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        牛支原體病PCR檢測方法的建立及初步應(yīng)用

        2019-06-05 00:58:28吳位珩徐景峨余國富馮明祥孫啟躍楊茂生姜玲玲
        貴州農(nóng)業(yè)科學(xué) 2019年5期
        關(guān)鍵詞:檢測

        吳位珩, 徐景峨, 余 波*, 張 濤, 余國富, 楊 莉, 馮明祥,孫啟躍, 劉 鏡, 黃 波, 楊茂生, 姜玲玲

        (1.貴州省農(nóng)業(yè)科學(xué)院 畜牧獸醫(yī)研究所,貴州 貴陽 550005;2.清鎮(zhèn)市動物疫病預(yù)防控制中心,貴州 清鎮(zhèn) 551400;3.貴州省關(guān)嶺自治縣畜牧服務(wù)中心,貴州 關(guān)嶺 561300)

        牛支原體是危害養(yǎng)牛業(yè)的一種主要致病性支原體,除能導(dǎo)致牛肺炎、乳腺炎、關(guān)節(jié)炎外,還導(dǎo)致眼結(jié)膜炎、耳炎、生殖道炎癥、流產(chǎn)與不孕等多種疾病[1]。1961年,美國人HALE[2]首次從患乳腺炎的牛乳中分離得到牛支原體,1976年報(bào)道其與牛呼吸系統(tǒng)疾病有關(guān)。目前,該病原在世界范圍內(nèi)普遍存在。歐洲每年有25%~33%的犢牛肺炎是由牛支原體引起,相當(dāng)于每年損失1.44~1.92億歐元,其中英國每年有190萬頭?;寂Vгw肺炎,死亡達(dá)15.7萬頭。美國每年由牛支原體導(dǎo)致的牛呼吸系統(tǒng)疾病和乳腺疾病所造成損失達(dá)1.40億美元,牛場感染率達(dá)70%。自2008年以來,我國大部分省(地區(qū))從外地引入肉牛,爆發(fā)了以壞死性肺炎為主要特征的傳染性牛支原體肺炎疫情,多數(shù)牛在運(yùn)輸?shù)侥康牡睾?~2周發(fā)病,發(fā)病率為50%~100%,病死率高達(dá)10%~50%,給我國肉牛養(yǎng)殖業(yè)造成了巨大的經(jīng)濟(jì)損失[2]。隨著我國肉牛養(yǎng)殖規(guī)模的不斷壯大,北牛南運(yùn)、北繁南育,引進(jìn)國外種牛日益普遍,肉牛的各種疾病也隨之而來,肉牛支原體病的發(fā)生也呈逐年上升趨勢。隨著貴州扶貧攻堅(jiān)的開展,肉牛引進(jìn)量不斷增大的同時(shí)也帶來了一系列流行病感染問題,而肉牛運(yùn)輸綜合癥最為突出,項(xiàng)目組2017年1月至2018年6月,對貴州引進(jìn)肉牛較多的黔西縣、大方縣、水城縣、思南縣等養(yǎng)牛場進(jìn)行了流行病學(xué)調(diào)查,發(fā)現(xiàn)造成貴州省肉牛運(yùn)輸綜合癥主要病因是肉牛支原體感染,嚴(yán)重的繼發(fā)巴氏桿菌感染,從而造成死亡。對此,根據(jù)牛支原體OPPD/F基因序列保守區(qū)間設(shè)計(jì)引物,建立了牛支原體PCR診斷方法,結(jié)合流行病學(xué)調(diào)查、臨床癥狀及病原菌分離鑒定,對引進(jìn)和飼養(yǎng)肉牛發(fā)生疾病進(jìn)行確診,同時(shí)制定出有效的預(yù)防和治療措施,為飼養(yǎng)肉牛的支原體感染快速確診和治療提供參考。

        1 材料與方法

        1.1 材料

        1.1.1 參考菌株 牛支原體菌株由華中農(nóng)業(yè)大學(xué)動物醫(yī)學(xué)院惠贈;嗜血桿菌、魏氏梭菌、大腸桿菌、多殺性巴氏桿菌、沙門氏菌、結(jié)核分枝桿菌均由貴州省畜牧獸醫(yī)研究所畜禽疫病研究室提供。

        1.1.2 引物 根據(jù)牛支原體OPPD/F基因序列,應(yīng)用Primer 5.0基因分析軟件設(shè)計(jì)引物,擴(kuò)增片段為226 bp,Genbank上的登錄號為AF130119.1。上引物序列,5′-ACGTGACTACTTCACCCTGAT- 3′;下引物序列,5′-TAGACCGACTATTTCACCTTC-3′。由寶生物工程(大連)有限公司合成。

        1.1.3 生化試劑 Lab-Aid 820核酸提取Mini試劑盒(試劑條、磁棒套、緩沖液ATL、洗脫液等)、DTT試劑均購自廈門致善生物科技股份有限公司;Goldview核酸染料、蛋白酶K、十二烷基硫酸鈉、EDTA、Tris-HcL、瓊脂糖、DL2000 Marker、2×Taq PCR MasterMix(10 mmol/L Tris-HcL、50 mmol/L KCL、1.5 mmol/L MgCl2、0.05 U Poymerase/μL)、去離子水均購自天根生化科技(北京)有限公司;PPLO肉湯培養(yǎng)基、PPLO固體培養(yǎng)基購自青島高科技工業(yè)園海博生物技術(shù)有限公司;特級馬血清、酵母粉、精氨酸購自北京索萊寶科技有限公司;葡萄糖、酚紅、瓊脂粉等(國產(chǎn)試劑)。

        1.1.4 主要儀器 核酸提取儀購自廈門百維信生物科技有限公司(Lab-Aid 820),電子天平購自美國奧豪斯(AR2140),高速冷凍離心機(jī)購自美國賽麥飛(SORVALL:LEGEND MICRO 21R),pH測量儀購自梅特勒-托利多(Delta 320A/c),梯度PCR擴(kuò)增儀、電泳儀、紫外透射儀、凝膠成像儀購自德國BIOMETRA,超純水器購自臺灣艾科蒲(ATZ-10-T),紫外分光光度計(jì)購自北京普析(TU-1810SPC),移液器產(chǎn)自芬蘭,移液頭、PCR離心管產(chǎn)自美國。

        1.2 支原體培養(yǎng)基及精氨酸溶液的配制

        1.2.1 PPLO液體培養(yǎng)基 稱取葡萄糖2.5 g,PPLO肉湯粉10.5 g,酵母粉2.5 g,溶于445 mL超純水中116℃滅菌20 min后,添加馬血清50 mL,10%精氨酸5 mL,8 萬IU/mL青霉素溶液5 mL,1%酚紅溶液500 μL,置4℃保存?zhèn)溆谩?/p>

        1.2.2 PPLO固體培養(yǎng)基 稱取葡萄糖2.5 g,PPLO肉湯粉10.5 g,酵母粉2.5 g,瓊脂粉7.5 g,溶于440 mL超純水中116℃滅菌20 min后,馬血清50 mL,10%精氨酸10 mL,8 萬IU/mL青霉素溶液5 mL,鋪置平板,凝固后,置4℃保存?zhèn)溆谩?/p>

        1.2.3 10%精氨酸溶液 稱取精氨酸10 g溶于80 mL雙蒸水,攪拌至完全溶解后加水定容至100 mL,0.22 μm濾膜過濾后置4℃保存?zhèn)溆谩?/p>

        1.3 樣本的采集

        無菌采集疑似牛支原體肺炎病、死牛肺,或采用棉簽采集疑似牛支原體肺炎鼻涕(鼻拭子),用冷藏箱帶到實(shí)驗(yàn)室,待培養(yǎng)及提取DNA模板用。

        1.4 病原菌的分離培養(yǎng)

        將采集的牛肺置于平面皿中,用無菌生理鹽水沖洗,用無菌手術(shù)剪刀取中間未污染部分,研磨,致細(xì)碎;鼻拭子用1 mL生理鹽水浸潤,盡量將藥棉棒上的鼻涕清洗在試管里,棄去藥棉棒,將處理液0.45 μm濾膜過濾后接種于PPLO肉湯培養(yǎng)基中,5%CO2、37℃恒溫培養(yǎng)48 h以上,培養(yǎng)基由紅變黃,轉(zhuǎn)接于PPLO固體培養(yǎng)基,5%CO2、37℃恒溫培養(yǎng)72 h,在固體培養(yǎng)基上有針尖大小的菌落,普通光學(xué)顯微鏡下可見圓形,邊緣整齊,中央凸起的菌落。

        1.5 樣本DNA的提取

        1.5.1 組織樣本 DNA 取牛肺少許,采用滅菌手術(shù)剪剪碎,加入900 μL生理鹽水,反復(fù)凍融3次,然后5 000 r/min離心5 min,取700~900 μL上清液,加入蛋白酶K 20 μL,100 μL 10%SDS液,55℃水浴加熱30 min至組織消化完全,取出冷卻。取1 mL ddH2O將鼻拭子完全浸潤,盡量將鼻涕清洗在試管里,棄去棉棒,將溶液移入1.5 mL離心管中,10 000 r/min離心2 min,棄上清,收集沉淀。將上述處理的組織液200 μL或沉淀放入核酸提取Mini試劑條中,提取的DNA,-20℃保存?zhèn)溆谩?/p>

        1.5.2 分離培養(yǎng)菌株 DNA 取培養(yǎng)菌液1 500 μL于1.5 mL離心管中,10 000 r/min離心2 min,棄上清,收集沉淀。按核酸提取Mini試劑盒使用說明書操作進(jìn)行,提取的DNA,-20℃保存?zhèn)溆谩?/p>

        1.5.3 參考菌株DNA 標(biāo)準(zhǔn)牛支原體菌株、嗜血桿菌、魏氏梭菌、大腸桿菌、多殺性巴氏桿菌、沙門氏菌、結(jié)核分枝桿菌DNA模板的提取,方法同1.5.2。

        1.6 牛支原體特異性片段的PCR擴(kuò)增

        1.6.1 反應(yīng)體系 2×Taq PCR MasterMix為10 μL,支原體標(biāo)準(zhǔn)菌株DNA或樣本DNA 2 μL,上、下引物各1 μL,加ddH2O至25 μL。

        1.6.2 反應(yīng)條件 94℃預(yù)變性5 min;94℃變性30 s,52℃退火30 s,72℃延伸90 s,30個(gè)循環(huán);最后72℃延伸5 min。取擴(kuò)增產(chǎn)物5 μL進(jìn)行2%瓊脂糖凝膠電泳檢測,膠回收后送寶生物工程大連有限公司測序。

        1.7 PCR反應(yīng)條件的優(yōu)化

        對PCR反應(yīng)條件,包括退火溫度(47℃、52℃、67℃),引物濃度(5 μmol/L、10 μmol/L、20 μmol/L),Taq DNA聚合酶濃度(0.5 U、1 U、2 U)進(jìn)行優(yōu)化,以確定最佳反應(yīng)條件,同時(shí)以超純水作為空白對照。PCR反應(yīng)體系(25 μL),10×Taq Buffer 5 μL,dNTP mixture 4 μL;Taq DNA 聚合酶1 μL,用超純水補(bǔ)足至25 μL。反應(yīng)條件:94℃預(yù)變性5 min;94℃變性30 s,退火溫度(47℃、52℃、67℃)1 min,72℃延伸90 s,30個(gè)循環(huán);最后72℃延伸5 min。72℃延伸1 min,30個(gè)循環(huán);最后72℃延伸10 min。取7 μL PCR擴(kuò)增產(chǎn)物于10 g/L瓊脂糖凝膠中進(jìn)行電泳鑒定。

        1.8 PCR法擴(kuò)增的特異性及敏感性測定

        1.8.1 特異性 分別用標(biāo)準(zhǔn)牛支原體菌株、嗜血桿菌、魏氏梭菌、大腸桿菌、多殺性巴氏桿菌、沙門氏菌、結(jié)核分枝桿菌DNA為模板,進(jìn)行PCR擴(kuò)增。

        1.8.2 敏感性 采用TU-1800spc紫外可見分光光度計(jì),OD值為260 nm,將牛支原體DNA模板稀釋100倍,進(jìn)行濃度的測量。根據(jù)模板濃度(μg/μL)=A260×稀釋倍數(shù)×50/1000的方法進(jìn)行計(jì)算。在進(jìn)行敏感性試驗(yàn)時(shí),按10倍稀釋法對DNA模板進(jìn)行稀釋后,取2 μL模板進(jìn)行擴(kuò)增,牛支原體標(biāo)準(zhǔn)DNA濃度依次為1 μg/μL、1×10-1μg/μL、1×10-2μg/μL、1×10-3μg/μL、1×10-4μg/μL、1×10-5μg/μL、1×10-6μg/μL、1×10-7μg/μL。

        1.9 臨床樣品的檢測

        對2017-2018年黔西縣、大方縣、水城縣、思南縣等養(yǎng)牛場采集121份樣品進(jìn)行檢測,分離培養(yǎng)病原菌。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 PCR產(chǎn)物的鑒定

        牛肺炎支原體PCR擴(kuò)增片段經(jīng)膠回收、測序得到片段226 bp,與預(yù)測結(jié)果一致。表明,擴(kuò)增片段為牛肺炎支原體的特異性條帶。

        2.2 PCR反應(yīng)條件的優(yōu)化

        在25 μL反應(yīng)體系中,最佳反應(yīng)條件:退火溫度52℃,Taq DNA聚合酶10 μL,引物濃度20 μmol/L,采用上述條件擴(kuò)增出了目的片段,片段大小為226 bp(圖1),無非特異性片段產(chǎn)生。

        注:M,Marker DL2000;1,陰性對照;2,標(biāo)準(zhǔn)陽性;3,被檢出的陽性樣本。

        Note:M,Marker DL2000; 1,negative control; 2,standard positive; 3,positive samples detected.

        圖1 牛支原體 PCR反應(yīng)圖譜

        Fig.1 Map ofM.bovinaPCR reaction

        2.3 特異性及敏感性

        2.3.1 特異性 由圖2可見,除牛支原體出現(xiàn)擴(kuò)增帶外,其他的菌株未見特異性226 bp片段,表明引物具有特異性。

        注:M,Marker DL2000;1,標(biāo)準(zhǔn)陽性;2,陰性對照;3,嗜血桿菌;4,魏氏梭菌;5,大腸桿菌;6,多殺性巴氏桿菌;7,沙門氏菌;8,牛結(jié)核分枝桿菌。

        Note:M,Marker DL2000; 1,standard positive; 2,negative control; 3.Haemophilusinfluenza; 4,Clostridiumwilfordii; 5,Escherichiacoli; 6,Pasteurellamultocida; 7,Salmonella; 8,M.bovina.

        圖2 牛支原體PCR特異性試驗(yàn)圖譜

        Fig.2 Map of the PCR specificity test ofM.bovina

        2.3.2 敏感性 經(jīng)測牛支原體標(biāo)準(zhǔn)DNA模板的平均OD260值為0.633 nm,試驗(yàn)提取的牛支原體標(biāo)準(zhǔn)DNA模板的含量為0.5 μg/μL。由圖3可見,在PCR反應(yīng)中,可檢出的牛支原體標(biāo)準(zhǔn)DNA模板的含量最小是1×10-7μg,即靈敏度為1×10-7μg。

        2.4 臨床樣品的檢測

        經(jīng)檢測共得陽性樣本43份,且與細(xì)菌學(xué)檢驗(yàn)結(jié)果一致,同時(shí)將PCR擴(kuò)增片段經(jīng)膠回收、測序表明,擴(kuò)增片段為牛支原體的特異性條帶(圖4)。整個(gè)檢測過程僅需3.5 h。

        注:M,Marker DL2000;1,陰性對照;2~8,牛支原體 DNA稀釋度分別為10-1~10-7。

        Note:M,Marker DL2000; 1,Negative control; 2-8,the dilution ofM.bovinaDNA was 10-1-10-7,respectively.

        圖3 牛支原體PCR敏感性試驗(yàn)圖譜

        Fig.3 Map of the PCR sensitivity test ofM.bovina

        注:M,Marker DL2000;1,陰性對照;2,標(biāo)準(zhǔn)陽性;3~22,臨床樣本鼻拭子。

        Note:M,Marker DL2000; 1,negative control; 2,standard positive; 3-22,nasal swabs from clinical samples.

        圖4 臨床樣本的檢測圖譜

        Fig.4 Test Map of clinical samples

        3 結(jié)論與討論

        目前,用于牛支原體診斷方法很多,如分離培養(yǎng)法、免疫學(xué)方法和核酸診斷技術(shù)等[3]。在標(biāo)本中分離培養(yǎng)支原體,對于牛支原體感染的診斷有決定性意義,結(jié)合生化鑒定技術(shù),可作為實(shí)驗(yàn)室診斷牛支原體感染的基本診斷技術(shù),但不能作為確定感染的最終檢測方法和結(jié)果。而大多數(shù)的肉牛支原體病伴有多病原混合感染,臨床上難以及時(shí)鑒別診斷,細(xì)菌學(xué)培養(yǎng)分離鑒定,程序繁瑣、培養(yǎng)周期長,免疫學(xué)診斷雖操作簡單,但具有抗體依耐性,特別是在感染早期,血清中抗體水平低,檢測的敏感性低,達(dá)不到早期診斷的目的,延誤防治時(shí)機(jī),給肉牛業(yè)造成巨大的經(jīng)濟(jì)損失。而PCR診斷技術(shù)具有敏感、特異的特點(diǎn),能快速、準(zhǔn)確地檢測病原核酸,且不考慮菌體死活、抗體產(chǎn)生等因素,并可對疾病早期進(jìn)行診斷,為防治該病爭取到最佳的治療時(shí)機(jī)。因此,核酸診斷技術(shù)是牛支原體感染較為理想的診斷方法。ATP結(jié)合蛋白OPPD/F基因和DNA聚合酶Ⅲ基因?yàn)槟繕?biāo)基因的PCR,已證實(shí)能夠較好地區(qū)別牛支原體與牛無乳支原體的感染[4]。本試驗(yàn)根據(jù)牛支原體OPPD/F基因序列保守區(qū)間設(shè)計(jì)引物,通過優(yōu)化反應(yīng)條件,建立了牛支原體PCR診斷方法,靈敏度為1×10-7μg,整個(gè)檢測過程僅需3.5 h。由此可見,該檢測方法具有快速、靈敏性高、特異性強(qiáng)等特點(diǎn),對牛支原體感染的診斷、防治與預(yù)后評估具有重要意義。

        經(jīng)調(diào)查,貴州省肉牛運(yùn)輸綜合癥主要病因是肉牛支原體感染,肉牛支原體感染的治療方法:肌肉注射治療支原體病的特效藥泰樂菌素,同時(shí)補(bǔ)充多種維生素及10%葡萄糖。若出現(xiàn)混合感染多種病原現(xiàn)象,治療時(shí)采用四環(huán)素、慶大霉素、地塞米松合并用藥,同時(shí)補(bǔ)充10%葡萄糖和維生素C,用藥5~7 d。

        引進(jìn)和飼養(yǎng)肉牛應(yīng)注意的事項(xiàng):

        1)嚴(yán)格引進(jìn)新牛。不從疫區(qū)或發(fā)病區(qū)引進(jìn)牛。牛群引進(jìn)前要作好牛布魯氏病、口蹄疫、牛結(jié)核、牛支原體、牛焦蟲病的檢疫檢測,防止引進(jìn)病牛和潛伏感染期的帶菌牛。牛群起運(yùn)前,要飼喂適量的水、料、草,適宜控制在八成飽,裝車前運(yùn)輸車輛及上車臺等用具進(jìn)行消毒,裝車避免擁擠,運(yùn)輸要勻速。到達(dá)目的地后必須進(jìn)行充分休息,之后方可喂水(飼喂水清潔干凈,加入電解多維和食鹽,可適量補(bǔ)充葡萄糖),接著飼喂足夠的青綠飼草。對牛場新進(jìn)來的牛進(jìn)行監(jiān)控和隔離,包括犢牛都必須隔離,確保無病后方可與健康牛混群。

        2)加強(qiáng)飼養(yǎng)管理。保證良好的衛(wèi)生環(huán)境非常重要,牛舍保持干燥、清潔、通風(fēng)良好,注意防寒保暖,定期對肉牛場的設(shè)施設(shè)備進(jìn)行清潔。定期進(jìn)行消毒,控制飼養(yǎng)密度適宜,防止過于擁擠。不同來源以及不同年齡的肉牛要采取分欄飼養(yǎng)。飼喂品質(zhì)優(yōu)良的飼料,補(bǔ)充適量的精料、微量元素和維生素,確保日糧含有全面、均衡的營養(yǎng),增強(qiáng)機(jī)體抵抗力。

        3)加強(qiáng)疾病預(yù)防。定期消毒牛舍,及時(shí)發(fā)現(xiàn)和隔離病牛,做到早診斷,早治療,同時(shí)研制并開發(fā)獸用中藥防控該病的發(fā)生和流行,以確保貴州省養(yǎng)牛業(yè)的健康和穩(wěn)定發(fā)展。

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