崔麗賢， 李戰(zhàn)彪， 謝慧婷， 秦碧霞， 蔡健和

(廣西農(nóng)業(yè)科學(xué)院 植物保護(hù)研究所/廣西作物病蟲(chóng)害生物學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室， 廣西 南寧 530007)

南方水稻黑條矮縮病毒(Southern rice black-streaked dwarf virus，SRBSDV)是由遷飛性害蟲(chóng)白背飛虱〔Sogatellafurcifera(Horváth)〕進(jìn)行持久性傳播的一種病毒[1-3]。我國(guó)廣大稻區(qū)南方水稻黑條矮縮病毒病的初侵染源主要是春季帶毒遷入的白背飛虱，初侵染源在早稻或其他寄主植物上擴(kuò)繁后，再經(jīng)白背飛虱傳播至中稻或晚稻上[4]。廣西毗鄰白背飛虱境外蟲(chóng)源地之一的越南，也是境外白背飛虱遷飛至我國(guó)東北部稻區(qū)的重要途經(jīng)地[5-6]。2017年廣西中晚稻南方水稻黑條矮縮病發(fā)生嚴(yán)重，全區(qū)絕收面積高達(dá)3 133 hm2，造成嚴(yán)重的經(jīng)濟(jì)損失，病害發(fā)生同時(shí)監(jiān)測(cè)到白背飛虱的蟲(chóng)源比率較大[7]。因此，掌握白背飛虱種群帶毒情況，對(duì)SRBSDV的早期監(jiān)測(cè)及進(jìn)行科學(xué)防控具有重要意義。篩選出靈敏度高、操作簡(jiǎn)便、經(jīng)濟(jì)、快速的檢測(cè)方法，對(duì)檢測(cè)境外蟲(chóng)源的帶毒率和田間初期病苗的快速鑒定有重要的實(shí)際意義。對(duì)于研究白背飛虱體內(nèi)病毒的檢測(cè)，常用Trizol試劑進(jìn)行RNA提取，RT-PCR的方法進(jìn)行檢測(cè)[8]。白背飛虱個(gè)體較小，攜帶RNA量少，提取其總RNA較為困難。目前市場(chǎng)上針對(duì)昆蟲(chóng)開(kāi)發(fā)的RNA提取試劑很少，而且多數(shù)采用Trizol等氧化性較強(qiáng)的試劑，且價(jià)格昂貴，難以應(yīng)用到大規(guī)模的單頭蟲(chóng)體檢測(cè)中。目前，尚未見(jiàn)關(guān)于比較白背飛虱體內(nèi)RNA提取方法的相關(guān)報(bào)道。因此，采用不同方法提取單頭蟲(chóng)體的總RNA，并比較分析其RNA用于RT-PCR檢測(cè)SRBSDV的靈敏度，以期能找到較好的白背飛虱RNA提取方法用于大規(guī)模帶毒率檢測(cè)，為SRBSDV早期檢測(cè)及科學(xué)防控提供指導(dǎo)。

1材料與方法

1.1供試材料

將健康水稻秧苗飼養(yǎng)的白背飛虱轉(zhuǎn)到感染SRBSDV的病株上飼養(yǎng)，待蟲(chóng)體發(fā)育為成蟲(chóng)，度過(guò)循回期，作為帶毒介體備用。將單頭白背飛虱成蟲(chóng)轉(zhuǎn)入1.5 mL離心管，并置于-20℃冰箱保存?zhèn)溆谩?/p>

1.2RT-PCR擴(kuò)增引物

從Genebank下載已報(bào)道的SRBSDV S10片段序列，通過(guò)Vector NTI進(jìn)行序列比對(duì)后進(jìn)行引物設(shè)計(jì)，引物委托生工生物工程(上海)股份有限公司合成，目的片段長(zhǎng)度為920 bp，引物序列如下：SRBSDV-S10-F,5′-CCACATCGCGTCATCTCAAACTAC-3′;SRBSDV-S10-R,5′-CGGTCTTACGCAACGATGAA

CC-3′。

1.3總RNA提取

1.3.1Trizol試劑盒法參照試劑盒試驗(yàn)方法進(jìn)行。

1.3.2改良Trizol法將單頭白背飛虱置于1.5 mL離心管中，加入少量液氮并用燒鈍藍(lán)色槍頭小心研磨，之后加入50 μL Trizol提取液，繼續(xù)研磨至蟲(chóng)體裂解完全；向EP管中再次加入600 μL Trizol提取液，劇烈震蕩15 s，室溫靜置5 min；加入400 μL的酚/氯仿/異戊醇(體積比為25∶24∶1)，劇烈震蕩15 s，室溫靜置5 min，4℃12 000 r/min離心10 min；取上清液至新的1.5 mL離心管中，加入200 μL的氯仿，劇烈震蕩15 s，4℃ 12 000 r/min離心10 min；取上清液至新離心管，加入0.6倍體積的異丙醇，上下顛倒輕輕混勻，-20℃下放置15～20 min；4℃ 12 000 r/min離心10 min，棄上清；加入300 μL 75%乙醇(DEPC水配制)洗滌沉淀，4℃ 6 000 r/min離心4 min，洗滌2次；室溫下靜置5 min晾干，加20 μL DEPC水溶解沉淀。RNA溶液置于-20℃冰箱(短期)或-80℃冰箱(長(zhǎng)期)備用。

1.3.3改良CTAB-LiCl法CTAB提取液提前放入65℃水浴鍋內(nèi)預(yù)熱30 min；將單頭白背飛虱置于1.5 mL的離心管中，加入100 μL CTAB提取液(65℃預(yù)熱)并用燒鈍藍(lán)色槍頭研磨后，再加入500 μL CTAB提取液(65℃預(yù)熱)，震蕩混勻后置于65℃水浴10～15 min，期間顛倒混勻3～5次；取出離心管冷卻至室溫，加入500 μL的氯仿/異戊醇(體積比為24∶1)，劇烈震蕩15 s，4℃靜置 20 min，4℃ 12 000 r/min離心15 min；取上清至新的1.5 mL離心管中，加入0.6倍體積的異丙醇，顛倒混勻，-20℃放置40 min，4℃ 12 000 r/min離心15 min；棄上清液，加入300 μL 75%乙醇(DEPC水配制)洗滌沉淀，4℃ 6 000 r/min離心4 min；沉淀晾干后加入120 μL DEPC水重新溶解沉淀，室溫靜置10 min，加入1/3體積8 mol/L的LiCl溶液，混勻，4℃放置過(guò)夜；4℃ 12 000 r/min離心15 min，棄上清；加入300 μL 75%乙醇(用DEPC水配制)洗滌沉淀，4℃ 6 000 r/min離心4 min；室溫下靜置5 min晾干，加20 μL DEPC水溶解沉淀，RNA溶液置于-20℃冰箱(短期)或-80℃冰箱(長(zhǎng)期)備用。

1.3.4改良異硫氰酸胍法將單頭白背飛虱置于1.5 mL的離心管中，加入少量液氮并用燒鈍藍(lán)色槍頭小心研磨后，加入50 μL 異硫氰酸胍提取液，繼續(xù)研磨至蟲(chóng)體裂解完全；再次加入600 μL異硫氰酸胍提取液，劇烈震蕩15 s，室溫靜置5 min；加入3 mol/L的CH3COONa 40 μL，水飽和酚600 μL，氯仿/異戊醇(體積比為24∶1)120 μL，每加入一種試劑后均顛倒混勻，4℃靜置15 min，4℃ 12 000 r/min離心15 min；取上清液，加入0.6倍體積的異丙醇，上下顛倒混勻，-20℃下放置15～20 min；4℃12 000 r/min離心10 min，棄上清；加入300 μL 75%乙醇(DEPC水配制)洗滌沉淀，4℃ 6 000 r/min離心4 min，洗滌2次；室溫下靜置5 min晾干，加20 μL DEPC水溶解沉淀。RNA溶液置于-20℃冰箱(短期)或-80℃冰箱(長(zhǎng)期)備用。

1.3.5NaOH 粗提法將單頭白背飛虱置于1.5 mL離心管中，加入20 μL 0.5 mol/L的NaOH溶液(DEPC水處理)并用燒鈍藍(lán)色槍頭小心研磨，盡量將蟲(chóng)體搗碎，研磨時(shí)間約2 min，3 000 r/min離心3 min，取上清液用0.1 mol/L的Tris-HCl緩沖液稀釋20倍，置-20℃冰箱(短期)或-80℃冰箱(長(zhǎng)期)備用。

1.4RNA電泳檢測(cè)

將1.3獲得的RNA各2.5 μL(除NaOH 粗提法所得的RNA外)于1%瓊脂糖凝膠進(jìn)行電泳分析(120 V，30 min)，檢測(cè)RNA完整性。

1.5RT-PCR擴(kuò)增靈敏性檢測(cè)

將1.3獲得的RNA提取液0.5 μL及各提取液的10倍梯度稀釋液作模板進(jìn)行一步法RT-PCR，擴(kuò)增產(chǎn)物約920 bp。反應(yīng)體系(10 μL)：10×RT-PCR Buffer為1 μL，dNTP混合液0.4 μL，5×RT-PCR增強(qiáng)因子2 μL，RNA酶抑制劑0.1 μL，HotmasterTaq聚合酶0.5 μL，Quant RTase 0.1 μL，上下游引物各0.6 μL，RNA模板0.5～0.7 μL，補(bǔ)充ddH2O至10 μL。反應(yīng)程序：45℃反轉(zhuǎn)錄30 min；94℃預(yù)變性2 min；94℃變性30 s，58℃退火30 s，75℃延伸45 s，循環(huán)35次；75℃繼續(xù)延伸10 min；反應(yīng)產(chǎn)物各取2.5 μL經(jīng)1%瓊脂糖凝膠電泳(120 V，30 min)檢測(cè)后紫外燈下觀察結(jié)果。

2結(jié)果與分析

2.1不同提取方法總RNA的完整性

Trizol試劑盒法、改良Trizol法、改良CTAB-LiCl法和改良異硫氰酸胍法4種方法均可提取到較為完整的RNA，且所提取的RNA條帶明亮，邊緣整齊，除Trizol試劑盒法和改良異硫氰酸胍法在加樣孔附近有污染外，其余2種方法泳道均較干凈(圖1)。NaOH法提取RNA為粗提取，未進(jìn)行RNA電泳。

圖1不同方法提取的白背飛虱總RNA電泳圖譜

Fig.1 Electrophoretogram of total RNA extracted by different methods

2.2不同提取方法獲得的RNA純度及產(chǎn)量

由表1可見(jiàn)，前4種方法提取的RNA OD260/OD280在1.94～2.11，純度較好，NaOH法最差。由OD260/OD230可以看出，各提取方法所得RNA均脫鹽未完全，應(yīng)加75%乙醇多次洗滌沉淀。質(zhì)量濃度方面，改良Trizol法最高，為222.43 ng/μL；改良異硫氰酸胍與Trizol試劑盒法適中；改良CTAB-LiCl與NaOH法均較低。

表1不同提取方法獲得RNA質(zhì)量

2.3RT-PCR瓊脂糖凝膠電泳

如圖2所示，5種方法均能擴(kuò)增出預(yù)期的條帶，除NaOH法擴(kuò)增較差外，其余幾種方法無(wú)明顯差異。

注：M，Mark DL2000；1，健康對(duì)照；2，陽(yáng)性對(duì)照；3，Trizol試劑盒法；4，改良Trizol法；5，改良異硫氰酸胍法；6，改良CTAB-LiCl法；7，NaOH法。

Note: M, Mark DL2000; 1, healthy control; 2, positive control; 3, Trizol kit method; 4, improved Trizol method; 5, improved guanidinium thiocyanate method; 6, improved CTAB-LiCl method; 7, NaOH extraction method.

圖25種方法獲得RNA的RT-PCR產(chǎn)物電泳圖譜

Fig.2 RT-PCR product electrophoresis of RNA by five methods

2.4不同提取方法檢測(cè)SRBSDV的靈敏度

由圖3可見(jiàn)，將不同提取方法獲得的RNA經(jīng)DEPC水梯度稀釋后(10-1～10-5)進(jìn)行RT-PCR靈敏性檢測(cè)，改良Trizol法RT-PCR擴(kuò)增的靈敏性最高，可以達(dá)到10-4，NaOH較差僅10-1，其余3種方法均為10-3。

圖3不同RNA提取方法檢測(cè)SRBSDV的靈敏性

Fig.3 SRBSDV sensitivity of different RNA extraction methods

2.5不同提取方法的耗時(shí)

NaOH法粗提耗時(shí)最短，5～10 min即可完成RNA粗提；改良CTAB-LiCl法耗時(shí)最長(zhǎng)，需9.5 h才能完成，操作步驟較多，易造成RNA的降解。而改良異硫氰酸胍法、Trizol試劑盒法、改良Trizol法提取分別需2 h、1 h和1.5 h。

3結(jié)論與討論

由于白背飛虱蟲(chóng)體較小，RNA含量相對(duì)更少，在提取過(guò)程中不易操作，特別是在研磨、加入裂解液及控制溫浴時(shí)間等操作上均需小心細(xì)致，避免RNA污染降解。試驗(yàn)對(duì)比Trizol試劑盒法、改良Trizol法、改良CTAB-LiCl法、改良異硫氰酸胍法和NaOH粗提法5種不同方法對(duì)單頭白背飛虱RNA的提取效果及對(duì)檢測(cè)靈敏度的影響。結(jié)果表明，5種方法均可提取到RNA，除NaOH法外其余4種方法提取的RNA條帶均明亮整齊；改良CTAB-LiCl法在破碎蟲(chóng)體時(shí)效果不佳，提取的RNA得率較少；改良Trizol法能夠提取出較完整蟲(chóng)體RNA，RT-PCR進(jìn)行病毒檢測(cè)過(guò)程中產(chǎn)物量大，擴(kuò)增效果穩(wěn)定，NaOH法僅粗提取蟲(chóng)體的總RNA，用于RT-PCR檢測(cè)SRBSDV中較其余幾種方法靈敏度茶差，但由于其操作簡(jiǎn)便，費(fèi)時(shí)較短，適用于大量樣品的檢測(cè)。對(duì)于昆蟲(chóng)體內(nèi)RNA的提取最常用的是Trizol法，該方法提取的RNA質(zhì)量好，可用于后續(xù)RT-qPCR等的相關(guān)研究[9]，試驗(yàn)還說(shuō)明，Trizol法能夠提取高質(zhì)量的RNA，但該方法不適用于檢測(cè)大量材料。NaOH粗提法在植物組織DNA提取中有大量應(yīng)用，較少應(yīng)用于昆蟲(chóng)RNA的提取，對(duì)檢測(cè)材料數(shù)量較多時(shí)，具有耗時(shí)少，經(jīng)濟(jì)實(shí)惠的特點(diǎn)，適用于檢測(cè)白背飛虱攜帶SRBSDV情況，其檢測(cè)靈敏性有待進(jìn)一步研究提高。