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        基于SNP標(biāo)記的玉米雄穗主要性狀QTL定位分析

        2019-08-08 06:58:58謝慶春嚴(yán)衛(wèi)古印志同
        關(guān)鍵詞:分枝連鎖表型

        賈 波,崔 敏,謝慶春,嚴(yán)衛(wèi)古,印志同*

        (1.江蘇徐淮地區(qū)淮陰農(nóng)業(yè)科學(xué)研究所,江蘇 淮安 223001;2.揚(yáng)州大學(xué)農(nóng)學(xué)院,江蘇 揚(yáng)州 225009;3.江蘇省區(qū)域現(xiàn)代農(nóng)業(yè)與環(huán)境保護(hù)協(xié)同創(chuàng)新中心,江蘇 淮安 223300)

        【研究意義】雄穗性狀是玉米生長發(fā)育過程中重要的農(nóng)藝性狀[1-2],雌雄穗之間存在著一定的競爭,較小的雄穗有利于減少植株養(yǎng)分消耗,增加群體通風(fēng)透光性,提高光合作用效率,進(jìn)而提高玉米產(chǎn)量[3-4]。美國先鋒公司近年來玉米品種的雄穗呈現(xiàn)著逐漸減小的趨勢。劉元芝等[5]研究表明,在不追施氮肥的條件下,雄穗分枝數(shù)和雄穗重量與籽粒產(chǎn)量間呈顯著負(fù)相關(guān);在追施氮肥的條件下,雄穗分枝數(shù)與籽粒產(chǎn)量間呈顯著負(fù)相關(guān)。但是從保存玉米種質(zhì)資源、提高雜交制種產(chǎn)量以及保證逆境條件下高產(chǎn)穩(wěn)產(chǎn)等角度考慮,又需要雄穗具有足夠的小穗數(shù)和花粉量,以滿足植株授粉的需要[6]。因此,合理的雄穗結(jié)構(gòu)對于玉米生產(chǎn)的穩(wěn)定發(fā)展具有重要的現(xiàn)實(shí)意義?!厩叭搜芯窟M(jìn)展】近年來,科研人員對玉米雄穗性狀的遺傳特性展開了多方面研究?;羰似絒7]研究表明,除分枝數(shù)符合加性、顯性遺傳模型外,其余性狀的遺傳均可配合加性、顯性、上位性模型。豐光等研究認(rèn)為,玉米雄穗分枝性狀遺傳為多基因數(shù)量性狀控制,且符合加性-顯性-上位性多基因遺傳模型,顯性效應(yīng)起主要作用,多基因遺傳力較高。湯華等[8]利用豫玉22構(gòu)建的266個(gè)玉米F2∶3家系為材料,檢測到9個(gè)雄穗分枝數(shù)QTL,有5個(gè)QTL在兩地同時(shí)被檢測到,分布在1、3、9和10號(hào)染色體上,可解釋表型變異的5.13%~12.01%。Upadyayula 等[9]研究發(fā)現(xiàn)2個(gè)雄穗分枝數(shù)和4個(gè)雄穗重相關(guān)的QTL。劉軍霞等[10]以掖488×Va35-2 構(gòu)建的230個(gè)F2∶3家系為作圖群體,在2個(gè)環(huán)境下共檢測到7個(gè)雄穗分枝數(shù)QTL和8個(gè)雄穗主軸長QTL,分別位于第1、2、3、4、5、6、7、9 和10號(hào)染色體上,且單個(gè)QTL的表型貢獻(xiàn)率介于3.38%~17.01%之間。白成銀[11]以玉米單天花突變材料與常規(guī)材料構(gòu)建回交群體及回交家系群體,共檢測到7個(gè)QTL,分別分布于2、3、5、7染色體上。楊釗釗等[12]以黃早四為共同親本組配的11個(gè)重組自交系群體,對玉米雄穗一級分枝數(shù)、雄穗主軸長和雄穗干重3個(gè)性狀進(jìn)行QTL分析,對比不同群體結(jié)果發(fā)現(xiàn),只檢測到5個(gè)在3個(gè)群體中穩(wěn)定表達(dá)的一致性QTL及16個(gè)在2個(gè)群體中穩(wěn)定表達(dá)的一致性QTL。雄穗主要性狀是多基因控制的數(shù)量性狀,易受環(huán)境及遺傳材料的影響,不同的研究人員定位結(jié)果往往存在著一定的差異,并且大多數(shù)研究人員構(gòu)建的遺傳連鎖圖譜平均圖距較大,定位的精度不高,遠(yuǎn)遠(yuǎn)達(dá)不到標(biāo)記輔助選擇的要求?!颈狙芯壳腥朦c(diǎn)】本試驗(yàn)應(yīng)用SNP標(biāo)記構(gòu)建高密度遺傳連鎖圖譜,對玉米雄穗分枝數(shù)、雄穗長、雄穗重等雄穗主要性狀進(jìn)行QTL定位?!緮M解決的關(guān)鍵問題】旨在為下一步遺傳研究提供理論基礎(chǔ)。

        1 材料與方法

        1.1 試驗(yàn)材料

        選用Z58和Y915構(gòu)建的192個(gè)F2∶3家系作為作圖群體。

        1.2 表型數(shù)據(jù)采集

        2016年夏及2017年春分別將Z58和Y915構(gòu)建的192個(gè)F2∶3家系種植于江蘇徐淮地區(qū)淮陰農(nóng)業(yè)科學(xué)研究所試驗(yàn)田、揚(yáng)州大學(xué)農(nóng)學(xué)院試驗(yàn)場。

        采用行長5 m、行距0.6 m、每行20株的隨機(jī)區(qū)組試驗(yàn)設(shè)計(jì),2次重復(fù)。在散粉后10 d 調(diào)查雄穗長和雄穗分枝數(shù),從每行的第6株起,連續(xù)調(diào)查5株。取下這5株的雄穗,曬干后稱取雄穗重。

        1.3 遺傳連鎖圖譜構(gòu)建

        應(yīng)用56 110個(gè)SNP標(biāo)記對Z58×Y915的F2∶3群體進(jìn)行多態(tài)性鑒定,獲得14 283個(gè)多態(tài)性標(biāo)記,通過單倍型分析篩選其中的1736個(gè)SNP標(biāo)記構(gòu)建遺傳連鎖圖譜,總圖距為1607.9 cM,標(biāo)記間平均距離為0.967 cM。標(biāo)記間的平均距離最大的是第10號(hào)染色體,距離為1.39 cM;標(biāo)記間平均距離最小是第2號(hào)染色體,距離為0.712 cM。

        1.4 表型數(shù)據(jù)分析及QTL連鎖分析

        表型數(shù)據(jù)分析:本實(shí)驗(yàn)的所有表型數(shù)據(jù)應(yīng)用SPSS16.0進(jìn)行分析處理。應(yīng)用frequences分析功能,得到頻數(shù)分布情況;使用ANOVA進(jìn)行方差分析。QTL連鎖分析:在Icimapping中運(yùn)用復(fù)合區(qū)間作圖法(CIM),分析檢測F2∶3群體中玉米雄穗主要性狀的QTL數(shù)目,位置及效應(yīng)。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 表型數(shù)據(jù)分析

        本研究調(diào)查了2016年淮安夏播和2017揚(yáng)州春播2種環(huán)境條件下親本Z58、Y915及其F2∶3群體的3個(gè)雄穗主要性狀:雄穗長(TL)、雄穗分枝數(shù)(TBN)、雄穗重(TW)。從表1可以看出,親本Z58和Y915在雄穗長、雄穗分枝數(shù)以及雄穗重等性狀間存在著一定的差異,方差分析結(jié)果表明,F(xiàn)2∶3家系的雄穗長、雄穗分枝數(shù)以及雄穗重在基因型間、基因型與環(huán)境互作間均達(dá)到了顯著或極顯著差異,表明玉米雄穗主要性狀的差異主要是由本身的遺傳因素決定的。圖1所示為2016年淮安、2017年揚(yáng)州2個(gè)環(huán)境條件下,F(xiàn)2∶3群體雄穗主要性狀的次數(shù)分布圖。圖中對角線顯示各性狀的次數(shù)分布,對角線上的值表示性狀間的相關(guān)系數(shù),對角線下方表示各性狀的散點(diǎn)圖。正態(tài)分布檢驗(yàn)表明,F(xiàn)2∶3家系的雄穗長、雄穗分枝數(shù)及雄穗重在群體內(nèi)分布比較廣泛,近似符合正態(tài)分布,表現(xiàn)出典型的數(shù)量遺傳特性,可以用于QTL定位分析,通過相關(guān)性檢驗(yàn)分析,可以看出 3個(gè)性狀之間的相關(guān)程度較高,雄穗分枝數(shù)和雄穗長、雄穗重 2個(gè)性狀在不同的環(huán)境中均存在顯著的相關(guān),雄穗長與雄穗重之間相關(guān)性在2個(gè)環(huán)境中存在差異。

        表1 玉米雄穗主要性狀的描述性分析,方差分析和遺傳力分析

        注:**代表(P<0.01) 水平下差異顯著。

        Note∶ ** represent significant difference at 0.01 level.

        2.2 QTL定位分析

        在2016年夏淮安及2017年春揚(yáng)州2個(gè)環(huán)境條件下,共檢測到15個(gè)與TL性狀連鎖的QTL位點(diǎn),分別位于第1、3、4、5、6、7、8號(hào)染色體上,可解釋表型變異的0.66 %~22.58 %,在染色體 bin 值1.09、3.09位置,2個(gè)環(huán)境中均穩(wěn)定檢測到與TL連鎖的QTL位點(diǎn);共檢測到12個(gè)與TBN性狀連鎖的QTL位點(diǎn),分別位于第1、2、3、5、6、7、9號(hào)染色體上,可解釋表型變異的3.05 %~23.80 %,在染色體bin值2.08、3.09位置,2個(gè)環(huán)境中均穩(wěn)定檢測到與TBN連鎖的QTL位點(diǎn);共檢測到9個(gè)與TW性狀連鎖的QTL位點(diǎn),分別位于第1、3、4、6、7、9號(hào)染色體上,可解釋表型變異的4.52 %~27.55 %,在染色體bin值3.09、9.05位置,2個(gè)環(huán)境中均穩(wěn)定檢測到與TW連鎖的QTL位點(diǎn)。在染色體3.09位置,2個(gè)環(huán)境中均檢測到與TL、TBN、TW連鎖的位點(diǎn),該位點(diǎn)是否存在一因多效,有待于進(jìn)一步研究驗(yàn)證(表2)。

        3 討 論

        鑒于雄穗主要性狀在玉米生長發(fā)育過程中的重要作用,研究人員對其遺傳特性展開了較多地研究。楊釗釗[12]等研究發(fā)現(xiàn),玉米雄穗分枝數(shù)和雄穗主軸長的廣義遺傳力分別介于92 %~96 %和85 %~95 %。劉軍霞等[10]研究表明在2個(gè)環(huán)境下雄穗分枝數(shù)和雄穗主軸長的廣義遺傳力同樣都較大,分別為78.65 %和81.09 %。本研究中F2∶3家系的雄穗長、雄穗分枝數(shù)、雄穗重遺傳力也較大,分別為69 %、67 %、61 %,因此選擇玉米雄穗優(yōu)良性狀時(shí),要特別注重對基礎(chǔ)材料的早代選擇。

        ***, 代表P<0.001水平下差異顯著;**, 代表P<0.01水平下差異顯著;*, 代表P<0.05水平下差異顯著***, significant at P<0.001; **, significant at P<0.01; *, significant at P<0.05圖1 不同環(huán)境條件下F2∶3群體雄穗主要性狀的次數(shù)分布Fig.1 Frequency distribution of tassel traits in F2∶3 population under two different environments

        表2 不同環(huán)境條件下檢測到的雄穗性狀QTL

        QTL定位方面,本研究在淮安、揚(yáng)州 2 個(gè)環(huán)境條件下共檢測到15個(gè)與雄穗長(TL)性狀連鎖的QTL位點(diǎn),位于染色體bin值1.04、1.09、3.04、3.05、3.09、4.01、4.09、5.01、6.01、7.00、8.05、8.06位置,可解釋表型變異的0.66 %~22.58 %,其中淮安環(huán)境條件下檢測到的染色體bin值8.06位置的2個(gè)QTL位點(diǎn)效應(yīng)值較大,可分別解釋表型變異的10.26 %、22.58 %。TL性狀QTL定位分析前人研究較多,高世斌[13]在染色體bin值2.05~2.06、6.06~6.07、2.05~2.07、4.10、10.01~10.02位置檢測到與TL連鎖的位點(diǎn);楊釗釗[12]在11個(gè)群體中檢測到與TL性狀連鎖的環(huán)境鈍感的主效QTL位點(diǎn)位于染色體bin值1.06、2.04位置;劉軍霞[10]在不同環(huán)境下F2∶3家系中檢測到的與TL連鎖的位點(diǎn)位于染色體bin值2.04、3.04、6.05、7.02、9.01、10.01、10.03位置。比較發(fā)現(xiàn),劉軍霞[10]在3.04位置檢測到的位點(diǎn)與本研究結(jié)果比較一致,其他研究人員的結(jié)論與本研究差異較大。雄穗分枝數(shù)(TBN)方面,本研究在2個(gè)環(huán)境下共檢測到12個(gè)與之連鎖的QTL位點(diǎn),位于染色體bin值1.07、2.01、2.08、3.08、3.09、5.03、6.01、7.04、9.00、9.07位置,可解釋表型變異的3.05 %~23.80 %,其中淮安環(huán)境下在染色體bin值3.09、5.03位置、揚(yáng)州環(huán)境下染色體bin值3.09位置檢測到的位點(diǎn)效益值較大,可分別解釋表型變異的12.87 %、11.83 %、23.80 %。Mickelson[14]在染色體bin值2.02、2.05、2.07、3.04位置檢測到與TBN連鎖的QTL位點(diǎn);Edward S.Buckler定位預(yù)測的位點(diǎn)位于染色體 bin 值2.04、3.04位置;高世斌[13]定位的TBN位點(diǎn)位于染色體bin值2.05~2.06、6.06~6.07、2.05~2.07、4.10、10.01~10.02位置;白成銀[11]通過構(gòu)建單天花突變材料與常規(guī)材料的回交群體及回交家系群體,檢測到與TBN連鎖的位點(diǎn)位于染色體bin值2.04、3.06、5.04、7.02位置;王迪等[15]構(gòu)建Q/H群體在6個(gè)環(huán)境下檢測到的TBN性狀QTL位點(diǎn)數(shù)目比較多,分布位于1、2、3、4、6、7、8、10號(hào)染色體上。其中王迪[15]檢測到的Qqtpbn2-1、Qqtpbn3-32個(gè)位點(diǎn)分別位于染色體bin值2.08、3.09位置與本試驗(yàn)研究結(jié)果比較一致,其他研究人員的結(jié)論與本試驗(yàn)差異較大。雄穗重方面,本研究定位的位點(diǎn)位于染色體bin值1.07、3.03、3.09、4.01、4.08、6.00、9.05位置,可解釋表型變異的4.52 %~27.55 %,其中揚(yáng)州環(huán)境下染色體bin值3.09、9.05位置檢測到位點(diǎn)效益值比較大,可分別解釋表型變異的12.16 %、27.55 %。對于雄穗重的QTL定位研究相對較少,王迪[15]在Q/H群體中檢測的位點(diǎn)位于染色體bin值1.02、1.04、1.08、1.11、6.00、7.01、7.02、7.03、9.00、10.04位置,與本試驗(yàn)研究結(jié)果差異較大。

        綜上所述,不同研究人員因遺傳材料、群體類型、種植環(huán)境等因素的影響,雄穗主要性狀的QTL定位結(jié)果存在著較大的差異。怎樣整合不同研究人員試驗(yàn)結(jié)論,解析雄穗性狀的遺傳機(jī)理,并應(yīng)用于育種實(shí)踐,仍需要進(jìn)一步研究探索。

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