1924年2月3日生于江蘇無錫縣前洲鎮(zhèn)。家貧困，幼年失學，在家種地，小學、中學均未能畢業(yè)?？箲?zhàn)勝利后考入蘇州美專，兩月后又因貧失學。

1943年畢業(yè)于私立無錫前洲青城中學。1943年下半年，馮其庸考上了省立無錫工業(yè)?？茖W校。期間曾得無錫著名畫家諸健秋賞識。1944年7月因貧失學。1945年抗戰(zhàn)勝利后考入蘇州美專，兩月后又因貧失學。

1948年畢業(yè)于無錫國專。受書法于王蘧常，后又與劉海粟、朱屺瞻、謝稚柳、唐云、啟功、徐邦達，楊仁愷、周懷民、許麟廬諸先生游，于書畫潛心學習。

1949年5月在蘇南行署工作。

1950年任教于無錫市第一女中。

1954年調(diào)北京中國人民大學，歷任講師、副教授、教授等職。

1975年國務院文化組成立紅樓夢校訂組，任副組長，主管校注業(yè)務，前后七年，1982年出書。

1980年、1981-1982年，兩度赴美在史坦福、哈佛、耶魯、柏克萊等大學講學。獲富布賴特基金會榮譽學術證狀。

1984年12月由國務院、外交部、文化部派往前蘇聯(lián)鑒定列寧格勒藏本《石頭記》，達成兩國聯(lián)合出書協(xié)議。后又歷訪新加坡、馬來西亞、韓國作學術講演，均獲高度評價。

1986年調(diào)任中國藝術研究院副院長。

1996年應邀訪問德國、法國，并在柏林和巴黎考察兩國所藏敦煌、吐魯番文獻。

1996年11月離休。

1998年5月25日至5月30日，在中國美術館舉辦了“馮其庸書畫展”。

1998年8月，馮其庸以76歲的高齡，第二次上帕米爾高原，于海拔4700米的明鐵蓋山口，發(fā)現(xiàn)玄奘取經(jīng)回國的山口古道，此古道為玄奘回國以后1355年來的第一次發(fā)現(xiàn)。馮其庸的這一發(fā)現(xiàn)，轟動了中外學術界。

1998年10月4日至酒泉金塔縣訪漢代雄關肩水金關、地灣城。10月5日（舊歷中秋節(jié)）至內(nèi)蒙額濟納旗訪古居延海、西夏黑水城、漢甲渠候官遺址，對以上各處都作了詳細的調(diào)查。

2011年12月，馮其庸榮獲文化部頒發(fā)的“中華藝文獎”終身成就獎。

2012年10月，馮其庸獲中國人民大學首屆吳玉章終身成就獎。

2017年1月，22日12時18分在北京逝世，享年93歲。