夏維 胡玲 劉東 胡紅兵
N6-甲基腺嘌呤(m6A)是發(fā)生于哺乳動物mRNA上最為常見的修飾[1]。m6A高通量測序結(jié)果證實超過7 000個人類基因含有m6A,且每2 000個核苷酸中有一個m6A。m6A修飾主要發(fā)生于mRNA高度保守的共識序列:RRACH(R = G or A;H = A,C or U)[2]。研究表明,m6A影響mRNA的剪接、運輸、翻譯和降解,參與脂肪生成、發(fā)育、致癌、干細胞再生以及其他生命進程[2]。
AlkB同源蛋白5(AlkB homologue 5,ALKBH5)是目前發(fā)現(xiàn)的m6A去甲基化酶之一,在m6A動態(tài)調(diào)控過程中起到重要作用[3]。ALKBH5屬于AlkB家族蛋白成員,具有保守的鐵連接區(qū)域和α-酮戊二酸作用區(qū)域[4]。研究證實ALKBH5與小鼠的生殖密切相關(guān),ALKBH5敲除小鼠mRNA的m6A水平顯著上調(diào),并且小鼠睪丸萎縮,精子數(shù)目和活動力的下降[5],但具體發(fā)生機制尚不明確。
富含半胱氨酸分泌蛋白2(CRISP2,Cysteine-rich secretory proteins 2)主要存在于哺乳動物雄性生殖系統(tǒng),且與生殖的不同階段相關(guān)[6]。CRISP2敲除的小鼠精子功能缺陷,導致生殖障礙[7]。β-防御素1(DEFB1,β-defensin 1)廣泛分布于機體內(nèi),具有抗微生物的活性,抑制DEFB1功能會降低正常精子的活力和殺菌活性[8]。為了探究m6A升高引起的男性弱精癥的發(fā)病機制,本研究通過敲除和過表達精原細胞(GC-1)的m6A去甲基化酶ALKBH5,檢測m6A和精子功能相關(guān)基因CRISP2和DEFB1的表達,從而明確m6A去甲基化酶ALKBH5對小鼠精原細胞(GC-1)功能的影響。
1.材料:研究所需的主要試劑和儀器包括DMEM高糖培養(yǎng)基(美國Gibco公司)、0.25% 胰蛋白酶(美國Thermo公司)、胎牛血清(美國Gibco公司)、1%雙抗(青霉素、鏈霉素)(美國Gibco公司)、Lipofectamine 3000 (美國Invitrogen公司)、iTaqTMUniversal Supermixes (美國BioRad公司)、ALKBH5抗體(中國Proteintech公司)、GAPDH抗體(中國Proteintech公司)、TRIzol (美國Invitrogen公司)、逆轉(zhuǎn)錄試劑盒(日本TOYOBO公司)、核酸酶S1(中國Takara公司)、堿性磷酸酶(中國Takara公司)、磷酸二酯酶(中國Sigma-Aldrich公司)、標準品(rA,rU,rC,rG,dA,T,dC,dG,m6A)(中國Sigma-Aldrich公司);實時熒光定量PCR儀(美國Bio-Rad公司)、低溫離心機(美國Beckman公司)、LC-20AD高效液相色譜儀(日本島津公司)、Hisep C18-T色譜柱 (150 mm×2.1 mm 5 μm,中國韋泰公司)、AB 3200 QTRAP 質(zhì)譜儀(美國Life Technologie公司)。
2.細胞培養(yǎng):由本實驗室凍存復蘇而得的人胚腎細胞HEK293T和小鼠精原細胞(GC-1)于含有10% 胎牛血清和1%雙抗DMEM的培養(yǎng)基中,37 ℃、5% CO2進行培養(yǎng),當細胞生長狀態(tài)良好并且融合度達到約80% 時,進行細胞傳代或繼續(xù)下列實驗。
3.ALKBH5敲除與過表達:利用Lipofectamine 3000將ALKBH5敲除質(zhì)粒和空載質(zhì)粒分別與病毒包裝質(zhì)粒共轉(zhuǎn)染HEK293T細胞,48 h后收集含病毒顆粒的細胞培養(yǎng)上清液,濃縮病毒液,用病毒液感染小鼠精原細胞(GC-1),72 h 后加入2 μg/mL 的嘌呤霉素篩選,將篩選出的細胞擴大培養(yǎng)并收樣,設(shè)置敲除組sh-ALKBH5和對照組sh-CTL;利用Lipofectamine 3000 將質(zhì)粒pcDNA3.1-ALKBH5與空載pcDNA3.1分別轉(zhuǎn)染至小鼠精原細胞(GC-1),48 h后收集轉(zhuǎn)染的細胞,設(shè)置過表達組oe-ALKBH5和對照組oe-CTL。
4.RNA提取與逆轉(zhuǎn)錄:TRIzol法提取ALKBH5敲除和過表達細胞RNA,方法參照試劑說明書,40 μL RNase-Free ddH2O溶解沉淀,用NanoDrop檢測RNA的濃度與純度。逆轉(zhuǎn)錄試劑盒將細胞RNA逆轉(zhuǎn)錄為cDNA,方法參照試劑盒說明書。
5.LC-MS/MS檢測細胞m6A水平:利用核酸酶S1、堿性磷酸酶、磷酸二酯酶酶解精子RNA,采用液相色譜與質(zhì)譜聯(lián)用系統(tǒng)檢測細胞m6A水平。檢測方式為多反應監(jiān)測(multiple reaction monitoring,MRM)模式,監(jiān)測離子對(母離子→子離子)分別為:m6A(282.2 →150.1),rA(268.4 → 136.2),rU(245.4 → 113.1),rC(244.4 → 112.2),rG(284.5 → 152.2),dA(252.4 → 136.2),T(243.3 → 127.2),dC(228.4 → 112.2),dG(268.4 → 152.4)。
6.qPCR檢測精子功能相關(guān)基因的表達水平:qPCR儀檢測精子功能相關(guān)基因(CRISP2和DEFB1)表達水平,利用β-肌動蛋白(β-ACTIN)基因和甘油醛-3-磷酸脫氫酶(Glyceraldehyde-3-phosphate Dehydrogenase,GAPDH)基因作為內(nèi)參基因進行標化,引物如下(5′→3′):CRISP2上游引物5′-CGGACATTACACTCAG-3′,下游引物5′-TTGTTACCCATAGGAC-3′,DEFB1上游引物5′-CTTTCTCCTGGTGATG-3′,下游引物5′-GTTCCCTGTAGTTTGG-3′,GAPDH上游引物5′-CAGCAACTCCCACTCTTCCAC-3′,下游引物5′-TGGTCCAGGGTTTCTTACTC-3′,β-ACTIN上游引物5′-GTACGACCAGAGGCATACA-3′,下游引物5′-AGCACCCTGTGCTGCTCA-3′。
7.蛋白提取與Western 印跡:收集ALKBH5敲除和過表達細胞(sh-ALKBH5、sh-CTL、oe-ALKBH5、oe-CTL),加入RIPA裂解液于冰上裂解30 min。離心收集上清液,加入上樣緩沖液煮沸,得到細胞總蛋白樣品。采用10% SDS-PAGE 分離膠電泳分離細胞總蛋白,轉(zhuǎn)膜,脫脂奶粉室溫封閉1 h后,于4 ℃一抗孵育過夜,TBST 洗脫15 min三次,加入二抗室溫孵育2 h,TBST 洗脫15 min三次,顯影。以GAPDH 作為內(nèi)參蛋白。
1.GC-1細胞的ALKBH5敲除及過表達:通過Western 印跡檢測ALKBH5敲除和過表達細胞(sh-ALKBH5、sh-CTL、oe-ALKBH5、oe-CTL)的ALKBH5蛋白表達(見圖1),sh-ALKBH5組細胞ALKBH5表達顯著低于對照組(sh-CTL),oe-ALKBH5組細胞ALKBH5表達顯著高于對照組(oe-CTL),表明在GC-1細胞中成功敲除和過表達ALKBH5。
2.ALKBH5敲除及過表達細胞m6A含量:LC-MS/MS檢測精子RNA的m6A水平,結(jié)果表明敲除組sh-ALKBH5的 m6A含量(0.337%±0.011%)明顯高于對照組sh-CTL的m6A 含量(0.293%±0.006%),P=0.004(見圖2);過表達組oe-ALKBH5細胞m6A含量(0.214%±0.011%)明顯低于對照組oe-CTL的m6A 含量(0.256%±0.012%),P=0.028。
圖2 ALKBH5敲除及過表達細胞m6A含量
3.ALKBH5敲除及過表達細胞中精子功能相關(guān)基因表達:熒光定量PCR檢測ALKBH5敲除及過表達細胞中精子功能相關(guān)基因CRISP2和DEFB1的表達水平,結(jié)果表明敲除ALKBH5,精子功能相關(guān)基因CRISP2和DEFB1表達水平下降;過表達ALKBH5,CRISP2和DEFB1表達升高(圖3)。
圖3 ALKBH5敲除及過表達細胞中精子功能相關(guān)基因表達
m6A是近年來研究比較熱門的RNA甲基化修飾,m6A影響mRNA的穩(wěn)定性和功能,可通過參與mRNA的剪接、轉(zhuǎn)運、加工等過程來影響基因的表達[9]。ALKBH5是具有RNA去甲基化活性的AlkB家族蛋白,在人類細胞系中敲除ALKBH5,不僅會導致總RNA的m6A含量升高,還會促進這些RNA從細胞核向細胞質(zhì)的運輸。此外,ALKBH5還影響RNA的初期合成和剪接效率[9]。本研究敲除和過表達精原細胞(GC-1)的m6A去甲基化酶ALKBH5,敲除ALKBH5導致m6A水平升高,過表達ALKBH5導致m6A水平降低。由此可見,ALKBH5作為m6A去甲基化酶,在調(diào)控GC-1細胞m6A過程中起到重要作用。隨后本實驗檢測了敲減和過表達ALKBH5的精原細胞精子功能相關(guān)基因CRISP2和DEFB1的mRNA表達水平,發(fā)現(xiàn)ALKBH5抑制CRISP2和DEFB1基因的表達,其可能的機制是ALKBH5促進m6A的去甲基化,從而影響CRISP2和DEFB1基因的穩(wěn)定表達。
CRISP2是不育相關(guān)基因中的潛在候選基因,在弱精子癥病人精子中,CRISP2蛋白水平降低,且CRISP2表達的降低與低精子活動度和不正常的精子形態(tài)具有相關(guān)性[7]。CRISP2敲除小鼠的精子受精能力和Ca2+調(diào)控缺陷導致了小鼠的生殖缺陷[7]。DEFB1是首個被證實的β-defensin 家族成員,在不育男性精子中,DEFB1的含量是明顯低于正常精子的,且與精子活動度和抗菌活性降低密切相關(guān)。DEFB1與趨化因子受體6(chemokine receptor type 6,CCR6)相互作用,促發(fā)對精子運動具有重要作用的Ca2+動員,因此在活力異常的男性不育患者中,DEFB1可能具有診斷和治療潛能[8]。本研究在細胞水平驗證了ALKBH5調(diào)控的m6A改變會引起CRISP2和DEFB1表達改變,而CRISP2和DEFB1對精子的功能具有重要影響,由此可以推斷,m6A去甲基化酶ALKBH5通過影響CRISP2和DEFB1的表達,而影響精子的功能,這可能也是弱精癥精子活動度降低的原因之一。
綜上所述,本研究通過在小鼠精原細胞GC-1中干擾和過表達ALKBH5,探究ALKBH5調(diào)控的m6A修飾對精子功能相關(guān)基因的影響,為弱精子癥發(fā)病機制的研究提供依據(jù),對男性不育的研究具有一定的意義。