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        一種分割腦部磁共振圖像的FCM改進(jìn)算法

        2020-03-13 10:56:24沈艷冰
        計算機(jī)應(yīng)用與軟件 2020年3期

        楊 陽 沈艷冰 李 竹

        (山西師范大學(xué)物理與信息工程學(xué)院 山西 臨汾 041004)

        0 引 言

        腦部圖像分割是基于MRI和一定標(biāo)準(zhǔn)下的相似性,將腦部MRI中相似度大的像素劃分為相同的組織類,反之劃分成不同的組織類。由于MRI成像過程的特殊性,MRI常存在不同程度的噪聲、灰度不均勻和邊緣模糊的現(xiàn)象[1]。因此,基于模糊理論的FCM算法在MRI分割上得到了廣泛應(yīng)用,已獲得眾多研究人員對FCM算法進(jìn)行研究與改進(jìn)[2,15]。然而,傳統(tǒng)模糊聚類的圖像分割算法因未考慮空間特性從而導(dǎo)致分割效果受噪聲、異常值、成像偽影等影響較大,魯棒性差。

        為解決上述缺陷,部分學(xué)者引入空間特性到模糊聚類分割算法的目標(biāo)函數(shù)中并應(yīng)用于腦部MRI分割,取得了較好的分割效果。其中,Ahmed等[8]將局部空間限制項(xiàng)引入到FCM的目標(biāo)函數(shù)中,提出FCM-S算法。該算法利用像素與其鄰域像素在特征值上的連續(xù)性,克服噪聲對圖像分割的影響,但每次迭代都要計算一次鄰域?qū)е掠嬎懔看?。此后?Chen等[9]利用鄰域內(nèi)的像素均值或中值取代FCM-S算法中的鄰域信息,提出快速FCM-S(FCM-S1,F(xiàn)CM-S2)算法。該算法應(yīng)用于噪聲輕度污染的腦部MRI時效果較好,當(dāng)噪聲過度時,此算法效果不佳。為了克服這個缺陷,Zhao等[10]基于非局部空間信息提出了一種FCM-NLS算法。該算法使腦部MRI無論處于何種程度噪聲污染下都能獲得較優(yōu)的結(jié)果。但該算法仍有三個缺陷:一是采用隨機(jī)處理方式初始化分割類中心、分割類別數(shù),導(dǎo)致可能收斂到局部極值,尤其對于分割相似度較小的類別時,同一幅腦部MRI的數(shù)次運(yùn)行結(jié)果可能差異較大,穩(wěn)定性差;二是引入空間信息在一定程度上令算法復(fù)雜性提高,運(yùn)算效率下降;三是算法適用于凸數(shù)據(jù)集圖像的聚類分割,而MRI中部分細(xì)節(jié)不屬于凸數(shù)據(jù)集,使得算法不能較好地處理MRI部分細(xì)節(jié)。對于非凸數(shù)據(jù)集圖像的聚類分割,一些學(xué)者引入核函數(shù)來進(jìn)一步計算像素間相似度及空間信息相似性[11,13],改進(jìn)的算法適用于不同數(shù)據(jù)類型的聚類分割,提高了算法性能。

        針對應(yīng)用于MRI分割的FCM改進(jìn)算法出現(xiàn)的缺陷,本文提出一種FKFCM-NLS分割算法。算法引入直方圖、K-means法,對分割類別數(shù)、初始分割類中心進(jìn)行最優(yōu)選取,避免收斂不到全局最優(yōu)值;在目標(biāo)函數(shù)中引入核函數(shù)和基于積分圖的非局部空間信息以降低計算的復(fù)雜性,提高算法抗噪性,算法性能更優(yōu)。

        1 基本原理

        1.1 Mercer核

        假設(shè)輸入空間的樣本xk∈Rl,k=1,2,…,N,Rl表示低維空間的樣本實(shí)數(shù)集。當(dāng)樣本X經(jīng)過某一非線性變換映射到某一特征空間H時獲得Φ(x1),Φ(x2),…,Φ(xN),映射前后的樣本數(shù)據(jù)分布圖如圖1所示。

        圖1 輸入空間到特征空間的映射

        輸入樣本在H空間就可以用Mercer核[11,13]來表示:

        K(xi,xj)=Φ(xi)·Φ(xj)

        (1)

        目前,常用的核函數(shù)有:

        (1) 多項(xiàng)式核函數(shù)K(x,y)=(x·y+1)d,其中,d是自定義的整數(shù)。樣本的邊緣點(diǎn)對d的取值影響較大。在實(shí)際的使用中,階數(shù)d??刂圃谝粋€較小的范圍內(nèi),且不易確定。

        (3) 兩層神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)sigmoidal核函數(shù)K(x,y)=tanh(-b(x·y)-c),其中,b、c是自定義參數(shù)。該函數(shù)的參數(shù)值選擇比較復(fù)雜和困難,只有b和c取特定值可用,且當(dāng)b取值較小時性能與高斯核函數(shù)σ取較小值時相同,使用起來沒有優(yōu)勢。

        綜合以上分析,本文采用高斯核函數(shù)作為映射函數(shù)。

        1.2 非局部空間信息

        在待測試的圖像中X={x1,x2,…,xp,…,xn},對應(yīng)像素j的非局部空間信息ηj[11-12]為:

        (2)

        (3)

        (4)

        2 算法設(shè)計

        針對腦部MRI分割結(jié)果受分割類別數(shù)、分割類中心初始值、噪聲影響和運(yùn)算量大的問題,本文提出一種基于積分圖的非局部空間信息的快速模糊C-均值核聚類圖像分割算法。

        2.1 分割類別數(shù)選取

        基于直方圖可以直觀地觀察同一類型數(shù)據(jù)的遍布情況,本文采用直方圖來確定分割類別數(shù)。

        圖2為無噪聲的腦部MRI及其直方圖。圖中出現(xiàn)峰值表明該峰值相對應(yīng)的灰度值出現(xiàn)的概率較大,相似度較高,分割時可劃分為一類,該直方圖約有4個峰值,故腦部MRI可粗略地劃分為4類。結(jié)合生物學(xué)特性來看腦部MRI本身,其主要包含腦白質(zhì)、腦灰質(zhì)、腦脊液和背景區(qū)域4部分。因此,分割類別數(shù)選4比較合適。

        圖2 腦部MRI及其直方圖

        2.2 初始分割中心選取

        文獻(xiàn)[14]對比了幾種優(yōu)化FCM聚類中心的方法,其中K-means法運(yùn)行速度最快。本文選擇基于K-means法來優(yōu)化FKFCM-NLS的聚類中心,避免分割結(jié)果收斂到局部極值。

        K-means法目標(biāo)函數(shù)迭代式為:

        (5)

        式中:K是聚類個數(shù);xj是聚類樣本第j個像素灰度值;ci是第i類的聚類中心。

        根據(jù)lagrange multiplier法,聚類中心分別為對應(yīng)類中各數(shù)據(jù)點(diǎn)的均值。其迭代式為:

        (6)

        2.3 基于積分圖的非局部空間信息

        針對Zhao等提出的FCM-NLS算法復(fù)雜性高,運(yùn)行速度慢的問題,本文在目標(biāo)函數(shù)中引入基于積分圖的非局部空間信息,利用積分圖對其中兩兩矩形鄰域間相似度運(yùn)算進(jìn)行加速,以提高算法的運(yùn)行速度。

        基于積分圖的非局部空間信息函數(shù)式與式(2)一致,其中兩兩矩形鄰域間相似度運(yùn)算采用積分圖進(jìn)行加速。

        矩形搜索塊大小設(shè)為D×D(D=2Ds+1),鄰域塊大小設(shè)為d×d(2ds+1)。矩形鄰域塊與當(dāng)前塊距離如下所示:

        St(z)=‖x(Nj)-x(Nz+t)‖2

        (7)

        式中:t=p-z∈[|-Ds+Ds|]2是一個平移矢量。

        構(gòu)造一個關(guān)于像素差值的積分圖像:

        (8)

        式中:j=(j1,j2)。

        積分圖遞歸計算式如下:

        ?j=(j1,j2)j1≥1,j2≥1St(j)=St(j)+St(j1-1,j2)+St(j1,j2-1)-St(j1-1,j2-1)

        (9)

        歐式距離計算公式如下:

        (10)

        2.4 目標(biāo)函數(shù)、隸屬度及分割類中心

        基于以上理論知識,通過引入核函數(shù)和基于積分圖的非局部信息將本文目標(biāo)函數(shù)修改為:

        (11)

        式中:uij為樣本像素灰度值xj對第i個分割類中心的隸屬度;m為模糊因子,其值大于1,通常在1.5~2.5之間取值;1-K(xj,vi)為樣本像素灰度值xj到第i個聚類中心的距離;參數(shù)β控制了非局部空間限制項(xiàng)的懲罰作用;像素j的空間非局部信息由式(2)計算。

        (12)

        依據(jù)式(12),分別求uij、νi和λj的偏導(dǎo)數(shù),令其偏導(dǎo)均為0,求得隸屬度及聚類中心函數(shù):

        (13)

        (14)

        2.5 算法步驟

        FKFCM-NLS算法步驟如下:

        1) 依據(jù)直方圖設(shè)置聚類類別數(shù)C。

        2) 設(shè)置最大迭代次數(shù)lmax、迭代前提條件ε>0、加權(quán)指數(shù)m,基于積分圖的非局部空間信息限制項(xiàng)的懲罰因子β,非局部濾波參數(shù)h,搜索塊大小D×D,相似塊大小d×d。

        3) 依據(jù)K-means法確定分割類中心ν,隨機(jī)初始化隸屬度矩陣U=[ui j]n×c。

        4) 利用式(2)計算圖像像素的非局部空間信息ηj。

        5) 選擇高斯核函數(shù)并計算出核矩陣K。

        6) 依據(jù)式(13)對U進(jìn)行迭帶更新,依據(jù)式(14)對ν進(jìn)行迭帶更新。

        7) 每次迭代更新后,都計算此次更新后的迭代值J,并與迭帶前的迭代值J′相比較。若|J′-J|≤ε,則退出循環(huán),否則執(zhí)行步驟6。

        3 仿真實(shí)驗(yàn)

        本實(shí)驗(yàn)通過對含噪不同的腦部MRI進(jìn)行分割測試驗(yàn)證本算法的性能,利用FCM-S1、FCM-NLS以及本文所提KFCM-NLS算法分別對腦部MRI進(jìn)行測試與比較[19-20]。所有實(shí)驗(yàn)均使用MATLAB 8.3,在聯(lián)想 Intel(R) Core(TM) i3-2120 CPU,內(nèi)存4.00 GB的PC機(jī)上運(yùn)行。參數(shù)設(shè)置:m=2,lmax=300,ε=10-3,β=6,d=7,D=21,h=10。

        實(shí)驗(yàn)所采用的腦部MRI測試圖均為Simulated Brain Database數(shù)據(jù)庫中T1模態(tài)、icmb協(xié)議下,切片厚度為1 mm,灰度不均勻水平為0的正常腦部MRI。圖3為噪聲水平為0的腦部MRI。

        圖3 MRI無噪聲圖

        實(shí)驗(yàn)采用不同分割算法對噪聲水平為3%與9%的腦部MRI進(jìn)行測試。腦部MRI含噪圖及測試結(jié)果圖如圖4所示。

        (a) 含3%噪聲 (b) 含9%噪聲圖4 腦部MRI含噪圖及三種算法結(jié)果圖

        對于噪聲水平為3%的正常腦部MRI,三種算法的去噪性能相似,測試結(jié)果圖分割較完整,能將腦白質(zhì)、腦灰質(zhì)、腦脊液從背景中抽離出來。結(jié)合表1的客觀評價數(shù)據(jù)對比得出,三種算法均能夠獲得良好的分割結(jié)果,其中,F(xiàn)CM-S1算法運(yùn)行速度最快,其次是KFCM-NLS算法,最后是FCM-NLS算法。對于噪聲水平為9%的正常腦部MRI,F(xiàn)CM-S1算法的測試結(jié)果圖顯示出明顯的分割不足的現(xiàn)象,局部分割結(jié)果受噪聲影響大,不能較好地區(qū)分含噪9%圖中的部分區(qū)域,分割性能變差。但本文所提FKFCM-NLS算法和FCM-NLS1算法對含噪9%腦部MRI的分割結(jié)果均同3%含噪測試結(jié)果圖差距微小,即對于不同水平的噪聲,F(xiàn)CM-NLS算法和本文FKFCM-NLS算法都能將目標(biāo)準(zhǔn)確分割出來。結(jié)合表1的客觀數(shù)據(jù)可以看出,F(xiàn)CM-NLS算法耗時最長,而在保證分割質(zhì)量良好的情況下,F(xiàn)KFCM-NLS算法耗時較短,性能更優(yōu)。綜合以上分析,對于含噪不同的腦部MRI,F(xiàn)KFCM-NLS算法均具有良好抗噪性和較高的運(yùn)算效率。

        表1 算法運(yùn)行時間 s

        為了評價以上三種算法的優(yōu)點(diǎn)及不足,本文引入錯分率(MCR)來進(jìn)行判斷,MCR∈[0,1],其定義為:

        MCR越小表示分割效果越好。表2給出了測試中三種算法在腦部MRI含噪3%以及9%的情況下的錯分率。從表2客觀數(shù)據(jù)可以得出,對于含噪3%腦部MRI,三種算法的錯分率差別微小,性能良好。對于含噪9%腦部MRI,由于含噪水平較大,像素的鄰域像素也可能含有噪聲。而FCM-S1算法在分割時只考慮了鄰域間相似性,致使算法錯分率較大,性能差。FCM-LNS算法引入像素的非局部信息進(jìn)行分割運(yùn)算,令算法錯分率減小,性能良好,但算法復(fù)雜度高。FKFCM-NLS算法引入核函數(shù)和基于積分圖的非局部空間信息,進(jìn)一步減小了算法錯分率,提高了算法運(yùn)算效率。因此,在同等含噪情況下,本文算法性能最優(yōu)。

        表2 算法錯分率 %

        4 結(jié) 語

        針對FCM-NLS算法分割腦部MRI時,可能收斂到局部極值及魯棒性差的問題,本文提出一種FKFCM-NLS 算法。采用K-means算法確定分割類中心初始值,利用直方圖獲得分割類別數(shù),解決了分割結(jié)果不穩(wěn)定的問題;運(yùn)用核函數(shù)計算樣本間相似性,引入一個基于積分圖的非局部空間信息限制項(xiàng),降低運(yùn)算復(fù)雜度,提高算法抗噪性能。客觀評價數(shù)據(jù)及分割結(jié)果圖表明,對于噪聲污染過度的腦部MRI,本文所提FKFCM-NLS算法有較好的分割結(jié)果及較高的運(yùn)算效率。

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