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        鉤吻屬植物及其易混品五指毛桃的DNA條形碼比較分析△

        2020-03-04 03:58:08王虹蘇暢張文嫻劉雪婷呂浩鋒王鐵杰魏鋒馬雙成王淑紅
        中國現(xiàn)代中藥 2020年12期
        關(guān)鍵詞:植物

        王虹,蘇暢,張文嫻,劉雪婷,呂浩鋒,王鐵杰,魏鋒,馬雙成,王淑紅*

        1.深圳市藥品檢驗(yàn)研究院,廣東 深圳 518057;2.中國食品藥品檢定研究院 中藥民族檢定所,北京 100050

        鉤吻是兩廣地區(qū)的地方習(xí)用藥材[1-2],為馬錢科植物鉤吻Gelsemiumelegans(Gardn.et Champ.) Benth.的干燥根和莖,具有消腫拔毒、祛風(fēng)止痛的功效。因其為毒性藥材,故又名斷腸草,在民間多以外敷,用于消腫止痛[3]。北美鉤吻G.sempervirens(L.) J.St.-Hil.原產(chǎn)于北美,通過園藝引入中國,同為毒性植物[4]。由于北美鉤吻與鉤吻為馬錢科鉤吻屬僅有的2個(gè)近緣物種,且兩者為戶外常見的品種,容易被采挖帶來誤食風(fēng)險(xiǎn)。五指毛桃為??浦参锎秩~榕FicushirtaVahl.的干燥根,味甜,性平,具有益氣健脾、祛痰化濕,是華南地區(qū)習(xí)用藥食同源的中藥材[5]。近年來,將鉤吻的根誤認(rèn)為是五指毛桃而導(dǎo)致的中毒案件時(shí)有發(fā)生[6-7],但目前尚無用于區(qū)分五指毛桃與鉤吻屬植物的分子鑒別方法。本研究采用DNA條形碼鑒定技術(shù),選取內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)2(ITS2)與psbA-trnH 2種序列對(duì)鉤吻、北美鉤吻及易混品種五指毛桃進(jìn)行測(cè)序和分子鑒定,為鉤吻屬植物的鑒別及確保五指毛桃的藥食兩用安全性提供參考。

        1 材料

        1.1 藥材

        本研究收集的鉤吻、北美鉤吻和五指毛桃藥材樣本均經(jīng)中國食品藥品檢定研究院張繼主任藥師鑒定,樣品信息見表1。另從GenBank數(shù)據(jù)庫下載鉤吻ITS2序列3條、psbA-trnH序列4條,北美鉤吻ITS2序列1條、psbA-trnH序列1條,五指毛桃ITS2序列3條、psbA-trnH序列1條,序列信息見表2。

        表1 鉤吻、北美鉤吻和五指毛桃樣品信息

        表2 鉤吻、北美鉤吻和五指毛桃GenBank來源序列信息

        1.2 試劑

        植物基因組DNA提取試劑盒(天根生化科技有限公司);2×TaqPCR Master Mix(北京艾德萊生物科技有限公司);引物合成與測(cè)序由上海美吉生物醫(yī)藥科技有限公司負(fù)責(zé)。

        1.3 儀器

        VERITI聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)儀(ABI公司);Nanodrop 2000型核酸蛋白分析儀(Thermo公司);PowerPac Basic型電泳系統(tǒng)(Bio-Rad公司);GBOX F3型凝膠成像系統(tǒng)(Syngene公司)。

        2 方法

        2.1 總DNA提取

        將植物葉片或藥材用無水乙醇擦拭表面消毒,室溫放置直至乙醇充分散盡后,用液氮研磨至細(xì)粉。稱取細(xì)粉100 mg,采用植物基因組DNA提取試劑盒提取基因組DNA,于-20℃保存?zhèn)溆谩?/p>

        2.2 PCR擴(kuò)增與測(cè)序

        采用ITS2和psbA-trnH條形碼通用引物[8]進(jìn)行模板DNA質(zhì)量的考察和DNA條形碼鑒別,引物序列見表3。PCR反應(yīng)體積25 μL,包含2×TaqPCR Master Mix 12.5 μL,引物(2.5 μmol·L-1)各1.0 μL,總DNA 2.0 μL,用滅菌超純水補(bǔ)足反應(yīng)體積。ITS2擴(kuò)增程序?yàn)?4 ℃,5 min;94 ℃,30 s,56 ℃,30 s,72 ℃,45 s(循環(huán)40次);72 ℃延伸10 min。psbA-trnH條形碼的擴(kuò)增程序?yàn)?4 ℃,5 min;94 ℃,1 min,55 ℃,1 min,72 ℃,1.5 min(循環(huán)30次);72 ℃延伸7 min。PCR產(chǎn)物經(jīng)上海美吉醫(yī)藥科技有限公司測(cè)序。

        表3 引物序列

        2.3 分子生物學(xué)數(shù)據(jù)分析

        采用Codon Code Aligner軟件對(duì)測(cè)序峰圖和序列進(jìn)行校對(duì)、拼接并去除正反向引物序列。ITS2序列需登陸ITS2 Database網(wǎng)站(http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de)去除各樣品序列兩端5.8 S和28 S區(qū)。采用BankIt工具在GenBank數(shù)據(jù)庫(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/submit/)中提交ITS2與psbA-trnH序列。采用BioEdit軟件進(jìn)行ITS2和psbA-trnH基因的多序列比對(duì),查看并分析堿基變異位點(diǎn)。采用MEGA 5.1軟件的Kimura 2-parameter(K2P)雙參數(shù)模型計(jì)算進(jìn)行種間、種內(nèi)遺傳距離分析,并基于鄰接(neighbor-joining,NJ)法構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹。

        3 結(jié)果

        3.1 psbA-trnH序列特征

        堿基序列分析結(jié)果表明,鉤吻的psbA-trnH序列長度為540~546 bp,GC占比為26%~27%,具有4種單倍型;北美鉤吻的psbA-trnH序列與鉤吻存在明顯差異,長度僅為286 bp,GC占比為32%~33%,具有2種單倍型;五指毛桃基原植物粗葉榕樣本得到的psbA-trnH序列長度為440 bp,GC占比為24%,只有1種單倍型(見表4)。K2P參考模型計(jì)算的種內(nèi)和種間的遺傳距離結(jié)果表明,鉤吻、北美鉤吻和五指毛桃的psbA-trnH序列平均遺傳距離分別為0.005 606、0.003 506和0,種內(nèi)變異較小;但五指毛桃的psbA-trnH序列堿基序列與鉤吻和北美鉤吻具顯著差異,同時(shí)鉤吻和北美鉤吻的最大種內(nèi)遺傳距離小于最小種間遺傳距離(見表4)。但五指毛桃根類藥材樣本(Fh01、Fh02)未成功擴(kuò)增出psbA-trnH序列,這可能是因?yàn)樵撐锓N的根部不含有葉綠體,因此無法得到葉綠體psbA-trnH基因序列。因此psbA-trnH序列可作為鉤吻和北美鉤吻鑒定首選DNA條形碼。

        3.2 ITS2序列特征

        堿基序列分析結(jié)果表明,鉤吻的ITS2序列長度為228~230 bp,GC占比為72%~73%,具有3種單倍型,種內(nèi)變異位點(diǎn)較少;北美鉤吻ITS2序列長度為228~229 bp,GC占比為69%~70%,具有2種單倍型;K2P參考模型計(jì)算的種內(nèi)和種間遺傳距離結(jié)果表明,鉤吻、北美鉤吻和五指毛桃的ITS2序列的種內(nèi)的平均遺傳距離分別為0.002 937、0.018 200和0.008 016,種內(nèi)變異較?。坏逯该业腎TS2堿基序列與鉤吻和北美鉤吻具有顯著差異,同時(shí)鉤吻和北美鉤吻的最大種內(nèi)遺傳距離小于最小種間遺傳距離(見表4),表明ITS2序列既可作為鉤吻與北美鉤吻的DNA鑒別條形碼,也可以作為區(qū)分五指毛桃與鉤吻屬植物的DNA鑒定條形碼。

        表4 鉤吻、北美鉤吻ITS2和psbA-trnH序列分析

        3.3 系統(tǒng)進(jìn)化樹的構(gòu)建與聚類分析

        基于ITS2序列和psbA-trnH序列采用鄰接法分別建立系統(tǒng)進(jìn)化樹,并以此進(jìn)行鉤吻、北美鉤吻和五指毛桃的聚類分析。結(jié)果顯示,鉤吻和北美鉤吻在2個(gè)系統(tǒng)進(jìn)化樹中均聚集成為第一分支,五指毛桃聚為另一分支,此外鉤吻和北美鉤吻又分別聚為兩級(jí)分支,這說明采用2種DNA條形碼序列建立的進(jìn)化樹均能將鉤吻屬植物與五指毛桃進(jìn)行有效區(qū)分(見圖1~2)。

        圖1 基于ITS2序列構(gòu)建鉤吻、北美鉤吻與五指毛桃NJ樹

        圖2 基于psbA-trnH序列構(gòu)建鉤吻、北美鉤吻與五指毛桃NJ樹

        但在ITS2系統(tǒng)進(jìn)化樹中,鉤吻存在不明顯的分支亞群,且支持率較低(支持率為60%、93%);而鉤吻在psbA-trnH系統(tǒng)進(jìn)化樹中無分支亞群,且支持率為100%。這可能是在不同DNA條形碼序列中,鉤吻屬植物的種內(nèi)變異和種間差異的結(jié)果不同導(dǎo)致。從聚類分析結(jié)果的穩(wěn)定性方面分析,psbA-trnH序列更優(yōu)于ITS2序列。

        4 討論

        DNA條形碼技術(shù)具有快速、準(zhǔn)確等特點(diǎn),在物種鑒定領(lǐng)域迅猛發(fā)展。對(duì)于樣本量少、性狀相近的中藥品種,DNA條形碼技術(shù)具有極大優(yōu)勢(shì),目前已成為中藥傳統(tǒng)鑒定方法的重要補(bǔ)充[9-10]。陳士林課題組以大量的藥用植物及其相關(guān)物種作為研究對(duì)象,對(duì)7個(gè)候選DNA條形碼進(jìn)行篩選和深入分析,最終確定以ITS2為主的藥用植物鑒定的條形碼原則[11],目前已收載于《中華人民共和國藥典》2015年版四部“中藥材DNA條形碼分子鑒定法指導(dǎo)原則”及一些著作中[8,12],對(duì)中藥DNA條形碼的標(biāo)準(zhǔn)化做出了卓越的貢獻(xiàn)。ITS2區(qū)在薔薇科、蕓香科、菊科等大部分藥材品種中具有較高的鑒定成功率,這是由于ITS2區(qū)在這些物種間具有較快的進(jìn)化速率,因此產(chǎn)生較多的種間差異位點(diǎn)[13-16]。本研究結(jié)果表明,ITS2區(qū)和psbA-trnH區(qū)序列均可作為鉤吻屬植物鑒定的DNA條形碼,但psbA-trnH區(qū)在鉤吻屬植物中堿基序列長度、種間變異位點(diǎn)數(shù)量均具有顯著差異,同時(shí)系統(tǒng)進(jìn)化樹聚類結(jié)果穩(wěn)定性更強(qiáng),因此psbA-trnH序列比ITS2序列更適合作為鉤吻屬植物鑒別的DNA條形碼。psbA-trnH基因是葉綠體psbA和trnH基因之間的一段非編碼區(qū),進(jìn)化速度較快,雖然目前作為中藥基原鑒定的備選DNA條形碼,但也有研究表明,其對(duì)于石斛屬植物也具有良好的鑒別能力[17],同時(shí)對(duì)于忍冬屬植物和連翹屬植物的鑒別甚至優(yōu)于ITS2條形碼,甚至還可對(duì)連翹藥材的產(chǎn)地進(jìn)行鑒別,表明對(duì)于某些中藥品種可將psbA-trnH作為主要鑒別條形碼。

        鉤吻和北美鉤吻是具有多個(gè)種內(nèi)變異位點(diǎn)的近緣植物,若采用序列相似度或序列變異位點(diǎn)作為鑒別指標(biāo),若物種進(jìn)化出新的變異位點(diǎn),可能會(huì)造成檢驗(yàn)人員的困擾。采用DNA條形碼系統(tǒng)進(jìn)化樹進(jìn)行評(píng)價(jià),聚類結(jié)果更直觀,因此更適合質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)的結(jié)果表述,可作為中藥DNA條形碼方法的另一種結(jié)果表述形式。本研究還發(fā)現(xiàn),鉤吻與北美鉤吻的psbA-trnH序列長度存在顯著差異,因此無需進(jìn)行PCR產(chǎn)物的測(cè)序,可直接采用瓊脂糖凝膠電泳的方法根據(jù)DNA條帶分子量進(jìn)行快速鑒定。

        鉤吻屬植物因其花朵繁盛、花香清幽,是戶外常見的花卉園藝植物[18-21]。但鉤吻屬植物含有吲哚類生物堿,也是毒性植物。其中鉤吻在我國屬于區(qū)域性使用的藥材,但因其應(yīng)用范圍較小,且多以外用,因此尚未在藥用領(lǐng)域發(fā)現(xiàn)質(zhì)量安全問題。但鉤吻作為劇毒的中藥材,因其花與金銀花相似、根與五指毛桃相似,故常因誤認(rèn)采挖食用而導(dǎo)致中毒事件,造成了嚴(yán)重后果。鉤吻屬另一物種北美鉤吻也為劇毒植物,因此具有較高的安全風(fēng)險(xiǎn)[22]。本研究采用ITS2和psbA-trnH條形碼建立了鉤吻、北美鉤吻、五指毛桃的鑒別方法,為藥食同源的有毒易混品的鑒別提供了新思路,為保障食用和用藥安全提供了有效手段。

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