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        轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品檢測標準物質(zhì)量值一致性研究進展

        2020-06-09 08:40:54王顥潛李夏瑩張麗趙新陳銳陳笑蕓高芳瑞蘭青闊
        生物技術通報 2020年5期
        關鍵詞:標準檢測

        王顥潛 李夏瑩 張麗 趙新 陳銳 陳笑蕓 高芳瑞 蘭青闊

        王永3 張秀杰1

        (1. 農(nóng)業(yè)農(nóng)村部科技發(fā)展中心,北京 100176;2. 中南民族大學生命科學學院,武漢 430074;3. 天津市農(nóng)業(yè)質(zhì)量標準與檢測技術研究所, 天津 300381;4. 浙江省農(nóng)業(yè)科學院農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量標準研究所,杭州 310021)

        轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品檢測標準物質(zhì)在轉(zhuǎn)基因生物安全監(jiān)管、轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品定性與定量檢測、檢測方法研究與標準化過程中是不可缺少的物質(zhì)基礎。應用可靠的標準物質(zhì)可有效提高轉(zhuǎn)基因檢測結(jié)果可比性、有效性和溯源性,是獲得高質(zhì)量分析測定數(shù)據(jù)的保證[1]。

        轉(zhuǎn)基因檢測標準物質(zhì)的研制過程復雜、技術要求高,目前國際上研制轉(zhuǎn)基因檢測標準物質(zhì)的單位較少,主要有美國的油脂化學家學會(American Oil Chemists’Society,AOCS)和歐盟聯(lián)合研究中心(Joint Research Center,JRC)。此外,日本國立食品綜合研究所(National Food Resear ch Institute,NFRI)和墨西哥國家計量院(The National Center of Metrology,CENAM)[2]也生產(chǎn)少量轉(zhuǎn)基因檢測標準物質(zhì)。為占領轉(zhuǎn)基因檢測標準物質(zhì)研制的制高點,我國自2008年開始,在轉(zhuǎn)基因生物新品種培育重大專項的支持下,也成功研制出了一系列轉(zhuǎn)基因檢測標準物質(zhì)[3]。

        根據(jù)轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品檢測標準物質(zhì)的形態(tài)特征,可分為基體標準物質(zhì)、基因組DNA 和質(zhì)粒DNA 標準物質(zhì)3 種類型[3]。本文主要對國內(nèi)外轉(zhuǎn)基因檢測標準物質(zhì)的研制現(xiàn)狀,同類或同種轉(zhuǎn)化體標準物質(zhì)的量值表達方式進行對比分析,為我國轉(zhuǎn)基因生物檢測標準物質(zhì)研制工作的進一步開展提供支撐。

        1 不同研發(fā)機構轉(zhuǎn)基因檢測標準物質(zhì)研制 現(xiàn)狀

        1.1 歐盟轉(zhuǎn)基因檢測標準物質(zhì)研發(fā)概況

        歐盟研發(fā)的標準物質(zhì)有基體標準物質(zhì)和質(zhì)粒DNA 標準物質(zhì)兩種類型。由于歐盟法規(guī)規(guī)定轉(zhuǎn)基因生物的含量是以質(zhì)量百分比(mass fraction,% m/m)來衡量,因此其量值單位大多是g/kg,一般有5 個不同梯度(https://ec.europa.eu/jrc/en/research-topic/ reference-materials-gmo-analysis)。

        歐盟研發(fā)了4 個質(zhì)粒分子標準物質(zhì),分別為ERM-AD413、ERM-AD415、ERM-AD425 和ERMAD427。值得注意的是歐盟在標準物質(zhì)使用指南中規(guī)定,在轉(zhuǎn)基因定量檢測中,應以質(zhì)量百分比的標準物質(zhì)測定結(jié)果為準,測量結(jié)果為拷貝數(shù)百分比(DNA copy number ratio,% cpT/cpE)的應轉(zhuǎn)換為質(zhì)量百分比。歐盟在2019 年10 月針對各轉(zhuǎn)化體發(fā)布了拷貝數(shù)百分比轉(zhuǎn)化為質(zhì)量百分比的轉(zhuǎn)換系數(shù)[4]。

        1.2 AOCS轉(zhuǎn)基因檢測標準物質(zhì)研發(fā)概況

        AOCS 研制的是純品形式的標準物質(zhì),有基體和基因組DNA 兩種類型。從AOCS 轉(zhuǎn)基因生物標準物質(zhì)目錄及量值表(https://www.aocs.org/crm)可以發(fā)現(xiàn),AOCS 所賦予的量值及不確定度主要從純度的角度考慮。但是,無論是相同或不同類型的標準物質(zhì),其量值表達方式和單位均沒有達到一致。有的量值就是該轉(zhuǎn)化體本身,也不具有不確定度;有的量值和不確定度根據(jù)抽樣檢驗的結(jié)果用統(tǒng)計分析的方法計算得來。有的標準物質(zhì)有量值單位,有的則沒有量值單位。

        雖然AOCS 的標準物質(zhì)在量值方面具有不一致性,但其在研制過程中盡量保證標準物質(zhì)的純度,對原材料的身份和純度進行了充分的實驗驗證。

        1.3 我國轉(zhuǎn)基因檢測標準物質(zhì)研發(fā)概況

        我國在轉(zhuǎn)基因生物新品種培育重大專項的支持下,目前也成功研制出了一些轉(zhuǎn)基因生物標準物質(zhì)(表1)。我國標準物質(zhì)的量值測定和不確定度評估模式與歐盟模式相似,但特性量值更多樣化,不僅有質(zhì)量百分比值,還有基因的拷貝數(shù)濃度值,基因的拷貝數(shù)百分比值。質(zhì)量分數(shù)值可由PCR 測量和重量配制兩種測量方式得來。

        2 相同轉(zhuǎn)化體標準物質(zhì)量值及不確定度比較

        比較國際上不同研發(fā)機構生產(chǎn)的轉(zhuǎn)基因生物標準物質(zhì)的特點,可綜合為以下區(qū)別。

        2.1 在轉(zhuǎn)化體數(shù)量上的差異

        從表2 可以看到歐盟生產(chǎn)了31 個轉(zhuǎn)化體的標準物質(zhì),其中31 個轉(zhuǎn)化體的基體標準物質(zhì),4 個轉(zhuǎn)化體的質(zhì)粒DNA 標準物質(zhì)。AOCS 生產(chǎn)了42 個轉(zhuǎn)化體的標準物質(zhì),其中27 個轉(zhuǎn)化體的基體標準物質(zhì),15 個轉(zhuǎn)化體的基因組DNA 標準物質(zhì)。我國生產(chǎn)了14 個轉(zhuǎn)化體的標準物質(zhì),其中8 個轉(zhuǎn)化體的基體標準物質(zhì),5 個轉(zhuǎn)化體的質(zhì)粒DNA 標準物質(zhì),3 個轉(zhuǎn)化體的基因組DNA 標準物質(zhì)。

        AOCS 生產(chǎn)的標準物質(zhì)轉(zhuǎn)化體較全面,歐盟在制定拷貝數(shù)百分比轉(zhuǎn)化為質(zhì)量百分比的轉(zhuǎn)化系數(shù)時,也使用了AOCS 生產(chǎn)的純品標準物質(zhì)(如MON89788 轉(zhuǎn)化系數(shù)的確定)。

        2.2 在標準物質(zhì)量值表達方式上的差異

        歐盟以質(zhì)量百分比作為標準物質(zhì)的量值表達方式,并堅持所有的檢測結(jié)果應轉(zhuǎn)化成質(zhì)量百分比的形式。AOCS 則以純度作為標準物質(zhì)的量值表達方式。我國研發(fā)的標準物質(zhì)的量值表達方式既有質(zhì)量百分比,也有拷貝數(shù)百分比,標準物質(zhì)既有梯度形式,也有純品形式,但在量值測定和不確定度評估方面與歐盟更接近(表3)。

        表1 中國轉(zhuǎn)基因生物標準物質(zhì)目錄及量值表

        表2 以轉(zhuǎn)化體計不同國家/地區(qū)生產(chǎn)轉(zhuǎn)基因生物標準物質(zhì)情況

        3 量值差異的來源

        在使用不同表達方式對轉(zhuǎn)基因檢測標準物質(zhì)賦值時發(fā)現(xiàn),對于同一個標準物質(zhì),質(zhì)量分數(shù)比為

        表3 不同國家/地區(qū)生產(chǎn)的轉(zhuǎn)基因生物標準物質(zhì)量值表達方式

        100%時,拷貝數(shù)百分比不一定為100%[4]。對于基體標準物質(zhì)和基因組DNA 標準物質(zhì),候選物種子的遺傳特性決定了量值的差異。在植物發(fā)育過程中,種子來自父本母本生殖細胞的融合,以及后期的組織分化,最終造成種子內(nèi)部不同部位的染色體倍性、基因組成等遺傳信息不同[5-6]。

        3.1 遺傳特性

        單子葉和雙子葉植物的種子具有不同的遺傳特性。單子葉的種皮發(fā)育自母本胚囊的壁,為雙倍體;胚乳來自母本的雙倍體和父本的單倍體,所以為三倍體;胚含有父本和母本各一半遺傳物質(zhì),為二倍體;且這3 種組織中DNA 總量隨物種和品種的不同存在差異。雙子葉的種皮發(fā)育自母本胚囊壁,為二倍體;胚和胚乳(停止發(fā)育)中均含有父母本各一半遺傳物質(zhì),為雙倍體。

        3.2 種子的純合性

        制種特點例如自交、雜交、遠緣雜交等影響種子的純合性,父本或母本為轉(zhuǎn)基因親本對種子產(chǎn)品的影響也不同。

        大豆是自交植物,因此絕大多數(shù)為純合子;玉米為典型的雜交植物,種子為雜交種,其子代含有

        非轉(zhuǎn)基因、純合轉(zhuǎn)基因和雜合轉(zhuǎn)基因(1∶2∶1)?,F(xiàn)有的轉(zhuǎn)基因玉米標準物質(zhì)大多數(shù)為雜交材料(即種子),而被檢材料(籽粒)大多為混合樣品,平均含有75%的轉(zhuǎn)基因籽粒(1/3 純合,2/3 雜合)。油菜有自交植物,但是在自然條件下,雜交率在5%-30%,而且其雜交品種也越來越多。菜籽多用來榨油和飼用,樣品混合度很高。

        3.3 DNA提取效率

        基體標準物質(zhì)研制是由轉(zhuǎn)基因陽性材料及其受體材料充分混合,形成不同重量梯度的標準物質(zhì)。但是,如果陽性與受體材料的DNA 提取效率不同,會造成從基體標準物質(zhì)中提取DNA 總量中,陽性材料DNA 與非轉(zhuǎn)基因受體DNA 比值,與經(jīng)認證的重量比(g/kg)的結(jié)果顯著偏差,導致重量比值與拷貝數(shù)比值兩種量值方式的結(jié)果不一致。

        3.4 其他因素

        很多其他因素造成了外源基因含量的差異,包括食用飼用的種子組織特點、品種差異、父母本差異、種子成熟度等。

        4 不同量值單位的轉(zhuǎn)換

        在國際現(xiàn)行的轉(zhuǎn)基因閾值標識體系中,均使用重量法來表示,因此現(xiàn)有轉(zhuǎn)基因檢測標準物質(zhì)大部分以重量法來表示特性量值。但隨著數(shù)字PCR 等檢測技術[7],質(zhì)粒DNA[3]等標準物質(zhì)研制技術和溯源體系的進步,拷貝數(shù)比值的表達方式越來越得到共識。為了保障檢測結(jié)果的一致性和互通性,歐盟引入醫(yī)療檢驗中常用的參考測量系統(tǒng)(Reference measurement systems)的概念[8-9],提出了轉(zhuǎn)換系數(shù)(Conversion factor,CF)的概念[10],對52 個轉(zhuǎn)化體對應的標準物質(zhì)的轉(zhuǎn)化系數(shù)進行確定,并提供了詳細的應用說明[11]。

        4.1 轉(zhuǎn)換系數(shù)的確定

        轉(zhuǎn)換系數(shù)是歐盟聯(lián)合實驗室(EURL-GMFF)通過試驗手段確定的,其測量不確定度最終將輸入到轉(zhuǎn)基因檢測標準物質(zhì)整體不確定度當中。

        其中,CFCRM為標準物質(zhì)轉(zhuǎn)換系數(shù),cpT為外源基因拷貝數(shù)濃度(以cpT/μL 表示),cpE為內(nèi)標準基因拷貝數(shù)濃度(以cpE/μL表示),mGM為轉(zhuǎn)基因成分含量(以重量法%表示),mnonGM為非轉(zhuǎn)基因成分含量(以重量法%表示)。

        4.2 轉(zhuǎn)換系數(shù)的應用

        在檢測過程中,通過數(shù)字PCR 或其他方法獲得的拷貝數(shù)比值結(jié)果,除以標準物質(zhì)轉(zhuǎn)換系數(shù)CFCRM即為百分比濃度結(jié)果。

        其測量不確定度計算如下:

        其中,ucomb為合成不確定度,um為拷貝數(shù)比值測量中的相對不確定度,uCF為標準物質(zhì)轉(zhuǎn)換系數(shù)的不確定度。

        由于與轉(zhuǎn)換系數(shù)相關的不確定度較低,因此最終結(jié)果的擴展不確定度估計數(shù)僅略微增加。

        表4 展示了對模擬混合樣品檢測結(jié)果的轉(zhuǎn)換過程。模擬樣品中含有MON-89788 -1 大豆、DAS-4?278 -9 玉米、MON-??863 -5 玉米,經(jīng)數(shù)字PCR方法檢測獲得拷貝數(shù)比值結(jié)果(%GM,cpT/cpE)。應用CFCRM,對定量結(jié)果進行轉(zhuǎn)化,獲得重量法比值結(jié)果(%GM,m/m)。

        表4 轉(zhuǎn)基因檢測標準物質(zhì)量值轉(zhuǎn)換系數(shù)應用示例

        5 建議

        5.1 集成技術成果,確定研究重點與研制策略

        自2008 年開始,我國啟動了轉(zhuǎn)基因生物新品種培育重大專項“轉(zhuǎn)基因成分檢測標準物質(zhì)”,系統(tǒng)建立了涵蓋候選物鑒定、制備、聯(lián)合定值、不確定度評估、試用性評價等關鍵環(huán)節(jié)的轉(zhuǎn)基因檢測標準物質(zhì)研制技術體系,發(fā)布了一系列技術標準[12-20],成功研制出了一系列轉(zhuǎn)基因檢測標準物質(zhì)[3]。Wu 等[21]在對現(xiàn)有技術成果總結(jié)的基礎上,提出了轉(zhuǎn)基因檢測標準物質(zhì)研制策略,為今后標準物質(zhì)研制提供了思路和參考。其中,對于基體標準物質(zhì),建議以純品為主,量值形式包括重量比值和拷貝數(shù)比值;對于基因組DNA 標準物質(zhì),建議以葉片為材料,量值包括拷貝數(shù)濃度和拷貝數(shù)比值;對于質(zhì)粒DNA 標準物質(zhì),以多靶標、定性檢測陽性對照為定位,主要用于非授權檢測。

        5.2 加強合作共贏,建立國內(nèi)外交流機制

        對比歐盟、美國和我國的轉(zhuǎn)基因檢測標準物質(zhì)研發(fā)進展發(fā)現(xiàn),在標準物質(zhì)類型、轉(zhuǎn)化體種類、量值表達等方面均存在差異;歐盟和美國研發(fā)的轉(zhuǎn)化體僅有1 項重復;我國研發(fā)重點在于國內(nèi)具有產(chǎn)業(yè)化前景的轉(zhuǎn)化體;但整體求同存異,并通過轉(zhuǎn)換系數(shù)等方法達到量值的統(tǒng)一。

        為了維護我國轉(zhuǎn)基因檢測標準物質(zhì)研發(fā)技術的先進性,避免重復研制,建議建立國內(nèi)外合作交流機制,以信息交換、聯(lián)合攻關為重點,在實現(xiàn)資源共享的同時,優(yōu)勢互補,不僅可以提高標準物質(zhì)的質(zhì)量,也對未來全球標準物質(zhì)的發(fā)展、等效一致的量傳溯源體系的推進意義重大。

        5.3 緊跟上游研發(fā),擴寬新型標準物質(zhì)領域

        隨著社會和經(jīng)濟的發(fā)展,標準物質(zhì)的應用領域不斷拓展。當前國內(nèi)外轉(zhuǎn)基因檢測標準物質(zhì)集中為轉(zhuǎn)基因作物,而在轉(zhuǎn)基因動物、新型轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品涉及較少。為保持技術領先地位,應緊跟轉(zhuǎn)基因新產(chǎn)品、新技術發(fā)展態(tài)勢,擴寬新型標準物質(zhì)領域,做好技術儲備。主要包括基因編輯產(chǎn)品、RNAi 產(chǎn)品、轉(zhuǎn)基因動物標準物質(zhì)等?;蚓庉嫯a(chǎn)品標準物質(zhì)的研制可以從質(zhì)粒DNA 構建上突破。李蔥蔥等[22]以MSTN基因編輯動物為研究對象,構建了編輯型和野生型質(zhì)粒對照。其中編輯型含有MSTN基因序列147 bp,野生型含有149 bp,編輯型較野生型少了2個堿基,形成一個[AG]缺失的InDel 標記,并以該InDel 標記位點為靶標,建立了基于焦磷酸測序技術的基因編輯產(chǎn)品定量檢測方法。

        5.4 圍繞產(chǎn)品應用,做好技術培訓和應用指導

        轉(zhuǎn)基因檢測過程復雜,特別是在轉(zhuǎn)基因定量檢測過程中,涉及DNA 提取效率、定值結(jié)果表述、測量不確定度評估等難點[23]。為更好達到測量值的準確性、一致性,轉(zhuǎn)基因檢測標準物質(zhì)研發(fā)機構應做好標準物質(zhì)應用的技術培訓,在難點和細節(jié)上進行技術指導。目前國內(nèi)外的標準物質(zhì)均附有標準物質(zhì)證書及簡單的使用說明,但信息量明顯不足。建議圍繞轉(zhuǎn)基因檢測標準物質(zhì)應用,結(jié)合檢測技術標準,開展測量不確定度評估[24]、基于數(shù)字PCR 的轉(zhuǎn)基因定量檢測、拷貝數(shù)比值量值標準物質(zhì)應用等內(nèi)容的技術培訓。

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