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        高通量測序技術(shù)在洋河大曲質(zhì)量等級判定中的應(yīng)用

        2019-02-25 02:08:08王曉慧董大偉楊建梅
        釀酒科技 2019年1期
        關(guān)鍵詞:大曲放線菌高通量

        蘇 葛,王曉慧,董大偉,馬 偉,楊建梅,葉 紅

        (江蘇洋河酒廠股份有限公司,江蘇宿遷223800)

        俗話說:“曲定酒型”,在曲與酒的關(guān)系上,曲占先導(dǎo)地位。曲即為曲類微生物的載體,曲類微生物作用于糖類或淀粉類物質(zhì)而生成酒[1]。獨(dú)具綿柔特色的洋河酒自明代中后期開始出現(xiàn)大曲制作技藝,并逐漸形成“先制曲、后釀酒”的具有地方特色、較先進(jìn)的生產(chǎn)模式。從此釀酒離不開制曲,曲為酒骨,大曲質(zhì)量直接或間接影響著最終酒的產(chǎn)質(zhì)量。

        大曲是重要的菌源,大曲微生物作為釀造環(huán)境中的分解者、消費(fèi)者、初級生產(chǎn)者和次級生產(chǎn)者,在整個(gè)釀造鏈中起重要作用。洋河酒廠對傳統(tǒng)制曲的質(zhì)量判定最早依賴于熟練的制曲工人對于大曲外觀、香味、斷面、色澤等感官層面的生產(chǎn)經(jīng)驗(yàn)。20世紀(jì)80年代以后,增加了糖化力、酯化力、發(fā)酵力等理化指標(biāo)共同判定。而現(xiàn)階段,隨著高通量測序技術(shù)在各個(gè)領(lǐng)域中對微生物群落研究的突破和發(fā)展,利用先進(jìn)技術(shù)破解和揭示傳統(tǒng)釀酒行業(yè)的微觀密碼已是趨勢所向。

        1 材料與方法

        1.1 實(shí)驗(yàn)材料

        大曲樣品:洋河自制中高溫大曲。

        1.2 實(shí)驗(yàn)儀器

        Miseq PE300平臺、美國ABI GeneAmp?9700型PCR儀。

        1.3 實(shí)驗(yàn)方法

        1.3.1 基因組DNA抽提

        待基因組DNA抽提完成后,使用1%瓊脂糖凝膠電泳檢測抽提和收集的基因組DNA。

        1.3.2 PCR擴(kuò)增

        按指定測序區(qū)域,合成帶有barcode的特異引物。隨機(jī)抽取樣本進(jìn)行預(yù)實(shí)驗(yàn),以確保在較低循環(huán)數(shù)中能夠?qū)⒔^大多數(shù)樣本擴(kuò)增出適宜濃度的產(chǎn)物。PCR 采用 TransGen AP221-02:TransStart Fastpfu DNA Polymerase;每個(gè)樣本3個(gè)平行樣,用2%瓊脂糖凝膠電泳檢測混合后的PCR產(chǎn)物,使用AxyPrep-DNA凝膠回收試劑盒(AXYGEN公司)切膠回收PCR產(chǎn)物,Tris_HCl洗脫;2%瓊脂糖電泳檢測。

        1.3.3 熒光定量

        根據(jù)電泳的定量結(jié)果,使用QuantiFluor?-ST藍(lán)色熒光定量系統(tǒng)對PCR產(chǎn)物進(jìn)行檢測定量,根據(jù)樣本的測序量要求進(jìn)行相應(yīng)比例的混合。

        1.3.4 Miseq文庫構(gòu)建

        連接“Y”字形接頭,使用磁珠篩選去除接頭自連片段,利用PCR擴(kuò)增進(jìn)行文庫模板的富集,氫氧化鈉變性,產(chǎn)生單鏈DNA片段。

        1.3.5 Miseq測序

        (1)DNA片段的一端與引物堿基互補(bǔ),固定在芯片上。

        (2)另一端隨機(jī)與附近的另外一個(gè)引物互補(bǔ),也被固定住,形成“橋 (bridge)”。

        (3)PCR擴(kuò)增,產(chǎn)生DNA簇。

        (4)DNA擴(kuò)增子線性化成為單鏈。

        (5)加入經(jīng)改造的DNA聚合酶和帶有4種熒光標(biāo)記的dNTP,每次循環(huán)只合成一個(gè)堿基。

        (6)用激光掃描反應(yīng)板表面,讀取每條模板序列第一輪反應(yīng)所聚合上去的核苷酸種類。

        (7)將“熒光基團(tuán)”和“終止基團(tuán)”化學(xué)切割,恢復(fù)3'端黏性,繼續(xù)聚合第二個(gè)核苷酸。

        (8)統(tǒng)計(jì)每輪收集到的熒光信號結(jié)果,獲知模板DNA片段的序列。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 春季不同感官等級大曲群落結(jié)構(gòu)分析

        我們選取春季制作后儲存6個(gè)月的貯存曲,邀請大曲感官評價(jià)經(jīng)驗(yàn)豐富的工作人員在庫房中用傳統(tǒng)經(jīng)驗(yàn)判定法挑選感官等級為優(yōu)等、一等和二等的貯存曲,編號后分別粉碎過40目篩,-80℃冰箱保存。按照1.3的實(shí)驗(yàn)方法進(jìn)行高通量測序分析,其群落結(jié)構(gòu)分析結(jié)果詳見圖1、圖2,各群落結(jié)構(gòu)豐度占比詳見表1、表2,其中1號為優(yōu)等曲、2號為一等曲、3號為二等曲。

        2.2 夏季不同感官等級大曲群落結(jié)構(gòu)分析

        圖1 春季曲群落結(jié)構(gòu)組成圖(細(xì)菌)

        圖2 春季曲群落結(jié)構(gòu)組成圖(真菌)

        為了進(jìn)一步探究春季和冬季優(yōu)級大曲中的優(yōu)勢菌群是否相同,我們又選取夏季制作后儲存6個(gè)月的貯存曲,邀請大曲感官評價(jià)經(jīng)驗(yàn)豐富的工作人員在庫房中用傳統(tǒng)經(jīng)驗(yàn)判定法挑選感官等級為優(yōu)等、一等和二等的貯存曲,編號后分別粉碎過40目篩,-80℃冰箱保存。按照1.3的實(shí)驗(yàn)方法進(jìn)行高通量測序分析,其群落結(jié)構(gòu)分析結(jié)果詳見圖3、圖4,各群落結(jié)構(gòu)豐度占比詳見表3、表4,其中1號為優(yōu)等曲、2號為一等曲、3號為二等曲。

        圖3 夏季曲群落結(jié)構(gòu)組成圖(細(xì)菌)

        表1 春季曲群落相對豐度占比圖(細(xì)菌)

        表2 春季曲群落相對豐度占比圖(真菌)

        圖4 夏季曲群落結(jié)構(gòu)組成圖-真菌

        2.3 功能性分析

        2.3.1 主體優(yōu)勢菌發(fā)酵功能分析

        2.3.1.1Kroppenstedtia菌屬

        Kroppenstedtia屬于高溫放線菌科[2],釀造中具體作用未知,且目前行業(yè)研究較少。在釀酒過程中,我們推測Kroppenstedtia菌屬發(fā)酵功能類似高溫放線菌科多數(shù)菌屬,可參與土壤中有機(jī)物的轉(zhuǎn)化,產(chǎn)生多種酶類物質(zhì)。

        2.3.1.2 魏斯氏菌

        魏斯氏菌屬于乳酸菌,是一種選擇性厭氧菌,在微氧條件下生長迅速。在釀造過程中,可以發(fā)酵葡萄糖產(chǎn)生乳酸,或者發(fā)酵葡萄糖產(chǎn)生二氧化碳、乙醇或乙酸。其次魏斯氏菌能表達(dá)β-葡萄糖苷酶,并推測其在發(fā)酵中可降解纖維素[3]。

        2.3.1.3 乳酸桿菌/乳酸片球菌

        乳酸桿菌/乳酸片球菌屬于乳酸菌,是固態(tài)白酒生產(chǎn)的重要微生物,在發(fā)酵過程中,具有促進(jìn)美拉德反應(yīng)、促進(jìn)酒醅的發(fā)酵、維持釀酒微生態(tài)環(huán)境等作用[4]。

        2.3.1.4 芽孢桿菌

        芽孢桿菌能產(chǎn)生纖維素酶、半纖維素酶、蛋白酶及葡萄糖異構(gòu)酶等,在芽孢桿菌屬中也有不少能產(chǎn)乳酸的細(xì)菌。其中枯草芽孢桿菌是生成酒體的芳香類物質(zhì)如雙乙酰的菌源,是不可缺少的細(xì)菌。

        表3 夏季曲群落相對豐度占比圖(細(xì)菌)

        表4 夏季曲群落相對豐度占比圖(真菌)

        2.3.1.5 高溫放線菌

        高溫放線菌被微生物學(xué)界認(rèn)為是一類能夠在極端環(huán)境下生長代謝的革蘭氏陽性、化能異氧菌,該菌屬下的大多細(xì)菌能在較高的溫度(50℃以上)環(huán)境下生長[5]。放線菌不僅參與土壤中有機(jī)物質(zhì)的轉(zhuǎn)化活動,而且產(chǎn)生許多酶類物質(zhì),例如纖維素酶、蛋白酶、纖維蛋白溶酶、淀粉酶等,定向功能包括:降解淀粉、纖維素、將蛋白質(zhì)水解為多肽、為己酸菌生產(chǎn)繁殖和底物代謝提供前體物質(zhì)等[6]。

        2.3.2 等級曲微生物功能對比分析

        2.3.2.1 春季曲等級對比分析

        春季曲1#、2#、3#對比發(fā)現(xiàn),3類曲的優(yōu)勢菌種以及相對豐度占比全然不同,其中優(yōu)等曲的優(yōu)勢菌種相對豐富,Kroppenstedtia克羅彭斯特菌屬(屬于一種高溫放線菌)占比55%;魏斯氏菌屬和乳酸桿菌屬同屬于乳桿菌科,共占比22%;這3類細(xì)菌在釀酒中都屬于有益菌,一等曲芽孢桿菌屬占比最高為74%,克羅彭斯特菌屬占比19%,芽孢桿菌也在釀酒中起著重要的作用。二等曲葡萄球菌占比77%(多數(shù)葡萄球菌能分解葡萄糖、麥芽糖和蔗糖,產(chǎn)酸不產(chǎn)氣),二等曲發(fā)酵作用較一類、二類曲弱。

        2.3.2.2 夏季曲等級對比分析

        夏季曲1#、2#、3#對比發(fā)現(xiàn),3類曲的優(yōu)勢菌種以及相對豐度占比全然不同,優(yōu)等曲有益菌占比最高達(dá)93%,其中高溫放線菌占比達(dá)78%,優(yōu)勢菌種明顯,也反映出一類曲不僅糖化發(fā)酵作用強(qiáng),同時(shí)也具備較優(yōu)的生香功能;一等曲高溫放線菌占比33%,相對發(fā)酵功能弱于優(yōu)等曲。二等曲優(yōu)勢菌種不明顯,其中乳酸菌類偏多,且雜菌種類較多。從此可以看出,斷面表象較差的大曲,功能性不穩(wěn)定,雜菌偏多。

        綜上所述,通過高通量測序技術(shù)能夠更為清晰、直觀地剖析不同質(zhì)量等級中高溫大曲,并通過不同季節(jié)大曲群落結(jié)構(gòu)比對可得出以下結(jié)論:(1)優(yōu)等曲有益細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)優(yōu)于一等曲和二等曲;二等曲雖然有一定比例的有益菌,但其優(yōu)勢菌種不明顯,雜菌較多,所以從微觀細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)分析,就細(xì)菌發(fā)酵功能而言,優(yōu)等曲>一等曲>二等曲,證明了傳統(tǒng)感官判定經(jīng)驗(yàn)的科學(xué)性與一致性;(2)通過春、夏兩季曲的細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)比對發(fā)現(xiàn),以優(yōu)等曲為例,春季優(yōu)等曲優(yōu)勢菌種為克羅彭斯特菌屬,而夏季為高溫放線菌,因此,我們認(rèn)為,大曲主要菌種構(gòu)成與季節(jié)息息相關(guān);(3)利用二代測序研究真菌群落結(jié)構(gòu)暫未發(fā)現(xiàn)重大突破,待進(jìn)一步分析與研究。

        3 結(jié)論

        傳統(tǒng)中高溫大曲質(zhì)量等級判定使用感官經(jīng)驗(yàn)判定法,該方法雖簡單、高效,但簡單的感官和理化指標(biāo)并不能從微觀層面鑒定大曲質(zhì)量差異。本研究針對不同季節(jié)(春季、夏季)產(chǎn)出的不同等級(優(yōu)等曲、一等曲、二等曲)中高溫大曲進(jìn)行取樣測定,剖析不同質(zhì)量等級大曲的微生物群落多樣性。該研究顯示,中高溫大曲感官等級與微生物優(yōu)勢細(xì)菌群落組成之間具有一致性,且大曲主要菌種構(gòu)成與季節(jié)息息相關(guān),利用高通量測序技術(shù)能夠科學(xué)鑒定中高溫大曲質(zhì)量等級。本研究對指導(dǎo)大曲生產(chǎn)及大曲科學(xué)評價(jià)體系的構(gòu)建具有重要意義。

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