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        D18S51基因座上三步突變1例

        2020-01-01 02:51:02姚鵬飛杜情情楊洪林廣東華醫(yī)大司法鑒定中心廣東廣州5040河北醫(yī)科大學法醫(yī)學院河北石家莊050000
        廣東醫(yī)科大學學報 2019年6期
        關鍵詞:檢測

        姚鵬飛,杜情情,楊洪林,張 勇 (. 廣東華醫(yī)大司法鑒定中心,廣東廣州 5040; . 河北醫(yī)科大學法醫(yī)學院,河北石家莊 050000)

        1 案例

        1.1 案情簡介

        因需修改出生醫(yī)學證明,劉某委托我中心鑒定何某(孩子)與劉某(疑父)、陳某(生母)是否具有親子關系。本中心工作人員采集3位被鑒定人的指尖血至FTA血卡備檢。

        1.2 DNA檢驗

        采用Chelex-100法提取樣本DNA,分別采用Microreader? 21 Direct ID System(閱 微 基 因 )、Microreader? 23sp ID System(閱微基因)試劑盒對常染色體上39個STR基因座進行復核擴增,并用PowerPlex?21(普洛麥格)試劑盒對常染色體上的19個STR基因座進行驗證。本次實驗擴增儀采用AB9700(美國AB公司),擴增體系及步驟均按試劑說明書操作,擴增產物均在AB3130XL(美國AB公司)分析儀上進行電泳分離檢測,分析軟件為GeneMapper? ID-X 1.5。并使用ForenSeq? DNA Signature Prep試劑盒(Verogen)中的引物A進行文庫制備,在MiSeq? FGx(illumina)測序平臺進行DNA測序,最后使用ForenSeq UAS軟件(Verogen)分析數(shù)據(jù),該部分實驗由河北醫(yī)科大學法醫(yī)學院完成。

        1.3 結果分析

        1.3.1 毛細管電泳結果 在用Microreader? 21 Direct ID System(閱微基因)試劑盒檢驗常染色體上20個STR基因座發(fā)現(xiàn)除D18S51基因座外,劉某均能提供給何某必需的等位基因。在D18S51基因座(圖1),陳某的基因型為“14,16”,何某的基因型為“14,20”,劉某的基因型為“17,23”,劉某不能提供給何某必需的等位基因20,不符合遺傳規(guī)律。采用PowerPlex?21(普洛麥格)試劑盒進行驗證,發(fā)現(xiàn)在上述兩種試劑重合的19個基因座(包括D18S51基因座)均一致,且各基因座峰高、峰面積等方面都比較均衡。使用Microreader? 23sp ID System(閱微基因)試劑盒繼續(xù)檢測19個多態(tài)性STR基因座,發(fā)現(xiàn)3名被鑒定人員在上述基因座上均符合遺傳規(guī)律。

        1.3.2 二代測序結果 ForenSeq? DNA Signature Prep試劑盒的引物A包含一個性別基因座,27個常染色體STR,7個X-STR,24個Y-STR以及94個個體識別SNP。除D18S51基因座外,26個常染色體STR、7個X-STR、24個Y-STR和94個個體識別SNP在該案例中均符合孟德爾遺傳規(guī)律。在D18S51基因座,陳某的重復序列表現(xiàn)為:[AGAA]14AAAGAGAGAG、[AGAA]16AAAGAGAGAG,何某的重復序列表現(xiàn)為:[AGAA]14AAAGAGAGAG、[AGAA]20AAAGA GAGAG,劉某的重復序列表現(xiàn)為:[AGAA]17AAA GAGAGAG、[AGAA]23AAAGAGAGAG,檢測結果與STR分型結果一致。

        圖1 D18S51基因座分型圖譜

        2 討論

        現(xiàn)有資料表明,STR突變是DNA復制滑動的結果,STR突變是符合逐步突變模式的,即每次突變只改變一個重復單位,兩個或更多個重復單位的變化是在前一次突變基礎上發(fā)生的,也就是多步突變是逐步形成的。STR等位基因的突變,絕大多數(shù)是重復單位數(shù)目的改變,每個突變都是增加或減少一個或幾個重復單位。90%以上的STR突變均為增加或減少一個重復單位,即一步突變。二步突變者少于10%,更多步突變的比例更少[1]。

        在本文的案例中,D18S51基因座的突變步數(shù)達到了三步,是非常罕見的情形,查閱文獻發(fā)現(xiàn)已有相關案例報道[2-3]。在親子鑒定過程中,當父母至少一方和孩子為純合子,且峰高不正?;蛘咄蛔儾綌?shù)多的案例需注意是否存在等位基因丟失的可能,可采用另一套檢測系統(tǒng)加以驗證[4]。有條件也可增加檢測高通量二代測序,以排除引物結合點變異或其它原因導致的目標等位基因擴增失敗。本文案例中,在D18S51基因座上父子母三者基因型均為雜合子,峰高均衡,采用兩種不同試劑盒及二代測序檢測得到一致結果,可判斷在D18S51基因座為不符合遺傳規(guī)律的基因座,考慮存在突變的可能性,按照《親權鑒定技術規(guī)范》(GB/T 37223-2018)中不符合遺傳規(guī)律情形時親權指數(shù)的計算方法,D18S51基因座的親權指數(shù)為0.0003。綜上39個STR基因座的累積親權指數(shù)(CPI)為4.1451× 1018,且在二代測序的94個SNP位點上,三者分型均符合遺傳規(guī)律。聯(lián)合可判定本案中D18S51基因座上不符合遺傳規(guī)律的現(xiàn)象為三步突變,且支持參與鑒定的三者間存在親子關系。

        作為目前親子鑒定中常用的遺傳標記 STR突變率在 0~7×10-3之 間,平均約 2×10-3。目前一般案件的檢測位點基本在20個左右,有些特殊案例甚至會檢測到40~50個位點,所以突變案件比例就顯得較高了,多步突變案件也時有發(fā)生。任何情況都不能僅憑一個遺傳標記不符合遺傳規(guī)律就做出排除親權關系的意見,遇見疑似突變情況,建議可采用不同廠家的檢測系統(tǒng)對疑似突變位點加以驗證,以排除等位基因丟失等情況,也可增加檢測遺傳標記或檢測X-STR、Y-STR位點或采用二代測序技術來加強證據(jù)強度,綜合判定得到鑒定結果,這樣才能給客戶提供科學、專業(yè)的意見。

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