姜紅巖,張 蕊,滕 珂,檀鵬輝,劉凌云,尹淑霞
(1.北京林業(yè)大學(xué)草坪研究所,北京 100083;2.北京草業(yè)與環(huán)境研究發(fā)展中心,北京 100097)
NAC(NAM,ATAF1/2,CUC2)轉(zhuǎn)錄因子是植物中特有的一類轉(zhuǎn)錄因子,在調(diào)控植物生長(zhǎng)發(fā)育、葉片衰老、響應(yīng)生物和非生物脅迫等方面發(fā)揮著重要作用[1-3]。大量研究表明,NAC轉(zhuǎn)錄因子在轉(zhuǎn)基因育種中具有很重要的作用和應(yīng)用價(jià)值[4]。過量表達(dá)NAC基因的植株對(duì)非生物脅迫具有一定的抗性,因此可以通過轉(zhuǎn)基因技術(shù)獲得更多的抗干旱、抗鹽堿等新的轉(zhuǎn)基因材料[4-5]。全基因組分析已在擬南芥(Arabidopsis thaliana)、水稻(Oryza sativa)、葡萄(Vitis vinifera)、楊樹(Populus tricocarpa)和大豆(Glycine max)中分別鑒定出117、151、79、163、152個(gè) NAC[6-7]。在紫花苜蓿 (Medicago sativa)[7]中MsNAC1基因可能參與了非生物逆境脅迫的生理響應(yīng),在高鹽、干旱和低溫處理下表達(dá)量均表現(xiàn)為先上升后下降的趨勢(shì)。番茄(Lycopersicum esculentum)[8]SlNAC1的過表達(dá)提高了番茄植株的耐冷性,同時(shí)高溫、鹽、干旱等非生物脅迫和多種激素均會(huì)誘導(dǎo)SlNAC1基因的表達(dá)。在水稻[9]中OsNAC5、OsNAC6、OsNAC9和OsNAC10的過表達(dá)株系通過根結(jié)構(gòu)適應(yīng)和調(diào)控參與應(yīng)激反應(yīng)、防御反應(yīng)和ABA生物合成的基因來增強(qiáng)耐旱性。Le等[10]研究表明,低溫、機(jī)械損傷及防御相關(guān)的激素(水楊酸、茉莉酸甲酯、脫落酸和乙烯)均會(huì)誘導(dǎo)葡萄葉中VvNAC1的表達(dá)。
結(jié)縷草(Zoysia japonica)是我國(guó)重要的暖季型草坪草,分布廣泛,普遍應(yīng)用于各地的運(yùn)動(dòng)場(chǎng)、園林綠化等各種草坪[11]。但由于我國(guó)結(jié)縷草種質(zhì)資源研究起步晚,其育種工作遠(yuǎn)遠(yuǎn)落后于發(fā)達(dá)國(guó)家[12-14]?,F(xiàn)代生物技術(shù)發(fā)展加快了新品種的選育,為進(jìn)一步改良草坪草的遺傳性狀提供了條件,加快了草坪草遺傳改良的步伐[13,15]。目前對(duì)結(jié)縷草的研究多數(shù)以其抗性為主,利用生物技術(shù)通過對(duì)其抗性基因抗性機(jī)理的深入研究,可為結(jié)縷草新品種的培育提供理論依據(jù)。本研究通過克隆日本結(jié)縷草的ZjNAC2轉(zhuǎn)錄因子及其啟動(dòng)子,分別對(duì)其進(jìn)行生物信息學(xué)分析,研究ZjNAC2基因在不同組織和不同的發(fā)育時(shí)期及干旱、高鹽和激素處理下葉片中的表達(dá)情況;同時(shí)研究ZjNAC2基因的亞細(xì)胞定位,旨在為進(jìn)一步深入探究ZjNAC2基因在日本結(jié)縷草中的分子調(diào)控機(jī)理提供基礎(chǔ)。
試驗(yàn)所用日本結(jié)縷草為‘Meyer',由江蘇省中科院植物研究所惠贈(zèng);RNA提取試劑盒、質(zhì)粒提取試劑盒、PCR產(chǎn)物純化試劑盒均從OMEGA公司購(gòu)買;反轉(zhuǎn)錄試劑盒、PrimeSTAR Max DNA Polymerase、pMD19-T載體、SYBR Mix購(gòu)自TaKaRa公司;大腸桿菌感受態(tài)DH5α均從北京全式金生物技術(shù)有限公司購(gòu)買;2 × GoldStar MasterMix從康為世紀(jì)公司購(gòu)買;Seamless Assembly Cloning Kit從中美泰和生物公司購(gòu)買;乙烯利(ET)、脫落酸(ABA)、茉莉酸甲脂(MeJA)和PEG4000從SIGMA公司購(gòu)買。農(nóng)桿菌菌株EHA105、亞細(xì)胞定位載體3302Y3及本生煙草(Nicotiana tabacum)均由北京林業(yè)大學(xué)草坪研究所實(shí)驗(yàn)室保存。
1.2.1ZjNAC2基因及其啟動(dòng)子克隆
首先以健康生長(zhǎng)3個(gè)月的日本結(jié)縷草植株為材料,根據(jù)RNA提取試劑盒中的說明書提取總RNA,以CTAB法提取DNA。提取的總RNA經(jīng)NanoDrop 2000(Thermal Fisher,USA)和1%的凝膠電泳檢測(cè)合格后,以其為模板,利用反轉(zhuǎn)錄試劑盒獲取日本結(jié)縷草的cDNA。以獲得的cDNA為模板,利用RACE技術(shù)進(jìn)行3'/5'RACE擴(kuò)增。產(chǎn)物純化后與pMD19-T載體連接,然后轉(zhuǎn)化大腸桿菌感受態(tài)DH5α,陽性克隆菌液送公司測(cè)序。從測(cè)序正確的菌液中提取質(zhì)粒,用于后續(xù)試驗(yàn)。
以提取的DNA為模板,根據(jù)設(shè)計(jì)的特異性引物SP1、SP2、SP3(表1)進(jìn)行染色體步移,經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)后將條帶單一的PCR產(chǎn)物送入公司測(cè)序。經(jīng)序列比對(duì)正確后,設(shè)計(jì)啟動(dòng)子特異性引物ZjNAC2-Pro-F/R(表1),用于擴(kuò)增啟動(dòng)子序列。反應(yīng)程序?yàn)?95 ℃ 10 min;95 ℃ 30 s,54 ℃ 30 s,72 ℃100 s,40個(gè)循環(huán);72 ℃ 5 min。產(chǎn)物純化后與pMD19-T載體連接,然后轉(zhuǎn)化大腸桿菌感受態(tài)DH5α,陽性克隆菌液送北京睿博興科生物技術(shù)有限公司測(cè)序。從測(cè)序正確的菌液中提取質(zhì)粒,用于后續(xù)試驗(yàn)。
1.2.2 生物信息學(xué)分析
利用DNAMAN 8.0軟件預(yù)測(cè)ZjNAC2編碼的蛋白序列;通過NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)Blast功能篩選ZjNAC2基因的同源蛋白序列,然后利用MEGA 5.0軟件采用Neighbor-jointing法構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹;通過SignalP 4.1 Server(http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP)和ProtParam (http://web.expasy.org/protparam/)預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的分子量、等電點(diǎn)及親疏水性等;分別通過(http://www.softberry.com/) 和 PlantCARE(http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html)預(yù) 測(cè)ZjNAC2的亞細(xì)胞定位情況和ZjNAC2基因啟動(dòng)子可能存在的作用元件。
1.2.3 亞細(xì)胞定位
以測(cè)序正確的PMD-ZjNAC2質(zhì)粒為模板,以設(shè)計(jì)的3302Y3-ZjNAC2-F/R為構(gòu)建載體的引物(表1),利用PrimeSTAR Max DNA Polymerase進(jìn)行PCR擴(kuò)增,反應(yīng)程序 98 ℃ 10 s;98 ℃ 10 s,68 ℃ 40 s,25 個(gè)循環(huán);72 ℃ 3 min。同時(shí)用BglⅡ單酶切3302Y3載體。通過Seamless Assembly Cloning Kit將純化后PCR產(chǎn)物與酶切產(chǎn)物進(jìn)行連接。將連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化涂板后,挑取陽性克隆進(jìn)行檢測(cè)。將構(gòu)建成功的3302Y3-ZjNAC2及空載3302Y3轉(zhuǎn)化農(nóng)桿菌EHA105,參照Yang等[16]的方法用注射器將重懸后的菌液注射本生煙草(Nicotiana tabacum),暗培養(yǎng)48 h,之后通過激光共聚焦顯微鏡觀察黃色熒光蛋白的分布情況。
1.2.4 基因表達(dá)分析
分別剪取根、莖、葉,以及不同衰老程度的葉片,液氮速凍后提取總RNA。對(duì)長(zhǎng)勢(shì)一致的‘Meyer'日本結(jié)縷草分別噴施 10 μmol·L-1脫落酸 (abscisic acid,ABA)、10 μmol·L-1茉莉酸甲酯 (Methyl Jasmonate,MeJA)、200 μmol·L-1乙烯(ethylene,ET)、300 mmol·L-1NaCl、20%PEG4000,分別在0、1、3、6、12 和24 h取樣,液氮速凍后-80 ℃保存,之后提取總RNA。以設(shè)計(jì)qPCR-F/qPCR-R(表1)為熒光定量引物,以日本結(jié)縷草Actin基因(GenBank登錄號(hào):GU290546)為內(nèi)參,參照SYBR Mix說明書進(jìn)行qRT-PCR反應(yīng)。本研究采用2-ΔΔCT法計(jì)算基因的相對(duì)表達(dá)量。
表1 引物列表Table 1 Primer list
通過RACE技術(shù)獲得了ZjNAC2目的基因(圖1),該基因的開放閱讀框?yàn)? 110 bp,編碼369個(gè)氨基酸(GenBank登錄號(hào):MH580281)。用ExPASy server預(yù)測(cè)ZjNAC2的理論等電點(diǎn)為8.32,平均分子質(zhì)量為39 847.05;酸性氨基酸殘基(Asp+Glu)和堿性氨基酸酸殘基總數(shù)(Arg+Lys)分別為32個(gè)、35個(gè);親水性平均值預(yù)測(cè)為-0.360,以上預(yù)測(cè)表明ZjNAC2屬于親水性蛋白。信號(hào)肽預(yù)測(cè)表明,ZjNAC2基因中不含有信號(hào)肽。亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)結(jié)果顯示,ZjNAC2定位于細(xì)胞核。系統(tǒng)進(jìn)化樹分析結(jié)果顯示,ZjNAC2與粟(Setaria italica)的親緣關(guān)系最近(圖2)。同源比對(duì)結(jié)果顯示,ZjNAC2的氨基酸序列與慈竹(Bambusa emeiensis)、粟、高粱(Sorghum bicolor)的同源性較高(圖3),相似度分別為73.66%、72.22%和71.58%。保守結(jié)構(gòu)域分析表明,該基因編碼的蛋白在N端有一個(gè)典型的NAM結(jié)構(gòu)域。綜上所述,試驗(yàn)所獲得的ZjNAC2基因?qū)儆贜AC轉(zhuǎn)錄因子家族。
以DNA為模板進(jìn)行染色體步移,測(cè)序結(jié)果經(jīng)序列比對(duì)正確后,用設(shè)計(jì)的啟動(dòng)子特異性引物進(jìn)行擴(kuò)增,經(jīng)瓊脂凝膠電泳檢測(cè)PCR擴(kuò)增產(chǎn)物。經(jīng)序列比對(duì)正確,克隆得到ZjNAC2基因啟動(dòng)子序列,1 574 bp(圖4A)。用PlantCARE網(wǎng)站分析ZjNAC2啟動(dòng)子上可能存在的潛在結(jié)合位點(diǎn),如CAAT-box、TATA-box、脫落酸響應(yīng)元件(ABRE)、赤霉素響應(yīng)元件(CCTTTTG motif)、生長(zhǎng)素響應(yīng)元件(AACGAC motif)、HSE、MYB和TC-rich repeat等順式作用元件。這些順式作用元件可能響應(yīng)植物激素、參與逆境脅迫防御應(yīng)激相關(guān)的應(yīng)答,調(diào)控植物的生長(zhǎng)發(fā)育 (圖4B)。
圖1 ZjNAC2基因的克隆Figure 1 Molecular cloning of ZjNAC2
圖2 ZjNAC2遺傳進(jìn)化分析Figure 2 Phylogenetic analysis of ZjNAC2
圖3 ZjNAC2同源性比對(duì)分析Figure 3 Sequences alignment analysis of ZjNAC2
圖4 啟動(dòng)子的克隆及其作用元件分析Figure 4 Molecular cloning for isolating promoter,and cis-elements analysis
之前的預(yù)測(cè)結(jié)果顯示,ZjNAC2蛋白定位于細(xì)胞核中,為驗(yàn)證該結(jié)果,通過農(nóng)桿菌注射煙草,暗培養(yǎng)48 h之后,將注射后的本生煙草葉片置于激光共聚焦顯微鏡下觀察熒光蛋白的分布情況。結(jié)果發(fā)現(xiàn),在激發(fā)場(chǎng)和融合場(chǎng)中轉(zhuǎn)35S-ZjNAC1-YFP的熒光信號(hào)能夠在細(xì)胞核中檢測(cè)到,而對(duì)照的熒光信號(hào)在整個(gè)細(xì)胞中均能被檢測(cè)到。試驗(yàn)結(jié)果表明,ZjNAC2定位于細(xì)胞核中(圖5)。
為了研究ZjNAC2在日本結(jié)縷草中的表達(dá)特征,以日本結(jié)縷草的根、莖、幼葉、成熟葉、衰老葉為材料,分別提取其總RNA,反轉(zhuǎn)錄成cDNA后進(jìn)行熒光定量分析。結(jié)果顯示,ZjNAC2在日本結(jié)縷草根、莖、葉中均有表達(dá),且在根中的表達(dá)量最高,約為莖中表達(dá)量的3倍,葉的1.5倍(圖6A);ZjNAC2在日本結(jié)縷草葉片的不同發(fā)育時(shí)期表達(dá)量不同,在老葉中的表達(dá)量明顯高于幼嫩葉片和成熟葉片,約為幼嫩葉片中表達(dá)量的29倍,成熟葉片中的43倍(圖6B)。
為研究ZjNAC2在不同激素處理下的表達(dá)特征,對(duì)日本結(jié)縷草分別噴施ET、MeJA和ABA,分析ZjNAC2在24 h內(nèi)的表達(dá)情況。結(jié)果表明,ET處理后,24 h內(nèi)ZjNAC2的表達(dá)水平波動(dòng)較大,在1 h時(shí)其表達(dá)量降到最低,約為初始表達(dá)量的4倍,3 h時(shí)回升,6 h時(shí)又降低隨后回升(圖6C);MeJA處理后,在3 h時(shí)ZjNAC2基因的表達(dá)量降到最低,約為初始水平的2.5倍,隨后在6 h時(shí)表達(dá)量開始回升(圖6D);ABA處理1 h后ZjNAC2的表達(dá)量降到最低,約為初始水平的3.25倍,3 h時(shí)表達(dá)量水平?jīng)]有發(fā)生明顯的變化,6 h后其表達(dá)量逐漸開始回升 (圖6E)。
圖5 ZjNAC2的亞細(xì)胞定位Figure 5 Subcellular localization of ZjNAC2
圖6 ZjNAC2表達(dá)特征分析Figure 6 Real-time quantitative PCR of ZjNAC2 expression characteristics
為探究ZjNAC2在干旱、高鹽脅迫下日本結(jié)縷草中的表達(dá)情況,用PEG、NaCl處理,分析ZjNAC2在24 h內(nèi)的表達(dá)情況。結(jié)果表明,干旱處理1 h后ZjNAC2的表達(dá)量降低了93.75%,隨后逐漸開始回升,在12 h時(shí)ZjNAC2的表達(dá)量顯著上升,其表達(dá)量約為脅迫前的4.4倍(圖6F);高鹽處理后,ZjNAC2的表達(dá)水平隨著處理時(shí)間的延長(zhǎng)逐漸上升,在12 h時(shí)達(dá)到峰值,約為對(duì)照的4.8倍(圖6G)。
NAC(NAM,ATAF1/2,CUC2)轉(zhuǎn)錄因子是植物中最大的轉(zhuǎn)錄因子家族之一,不同的家族成員在植物發(fā)育過程和應(yīng)激反應(yīng)中具有不同的功能,其在擬南芥等模式植物中關(guān)于抗性脅迫方面的研究較為清楚,但在日本結(jié)縷草中的報(bào)道很少。本研究從日本結(jié)縷草中克隆得到了ZjNAC2基因,其編碼區(qū)全長(zhǎng)1 110 bp,編碼369個(gè)氨基酸。通過蛋白保守結(jié)構(gòu)域分析表明ZjNAC2編碼的氨基酸N端具有典型的NAM結(jié)構(gòu)域,屬于NAC轉(zhuǎn)錄因子家族[17]。同源比對(duì)結(jié)果顯示C端結(jié)構(gòu)差異明顯,不具有保守型,表明NAC轉(zhuǎn)錄因子通過有差異的C端來調(diào)控轉(zhuǎn)錄激活的。進(jìn)化樹分析顯示,ZjNAC2與粟NAC的親緣關(guān)系最近。亞細(xì)胞定位結(jié)果顯示,ZjNAC2蛋白定位于細(xì)胞核中,與番茄SlNAC1[8]、水稻OsNAC3[18]、紫花苜蓿MsNAC2[19]的定位結(jié)果一致,表明ZjNAC2作為一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子在細(xì)胞核中發(fā)揮作用。
啟動(dòng)子是一類啟動(dòng)基因表達(dá)的順式作用元件,位于結(jié)構(gòu)基因5' 端上游的DNA序列,通過與特定的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合,調(diào)控基因的轉(zhuǎn)錄[20]。啟動(dòng)子作為轉(zhuǎn)錄水平上重要的調(diào)控元件,在基因工程領(lǐng)域開發(fā)和分子網(wǎng)絡(luò)機(jī)制的研究具有重要的意義。研究發(fā)現(xiàn),不同的NAC轉(zhuǎn)錄因子響應(yīng)的元件不一樣,有的可以同時(shí)受不同的激素、非生物脅迫等調(diào)控[21]。本研究通過PCR擴(kuò)增獲得了ZjNAC2基因1 574 bp的啟動(dòng)子序列。對(duì)ZjNAC2上游啟動(dòng)子序列的分析發(fā)現(xiàn),除了具有典型的核心啟動(dòng)子區(qū)域外,ZjNAC2啟動(dòng)子還含有多個(gè)與激素、逆境誘導(dǎo)相關(guān)的元件和光反應(yīng)相關(guān)元件,比如脫落酸響應(yīng)元件ABRE、赤霉素響應(yīng)元件CCTTTTG motif、生長(zhǎng)素響應(yīng)元件AACGAC motif、熱脅迫響應(yīng)元件HSE以及參與干旱反應(yīng)的MYB元件。這表明ZjNAC2基因可能參與了不同激素的信號(hào)傳導(dǎo)途徑,并受熱、光、干旱等多種外界環(huán)境因子的誘導(dǎo)調(diào)控,為進(jìn)一步探究ZjNAC2的表達(dá)特征提供了依據(jù)。
組織特異性表達(dá)模式分析研究表明,ZjNAC2在不同的組織中均有表達(dá),在根中的表達(dá)水平最高,顯著高于莖和葉中的表達(dá)量。研究結(jié)果與玉米(Zea mays)中的ZmNAM[22]、紫花苜蓿中的MsNAC2[19]的表達(dá)情況一致。孫志超等[23]對(duì)桑樹(Morus alba)中CUC1、NAC100a和NAC100b基因研究表明,CUC2在葉片中表達(dá)最高,而NAC100a和NAC100b在冬芽中表達(dá)最高。這表明不同的NAC家族成員在不同的組織表達(dá)量不同,在植物生長(zhǎng)發(fā)育過程中發(fā)揮的功能可能不同。不同發(fā)育時(shí)期的葉片表達(dá)模式分析表明,ZjNAC2在老葉中的表達(dá)水平顯著高于幼葉、成熟葉片中的表達(dá)量,與擬南芥中AtNAC072的表達(dá)情況一致[3]。這表明ZjNAC2的表達(dá)可能與植物的葉片衰老有關(guān),可能參與了葉片的衰老進(jìn)程。
大量研究發(fā)現(xiàn),NAC轉(zhuǎn)錄因子大部分都會(huì)受到多種生物和非生物脅迫的影響,響應(yīng)多種激素和應(yīng)答反應(yīng)[9,24]。本研究中用ET處理日本結(jié)縷草后,ZjNAC2的表達(dá)模式表現(xiàn)為先下降后回升,之后在6 h時(shí)又下降后回升的波動(dòng)趨勢(shì),這與香蕉(Musa nana)中MaNAC5[25]的表達(dá)模式類似,推測(cè)ZjNAC2受乙烯的調(diào)控表達(dá)。乙烯可誘導(dǎo)香蕉果肉和果皮中的MaNAC1和MaNAC2表達(dá),且與EIN3相互作用,而果皮中MaNAC6受乙烯的抑制[25]。這表明不同的NAC轉(zhuǎn)錄因子可受到乙烯的不同調(diào)控。噴施MeJA后,ZjNAC2的表達(dá)量在3 h時(shí)下降,12 h時(shí)又達(dá)到最高點(diǎn),表明ZjNAC2的表達(dá)可受到MeJA的不同調(diào)節(jié)。研究發(fā)現(xiàn)許多NAC轉(zhuǎn)錄因子在擬南芥和水稻中調(diào)控其對(duì)非生物脅迫和ABA的響應(yīng)[26-27]。本研究中噴施ABA和澆灌PEG后,ZjNAC2的表達(dá)水平在表現(xiàn)為先下降后回升的趨勢(shì),表明ZjNAC2的表達(dá)受到ABA、干旱脅迫的調(diào)控,推測(cè)其可能參與日本結(jié)縷草響應(yīng)ABA和干旱脅迫的調(diào)控途徑。這與擬南芥中ANAC019、ANAC055、ANAC072受干旱和脫落酸誘導(dǎo)的表達(dá)結(jié)果一致,在轉(zhuǎn)基因植物中明顯上調(diào)且耐旱性明顯增強(qiáng)[28]。這表明ABA和干旱脅迫可能誘導(dǎo)NAC轉(zhuǎn)錄因子表達(dá),也可能下調(diào)其表達(dá)水平來增強(qiáng)或減弱植物的耐旱性。本研究中啟動(dòng)子元件分析發(fā)現(xiàn),ZjNAC2啟動(dòng)子含有多個(gè)響應(yīng)脫落酸和干旱脅迫的作用元件,因此ZjNAC2可能與植物的耐旱性有關(guān),可以通過試驗(yàn)進(jìn)一步研究其調(diào)控機(jī)理。高鹽脅迫處理日本結(jié)縷草后,ZjNAC2的表達(dá)量逐漸上升,高鹽處理誘導(dǎo)ZjNAC2表達(dá),這與擬南芥中的ATAF1[29]、水稻中的OsNAC6[30]、葡萄中的VvNAC1[10]研究結(jié)果一致。
本研究從日本結(jié)縷草中克隆獲得了ZjNAC2的基因序列1 110 bp,編碼369個(gè)氨基酸。保守結(jié)構(gòu)域分析表明ZjNAC2屬于NAC轉(zhuǎn)錄因子家族。同時(shí)通過染色體步移的方法獲得其1 574 bp的啟動(dòng)子序列,通過作用元件分析發(fā)現(xiàn)該啟動(dòng)子上有多個(gè)不同的響應(yīng)元件。亞細(xì)胞定位結(jié)果顯示,ZjNAC2定位于細(xì)胞核。熒光定量表達(dá)分析表明,ZjNAC2在衰老葉片中的表達(dá)量最高,且ZjNAC2的表達(dá)受ET、MeJA、ABA及干旱和高鹽處理的調(diào)控。本研究結(jié)果表明,ZjNAC2轉(zhuǎn)錄因子可能參與多種信號(hào)傳導(dǎo)途徑,這為進(jìn)一步深入研究其功能奠定了基礎(chǔ)。