中國(guó)現(xiàn)代數(shù)學(xué)教育的早期代表人物之一。1911年以后，多次擔(dān)任北京大學(xué)數(shù)學(xué)系主任，對(duì)在中國(guó)傳播現(xiàn)代數(shù)學(xué)知識(shí)有重要貢獻(xiàn)。

馮祖荀是中國(guó)現(xiàn)代數(shù)學(xué)的早期代表人物之一。1902年考入京師大學(xué)堂。在學(xué)期間，被選出洋留學(xué)。在日本留學(xué)期間，馮祖荀和當(dāng)時(shí)由北京赴日留學(xué)的若干學(xué)生發(fā)起成立了“北京大學(xué)留日學(xué)生編譯社”，該社出版《學(xué)?！冯s志，是我國(guó)最早的科技譯刊之一，對(duì)在我國(guó)傳播現(xiàn)代科學(xué)知識(shí)功不可沒(méi)。

1913年，北京大學(xué)開(kāi)設(shè)數(shù)學(xué)門（相當(dāng)于現(xiàn)在的“系”），馮祖荀是該系的主要教授。為建設(shè)北京大學(xué)數(shù)學(xué)系做出了杰出貢獻(xiàn)（1934年前馮祖荀多次擔(dān)任該系系主任），初步探索出一套中國(guó)現(xiàn)代大學(xué)數(shù)學(xué)系的辦學(xué)模式，課程設(shè)置亦逐漸完善。

馮祖荀對(duì)提攜后學(xué)盡心盡力，他培養(yǎng)傅種孫的事跡傳為美談。傅種孫于1917年入該校攻讀數(shù)學(xué)，頗顯才華。在馮祖荀在培養(yǎng)和舉薦下，傅種孫任北京師范大學(xué)數(shù)學(xué)系教授，后成為我國(guó)著名的數(shù)學(xué)教育家。到20世紀(jì)30年代，中國(guó)的現(xiàn)代數(shù)學(xué)已有了長(zhǎng)足的發(fā)展。中國(guó)數(shù)學(xué)會(huì)終于1935年在上海成立，馮祖荀被選為董事之一。馮祖荀還曾擔(dān)任以張學(xué)良為校長(zhǎng)的東北大學(xué)的數(shù)學(xué)系主任。

抗日戰(zhàn)爭(zhēng)時(shí)期，北京大學(xué)南遷昆明，馮祖荀因健康原因滯留北京，曾在日軍占領(lǐng)期間設(shè)在北平的“北京大學(xué)”任教，其間曾協(xié)助將北京大學(xué)數(shù)學(xué)系的學(xué)籍檔案轉(zhuǎn)移至昆明。1940年馮祖荀病逝。

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