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        基于NeuroSolutions神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)軟件預(yù)測豬瘟發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)

        2019-10-09 06:05:04陳培廉
        福建畜牧獸醫(yī) 2019年5期
        關(guān)鍵詞:模型

        陳培廉

        龍海市顏厝畜牧獸醫(yī)站 福建龍海 363100

        豬瘟(Swine fever)是由豬瘟病毒引起的一種具有高度接觸性的傳染病。世界動(dòng)物衛(wèi)生組織(OIE)已將其列為法定的A類傳染病,我國農(nóng)業(yè)農(nóng)村部已將豬瘟列為法定動(dòng)物疫病一類傳染病。豬瘟病毒對環(huán)境抵抗力不強(qiáng),一般情況下不能在環(huán)境中長期存活,但伴隨著含毒介質(zhì)、溫度等其他氣候條件的變化,豬瘟病毒存活時(shí)間也會(huì)發(fā)生很大變化[1]。根據(jù)豬瘟臨診癥狀可分為急性型豬瘟、慢性型豬瘟、遲發(fā)型豬瘟。近年來我國又出現(xiàn)一些臨診癥狀為非典型的豬瘟患豬。非典型豬瘟不同于往常的豬瘟,其無典型癥狀,需要經(jīng)過大量剖檢和實(shí)驗(yàn)室檢查方可診斷,從患豬提取出來的病毒經(jīng)易感動(dòng)物傳代后毒力增強(qiáng),經(jīng)實(shí)驗(yàn)室檢驗(yàn)后證明與石門系豬瘟強(qiáng)毒為同一血清型[1];豬瘟在世界各地廣布,對養(yǎng)豬業(yè)具有嚴(yán)重的危害性。如今人們通過疫苗等方式控制豬瘟的暴發(fā),但還是沒有辦法真正消滅豬瘟。根據(jù)相關(guān)資料得知,歐洲和美洲一些國家先后采取消滅豬瘟措施,并獲得成功,但近幾年那些已宣布消滅豬瘟的部分歐洲國家又出現(xiàn)豬瘟暴發(fā)與流行,同時(shí)野豬也出現(xiàn)豬瘟感染的情況。我國多年來實(shí)行以免疫預(yù)防為主的豬瘟防控策略,使豬瘟急性暴發(fā)式流行得到控制[2-4]。但其形式已從頻繁發(fā)生的大流行轉(zhuǎn)變?yōu)橹芷谛?、波浪式的地區(qū)性、散發(fā)性流行,通常3~4年一個(gè)周期,疫點(diǎn)顯著減少,多局限于所謂“豬瘟不穩(wěn)定地區(qū)”的散發(fā)性流行,局限于某些地區(qū)、某些豬場,在形式上類似于寄生蟲病的疫源地[5]。我國是生豬生產(chǎn)、飼養(yǎng)與消費(fèi)大國,生豬飼養(yǎng)量占全球比例接近70%[6],若能建立好的數(shù)學(xué)預(yù)測模型,有效地預(yù)測豬瘟的阻斷率,就能有助于動(dòng)物疫病防疫部門和相關(guān)的養(yǎng)殖單位盡早了解豬瘟暴發(fā)的趨勢。在風(fēng)險(xiǎn)較大的地方進(jìn)行提前預(yù)防,從而降低豬瘟對養(yǎng)殖業(yè)的經(jīng)濟(jì)傷害。

        目前,BP神經(jīng)網(wǎng)絡(luò) (Back Propagation Network)是最具可信度的預(yù)測方式,它是依據(jù)人的腦和神經(jīng)系統(tǒng)處理信息的原理而研發(fā)出來的信息處理技術(shù),具有人腦的學(xué)習(xí)能力、記憶能力和分析歸納能力,能朝著滿足給定的輸入和輸出關(guān)系方向進(jìn)行自我組織。一般神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)由三個(gè)部分組成,包括輸入層、隱含層和輸出層。每層有相應(yīng)的幾個(gè)節(jié)點(diǎn),每個(gè)節(jié)點(diǎn)通過連接權(quán)重來接受其他節(jié)點(diǎn)的信息,然后通過內(nèi)部轉(zhuǎn)換函數(shù)從而輸出信息。BP算法的學(xué)習(xí)是通過正向傳播與反向傳播兩個(gè)過程來完成的,正向傳播是指輸信息從輸入層到隱含層再傳入輸出層的過程,如果輸出層得不到期望的輸出,就進(jìn)入反向傳播,而反向傳播是指將誤差信號沿著原來的連接通路返回,其通過修改各層節(jié)點(diǎn)之間的權(quán)重值從而不斷調(diào)整網(wǎng)絡(luò)參數(shù),直到誤差函數(shù)達(dá)到最小為止。BP算法的實(shí)質(zhì)就是最小均方(LMS)算法的延伸。BP網(wǎng)絡(luò)具有強(qiáng)大的自學(xué)能力,且具有高度非線性的映射能力和通過非線性函數(shù)(S型)的多次復(fù)合,以任意精度逼任意連續(xù)函數(shù)的信息處理和模式識(shí)別能力,是目前被廣泛采用的一種人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型[7-10],通過充分訓(xùn)練的神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)是有信賴度的。神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)被廣泛運(yùn)用于各行業(yè)的預(yù)測,例如產(chǎn)品品質(zhì)分析、化工程序診斷,股票投資、債券投資,品資管理、時(shí)程管理,醫(yī)學(xué),石油產(chǎn)量等。在神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)有關(guān)軟件中又以NeuroSolutions最具權(quán)威性和可信賴度,其功能強(qiáng)大,可分析任意種類的信息。豬瘟病毒會(huì)伴隨著含毒介質(zhì)、溫度、降水量等氣候變量的變化,存活時(shí)間也會(huì)發(fā)生很大變化,所以,預(yù)測豬瘟的趨勢可以通過氣溫、降水量以及豬的抗體水平來預(yù)測。

        1 材料與方法

        1.1 材料 豬瘟的阻斷率資料選自龍巖學(xué)院動(dòng)物醫(yī)學(xué)研究所收集的2013年10~12月龍巖新羅區(qū)、永定縣、漳平市的部分豬瘟阻斷率資料。其中豬瘟阻斷率是通過酶聯(lián)免疫吸附劑測定(ELISA)方法測定的。氣象因素選取龍巖新羅區(qū)、永定縣、漳平市2013 年 10~12 月的月平均氣溫(℃)、月降水量(mm),氣象資料來自龍巖市氣象局。

        1.2 NeuroSolutions軟件的使用 試驗(yàn)采用的是NeuroSolutions人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)。它利用神經(jīng)系統(tǒng)向?qū)В∟eural Wizard)協(xié)助找尋需要的網(wǎng)絡(luò),并且提供專家系統(tǒng)(Neural Expert)用于快速找到所需的模型類型,以詢問的方式協(xié)助構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)模型。測試向?qū)В═esting Wizard),協(xié)助快速測試神經(jīng)網(wǎng)絡(luò),同時(shí)可以通過NeuroSulution For Excel整理數(shù)據(jù)[11]。

        1.3 神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)預(yù)測模型的建立

        1.3.1 數(shù)據(jù)的選擇與分析

        1.3.1.1 訓(xùn)練數(shù)據(jù) 以2013年10月份的相關(guān)數(shù)據(jù)作為建模用的訓(xùn)練輸入數(shù)據(jù)(traininput),以2013年11月份的豬瘟阻斷率作為訓(xùn)練期望數(shù)據(jù)(traindesire),以此訓(xùn)練模型。對建模所需的訓(xùn)練數(shù)據(jù)在minitab中的描述性統(tǒng)計(jì)進(jìn)行數(shù)據(jù)分析,可得表1。

        表1 訓(xùn)練數(shù)據(jù)中阻斷率的描述性統(tǒng)計(jì)

        圖1 訓(xùn)練完成的神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)

        從表中可以看到,無論是traininput還是traindesire的變異系數(shù)和標(biāo)準(zhǔn)差的數(shù)值都是比較大的,試驗(yàn)建模數(shù)據(jù)的數(shù)值差異大,具有隨機(jī)性。同時(shí)也可以發(fā)現(xiàn)traininput和traindesire的平均值、平均值標(biāo)準(zhǔn)誤差、標(biāo)準(zhǔn)差以及變異系數(shù)都比較相似,可以預(yù)判適合用于建模。

        1.3.1.2 測試數(shù)據(jù) 將2013年11月份的相關(guān)數(shù)據(jù)作為測試輸入數(shù)據(jù)(testinput),2013年12月份的阻斷率作為測試期望數(shù)據(jù)(testdesire)。

        1.3.2 NeuroSolutions神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建與訓(xùn)練 (1)整理數(shù)據(jù):讓訓(xùn)練數(shù)據(jù)和測試數(shù)據(jù)的數(shù)量比約為1:4,再整理成txt格式。(2)選擇能夠通過詢問方式智能協(xié)助構(gòu)建神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的Neural Expert。(3)選擇解決問題的類型Prediction,輸入訓(xùn)練輸入數(shù)據(jù)、訓(xùn)練期望輸出數(shù)據(jù)。(4)建立類神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)。(5)訓(xùn)練網(wǎng)絡(luò)至收斂,利用權(quán)重值進(jìn)行豬瘟阻斷率預(yù)測。

        完成上述各項(xiàng)設(shè)定后,系統(tǒng)就會(huì)自動(dòng)完成類神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)(見圖1)。

        1.4 神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)測試 保存以上神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型,選擇Test按鍵,輸入測試輸入數(shù)據(jù)、測試期望數(shù)據(jù)。

        1.5 卡方檢驗(yàn) 用軟件卡方檢驗(yàn)計(jì)算器檢驗(yàn)期望值與預(yù)測值之間的差異性。

        2 結(jié)果與分析

        按照上述過程對選取數(shù)據(jù)進(jìn)行豬瘟阻斷率預(yù)測,由圖2可見,經(jīng)軟件測試后得出的預(yù)測阻斷率曲線與期望阻斷率實(shí)際曲線擬合較好。

        圖2 2013年12月份豬瘟阻斷率的預(yù)測曲線

        由表2可知,期望阻斷率和預(yù)測阻斷率的誤差相對較小,誤差絕對值的平均值約為6.97。豬瘟抗體阻斷率≥50%時(shí)表示抗體陽性;阻斷率≤40%時(shí)表示抗體陰性;阻斷率在40%~50%時(shí),則應(yīng)在數(shù)日后再對該動(dòng)物重新進(jìn)行檢測。所以,阻斷率只要在相應(yīng)的閾值之內(nèi)就達(dá)到預(yù)測效果。

        表2 2013年12月份部分豬瘟阻斷率期望值與預(yù)測值比較

        由表3可知,期望值里有31頭豬表現(xiàn)為陽性;3頭表現(xiàn)為陰性,發(fā)病率為7.9%。預(yù)測值里則有32頭豬表現(xiàn)為陽性,4頭表現(xiàn)為陰性,發(fā)病率為10.5%。發(fā)病率差距相對較小。經(jīng)卡方檢驗(yàn)計(jì)算得出,期望值與預(yù)測值之間差異不顯著(P>0.05)。

        表3 期望值與預(yù)測值的發(fā)病率對比

        3 討 論

        NeuroSolutions軟件是一款容易操作且可以很好地建立神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型并用于預(yù)測的工具,在相關(guān)BP神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)軟件中最享有名譽(yù)。它對數(shù)據(jù)要求不高(具有模糊推論能力),可以建立非線性且擬合度高的模型,能夠適時(shí)學(xué)習(xí),對于不懂神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)算法的人也可以輕易上手,適合于相關(guān)監(jiān)測預(yù)防部門以及研究部門。

        前人的研究多為研究豬瘟或其他疫病與氣候因素的關(guān)系,并利用顯著相關(guān)的氣象要素對該地區(qū)豬瘟或其他疫病發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)月內(nèi)的月發(fā)病率進(jìn)行預(yù)測[12-13]。根據(jù)前人的研究,以對豬瘟具有顯著相關(guān)的氣候因素作為試驗(yàn)的輸入變量,可提高建模及結(jié)果準(zhǔn)確性;本試驗(yàn)的優(yōu)點(diǎn)在于通過將氣候因素與豬瘟阻斷率相結(jié)合作為輸入變量,進(jìn)而預(yù)測下一個(gè)月的豬瘟阻斷率,而得到的阻斷率數(shù)據(jù)可以直觀了解該區(qū)域或是該豬場的豬群抗體水平,從而可更好地做好預(yù)防工作。母豬豬瘟抗體(阻斷值)采用ELISA法檢測,疫苗免疫后,抗體阻斷率≥50%時(shí)表示抗體陽性;阻斷率≤40%時(shí)表示抗體陰性;阻斷率在40%~50%時(shí),則應(yīng)在數(shù)日后再對該動(dòng)物重新檢測。

        根據(jù)相關(guān)資料表明,豬瘟病毒粒子呈球形,可隨風(fēng)引起遠(yuǎn)距離跳躍式變化,因此,風(fēng)速大,病毒傳播距離遠(yuǎn)、傳播范圍大、發(fā)病率高[14]。一般來說,隨著輸入變量的增多,網(wǎng)絡(luò)預(yù)測的精度就會(huì)上升,預(yù)測能力也會(huì)提高[14-15]。所以,本試驗(yàn)可以在原來的基礎(chǔ)上增加樣本的數(shù)量、增加相關(guān)性強(qiáng)的輸入變量來對網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)進(jìn)行調(diào)整。如可以加入風(fēng)速作為輸入變量,從而讓網(wǎng)絡(luò)再學(xué)習(xí)、再訓(xùn)練,優(yōu)化網(wǎng)絡(luò)并提高其準(zhǔn)確性,使得預(yù)測結(jié)果更有價(jià)值。

        4 結(jié) 論

        1)本研究訓(xùn)練完后的網(wǎng)絡(luò)的預(yù)測能力較高,其預(yù)測豬瘟的阻斷率的誤差絕對值較小,平均值約為6.97。豬瘟的實(shí)際發(fā)病率約為7.9%,通過人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)軟件得出的發(fā)病率約為10.5%,兩者間差異不顯著(P>0.05),預(yù)測具有可信度。

        2)NeuroSolutions神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)軟件建立的模型可以較好地預(yù)測豬的疾病,它對于可進(jìn)行系列跟蹤的豬場以及預(yù)測監(jiān)督部門可以起到較好的預(yù)測功能。

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