張銀霞 ,沈文娟 ,韓雪琴,張振海,田 蕾 ,楊淑琴 ,羅成科,李培富(.寧夏大學(xué) 農(nóng)學(xué)院,銀川 7500; .寧夏回族自治區(qū)原種場(chǎng),銀川 75000;
3.寧夏農(nóng)林科學(xué)院 農(nóng)作物研究所,寧夏永寧 750105)
水稻(Oryzasativa)是重要的糧食作物,而被稱為“水稻癌癥”的稻瘟病會(huì)使水稻大幅度減產(chǎn)甚至絕收,是全球糧食安全的重大隱患。據(jù)全國(guó)農(nóng)作物重大病蟲(chóng)害預(yù)警,2018年稻瘟病在中國(guó)的發(fā)病面積為7500萬(wàn)畝次,較2017年偏重流行[1]。在寧夏地區(qū)稻瘟病是常發(fā)性病害,也是重要的病害之一,嚴(yán)重威脅著水稻的產(chǎn)量和品質(zhì)。對(duì)水稻新品種的培育來(lái)說(shuō),抗病基因的利用是抗病育種的基礎(chǔ)和核心。抗性基因可操作性強(qiáng)、效果明顯,因此,人們?cè)诤茉缫郧熬烷_(kāi)始開(kāi)展主要抗性基因的鑒定及其應(yīng)用研究。Piz和Pik是水稻中目前報(bào)道含有廣譜高抗稻瘟病最多的2個(gè)位點(diǎn),它們分別包含Pi2、Pi9、Pizt和Pi1、Pikh、Pikm復(fù)等位基因[2-4]。Pita和Pib在中國(guó)很多稻區(qū)也表現(xiàn)出很高水平的抗性[5-6],但這些位點(diǎn)或基因在國(guó)內(nèi)品種資源中的分布及利用還缺乏完善的研究,限制了它們?cè)谟N中的應(yīng)用。針對(duì)寧夏地區(qū)近幾年選育的水稻新品種對(duì)稻瘟病抗性較低或僅能達(dá)到中抗,而全國(guó)各地都已實(shí)施新品種審定稻瘟病“一票否決制”,所以本研究擬采用已克隆抗稻瘟病基因的功能標(biāo)記對(duì)寧夏水稻種質(zhì)資源進(jìn)行分子掃描,結(jié)合稻瘟病抗性的人工接種鑒定和自然誘發(fā)鑒定,進(jìn)而開(kāi)展稻瘟病抗性與抗性基因的關(guān)聯(lián)分析,確定寧夏水稻抗稻瘟病的主要基因,揭示寧夏水稻抗稻瘟病的遺傳基礎(chǔ)。在此基礎(chǔ)上,對(duì)主要抗病基因在寧夏水稻品種中的應(yīng)用進(jìn)行評(píng)價(jià),以期為抗病品種的應(yīng)用及抗病基因的分子標(biāo)記輔助選擇育種提供理論依據(jù)。
1.1.1 供試水稻材料 以143份寧夏水稻種質(zhì)資源(98份寧夏自育水稻品種和45份雜交后代)作為試驗(yàn)材料。
1.1.2 供試稻瘟病菌菌株 供試稻瘟病菌菌株由寧夏大學(xué)農(nóng)學(xué)院植保實(shí)驗(yàn)室李文強(qiáng)老師提供,是從寧夏各水稻種植區(qū)收集到的致病性強(qiáng)且致病力頻率高的稻瘟病菌經(jīng)過(guò)單胞分離純化后的菌株,如表1所示。
1.2.1 寧夏水稻種質(zhì)資源稻瘟病抗性的鑒定水稻材料在寧夏大學(xué)水稻育種基地種植,每個(gè)材料種植2行,每行10株,株距10 cm,行距26 cm,每隔2行種植1行誘發(fā)行(楊和白皮稻)。在水稻分蘗期采用人工接種和自然誘發(fā)相結(jié)合的方法進(jìn)行稻瘟病抗性鑒定。在分蘗初期和盛期調(diào)查3次葉瘟,在抽穗期及黃熟期調(diào)查2次穗瘟。葉瘟的調(diào)查在每個(gè)小區(qū)以發(fā)病最重的2~3株的平均發(fā)病等級(jí)作為該品種的抗性級(jí)別,穗瘟的調(diào)查在每個(gè)小區(qū)隨機(jī)抽查10株,記錄發(fā)病率和病級(jí)。稻瘟病發(fā)病情況按照國(guó)際水稻所(IRRI)稻瘟病抗性評(píng)價(jià)葉瘟分級(jí)標(biāo)準(zhǔn)??剐栽u(píng)價(jià)值越大,越容易感病。具體分級(jí)見(jiàn)水稻品種試驗(yàn)稻瘟病抗性鑒定與評(píng)價(jià)技術(shù)規(guī)程中的水稻稻瘟病抗性綜合評(píng)價(jià)分級(jí)標(biāo)準(zhǔn)[7](高抗<0.1,抗0.1~2.0,中抗4.1~6.0,感6.1~7.5,高感7.5~9.0)。
表1 供試稻瘟病菌菌株Table 1 Rice blast strains in this study
1.2.2 寧夏水稻種質(zhì)資源抗稻瘟病基因的分子掃描 引物合成:PCR特異性引物由生工生物工程(上海)股份有限公司北京分公司合成,序列見(jiàn)表2。
表2 稻瘟病抗性基因引物序列Table 2 Gene primer sequence of rice blast resistance
寧夏水稻種質(zhì)資源基因組DNA的提取及擴(kuò)增:采用改良SDS法提取水稻基因組DNA,并用0.8%的瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)DNA質(zhì)量和濃度[8]。然后以DNA為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增,反應(yīng)體系為20 μL,包含PCR緩沖液10×Buffer(25 mmol/L、含Mg2+)2.0 μL, dNTP(2.5 mol/mL)0.4 μL,引物( 4 pmol/L) 2.0 μL,TaqDNA 聚合酶(5 U /μL) 0.2 μL,模板DNA(約15 ng /L)2.0 μL,最后用ddH2O補(bǔ)足20 μL。
PCR擴(kuò)增反應(yīng)程序:94 ℃,5 min;35個(gè)循環(huán);94 ℃,45 s,退火溫度依據(jù)引物說(shuō)明而定, 72 ℃,1.5 min;最后72 ℃延伸10 min。擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)1.2%瓊脂糖凝膠電泳分離,核酸染料染色,在紫外凝膠成像儀上觀察并照相。
依照國(guó)際水稻所稻瘟病發(fā)病級(jí)別的標(biāo)準(zhǔn)對(duì)寧夏水稻種質(zhì)資源進(jìn)行抗性鑒定。結(jié)果發(fā)現(xiàn)寧夏水稻種質(zhì)資源對(duì)本地區(qū)的稻瘟病以中抗和中感的材料居多。少數(shù)材料表現(xiàn)為感病和抗病。其鑒定結(jié)果如表3所示。
表3 寧夏水稻種質(zhì)資源稻瘟病抗性鑒定結(jié)果Table 3 Performance of rice blast resistance of rice germplasm resources in Ningxia
(續(xù)表3 Continued table 3)
利用已克隆的抗稻瘟病基因Pita、Pikh、Pib、Pi2、Pikm、Pi9、Pi5、Pid2的功能標(biāo)記對(duì)寧夏水稻種質(zhì)資源進(jìn)行分子掃描,結(jié)果發(fā)現(xiàn)在寧夏水稻種質(zhì)資源中均檢測(cè)到了抗稻瘟病基因,其數(shù)量從1個(gè)到6個(gè)不等。其中最多的有6個(gè)基因,分布在‘寧粳25號(hào)’‘寧粳28號(hào)’‘寧粳36號(hào)’‘花119’等。最少的是1個(gè)基因,分布在‘寧粳42號(hào)’‘大琥板稻’(表4)?;驍?shù)量相同的不同種質(zhì)的抗性存在差異,說(shuō)明稻瘟病抗性基因之間存在互作關(guān)系。部分PCR分子檢測(cè)結(jié)果如圖1和表4所示。
M.100 bp Ladder;1.寧粳3號(hào);2.寧粳7號(hào);3.寧粳9號(hào);4.寧粳12號(hào);5.寧粳14號(hào);6.寧粳15號(hào);7.寧粳16號(hào);8.寧粳18號(hào);9.寧粳19號(hào);10.寧粳23號(hào);11.寧粳24號(hào);12.寧粳25號(hào);13.寧粳26號(hào);14.寧粳27號(hào);15.寧粳28號(hào);16.寧粳31號(hào);17.寧粳32號(hào);18.寧粳33號(hào);19.寧粳34號(hào);20.寧粳35號(hào);21.寧粳36號(hào);22.寧粳37號(hào);23.寧粳38號(hào);24.寧粳39號(hào)
通過(guò)對(duì)抗稻瘟病基因在寧夏水稻種質(zhì)資源中的抗性分布分析,發(fā)現(xiàn)含有Pid2基因的供試材料有90.91%的抗性達(dá)到中抗且沒(méi)有發(fā)現(xiàn)感病材料,顯著的高于其他基因組合的供試材料。含有Pita、Pikm、Pi9、Pi5、Pi2基因的供試材料分別有1.19%、0.91%、1.69%、1.35%、1.54%的抗性能夠達(dá)到抗稻瘟病,其中含有Pikm基因的材料中沒(méi)有發(fā)現(xiàn)感病材料,中感的比例也比較低,含有Pi9、Pi5、Pi2基因的供試材料沒(méi)有發(fā)現(xiàn)感病材料(圖2)。所以在抗稻瘟病分子標(biāo)記輔助選擇育種中Pikm、Pi9、Pi5、Pi2和Pid2是首選基因,可以作為寧夏水稻抗病性育種的優(yōu)勢(shì)基因。而含有Pita和Pib基因的材料發(fā)現(xiàn)感病材料,中感的材料比例也比較高,所以在抗病性品種選育中不可取。
由圖3可以看出,在寧夏水稻育種中表現(xiàn)優(yōu)勢(shì)的抗稻瘟病基因Pikm、Pi9、Pi5、和Pid2在寧夏水稻種質(zhì)資源中的分布頻率分別是0.56、 0.35、0.30和0.11,占的比例相對(duì)比較低。可見(jiàn),在抗稻瘟病育種中應(yīng)注意充分利用抗稻瘟病基因尤其是Pikm、Pid2和Pi9位點(diǎn)的相關(guān)基因。
表4 抗稻瘟病基因的分子檢測(cè)結(jié)果Table 4 Molecular marker-assisted detection of blast resistance genes
(續(xù)表4 Continued table 4)
(續(xù)表4 Continued table 4)
(續(xù)表4 Continued table 4)
圖2 抗稻瘟病基因在供試材料中的抗性分布Fig.2 Distribution of resistance gene to rice blast in tested materials
目前水稻抗稻瘟病分子育種盡管取得了顯著的成效,但是不同抗稻瘟病基因?qū)μ镩g哪些稻瘟病致病性菌株起作用難以預(yù)測(cè),導(dǎo)致育種家在選育過(guò)程中難以選出相應(yīng)的抗性基因[9]。如果明確了某一特定區(qū)域內(nèi)多個(gè)抗稻瘟病基因的抗性和水稻品種中含有的抗稻瘟病基因類型,那么開(kāi)展水稻抗稻瘟病新品種選育和品種抗性布局工作就有基礎(chǔ)和理論指導(dǎo)。在水稻稻瘟病抗性基因評(píng)價(jià)方面,已陸續(xù)報(bào)道的抗性基因有84個(gè)[10]。李進(jìn)斌等[11]分析了22個(gè)抗瘟基因在云南省3個(gè)稻區(qū)的抗性,確定了Pi9和Piz5的高抗地位;劉文德等[12]分析了24個(gè)抗瘟基因在福建省的抗性,Pikh抗性最強(qiáng),抗譜達(dá)98.15%,Pi-1和Pi-9抗譜也較高,是優(yōu)質(zhì)抗源。寧夏水稻種質(zhì)資源經(jīng)抗稻瘟病基因的功能標(biāo)記分子檢測(cè)發(fā)現(xiàn)攜帶抗稻瘟病基因數(shù)可以達(dá)到6個(gè)[13],但起主要作用的抗瘟基因尚不清楚。通過(guò)本研究發(fā)現(xiàn)在寧夏這個(gè)特殊氣候和地理環(huán)境條件下,Pikm、Pi9、Pi5、和Pid2抗稻瘟病基因發(fā)揮著主要的作用,尤其Pikm抗性基因在供試材料中占了56%,能達(dá)到中抗的材料80.91%,充分說(shuō)明了此基因的主要作用。何琳等[14]、薛清芝等[15]利用SSR分子標(biāo)記分別對(duì)抗稻瘟病基因Pi-1和Pi-15(t)進(jìn)行檢測(cè),明確了部分水稻品種攜帶此基因的情況;時(shí)克等[16]利用Pi-ta和Pi-b抗稻瘟病基因序列內(nèi)的功能標(biāo)記對(duì)58份水稻品種進(jìn)行了檢測(cè),明確了其在當(dāng)?shù)氐姆植记闆r。本研究在確定了寧夏地區(qū)主要抗稻瘟病基因的基礎(chǔ)上,對(duì)其在寧夏水稻種質(zhì)資源中的分布做了評(píng)價(jià),發(fā)現(xiàn)發(fā)揮主要作用的抗性基因分布頻率比較低,尤其Pid2抗稻瘟病基因僅占11%。但此抗性基因的抗性可達(dá)到90.91%。因此,為了加速抗稻瘟病基因的分子標(biāo)記輔助選擇育種,發(fā)掘和鑒定廣譜持久抗稻瘟病基因,將其安全滲入或聚合到綜合性狀優(yōu)良的水稻材料中是重要的基礎(chǔ)。
圖3 抗稻瘟病基因在寧夏水稻種質(zhì)資源中的頻率分布Fig.3 Frequency distribution of rice blast resistance genes in Ningxia rice germelasm resources