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        一次性序列模式匹配研究進(jìn)展

        2020-08-07 08:51:32于磊
        科技風(fēng) 2020年20期
        關(guān)鍵詞:模式匹配

        摘?要:帶通配符的模式匹配問(wèn)題具有更廣闊的應(yīng)用前景。間隙約束是將通配符的數(shù)量設(shè)置為一個(gè)可變范圍,具有更高的靈活性。一次性模式匹配作為帶間隙約束模式匹配的一種,能夠?qū)ζヅ浣Y(jié)果進(jìn)行有效的縮減,有著重要的實(shí)際應(yīng)用意義。本文主要綜述了目前一次性序列模式匹配相關(guān)研究,并對(duì)將來(lái)的研究工作進(jìn)行了展望。

        關(guān)鍵詞:一次性;間隙約束;模式匹配

        模式匹配是計(jì)算機(jī)科學(xué)中的一個(gè)重要研究方向。帶通配符的模式匹配不僅具有理論研究意義,而且在生物基因檢測(cè)、序列模式挖掘、文本信息搜索等領(lǐng)域具有重要的應(yīng)用。然而,傳統(tǒng)通配符的數(shù)目通常是單個(gè)或固定值,在間隔不確定字符數(shù)時(shí)無(wú)法適用。而更靈活的間隙約束采用了指定范圍來(lái)描述模式中的通配符數(shù)量,可以表示為P=p1[a1,b1]p2…pj[aj,bj]pj+1…pm1[am1,bm1]pm,其中,[aj,bj]就是間隙約束,aj和bj分別指pj和pj+1之間通配符個(gè)數(shù)的最小值和最大值[1]。

        一次性模式匹配作為帶間隙約束模式匹配中的一種,不僅能夠?qū)Y(jié)果集進(jìn)行有效縮減,而且在序列模式挖掘中具有重要應(yīng)用[2]。由于間隙約束的存在,每當(dāng)子模式出現(xiàn)不同的位置,都會(huì)產(chǎn)生一個(gè)新的出現(xiàn),從而導(dǎo)致解的空間大小達(dá)到指數(shù)級(jí)。設(shè)序列長(zhǎng)度為n,模式長(zhǎng)度為m,最大間隙為w,則解的空間大小為O(nwm),當(dāng)模式長(zhǎng)度m較大時(shí),所有出現(xiàn)的數(shù)量將無(wú)法估計(jì)。為了解決該問(wèn)題,武等人[3]研究了一次性條件的模式匹配,一次性條件規(guī)定序列中的字符最多只能被匹配一次,解的空間大小降低到O(n/m)。在此基礎(chǔ)上,一系列的一次性匹配算法被相繼提出,如SBO算法[3]、DCNP算法[4]等。按照間隙類型的不同,一次性模式匹配可分為非負(fù)間隙的匹配和一般間隙的匹配。本文將從這兩個(gè)方面,對(duì)目前的一次性匹配算法進(jìn)行綜述。

        一、非負(fù)間隙的匹配

        一次性模式匹配已被證明為NPHard問(wèn)題,現(xiàn)有的研究無(wú)法得到完備解。因此,研究者們均從解的完備性和時(shí)間效率兩方面進(jìn)行不斷平衡。目前一次性模式匹配的求解方法可大致分為三類:二維表結(jié)構(gòu)、位并行方法、樹(shù)或圖結(jié)構(gòu)。

        非負(fù)間隙約束滿足0≤ai≤bi,在求解這類模式匹配問(wèn)題時(shí),最直接的方法是用二維表結(jié)構(gòu)進(jìn)行求解,通過(guò)對(duì)二維表的構(gòu)建和回溯來(lái)搜索一次性出現(xiàn)。這類算法的特點(diǎn)是能夠在線求解,具有較快的求解速度,但是容易陷入局部最優(yōu)而丟解。而位并行的方法則是利用計(jì)算機(jī)字位運(yùn)算的內(nèi)在并行性,能夠進(jìn)一步提高匹配效率,但在求解數(shù)量上相比二維表結(jié)構(gòu)的方法并未提高。為了提高算法的求解質(zhì)量,有研究者將模式匹配轉(zhuǎn)換為樹(shù)或圖中的路徑搜索問(wèn)題,得到了較好的結(jié)果。例如,武等人[3]利用網(wǎng)樹(shù)結(jié)構(gòu)提出一種離線求解算法SBO,該算法通過(guò)計(jì)算局部最優(yōu)和全局最優(yōu),提高了一次性條件下解的個(gè)數(shù)。這類算法能夠得到更多的解,但由于存在大量的耗時(shí)計(jì)算,導(dǎo)致算法的求解效率不高。

        二、一般間隙的匹配

        非負(fù)間隙忽略了字符顛倒的情況,在某些領(lǐng)域中使用受到限制。例如,在實(shí)際的購(gòu)買(mǎi)序列中,<鼠標(biāo),鍵盤(pán)>和<鍵盤(pán),鼠標(biāo)>可以認(rèn)為是同一購(gòu)買(mǎi)行為。為了提高間隙約束的靈活性,有研究者開(kāi)展了一般間隙下的模式匹配研究。一般間隙允許存在ai<0或者bi<0的情況,如P=a[1,2]g[2,1]t就是一般間隙下的模式,這樣的模式能夠發(fā)現(xiàn)更多隱藏的信息,但是求解難度更大。武等人[5]對(duì)一般間隙轉(zhuǎn)化為非負(fù)間隙的模式進(jìn)行了理論研究,并利用子網(wǎng)樹(shù)結(jié)構(gòu)提出一種SETS算法,能夠?qū)σ话汩g隙下的模式匹配進(jìn)行快速求解。然而該算法只能計(jì)算完全匹配數(shù),出現(xiàn)數(shù)量巨大,并且不能輸出具體的出現(xiàn)位置。為解決該問(wèn)題,柴等人[4]在一般間隙的模式匹配問(wèn)題中引入一次性條件,由于一次性條件限制了字符的使用次數(shù),導(dǎo)致在一般間隙下存在形如<1,2,1>的內(nèi)部重復(fù)問(wèn)題。于是,引入一種Checking檢測(cè)機(jī)制對(duì)該問(wèn)題進(jìn)行有效的解決,并提出一種基于結(jié)點(diǎn)動(dòng)態(tài)更新的DCNP算法。該算法不僅能夠?qū)Τ霈F(xiàn)集進(jìn)行有效縮減,而且能夠計(jì)算出一般間隙模式的具體出現(xiàn)位置,具有更廣闊的應(yīng)用前景。

        三、總結(jié)與展望

        本文主要對(duì)一次性序列模式匹配進(jìn)行了詳細(xì)綜述。首先對(duì)帶間隙約束的模式匹配進(jìn)行了介紹,然后從非負(fù)間隙和一般間隙兩個(gè)角度,對(duì)一次性模式匹配的相關(guān)研究進(jìn)行了詳細(xì)分析。最終我們發(fā)現(xiàn),目前的一次性模式匹配都是在力求找到更多解的同時(shí),提高求解效率,但均未實(shí)現(xiàn)完備性求解。如何更加高效地處理一次性模式匹配問(wèn)題,仍然需要進(jìn)一步的研究。同時(shí),現(xiàn)有的研究大多都將字符的效用視為均等,而基于高效用的一次性模式匹配工作則更加具有實(shí)際意義,這也需要進(jìn)一步的研究探討。

        參考文獻(xiàn):

        [1]Wu Y,Tong Y,Zhu X,et al.NOSEP:Nonoverlapping sequence pattern mining with gap constraints[J].IEEE Transactions on Cybernetics,2018,48(10):28092822.

        [2]Wu Y,Wang L,Ren J,et al.Mining sequential patterns with periodic wildcard gaps[J].Applied Intelligence,2014,41(1):99116.

        [3]武優(yōu)西,吳信東,江賀,等.一種求解MPMGOOC問(wèn)題的啟發(fā)式算法[J].計(jì)算機(jī)學(xué)報(bào),2011,34(8):14521462.

        [4]柴欣,賈曉菲,武優(yōu)西,等.一般間隙及一次性條件的嚴(yán)格模式匹配[J].軟件學(xué)報(bào),2015,26(5):10961112.

        [5]武優(yōu)西,劉亞偉,郭磊,等.子網(wǎng)樹(shù)求解一般間隙和長(zhǎng)度約束嚴(yán)格模式匹配[J].軟件學(xué)報(bào),2013,24(5):915932.

        作者簡(jiǎn)介:于磊(1994—),男,漢族,河北深州人,碩士,學(xué)生,研究方向:模式挖掘。

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