RNA-seq數(shù)據(jù)中篩選軟閾值β=12構(gòu)建共表達網(wǎng)絡(luò)(圖4-A),利用18 535個基因共得到34個基因共表達模塊(圖4-B)。其中MEturquoise模塊的基因數(shù)目最多有3 924個,MEdarkolivegreen模塊的基因數(shù)目最少,僅有43個。

        圖1 谷子PYL和SnRK2家族系統(tǒng)進化樹Fig.1 Phylogenetic tree of PYL and SnRK2 family genes in S.italica

        圖2 谷子PYL和SnRK2家族基因的啟動子順式作用元件分析Fig.2 Functions of promoter cis-acting elements in PYL and SnRK2 family genes in S.italica

        圖3 脫落酸含量測定Fig.3 Determination of abscisic acid content

        2.6 谷子脫落酸共表達網(wǎng)絡(luò)鑒定

        通過共表達網(wǎng)絡(luò)與脫落酸含量進行關(guān)聯(lián),鑒定到與脫落酸高度正相關(guān)的模塊為MEpaleturquoise模塊,相關(guān)性值為 0.56,其次為 MEbrown和 MEdarkolivegreen模塊,相關(guān)性值均為0.48(圖5-A)。其中負相關(guān)性中值最高的為 MEpink模塊,相關(guān)性值為-0.54(圖5-B),相關(guān)性絕對值最低的為MEdarkorange模塊,相關(guān)性值為0.024。對脫落酸信號轉(zhuǎn)導途徑中的SnRK2和PYL家族基因所在模塊的鑒定中發(fā)現(xiàn)(圖5-C),SnRK2和PYL所在模塊數(shù)目最多的為MEbrown模塊,占總數(shù)目的27%,其中該模塊中有4個PYL和2個SnRK2,表明該模塊也是脫落酸調(diào)控及發(fā)揮生理效應的關(guān)鍵模塊。在MEturquoise模塊中有5個SnRK2,但該模塊與脫落酸含量的相關(guān)性絕對值僅為0.026,不存在相關(guān)性。有5個PYL和1個SnRK2不屬于任何模塊。故MEpaleturquoise和MEbrown為脫落酸及其信號轉(zhuǎn)導響應禾生指梗霉侵染的關(guān)鍵模塊。

        圖4 軟閾值確定和共表達網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建Fig.4 Determination of soft threshold and construction of co-expression network

        2.7 模塊的功能富集

        對篩選的MEpaleturquoise和MEbrown模塊進行功能富集分析(表2),其中MEpaleturquoise模塊顯著富集到 1-3-beta-D-葡聚糖生物合成過程(GO:0006075)、類黃酮代謝過程(GO:0051552)和類黃酮生物合成過程(GO:0051553),還富集到了鈣離子平衡(GO:0055074)和磷酸轉(zhuǎn)移酶活性(GO:0016780)等。MEbrown模塊富集到響應真菌(GO:0009620)、生物刺激反應(GO:0009607)、免疫系統(tǒng)的過程(GO:0002376)等與脅迫相關(guān)的功能;激素響應(GO:0009725)、激素介導的信號通路(GO:0009755)、乙烯激活的信號通路(GO:0009873)和油菜素內(nèi)酯(GO:0009742)介導的信號通路等與激素相關(guān)的一些功能;以及蔗糖響應(GO:0009744)、脂肪酸代謝(GO:0006631)和調(diào)節(jié)氮化合物代謝過程(GO:0051171)等與基礎(chǔ)代謝相關(guān)的功能。

        對與脫落酸關(guān)聯(lián)的 MEpaleturquoise模塊和MEbrown模塊中以谷子PYL、SnRK2家族基因構(gòu)建了共表達網(wǎng)絡(luò)。其中 MEplaeturquoise中鑒定到 Seita.4G105600、Seita.6G218100和Seita.9G138400為該模塊的樞紐基因(圖6-A),Seita.4G105600在水稻和擬南芥中都被鑒定為含有 WD結(jié)構(gòu)域的超家族蛋白,Seita.6G218100在水稻中的同源基因為WRKY57轉(zhuǎn)錄因子,在擬南芥中同源基因為包含VQ基序的蛋白;Seita.9G138400在水稻和擬南芥中都注釋的為植物特有的響應脅迫相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子TIFY(表3)。在脫落酸信號轉(zhuǎn)導途徑中的PYL和SnRK2家族基因有4個處于網(wǎng)絡(luò)調(diào)控的樞紐位置(圖6-B),其中PYL家族基因的 Seita.1G013900和SnRK2家族基因的 Seita.2G394500在網(wǎng)絡(luò)中權(quán)重值較高,可能起主要調(diào)控作用。

        2.8 表達模式分析

        在響應禾生指梗霉侵染的表達模式分析中,處理組中的PYL家族基因Seita.1G030500、Seita.3G207900、Seita.9G311900和Seita.9G437300均在前期表達水平較高,SnRK2家族基因Seita.2G394500、Seita.3G003200在TG1時期表達水平較高(圖7-A)。對谷子PYL和SnRK2家族基因與脫落酸含量進行相關(guān)性分析,鑒定到基因Seita.1G030500、Seita.2G394500和Seita.3G003200顯著性最高,分別為0.80、0.65和0.72(圖7-B)。

        圖5 關(guān)鍵模塊的鑒定Fig.5 Identification of key modules

        圖6 MEpaleturquoise模塊內(nèi)基因和MEbrown模塊內(nèi)PYL、SnRK2家族基因共表達網(wǎng)絡(luò)Fig.6 Gene co-expression network of the MEpaleturquoise module and PYL, SnRK2 family genes in MEbrown module

        表2 模塊GO富集情況Table 2 GO enrichments of network modules

        表3 模塊核心基因功能注釋Table 3 Functional annotation of modular hub genes

        2.9 實時熒光定量PCR

        4個基因 Seita.2G394500、Seita.4G105600、Seita.6G218100和Seita.9G138400的熒光定量分析表明,基因Seita.2G394500在TG1、TG2時期的表達量顯著上調(diào);基因Seita.4G105600和Seita.6G218100在TG2、TG3、TG4時期的表達量均高于對照組的表達量,且TG2、TG3時期表達量顯著上調(diào);基因Seita.9G138400 5個時期表達量顯著下調(diào)(圖8)。

        圖7 PYL和SnRK2家族基因表達模式及相關(guān)性分析Fig.7 Gene expression pattern and correlation analysis of PYL and SnRK2 families

        3 討論

        脫落酸可作為抗病性的抑制因子或增強劑,VLEESSCHAUWER等[27]研究發(fā)現(xiàn),通過對水稻葉片施加脫落酸,可增加水稻對褐斑病的抗性,但ULFERTS等[28]發(fā)現(xiàn)脫落酸含量的升高導致稻瘟病菌對大麥葉片的危害加重。脫落酸在植物的防御反應中扮演著復雜而矛盾的角色。本研究中,在禾生指梗霉早期侵染階段,脫落酸含量較對照組顯著增加,表明禾生指梗霉的侵染可能引起寄主內(nèi)源脫落酸含量的積累。鑒定出的 11個谷子SnRK2基因被分為3類,與水稻[29]、擬南芥[30]的研究結(jié)果一致,而且與玉米[31]、高粱[32]的研究結(jié)果類似,主要包括不依賴于脫落酸、不依賴于激酶或?qū)γ撀渌岬囊蕾囆匀鹾蛯γ撀渌峋哂泻軓姷囊蕾囆?3類。谷子Seita.1G013900、Seita.4G239500基因與水稻中OsPYL3(LOC_Os02G15640)和OsPYL9(LOC_Os06g36670)同源性較高,這兩個基因在水稻中可以正向調(diào)控脫落酸信號,是真正的水稻脫落酸受體[33],通過PYL和SnRK2的同源聚類分析驗證了其在脫落酸信號轉(zhuǎn)導通路上的重要作用。

        圖8 不同時期基因表達量變化Fig.8 Changes in gene expression at different stages

        在共表達網(wǎng)絡(luò)分析中,篩選到與脫落酸含量高度相關(guān)的MEpaleturquoise模塊,通過對該模塊的富集分析鑒定到了槲皮素、類黃酮和鈣離子平衡相關(guān)的功能。賈振華[34]用槲皮素處理野生型擬南芥后,活性氧含量增加,同時還出現(xiàn)活性氧爆發(fā)、過敏性細胞壞死、胼胝質(zhì)沉積等多種抗性反應,進而增強擬南芥對丁香假單胞菌(Pseudomonas syringae)的抗性。PYL和SnRK2在脫落酸信號轉(zhuǎn)導過程中具有重要作用,在順式作用元件分析中,鑒定到PYL和SnRK2家族基因中存在與防御和脅迫響應、脫落酸、水楊酸、茉莉酸甲酯、類黃酮等響應元件,表明PYL和SnRK2家族基因在參與激素響應脅迫方面可能發(fā)揮重要作用。在對PYL和SnRK2高度相關(guān)的MEbrown模塊富集中,富集到了大量與生物脅迫相關(guān)功能的基因,如免疫系統(tǒng)過程、細胞壁大分子生物合成過程、脂肪酸代謝、油菜素內(nèi)酯、乙烯及生物刺激反應等。脂肪酸代謝物甘油-3-磷酸(G3P)的積累可以提高擬南芥對炭疽病菌(Colletotrichum higginsianum)的抗性[35],植物角質(zhì)層中的主要成分也是脂肪酸及其衍生物,對抵御病菌侵染具有重要作用[36]。油菜素內(nèi)酯可誘導水稻對煙草花葉病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)、稻瘟病菌和水稻白葉枯病菌(Xanthomonas oryzae)的抗性[37]。通過對谷子不同侵染、擴展階段脫落酸含量的測定、生物信息學分析及不同時期表達量的測定,推測脫落酸在禾生指梗霉侵染過程中可能發(fā)揮著非常重要的作用。

        本研究通過表達模式和相關(guān)性分析,鑒定到基因Seita.1G030500、Seita.2G394500和Seita.3G003200在脫落酸響應過程中發(fā)揮著重要作用。通過共表達網(wǎng)絡(luò)分析預測到的3個核心基因中,Seita.4G105600在水稻和擬南芥中的同源基因均為含有WD40重復結(jié)構(gòu)的家族蛋白,WD40家族蛋白在植物生長發(fā)育、響應脅迫方面具有重要作用,李寶燕[38]鑒定到含有WD40基序的NtTTG2通過協(xié)調(diào)生長素和水楊酸提高抗病性。Seita.6G218100在水稻中的同源基因為WRKY57,WRKY轉(zhuǎn)錄因子在番茄上被報道為負調(diào)控番茄對灰霉病的抗性[39]。Seita.9G138400的同源基因在水稻和擬南芥中均被鑒定為 TIFY家族蛋白基因,TIFY家族蛋白在植物生長發(fā)育、激素應答和逆境脅迫方面具有重要作用,過表達VvTIFY9可提高葡萄對白粉病的抗性[40]。筆者推測,谷子內(nèi)源脫落酸在受到禾生指梗霉脅迫時,可能通過 Seita.6G218100、Seita.4G105600和 Seita.9G138400基因編碼的WRKY57、WD40重復結(jié)構(gòu)蛋白以及TIFY蛋白激活抗病響應途徑。

        4 結(jié)論

        脫落酸在禾生指梗霉侵染谷子葉片早期大量積累,通過加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡(luò)進行脫落酸及其信號轉(zhuǎn)導基因PYL和SnRK2關(guān)聯(lián)分析,共篩選到6個基因參與谷子內(nèi)源脫落酸響應禾生指梗霉侵染過程,包含 1個PYL家族基因、2個SnRK2家族基因、1個WD40家族蛋白基因、1個WRKY57轉(zhuǎn)錄因子和1個TIFY轉(zhuǎn)錄因子基因。經(jīng)qRT-PCR驗證發(fā)現(xiàn)1個SnRK2家族基因、1個WD40家族蛋白基因和1個WRKY57轉(zhuǎn)錄因子基因共3個基因可能在谷子脫落酸響應禾生指梗霉侵染過程中發(fā)揮重要作用。

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