KeyGene首次在植物中成功應(yīng)用適應(yīng)性DNA測序
2020-08-12 09:02:37
國際種業(yè)前沿動態(tài) 2020年14期
KeyGene是一家專注于提高作物產(chǎn)量和質(zhì)量跨國農(nóng)業(yè)生物技術(shù)公司，該公司的科學(xué)家們于近期首次報道了適應(yīng)性DNA測序（adaptive DNA sequencing）在植物中的成功應(yīng)用，利用Oxford Nanopore Technologies公司的MinION測序設(shè)備（具有強(qiáng)大的GPU配置和讀取軟件），研究小組成功地將瓜類基因組中的800個區(qū)域進(jìn)行了8倍擴(kuò)增，并對這些區(qū)域進(jìn)行了選擇性測序。
這項突破性發(fā)現(xiàn)將進(jìn)一步減少勘測基因組中已知的、與重要植物性狀有關(guān)的區(qū)域（如果實的顏色、味道或?qū)Σ≡w的抵抗力）所需的時間和資金。通過對這些區(qū)域的詳細(xì)測序和分析，可以解釋變異的原因并將其應(yīng)用于育種。于此，改良品種可以更快地被推向市場。
適應(yīng)性測序允許對選擇出的DNA區(qū)域進(jìn)行測序。當(dāng)DNA片段穿過測序器的小孔時，該設(shè)備將產(chǎn)生一系列核苷酸。一臺功能強(qiáng)大的計算機(jī)將生成的序列與研究人員研究的區(qū)域的信息進(jìn)行比較。當(dāng)計算機(jī)斷定該片段不屬于目標(biāo)區(qū)域時，小孔將收到信號，在對DNA片段進(jìn)行完全測序之前將其推出該區(qū)域。然后這個小孔將再次作用于樣本中的下一個DNA片段。
這一切都在不到一秒的時間內(nèi)發(fā)生，并且需要實時比較測序器中通過512個小孔的DNA片段的序列，以及植物DNA選定區(qū)域的所有序列。
來源：KeyGene
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